Upozornění:

Studijní plán je v přípravě.

Řazení po semestrech Klasické řazení Prezentace
PřF NBIFP Bioinformatika
Název anglicky: Bioinformatics
navazující prezenční jednooborový, vyučovací jazyk: čeština čeština
Zahrnut v programu: PřF N-BINF Bioinformatika

Informace o studiu

SbalitRozbalit
  • Součásti SZZ a jejich obsah
    První součástí SZZ je znalostní zkouška ze tří oblastí – bioinformatických metod (vychází z předmětů Proteomika, Genomika, Pokročilá bioinformatika a Aplikovaná bioinformatika), správy a analýzy dat (vychází z předmětů Data management, Visualization, Law, ethics and philosophy of science a povinně volitelného předmětu z oblasti strojového učení a umělé inteligence) a jedné oblasti dle volby studenta (odpovídající zvolenému zaměření).

    U zaměření Strukturní bioinformatika a drug design je zkouška založena na znalosti předmětů Advanced chemoinformatics and drug design, Počítačová chemie a AI in Structural Bioinformatics.

    U zaměření Sekvenční bioinformatika na znalosti předmětů Pokročilé bioinformatické algoritmy, Applied Sequence Analysis a Bioinformatics Workflow Managers.

    U zaměření Výpočetní systémová biologie pak na znalosti předmětů Spojité a hybridní systémy a Algorithmic Systems Biology a Pokročilé bioinformatické algoritmy.

    Další součástí SZZ je Diplomová práce z bioinformatiky, která je zaměřena na bioinformatické dovednosti studenta a na jeho schopnosti zpracovávat informace získané v rámci teoretické výuky.
  • Návrh témat kvalifikačních prací a témata obhájených prací
    Příklady témat závěrečných prací (práce obhájené v minulosti v souvisejících specializacích, které tento program nahrazuje):
    1) Workflow pro validaci konformací cyklů, https://is.muni.cz/auth/th/vlkbq/
    2) Empirické metody pro výpočet parciálních atomových nábojů, https://is.muni.cz/auth/th/ts2kg/
    3) Analýza plastidových genomů rostlin z NGS dat a její aplikace, https://is.muni.cz/auth/th/ywe83/
    4) Vyhledávání proteinů interagujících s cukry v genomu vybraných organismů, https://is.muni.cz/auth/th/g50f3/
    5) Discrete bifurcation analysis of gene regulation motifs, https://is.muni.cz/auth/th/diu88/
SbalitRozbalit

Doporučený průchod studijním plánem

Diplomová práce (min 20kr.)

Student musí splnit všechny tři předměty ze série Diplomová práce z bioinformatiky. Téma diplomové práce si volí na konci prvního semestru studia.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C4750Diplomová práce z bioinformatiky I M. Wimmerováz 0/0/1010 2-
PřF:C4751Diplomová práce z bioinformatiky II M. Wimmerováz 0/0/1010 3-
PřF:C4752Diplomová práce z bioinformatiky III M. Wimmerováz 0/0/2020 4-
40 kreditů

Povinné předměty (P a PV více než 90kr.)

Student musí splnit všechny povinné předměty programu a podmínky PV bloků Programování a Machine learning.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C2138Pokročilá bioinformatika M. Wimmerovázk 2/0/02+2 2Z
PřF:C2139Pokročilá bioinformatika - seminář M. Wimmerováz 0/1/01 2-
PřF:C3211Aplikovaná bioinformatika M. Wimmerovák 0/23 2Z
PřF:C3750Data management R. Svobodovák 1/0/02 1Z
PřF:C3850Projekt z bioinformatiky M. Wimmerováz 0/0/55 1-
PřF:CG010Proteomika J. Havlišzk 2/0/02+2 1Z
PřF:CG020Genomika J. Hejátkozk 2/0/02+2 1Z
PřF:CZMBIStátní závěrečná magisterská zkouška z bioinformatiky M. WimmerováSZk 0/0- 4-
FI:IV106Bioinformatics seminar M. Lexak 0/1/0(1+1)*2 --
PřF:JA002Pokročilá odborná angličtina - zkouška E. Čoupkovázk 0/0/02 3-
FI:MA012Statistics II O. Pokorazk 2/2/03+2 1-
FI:PV251Visualization B. Kozlíkovázk 2/1/03+2 1Z
PřF:S4002Law, ethics and philosophy of science J. Havlišk 2/0/02+2 1Z
43 kreditů

Machine learning

Student si musí zvolit alespoň jeden z předmětů.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi9680enArtificial Intelligence in Biology, Chemistry, and Bioengineering J. Damborskýzk 2/0/02+2 -Z
FI:PV056Machine Learning and Data Mining L. Popelínskýzk 2/0/13+2 -Z
9 kreditů

