Výpis publikací

TELEK, Andras; Viktor Zsolt GAJAK; Gergo DARGO; Jan MIČAN; David BEDNÁŘ; Beata G. VERTESSY a Gabor TASNADI. Accessible biocatalyst development by rapid in vitro semi-rational engineering (RISE) of enzymes. iScience. Cambridge, MA, USA: Cell Press, 2026, roč. 29, č. 1, s. 1-14. ISSN 2589-0042. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.isci.2025.114257.

MUSIL, Miloš; Simeon BORKO; Joan PLANAS IGLESIAS; Dávid LACKO; Monika ROSINSKA; Petr KABOUREK; Ligia O. MARTINS; Mateusz TATARUCH; Jiří DAMBORSKÝ; Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. FireProtDB 2.0: large-scale manually curated database of the protein stability data. NUCLEIC ACIDS RESEARCH. Oxford: OXFORD UNIV PRESS, 2026, roč. 54, D1, s. "D409"-"D418", 10 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf1211.

FRANKO, Ondrej; Martina CIZMARIKOVA; Martin KELLO; Radka MICHALKOVA; Olga WESOLOWSKA; Kamila SRODA-POMIANEK; Sérgio Manuel MARQUES; David BEDNÁŘ; Viktoria HAZIKOVA; Tomas Jan LISKA a Viera HABALOVA. Acridine-Based Chalcone 1C and ABC Transporters. International Journal of Molecular Sciences. BASEL: Molecular Diversity Preservation International, 2025, roč. 26, č. 9, s. 1-27. ISSN 1661-6596. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/ijms26094138.

KHAN, Rayyan Tariq; Pavel KOHOUT; Miloš MUSIL; Monika ROSINSKA; Jiří DAMBORSKÝ; Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. Anticipating protein evolution with successor sequence predictor. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2025, roč. 17, č. 1, s. 1-12. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-025-00971-z.

PLANAS IGLESIAS, Joan; Marika MAJEROVÁ; Daniel PLUSKAL; Michal VAŠINA; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; Martin MAREK a David BEDNÁŘ. Automated Engineering Protein Dynamics via Loop Grafting: Improving Renilla Luciferase Catalysis. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 15, č. 4, s. 3391-3404. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.4c06207.

MARQUES, Sérgio Manuel; Simeon BORKO; Ondřej VÁVRA; Jan DVORSKÝ; Petr KOHOUT; Petr KABOUREK; Lukáš HEJTMÁNEK; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 2.0: analysis of tunnels and ligand transport in dynamic ensembles of proteins. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2025, roč. 53, May 2025, s. "W132"-"W142", 11 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaf399.

HAVLÁSEK, Martin; Sérgio Manuel MARQUES; Veronika SZOTKOWSKÁ; Antonín KUNKA; Petra BABKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a David BEDNÁŘ. Decoding Protein Stabilization: Impact on Aggregation, Solubility, and Unfolding Mechanisms. Journal of Chemical Information and Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 65, č. 16, s. 8688-8701. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00611.

KOHOUT, Pavel; Michal VAŠINA; Marika MAJEROVÁ; Veronika NOVÁKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Martin MAREK; Zbyněk PROKOP a Stanislav MAZURENKO. Engineering Dehalogenase Enzymes Using Variational Autoencoder-Generated Latent Spaces and Microfluidics. JACS Au. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 5, č. 2, s. 838-850. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacsau.4c01101.

CZYREK, Aleksandra Anna; Karolina BARAN; Eva HRUBÁ; Aneta HORACKOVA; Veronika BOSÁKOVÁ; Julia CHUDZIAN; Bohumil FAFÍLEK; Veronika LASKOVA; Veronika STEPANKOVA; David BEDNÁŘ; Kelly KARL; Petr KASPAREK; Michaela BOSÁKOVÁ; Michal KILLINGER; Tereza SZOTKOWSKA; Jan PROCHAZKA; Jennifer T ZIEBA; Gustavo RICO LLANOS; Jan FRIČ; Stefan HADZIC; Edma LOKU; Magdalena WUJAK; Kateřina SVOZILOVÁ; Michaela STROBLOVÁ; Radislav SEDLACEK; Kalina HRISTOVA; Deborah KRAKOW; Jan KUBOVCIAK; Mathys DELATTRE; Rafal BARTOSZEWSKI; Marcela BUCHTOVÁ; Daniel KROWARSCH; Radka CHALOUPKOVÁ; Malgorzata ZAKRZEWSKA a Pavel KREJČÍ. Increased thermal stability of FGF10 leads to ectopic signaling during development. Cellular and molecular life sciences. BASEL: SPRINGER BASEL AG, 2025, roč. 82, č. 1, s. 1-24. ISSN 1420-682X. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s00018-025-05681-1.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. POLIPEPTÍDEO TERMOESTÁVEL E MEIO DE CULTURA. 2025. Patent. Číslo: BR 112018010676-3. Vydavatel: Instituto Nacional da Propriedade Industrial. Místo vydání: Rio de Janeiro. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 2. 12. 2025.

DAMBORSKÝ, Jiří; Petr KOUBA; Josef SIVIC; Michal VAŠINA; David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. Quantum computing for faster enzyme discovery and engineering. Nature Catalysis. BERLIN: Nature Portfolio, 2025, roč. 8, č. 9, s. 872-880. ISSN 2520-1158. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41929-025-01410-w.

