Bi6400c Metody molekulární biologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Jarmila Navrátilová, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lucia Knopfová, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Petr Beneš, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi6400c/01: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi6400c/02: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi6400c/03: Rozvrh nebyl do ISu vložen. P. Beneš
Bi6400c/04: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Bi6400c/05: Rozvrh nebyl do ISu vložen.
Předpoklady
( Ex_3065 Molekulární biologie || Imp_9115 Molekulární biologie || B3120 Molekulární biologie || B4030 Molekulární biologie || B5740 Molekulární biologie || B6130 Molekulární biologie || B7940 Molekulární biologie || B4020 Molekulární biologie || Bi4020 Molekulární biologie || Bi4035 Molekulární biologie - lab.cv. ) && NOW ( Bi6400 Metody molekulární biologie ) && ! B6405 Metody molek. biologie - cvič.
Kurz vyžaduje základní znalost práce na PC, znalost základů molekulární biologie a bioinformatiky, a základní praktické návyky z oblasti mikrobiologie, biochemie a molekulární biologie, jako např. práce s automatickými pipetami, přípravu roztoků a kultivačních půd, sterilní manipulace s tekutinami, centrifugace, základy práce s bakteriálními kulturami, atd.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem tohoto předmětu je příprava a realizace projektu umlčení exprese cílového genu pomocí metod CRISPR/Cas9 a shRNA.
Výstupy z učení
Po absolvování tohoto kurzu budou studenti schopni vyhledávat cílové sekvence pro metody CRISPR/Cas9 a siRNA pomocí veřejně dostupných bioinformatických nástrojů, vytvářet a purifikovat rekombinantní CRISPR/Cas9 a siRNA vektory a přenášet je do savčích buněk, provádět mutační analýzu cílového genu a posoudit genovou expresi. Tuto znalost budou následně studenti schopni použít pro přípravu a realizaci projektu analyzujícím význam vybraných genů v různých biologických procesech.
Osnova
  • 1. Úvodní přednáška – editace genomu, CRISPR/Cas9, RNA interference, bioinformatické nástroje – vyhledání sekvence genu, porovnání sekvencí, návrh cílových sekvencí CRISPR/Cas9 a shRNA, vyhledání otevřeného čtecího rámce. 2. Příprava individuálních písemných protokolů studenty s cílem navrhnout vektory CRISPR/Cas9 and shRNA vectors pro vybraný gen. 3. Posouzení protokolů učitelem. 4. Realizace těchto protokolů experimentálně v laboratoři – příprava a purifikace rekombinantních CRISPR/Cas9 a shRNA vektorů, transfekce savčích buněk, sklizení buněk a příprava buněčných lyzátů, stanovení koncentrace proteinů, SDA-PAGE a imunobloting, izolace genomové DNA, polymerázová řetězová reakce, sekvenování DNA 5. Analýza mutačního stavu genu zájmu,finalizace protokolů.
Literatura
  • YAMAMOTO, T. Targeted Genome Editing Using Site-Specific Nucleases, ZFNs, TALENs, and the CRISPR/Cas9 system. 2015. Springer. 205 pp. ISBN 978-4-431-55226-0.
  • MOULDY, S. RNA Interference Challenges and Therapeutic Opportunities. 2015. New York : Humana Press : Springer. ISBN: 978-1-4939-1537-8.
  • GREEN, Michael R. a Joseph SAMBROOK. Molecular cloning : a laboratory manual. 4th ed. New York [N.Y.]: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012. xxxiii, s. ISBN 9781936113422. info
Výukové metody
Úvodní teoretická přednáška, příprava projektů studenty a jejich následná realizace v laboratorním cvičení, diskuse se studenty.
Metody hodnocení
Zápočet se udílí za přípravu projektu, účast v praktické výuce, analýzu a zpracování získaných dat.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů

  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2020/Bi6400c