Programování

Student si musí zapsat předměty v celkové výši alespoň 5 kreditů.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C2160Programování v jazyce C pro chemiky T. Trnkak 0/2/02+1 --
PřF:C3220Pokročilé programování v jazyce C pro chemiky T. Trnkak 0/2/02+1 --
FI:PB112Základy objektově orientovaného programování v jazyce Java T. Pitnerzk 2/2/03+2 --
FI:PB138Základy webového vývoje a značkovacích jazyků T. Pitnerzk 2/2/03+2 --
FI:PV178Úvod do vývoje v C#/.NET M. Macákzk 2/2/03+2 --
21 kreditů

Zaměření

Studenti si musí zvolit jedno ze zaměření. V rámci něj musí splnit všechny povinné předměty zaměření a alespoň 2 povinně volitelné předměty na doporučení vedoucího diplomové práce.

Strukturní bioinformatika a drug design

Povinné předměty
Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C2136Advanced chemoinformatics and drug design R. Svobodovázk 2/0/02+2 2P
PřF:C2137Advanced chemoinformatics and drug design - seminar R. Svobodováz 0/1/01 2-
PřF:C3760AI in structural bioinformatics R. Svobodovák 1/1/03 2P
FI:PV082Počítačová chemie R. Svobodovázk 2/02+2 3P
12 kreditů
Povinně volitelné předměty
Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C3770Seminář ze strukturní bioinformatiky I R. Svobodováz 0/2/02 --
PřF:C3771Seminář ze strukturní bioinformatiky II R. Svobodováz 0/2/02 --
PřF:C7920Struktura a funkce proteinů M. Wimmerovázk 2/0/02+2 --
PřF:C7925Struktura a dynamika nukleových kyselin J. Šponerzk 2/0/02+2 --
PřF:C9530Strukturní biochemie L. Žídekzk 2/0/02+2 --
PřF:C9531Strukturní biochemie - seminář L. Žídekz 0/2/02 --
PřF:C9920Úvod do kvantové chemie M. Munzarovázk 2/1/03+2 --
23 kreditů

Sekvenční bioinformatika

Povinné předměty
Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C3780Bioinformatics Workflow Managers R. Svobodovázk 2/2/05 2P
FI:IV108Bioinformatika II M. Lexazk 1/1/02+2 2P
FI:PV269Pokročilé metody bioinformatiky D. Šafránekzk 2/0/13+2 3P
14 kreditů
Povinně volitelné předměty
Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C3790AI-Assisted Bioinformatics Data Analysis in R V. Bystrýk 0/2/02 --
PřF:C7188Úvod do molekulární medicíny O. Slabýzk 2/0/02+2 --
PřF:C7490Molekulární diagnostika vrozených poruch J. Fajkuszk 1/0/01+2 --
PřF:C7920Struktura a funkce proteinů M. Wimmerovázk 2/0/02+2 --
FI:IV110Project in Sequence Analysis M. Lexak 1/1/02+1 --
FI:IV124Komplexní sítě E. Hladkák 0/2/02+1 --
FI:MA015Graph Algorithms J. Obdržálekzk 2/1/03+2 --
FI:PV021Neural Networks T. Brázdilzk 2/0/24+2 --
30 kreditů

Výpočetní systémová biologie

Povinné předměty
Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
FI:IV108Bioinformatika II M. Lexazk 1/1/02+2 2P
FI:IV120Spojité a hybridní systémy D. Šafránekzk 2/1/03+2 3P
FI:PA054Formální modely v systémové biologii D. Šafránekzk 2/0/02+2 2P
13 kreditů
Povinně volitelné předměty
Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C7170Struktura a funkce buňky O. Šerýzk 2/0/04 --
PřF:C7188Úvod do molekulární medicíny O. Slabýzk 2/0/02+2 --
FI:IV124Komplexní sítě E. Hladkák 0/2/02+1 --
FI:MA015Graph Algorithms J. Obdržálekzk 2/1/03+2 --
FI:PA183Projekt ze systémové biologie D. Šafránekk 0/0/22+1 --
FI:PB172Seminář ze systémové biologie D. Šafránekk 0/2/02+1 --
FI:PV021Neural Networks T. Brázdilzk 2/0/24+2 --
FI:PV270Biocomputing D. Šafránekzk 2/0/02+2 --
32 kreditů

Volitelné předměty

Doporučené volitelné předměty.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi0001Příběhy vědy: rakovina J. Šmardak 1/0/0 jednou za týden 1 hodina.1+1 --
PřF:Bi8350Evoluční genomika R. Hobzazk 2/0/02+2 --
FI:PA152Efficient Use of Database Systems V. Dohnalzk 2/0/13+2 --
FI:PA195NoSQL Databases V. Dohnalk 2/1/03+1 --
FI:PV247Modern Development of User Interfaces S. Pastvaz 0/3/13 --
FI:PV287Artificial Intelligence and Machine Learning in Healthcare V. Nováčekk 1/1/02+1 --
21 kreditů