PHAN, Audrey Xuan Anh; Elise PESCE; Lisa BAUMANN; Petra POLAKOVIČOVÁ; David BEDNÁŘ; Marie SMUTNÁ; Jiří NOVÁK a Klára HILSCHEROVÁ. Refining the AOP for retinoid-induced teratogenicity: Insights into RAR/ RXR overactivation and RXR cross-talk with retinoic acid and thyroid hormone signaling. Aquatic toxicology. AMSTERDAM: ELSEVIER, 2025, roč. 289, December 2025, s. 1-17. ISSN 0166-445X. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.aquatox.2025.107608.

OPÁLENÝ, Filip; Pavol ULBRICH; Joan PLANAS IGLESIAS; Jan BYŠKA; Jan ŠTOURAČ; David BEDNÁŘ; Katarína FURMANOVÁ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, 2025, roč. 31, č. 1, s. 580-590. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/TVCG.2024.3456401.

KHAN, Rayyan Tariq; Petra POKORNÁ; Jan DVORSKÝ; Simeon BORKO; Ihor AREFIEV; Joan PLANAS IGLESIAS; Adam DOBIÁŠ; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Veronika SZOTKOWSKÁ; Jaroslav ŠTĚRBA; Ondřej SLABÝ; Jiří DAMBORSKÝ; Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology. JOURNAL OF CHEMINFORMATICS. ENGLAND: BMC, 2024, roč. 16, č. 1, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-024-00876-3.

PLANAS IGLESIAS, Joan; Simeon BORKO; Jan SWIATKOWSKI; Matej ELIAS; Martin HAVLÁSEK; Ondrej SALAMON; Ekaterina GRAKOVA; Antonín KUNKA; Tomas MARTINOVIC; Jiří DAMBORSKÝ; Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. AggreProt: a web server for predicting and engineering aggregation prone regions in proteins. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, W1, s. "W159"-"W169", 11 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkae420.

KHAN, Rayyan Tariq; Petra POKORNÁ; Jan DVORSKÝ; Simeon BORKO; Adam DOBIÁŠ; Joan PLANAS IGLESIAS; Stanislav MAZURENKO; Ihor AREFIEV; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Veronika SZOTKOWSKÁ; Jaroslav ŠTĚRBA; Jiří DAMBORSKÝ; Ondřej SLABÝ a David BEDNÁŘ. Analysis of mutations in precision oncology using the automated, accurate, and user-friendly web tool PredictONCO. Computational and Structural Biotechnology Journal. AMSTERDAM: Elsevier, 2024, roč. 24, December 2024, s. 734-738. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2024.11.026.

SLÁNSKÁ, Michaela; Lenka ŠTACKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; Peter ŠTACKO; Marek MARTÍNEK; Luboš JÍLEK; Martin TOUL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Azobenzene-Based Photoswitchable Substrates for Advanced Mechanistic Studies of Model Haloalkane Dehalogenase Enzyme Family. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 14, č. 15, s. 11635-11645. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.4c03503.

VELECKÝ, Jan; Matej BEREZNÝ; Miloš MUSIL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors. BIOINFORMATICS. ENGLAND: OXFORD UNIV PRESS, 2024, roč. 40, č. 9, s. 1-5. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae553.

DE LA BOURDONNAYE, Gabin; Tereza GHAZALOVÁ; Petr FOJTÍK; Katerina KUTALKOVA; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Vladimír ROTREKL; Veronika STEPANKOVA a Radka CHALOUPKOVÁ. Computer-aided engineering of stabilized fibroblast growth factor 21. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2024, roč. 23, December 2024, s. 942-951. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2024.02.001.

MARQUES, Sérgio Manuel; Petr KOUBA; Anthony Thomas P LEGRAND; Jiri SEDLAR; Lucas DISSON; Joan PLANAS IGLESIAS; Zainab Kemi SANUSI; Antonín KUNKA; Jiří DAMBORSKÝ; Tomas PAJDLA; Zbyněk PROKOP; Stanislav MAZURENKO; Josef SIVIC a David BEDNÁŘ. CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 4, č. 6, s. 2228-2245. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacsau.4c00182.

MIČAN, Jan; Da 'san M. M. JARADAT; Weidong LIU; Gert WEBER; Stanislav MAZURENKO; Uwe T. BORNSCHEUER; Jiří DAMBORSKÝ; Ren WEI a David BEDNÁŘ. Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes. Applied Catalysis B: Environment and Energy. Amsterdam: Elsevier, 2024, roč. 342, March 2024, s. 1-16. ISSN 0926-3373. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.apcatb.2023.123404.

MUSIL, Miloš; Andrej JEZIK; Jana HORÁČKOVÁ; Simeon BORKO; Petr KABOUREK; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. FireProt 2.0: web-based platform for the fully automated design of thermostable proteins. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-10. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bib/bbad425.

SLÁNSKÁ, Michaela; Lenka ŠTACKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; P. ŠTACKO; Marek MARTÍNEK; Luboš JÍLEK; Martin TOUL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Fotoaktivovatelný substrát na bázi azobenzenu pro halogenalkandehalogenázy. 2024.

ŠPAČKOVÁ, Anna; Ondřej VÁVRA; Tomáš RAČEK; Václav BAZGIER; David SEHNAL; Jiří DAMBORSKÝ; Radka SVOBODOVÁ; David BEDNÁŘ a Karel BERKA. ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2024, roč. 52, D1, s. "D413"-"D418", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkad1012.

PUSHKAROVA, Nadiia; Jana HENNELOVA; Sérgio Manuel MARQUES; David BEDNÁŘ; Kamil PARUCH; Naresh AKAVARAM; L. SPICHAL; Jiří DAMBORSKÝ; A. YEMETS a Jan HEJÁTKO. IDENTIFICATION OF NOVEL CYTOKININS BY MOLECULAR DOCKING. In IV Conference for Young Scientists “Plant biology and biotechnology”. 2024.

SCHÄFER, Marco; Nicolas BRICH; Jan BYŠKA; Sérgio Manuel MARQUES; David BEDNÁŘ; Philipp THIEL; Barbora KOZLÍKOVÁ a Michael KRONE. InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE Computer Society, 2024, roč. 30, č. 4, s. 1984-1997. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/TVCG.2023.3337642.

HADDADI, Faraneh; Ondřej VÁVRA; David BEDNÁŘ; Stanislav MAZURENKO a Jiří DAMBORSKÝ. Klasifikátor vazebných kapes v proteinech založený na strojovém učení. 2024.

VÁVRA, Ondřej; J. TYZACK; Faraneh HADDADI; Jan DVORSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ; Stanislav MAZURENKO; J.M. THORNTON a David BEDNÁŘ. Large-scale annotation of biochemically relevant pockets and tunnels in cognate enzyme-ligand complexes. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2024, roč. 16, č. 1, s. 1-14. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13321-024-00907-z.

ŠTOURAČ, Jan; Simeon BORKO; Rayyan Tariq KHAN; Petra POKORNÁ; Adam DOBIÁŠ; Joan PLANAS IGLESIAS; Stanislav MAZURENKO; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Veronika SZOTKOWSKÁ; Jaroslav ŠTĚRBA; Ondřej SLABÝ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-10. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bib/bbad441.

VILÍM, Jan; Tereza GHAZALOVÁ; K. KAILOVA; K. KUTÁLKOVÁ a David BEDNÁŘ. Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 4 (FGF4-STAB). 2024.

VILÍM, Jan; Tereza GHAZALOVÁ; Denisa HORÁKOVÁ; Kateřina KUTÁLKOVÁ a David BEDNÁŘ. Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 8 (FGF8-STAB). 2024.

VILÍM, Jan; Tereza GHAZALOVÁ; Tereza IKRÉNYIOVÁ; Kateřina KUTALKOVÁ a David BEDNÁŘ. Stabilní lidský fibroblastový růstový faktor 9 (FGF9-STAB). 2024.

KHAN, Rayyan Tariq; Pavel KOHOUT; Miloš MUSIL; Monika ROSÍNSKÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Stanislav MAZURENKO; David BEDNÁŘ a Jan VILÍM. Successor Sequence Predictor (SSP). 2024.

HAVLÁSEK, Martin; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Upravená dehalogenáza LinB116 se zlepšenou termostabilitou. 2024.

KOHOUT, Pavel; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Variační nástroj založený na autoenkodéru pro návrh ancestrálních proteinů. 2024.

KUNKA, Antonín; Sérgio Manuel MARQUES; Martin HAVLÁSEK; Michal VAŠINA; Nikola VELÁTOVÁ; Lucia CENGELOVÁ; David KOVÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Martin MAREK; David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2023, roč. 13, č. 19, s. 12506-12518. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.3c02575.

ŠNAJDAROVÁ, Karolína; Sérgio Manuel MARQUES; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, 2023, roč. 79, November, s. 956-970. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://doi.org/10.1107/S2059798323006642.

SMITH, Andrea; Martin TOUL; Daniel PLUSKAL; Racha BAATALLAH; Glwadys GAGNOT; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Vinicius T. T. SANTANA; Markéta STUCHLÁ; Petr NEUGEBAUER; Pimchai CHAIYEN; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Yves L. L. JANIN; Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases. Nature Catalysis. Nature Portfolio, 2023, roč. 6, č. 1, s. 23-38. ISSN 2520-1158. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41929-022-00895-z.

POLJOVKA, Andrej; Miloš MUSIL; David BEDNÁŘ; Katarina CHOVANOVA; Vladena BAUEROVA-HLINKOVA; Jana BELLOVA; Lenka KOHUTOVA; Peter BARATH a Marcel ZAMOCKY. Comparison of Fungal Thermophilic and Mesophilic Catalase-Peroxidases for Their Antioxidative Properties. Antioxidants. Basel: MDPI, 2023, roč. 12, č. 7, s. 1-19. ISSN 2076-3921. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/antiox12071382.

VILÍM, Jan; Tereza GHAZALOVÁ; Eliška PETULOVÁ; Aneta HORACKOVA; Veronika STEPANKOVA; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Computer-assisted stabilization of fibroblast growth factor FGF-18. Computational and Structural Biotechnology Journal. AMSTERDAM: Elsevier, 2023, roč. 21, October 2023, s. 5144-5152. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.10.009.

NEMERGUT, Michal; Sérgio Manuel MARQUES; Lukáš UHRÍK; Tereza VÁŇOVÁ; Markéta NEZVEDOVÁ; Darshak Chandulal GADARA; Durga JHA; Jan TULIS; Veronika NOVÁKOVÁ; Joan PLANAS IGLESIAS; Antonín KUNKA; Anthony Thomas P LEGRAND; Hana HŘÍBKOVÁ; Veronika POSPÍŠILOVÁ; Jiří SEDMÍK; Jan RAŠKA; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Dáša BOHAČIAKOVÁ; Zdeněk SPÁČIL; Lenka HERNYCHOVÁ; David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate. Molecular Neurodegeneration. England: BMC, 2023, roč. 18, č. 1, s. 1-25. ISSN 1750-1326. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13024-023-00620-9.

TOUL, Martin; Veronika SLONKOVÁ; Jan MIČAN; Adam Paulin URMINSKÝ; Maria TOMKOVA; Erik SEDLÁK; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Lenka HERNYCHOVÁ a Zbyněk PROKOP. Identification, characterization, and engineering of glycosylation in thrombolytics. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2023, roč. 66, September 2023, s. 1-23. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2023.108174.

NEMERGUT, Michal; Daniel PLUSKAL; Jana HORÁČKOVÁ; Tereza ŠUSTROVÁ; Jan TULIS; Tomáš BÁRTA; Racha BAATALLAH; Glwadys GAGNOT; Veronika NOVÁKOVÁ; Marika MAJEROVÁ; Karolina SEDLÁČKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; Martin TOUL; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; David BEDNÁŘ; Yves L. JANIN a Martin MAREK. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase. Nature Communications. Berlin: Nature, 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-20. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41467-023-43403-y.

VÁVRA, Ondřej; Jakub BERANEK; Jan ŠTOURAČ; Martin SURKOVSKY; Jiří FILIPOVIČ; Jiří DAMBORSKÝ; Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 39, č. 8, s. 1-3. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btad443.

ULBRICH, Pavol; Manuela WALDNER; Katarína FURMANOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; David BEDNÁŘ; Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan BYŠKA. sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, 2023, roč. 29, č. 1, s. 581-590. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/TVCG.2022.3209411.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: US11746135B2. Vydavatel: United States Patent and Trademark Office. Místo vydání: Alexandria (Virginie). Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 9. 2023.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: CA3006388. Vydavatel: Canadian Intellectual Property Office. Místo vydání: Gatineau, Quebec. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 9. 5. 2023.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2023. Patent. Číslo: IN485239. Vydavatel: Intellectual Property India. Místo vydání: Dwarka, New Delhi. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 19. 12. 2023.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. 熱安定性ＦＧＦ２ポリペプチド及びその使用. 2022. Patent. Číslo: JP7131772. Vydavatel: Japan Patent Office (JPO). Místo vydání: Kasumigaseki Chiyoda-ku, Tokyo. Název vlastníka: Masarykova univerzita, Enantis, s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 29. 8. 2022.

PARDO, Isabel; David BEDNÁŘ; Patricia CALERO; Daniel C VOLKE; Jiří DAMBORSKÝ a Pablo I. NIKEL. A Nonconventional Archaeal Fluorinase Identified by In SilicoMining for Enhanced Fluorine Biocatalysis br. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 12, č. 11, s. 6570-6577. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.2c01184.

VAŠINA, Michal; Pavel VAŇÁČEK; Jiri HON; David KOVÁŘ; Hana FALDYNOVÁ; Antonín KUNKA; Tomáš BURYŠKA; Christoffel P. S. BADENHORST; Stanislav MAZURENKO; David BEDNÁŘ; Stavros STAVRAKIS; Uwe T. BORNSCHEUER; Andrew DEMELLO; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics. Chem Catalysis. Elsevier, 2022, roč. 2, č. 10, s. 2704-2725. ISSN 2667-1093. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.checat.2022.09.011.

MUSIL, Miloš; Andrej JEŽÍK; Marie HAMŠÍKOVÁ; Jan ŠTOURAČ; Jakub GALGONEK; jiří VONDÁŠEK; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Caver Web 1.2. 2022.

NIKITIN, Dmitri; Jan MIČAN; Martin TOUL; David BEDNÁŘ; Michaela PEŠKOVÁ; Patrícia KITTOVÁ; Sandra THALEROVÁ; Jan VÍTEČEK; Jiří DAMBORSKÝ; Robert MIKULÍK; Sarel J. FLEISHMAN; Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2022, roč. 20, May 2022, s. 1366-1377. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.03.004.

ZÁMOCKÝ, Marcel; Miloš MUSIL; Maksym DANCHENKO; Peter FERIANC; Katarína CHOVANOVÁ; Peter BARÁTH; Andrej POLJOVKA a David BEDNÁŘ. Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases. BIOLOGY-BASEL. BASEL: MDPI, 2022, roč. 11, č. 3, s. 1-18. ISSN 2079-7737. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/biology11030459.

ONUŠČÁKOVÁ, Magdaléna; Hana PÍŽOVÁ; Tereza KAUEROVÁ; Marie HAMŠÍKOVÁ; David BEDNÁŘ; Peter KOLLÁR a Pavel BOBÁĽ. DESIGN AND SYNTHESIS OF N-HYDROXY-CINNAMAMIDE DERIVATES AS NOVEL HDAC INHIBITORS: EVALUATION OF BIOLOGICAL ACTIVITY IN CANCER CELLS. Online. In Radmila Řápková, Martin Fusek, Pavel Drašar. Czech Chemical Society Symposium Series. Pague, Czech republic: Czech Chemical Society, 2022, s. 28-29. ISSN 2336-7202.

VÁVRA, Ondřej; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fast approximative methods for study of ligand transport and rational design of improved enzymes for biotechnologies. Biotechnology Advances. Elsevier, 2022, roč. 60, November, s. 1-12. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.108009.

HOŘÁK, Martin; DeLisa FAIRWEATHER; Piia Pauliina KOKKONEN; David BEDNÁŘ a Julie DOBROVOLNÁ. Follistatin-like 1 and its paralogs in heart development and cardiovascular disease. Heart Failure Reviews. New York: Springer US, 2022, roč. 27, č. 6, s. 2251-2265. ISSN 1382-4147. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s10741-022-10262-6.

MUSIL, Miloš; Andrej JEŽÍK; Marie HAMŠÍKOVÁ; Jan ŠTOURAČ; Jakub GALGONEK; Saltuk Mustafa EYRILMEZ; Jiri VONDRASEK; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2022, roč. 20, November 2022, s. 6512-6518. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031.

TOUL, Martin; Jan MIČAN; Veronika SLONKOVÁ; Dmitri NIKITIN; Martin MAREK; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase. Stroke. Dallas: Lippincott Williams & Wilkins, 2022, roč. 53, č. 10, s. 3235-3237. ISSN 0039-2499. Dostupné z: https://doi.org/10.1161/STROKEAHA.122.040219.

PLANAS IGLESIAS, Joan; Filip OPÁLENÝ; Pavol ULBRICH; Jan ŠTOURAČ; Zainab Kemi SANUSI; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Andrea SMITH; Jan BYŠKA; Jiří DAMBORSKÝ; Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, W1, s. "W465"-"W473", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkac249.

WEI, Ren; Gerlis VON HAUGWIT; Lara PFAFF; Jan MIČAN; Christoffel P. S. BADENHORST; Weidong LIU; Gert WEBER; Harry P. AUSTIN; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ a Uwe T. BORNSCHEUER. Mechanism-Based Design of Efficient PET Hydrolases. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 6, s. 3382-3396. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.1c05856.

MARQUES, Sérgio Manuel; Michaela SLÁNSKÁ; Klaudia CHMELOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Martin MAREK; Spencer CLARK; Jiří DAMBORSKÝ; Eric T. KOOL; David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 2, č. 6, s. 1324-1337. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacsau.2c00002.

PFAFF, Lara; Jian GAO; Zhishuai LI; Anna JAECKERING; Gert WEBER; Jan MIČAN; Yinping CHEN; Weiliang DONG; Xu HAN; Christian G. FEILER; Yu-Fei AO; Christoffel P. S. BADENHORST; David BEDNÁŘ; Gottfried J. PALM; Michael LAMMERS; Jiří DAMBORSKÝ; Birgit STRODEL; Weidong LIU; Uwe T. BORNSCHEUER a Ren WEI. Multiple Substrate Binding Mode-Guided Engineering of a Thermophilic PET Hydrolase. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 15, s. 9790-9800. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.2c02275.

PLANAS IGLESIAS, Joan; Filip OPÁLENÝ; Pavol ULBRICH; Jan ŠTOURAČ; Zainab Kemi SANUSI; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; A. SCHENKMAYEROVÁ; Jan BYŠKA; Jiří DAMBORSKÝ; Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. Nástroj LoopGrafter. 2022.

VARADI, Mihaly; Stephen ANYANGO; David ARMSTRONG; John BERRISFORD; Preeti CHOUDHARY; Mandar DESHPANDE; Nurul NADZIRIN; Sreenatha S. NAIR; Lukas PRAVDA; Ahsan TANWEER; Bissan AL-LAZIKANI; Claudia ANDREINI; Geoffrey J. BARTON; David BEDNÁŘ; Karel BERKA; Tom BLUNDELL; Kelly P. BROCK; Jose MARIA CARAZO; Jiří DAMBORSKÝ; Alessia DAVID; Sucharita DEY; Roland DUNBRACK; Fernandez Juan RECIO; Franca FRATERNALI; Toby GIBSON; Manuela HELMER-CITTERICH; David HOKSZA; Thomas HOPF; David JAKUBEC; Natarajan KANNAN; Radoslav KRIVAK; Manjeet KUMAR; Emmanuel D. LEVY; Nir LONDON; Jose Ramon MACIAS; Madhusudhan M. SRIVATSAN; Debora S. MARKS; Lennart MARTENS; Stuart A. MCGOWAN; Jake E. MCGREIG; Vivek MODI; Gonzalo R. PARRA; Gerardo PEPE; Damiano PIOVESAN; Jaime PRILUSKY; Valeria PUTIGNANO; Leandro G. RADUSKY; Pathmanaban RAMASAMY; Atilio O. RAUSCH; Nathalie REUTER; Luis A. RODRIGUEZ; Nathan J. ROLLINS; Antonio ROSATO; Luis SERRANO; Gulzar SINGH; Petr SKODA; Carlos Oscar S. SORZANO; Jan ŠTOURAČ; Joanna I. SULKOWSKA; Radka SVOBODOVÁ; Natalia TICHSHENKO; Silvio C. E. TOSATTO; Wim VRANKEN; Mark N. WASS; Dandan XUE; Daniel ZAIDMAN; Janet THORNTON; Michael STERNBERG; Christine ORENGO a Sameer VELANKAR. PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, D1, s. "D534"-"D542", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkab988.

ŠTOURAČ, Jan; Rayyan Tariq KHAN; Simeon BORKO; Petra POKORNÁ; Adam DOBIÁŠ; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Jaroslav ŠTĚRBA; Ondřej SLABÝ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictSNP Onco 1.0. 2022.

VELECKÝ, Jan; Marie HAMŠÍKOVÁ; Jan ŠTOURAČ; Miloš MUSIL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2022, roč. 20, November 2022, s. 6339-6347. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.009.

VON HAUGWITZ, Gerlis; Xu HAN; Lara PFAFF; Qian LI; Hongli WEI; Jian GAO; Karen METHLING; Yufei AO; Yannik BRACK; Jan MIČAN; Christian G FEILER; Manfred S WEISS; David BEDNÁŘ; Gottfried J. PALM; Michael LALK; Michael LAMMERS; Jiří DAMBORSKÝ; Gert WEBER; Weidong LIU; Uwe T. BORNSCHEUER a Ren WEI. Structural Insights into (Tere)phthalate-Ester Hydrolysis by a Carboxylesterase and Its Role in Promoting PET Depolymerization. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 24, s. 15259-15270. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.2c03772.

VAŠINA, Michal; Jan VELECKÝ; Joan PLANAS IGLESIAS; Sérgio Manuel MARQUES; Jana ŠKAŘUPOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Stanislav MAZURENKO a Zbyněk PROKOP. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes. ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2022, roč. 183, April 2022, s. 1-16. ISSN 0169-409X. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.addr.2022.114143.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar; Natalie M. HENDRIKSE; Jan ŠTOURAČ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Virtual screening of potential anticancer drugs based on microbial products. Seminars in Cancer Biology. London: Academic Press Ltd.-Elsevier Science Ltd., 2022, roč. 86, November 2022, s. 1207-1217. ISSN 1044-579X. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.semcancer.2021.07.012.

PLANAS IGLESIAS, Joan; Sérgio Manuel MARQUES; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Miloš MUSIL; Jan ŠTOURAČ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Computational design of enzymes for biotechnological applications. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2021, roč. 47, March–April, s. 1-22. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2021.107696.

DAMBORSKÝ, Jiří; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Martin MAREK; Stanislav MAZURENKO; Jan ŠTOURAČ; Sérgio Manuel MARQUES; Gabriela Filipa FONSECA PINTO; Joan PLANAS IGLESIAS; Miloš MUSIL; Jiří HON; Ondřej VÁVRA; Rayyan Tariq KHAN; Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.

MARKOVÁ, Klára; Antonín KUNKA; Klaudia CHMELOVÁ; Martin HAVLÁSEK; Petra BABKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; Michal VAŠINA; Joan PLANAS IGLESIAS; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 21, s. 12864-12885. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.1c03343.

MAREK, Martin; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Daniel PLUSKAL; Marika MAJEROVÁ a Joan PLANAS IGLESIAS. Designované a syntetizované geny kódující nově zkonstruované proteinové katalyzátory (luciferázy) s ověřenými vlastnostmi. 2021.

TOUL, Martin; Andrea SMITH; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Martin MAREK; Lenka HERNYCHOVÁ; Veronika LIŠKOVÁ; Daniel PLUSKAL; Stephane EMOND; Mark DÖRR; Joan PLANAS IGLESIAS; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Uwe T. BORNSCHEUER; Florian HOLLFELDER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.

SCHENKMAYEROVÁ, Andrea; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Martin TOUL; Martin MAREK; Lenka HERNYCHOVÁ; Joan PLANAS IGLESIAS; Veronika LIŠKOVÁ; Daniel PLUSKAL; Michal VAŠINA; Stephane EMOND; Mark DÖRR; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Florian HOLLFELDER; Uwe T. BORNSCHEUER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 12, č. 1, s. 3616-3631. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23450-z.

HESS, David; Veronika DOČKALOVÁ; Piia Pauliina KOKKONEN; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Andrew DEMELLO; Zbyněk PROKOP a Stavros STAVRAKIS. Exploring mechanism of enzyme catalysis by on-chip transient kinetics coupled with global data analysis and molecular modeling. Chem. Cambridge: Cell Press, 2021, roč. 7, č. 4, s. 1066-1079. ISSN 2451-9294. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.chempr.2021.02.011.

MUSIL, Miloš; Rayyan Tariq KHAN; Andy BEIER; Jan ŠTOURAČ; Hannes KONEGGER; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction. Briefings in Bioinformatics. OXFORD: Oxford University Press, 2021, roč. 22, č. 4, s. 1-11. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bib/bbaa337.

ŠTOURAČ, Jan; Juraj DUBRAVA; Miloš MUSIL; Jana HORÁČKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. FireProt(DB): database of manually curated protein stability data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, D1, s. "D319"-"D324", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa981.

KHAN, Rayyan Tariq; Miloš MUSIL; Jan DVORSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR. Current Protocols. Wiley, 2021, roč. 1, č. 2, s. 1-13. ISSN 2691-1299. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cpz1.30.

SCHUITEN, Eva D.; Christoffel P. S. BADENHORST; Gottfried J. PALM; Leona BERNDT; Michael LAMMERS; Jan MIČAN; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ a Uwe T. BORNSCHEUER. Promiscuous Dehalogenase Activity of the Epoxide Hydrolase CorEH from Corynebacterium sp. C12. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 10, s. 6113-6120. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.1c00851.

MARQUES, Sérgio Manuel; Lucie ŠUPOLÍKOVÁ; Lenka MOLČANOVÁ; Karel ŠMEJKAL; David BEDNÁŘ a Iva SLANINOVÁ. Screening of Natural Compounds as P-Glycoprotein Inhibitors against Multidrug Resistance. BIOMEDICINES. BASEL: MDPI, 2021, roč. 9, č. 4, s. 1-22. ISSN 2227-9059. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/biomedicines9040357.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar; Ondřej VÁVRA; Sérgio Manuel MARQUES; Jiří FILIPOVIČ; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2021, roč. 19, May, s. 3187-3197. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2021.05.043.

HOZZOVÁ, Jana; Ondřej VÁVRA; David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. Protein-Ligand Interactions and Drug Design. New York: Humana, New York, NY, 2021, s. 105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN 978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6.

HON, Jiří; Martin MARUSIAK; Tomas MARTINEK; Antonín KUNKA; Jaroslav ZENDULKA; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 37, č. 1, s. 23-28. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1102.

BEDNÁŘ, David; Jiří DAMBORSKÝ; Marie JANKŮJOVÁ; Stanislav MAZURENKO; Miloš MUSIL; Jan ŠTOURAČ a Jan VELECKÝ. SoluProtMut DB 1.0. 2021.

KOKKONEN, Piia Pauliina; Andy BEIER; Stanislav MAZURENKO; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Substrate inhibition by the blockage of product release and its control by tunnel engineering. RSC Chemical Biology. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2021, roč. 2, č. 2, s. 645-655. ISSN 2633-0679. Dostupné z: https://doi.org/10.1039/d0cb00171f.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2021. Patent. Číslo: AU2016359722. Vydavatel: Australian Patent Office. Místo vydání: Australia. Název vlastníka: Masarykova Univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 7. 1. 2021.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2021. Patent. Číslo: SG11201804402W. Vydavatel: Intellectual Property Office of Singapore (IPOS). Místo vydání: Singapur. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 4. 2021.

CHMELOVÁ, Klaudia; Eva ŠEBESTOVÁ; Veronika LIŠKOVÁ; Andy BEIER; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique (S)-Enantiopreference, and High Thermostability. Applied and Environmental Microbiology. Washington, D.C.: American Society for Microbiology, 2020, roč. 86, č. 17, s. 1-12. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/AEM.02820-19.

FILIPOVIČ, Jiří; Ondřej VÁVRA; Jan PLHÁK; David BEDNÁŘ; Sérgio Manuel MARQUES; Jan BREZOVSKÝ; Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492.

MARKOVÁ, Klára; Klaudia CHMELOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; Philippe CARPENTIER; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst. Chemical Science. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2020, roč. 11, č. 41, s. 11162-11178. ISSN 2041-6520. Dostupné z: https://doi.org/10.1039/d0sc03367g.

FURMANOVÁ, Katarína; Ondřej VÁVRA; Barbora KOZLÍKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Vojtěch VONÁSEK; David BEDNÁŘ a Jan BYŠKA. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2020, roč. 39, č. 6, s. 452-464. ISSN 0167-7055. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/cgf.14048.

HON, Jiří; Simeon BORKO; Jan ŠTOURAČ; Zbyněk PROKOP; Jaroslav ZENDULKA; David BEDNÁŘ; Tomas MARTINEK a Jiří DAMBORSKÝ. EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W104"-"W109", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa372.

BABKOVÁ, Petra; Zuzana DUNAJOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 1497-1508. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.06.021.

KOKKONEN, Piia Pauliina; Michaela SLÁNSKÁ; Veronika DOČKALOVÁ; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Esther Maria MARQUEZ SANCHEZ - CARNERERO; Jiří DAMBORSKÝ; Petr KLÁN; Zbyněk PROKOP a David BEDNÁŘ. The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 805-813. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.03.017.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2020. Patent. Číslo: EP3380508. Vydavatel: European Patent Office. Místo vydání: Munich. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 22. 7. 2020.

ŠTOURAČ, Jan; O. VAVRA; Piia Pauliina KOKKONEN; Jiří FILIPOVIČ; Gabriela Filipa FONSECA PINTO; Andrea SCHENKMAYEROVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.251.

ŠTOURAČ, Jan; Ondřej VÁVRA; Piia Pauliina KOKKONEN; Jiří FILIPOVIČ; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Jan BREZOVSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 47, W1, s. 414-422. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkz378.

VÁVRA, Ondřej; Jiří FILIPOVIČ; Jan PLHÁK; David BEDNÁŘ; Sérgio Manuel MARQUES; Jan BREZOVSKÝ; Jan ŠTOURAČ; Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386.

MUSIL, Miloš; Hannes KONEGGER; Jiří HON; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 9, č. 2, s. 1033-1054. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.8b03613.

MARQUES, Sérgio Manuel; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Study of Protein-Ligand Unbinding for Enzyme Engineering. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 6, JAN 2019, s. 1-15. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://doi.org/10.3389/fchem.2018.00650.

CHRÁST, Lukáš; K. TRATSIAK; Joan PLANAS IGLESIAS; Lukáš DANIEL; T. PRUDNIKOVA; Jan BREZOVSKÝ; David BEDNÁŘ; I.K. SMATANOVA; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17. Microorganisms. Basel: MDPI, 2019, roč. 7, č. 11, s. 1-20. ISSN 2076-2607. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/microorganisms7110498.

KOKKONEN, Piia Pauliina; David BEDNÁŘ; G. PINTO; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering enzyme access tunnels. BIOTECHNOLOGY ADVANCES. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2019, roč. 37, č. 6, s. 1-13. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2019.04.008.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar; Ondřej VÁVRA; Jiří FILIPOVIČ; Jan ŠTOURAČ; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Fast Screening of Inhibitor Binding/Unbinding using Novel Software Tool CaverDock. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 7, OCT 29 2019, s. 1-14. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://doi.org/10.3389/fchem.2019.00709.

SCHENKMAYEROVA, A.; G. PINTO; Martin MAREK; Martin TOUL; Lenka HERNYCHOVÁ; Veronika LIŠKOVÁ; S. EMOND; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; F. HOLLFELDER a U.T. BORNSCHEUER. Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.118.

MIČAN, Jan; Martin TOUL; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Structural Biology and Protein Engineering of Thrombolytics. Computational and Structural Biology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2019, roč. 17, č. 2019, s. 917-938. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2019.06.023.

MAZURENKO, Stanislav; Jan ŠTOURAČ; Antonín KUNKA; S. NEDELJKOVIC; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W344"-"W349", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gky358.

JURČÍK, Adam; David BEDNÁŘ; Jan BYŠKA; Sérgio Manuel MARQUES; Katarína FURMANOVÁ; Lukáš DANIEL; Piia Pauliina KOKKONEN; Jan BREZOVSKÝ; Ondřej STRNAD; Jan ŠTOURAČ; Antonín PAVELKA; Martin MANAK; Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. Bioinformatics. 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386.

MIČAN, Jan; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Enzyme Design of Haloalkane Dehalogenases for Yperite Degradation. In XV Discussions in Structural Molecular Biology. 2018. ISSN 1805-4382.

DVOŘÁK, Pavel; David BEDNÁŘ; Pavel VAŇÁČEK; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; Michaela BOSÁKOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Stanislav MAZURENKO; Antonín KUNKA; Tereza VÁŇOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Pavel KREJČÍ; Zbyněk PROKOP; Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/bit.26531.

KOKKONEN, Piia Pauliina; David BEDNÁŘ; Veronika DOČKALOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Conformational changes allow processing of bulky substrates by a haloalkane dehalogenase with a small and buried active site. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2018, roč. 293, č. 29, s. 11505-11512. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://doi.org/10.1074/jbc.RA117.000328.

PROKOP, Zbyněk; A. GHOSE; Piia Pauliina KOKKONEN; J. SYKORA; David BEDNÁŘ; M. AMARO; Šárka NEVOLOVÁ; M. HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of enzyme gating driven by molecular dynamics, transient kinetics, and single molecule spectroscopy. In The 43rd FEBS Congress. 2018. ISSN 2211-5463.

BEERENS, Koen; Stanislav MAZURENKO; Antonín KUNKA; Sérgio Manuel MARQUES; N. HANSEN; Miloš MUSIL; Radka CHALOUPKOVÁ; Jitka WATERMAN; Jan BREZOVSKÝ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2018, roč. 8, č. 10, s. 9420-9428. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.8b01677.

SUMBALOVÁ, Lenka; Jan ŠTOURAČ; Tomáš MARTÍNEK; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W356"-"W362", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gky417.

KOKKONEN, Piia Pauliina; J. SYKORA; Zbyněk PROKOP; A. GHOSE; David BEDNÁŘ; M. AMARO; Koen BEERENS; Šárka NEVOLOVÁ; Michaela SLÁNSKÁ; Jan BREZOVSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ a M. HOF. Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time. Journal of the American Chemical Society. Washington: American Chemical Society, 2018, roč. 140, č. 51, s. 17999-18008. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacs.8b09848.

FILIPOVIČ, Jiří; Ondřej VÁVRA; Jan PLHÁK; David BEDNÁŘ; Sérgio Manuel MARQUES; Jan BREZOVSKÝ; Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017.

LIŠKOVÁ, Veronika; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites. Angewandte Chemie International Edition. WEINHEIM, GERMANY: WILEY-V C H VERLAG, 2017, roč. 56, č. 17, s. 4719-4723. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/anie.201611193.

MUSIL, Miloš; Jan ŠTOURAČ; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Jaroslav ZENDULKA; Tomáš MARTÍNEK; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Web Server for Automated Design of Thermostable Proteins. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 45, W1, s. "W393"-"W399", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkx285.

MUSIL, Miloš; Jan ŠTOURAČ; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; J. ZENDULKA; Tomáš MARTÍNEK; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt 1.0. 2017.

HON, Jiří; David BEDNÁŘ; Tomáš MARTÍNEK a Jiří DAMBORSKÝ. HTS 1.0. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA01 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA101 carrying thermostabilizing mutations by evolution-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA112 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA115 carrying thermostabilizing mutations by combine approach. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-DJ carrying thermostabilizing mutations. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-LT02 carrying thermostabilizing mutations. 2017.

LIŠKOVÁ, Veronika; David BEDNÁŘ; T. PRUDNIKOVA; P. REZACOVA; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; I., KUTA- SMATANOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Balancing the Stability-Activity Trade-off by Fine-Tuning Dehalogenase Access Tunnels. ChemCatChem. 2015, roč. 7, č. 4, s. 648-659. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cctc.201402792.

BEDNÁŘ, David; Koen BEERENS; Eva ŠEBESTOVÁ; Jaroslav BENDL; S. KHARE; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Jan BREZOVSKÝ; D. BAKER a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2015, roč. 11, č. 11, s. "nestrankovano", 20 s. ISSN 1553-734X. Dostupné z: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004556.

AMARO, M.; Jan BREZOVSKÝ; Silvia KOVÁČOVÁ; J. SYKORA; David BEDNÁŘ; Václav NĚMEC; Veronika LIŠKOVÁ; Nagendra Prasad KURUMBANG; Koen BEERENS; Radka CHALOUPKOVÁ; Kamil PARUCH; Martina HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence. Journal of the American Chemical Society. 2015, roč. 137, č. 15, s. 4988-4992. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacs.5b01681.

KOZLÍKOVÁ, Barbora; Eva ŠEBESTOVÁ; Vilém ŠUSTR; Jan BREZOVSKÝ; Ondřej STRNAD; Lukáš DANIEL; David BEDNÁŘ; Antonín PAVELKA; Martin MAŇÁK; Martin BEZDĚKA; Petr BENEŠ; Matúš KOTRY; Artur Wiktor GORA; Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. Caver Analyst 1.0. 2014.

KOZLÍKOVÁ, Barbora; Eva ŠEBESTOVÁ; Vilém ŠUSTR; Jan BREZOVSKÝ; Ondřej STRNAD; Lukáš DANIEL; David BEDNÁŘ; Antonín PAVELKA; Martin MANAK; Martin BEZDĚKA; Petr BENEŠ; Matúš KOTRY; Artur Wiktor GORA; Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures. Bioinformatics. Oxford University Press, 2014, roč. 30, č. 18, s. 2684-2685. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btu364.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP; Jan BREZOVSKÝ; David BEDNÁŘ; Šárka BIDMANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway. In Biotrans 2011. 2011.

BENEŠÍK, Martin; David BEDNÁŘ; Lubomír JANDA; Radka DOPITOVÁ; Jiří DOŠKAŘ a Roman PANTŮČEK. Klonování genů fágových lytických enzymů a jejich funkčních domén. In Genetická konference GSGM 2011, 14.-16.9.2011, Lednice. 2011. ISBN 978-80-210-5569-8.