Výpis publikací

OPÁLENÝ, Filip, Pavol ULBRICH, Joan PLANAS IGLESIAS, Jan BYŠKA, Jan ŠTOURAČ, David BEDNÁŘ, Katarína FURMANOVÁ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, 2025. ISSN 1077-2626.

KHAN, Rayyan Tariq, Petra POKORNÁ, Jan DVORSKÝ, Simeon BORKO, Ihor AREFIEV, Joan PLANAS IGLESIAS, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology. JOURNAL OF CHEMINFORMATICS. ENGLAND: BMC, 2024, roč. 16, č. 1, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-024-00876-3.

PLANAS IGLESIAS, Joan, Simeon BORKO, Jan SWIATKOWSKI, Matej ELIAS, Martin HAVLÁSEK, Ondrej SALAMON, Ekaterina GRAKOVA, Antonín KUNKA, Tomas MARTINOVIC, Jiří DAMBORSKÝ, Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. AggreProt: a web server for predicting and engineering aggregation prone regions in proteins. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, W1, s. "W159"-"W169", 11 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae420.

SLÁNSKÁ, Michaela, Lenka ŠTACKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Peter ŠTACKO, Marek MARTÍNEK, Luboš JÍLEK, Martin TOUL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Azobenzene-Based Photoswitchable Substrates for Advanced Mechanistic Studies of Model Haloalkane Dehalogenase Enzyme Family. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 14, č. 15, s. 11635-11645. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.4c03503.

VELECKÝ, Jan, Matej BEREZNÝ, Miloš MUSIL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors. BIOINFORMATICS. ENGLAND: OXFORD UNIV PRESS, 2024. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae553.

DE LA BOURDONNAYE, Gabin, Tereza GHAZALOVÁ, Petr FOJTÍK, Katerina KUTALKOVA, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Vladimír ROTREKL, Veronika STEPANKOVA a Radka CHALOUPKOVÁ. Computer-aided engineering of stabilized fibroblast growth factor 21. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2024, roč. 23, December 2024, s. 942-951. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2024.02.001.

MARQUES, Sérgio Manuel, Petr KOUBA, Anthony Thomas P LEGRAND, Jiri SEDLAR, Lucas DISSON, Joan PLANAS IGLESIAS, Zainab Kemi SANUSI, Antonín KUNKA, Jiří DAMBORSKÝ, Tomas PAJDLA, Zbyněk PROKOP, Stanislav MAZURENKO, Josef SIVIC a David BEDNÁŘ. CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 4, č. 6, s. 2228-2245. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacsau.4c00182.

MIČAN, Jan, Da 'san M. M. JARADAT, Weidong LIU, Gert WEBER, Stanislav MAZURENKO, Uwe T. BORNSCHEUER, Jiří DAMBORSKÝ, Ren WEI a David BEDNÁŘ. Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes. Applied Catalysis B: Environment and Energy. Amsterdam: Elsevier, 2024, roč. 342, March 2024, s. 1-16. ISSN 0926-3373. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.apcatb.2023.123404.

MUSIL, Miloš, Andrej JEZIK, Jana HORÁČKOVÁ, Simeon BORKO, Petr KABOUREK, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. FireProt 2.0: web-based platform for the fully automated design of thermostable proteins. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-10. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbad425.

ŠPAČKOVÁ, Anna, Ondřej VÁVRA, Tomáš RAČEK, Václav BAZGIER, David SEHNAL, Jiří DAMBORSKÝ, Radka SVOBODOVÁ, David BEDNÁŘ a Karel BERKA. ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2024, roč. 52, D1, s. "D413"-"D418", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad1012.

SCHÄFER, Marco, Nicolas BRICH, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Philipp THIEL, Barbora KOZLÍKOVÁ a Michael KRONE. InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE Computer Society, 2024, roč. 30, č. 4, s. 1984-1997. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2023.3337642.

ŠTOURAČ, Jan, Simeon BORKO, Rayyan Tariq KHAN, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, Joan PLANAS IGLESIAS, Stanislav MAZURENKO, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-10. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbad441.

KUNKA, Antonín, Sérgio Manuel MARQUES, Martin HAVLÁSEK, Michal VAŠINA, Nikola VELÁTOVÁ, Lucia CENGELOVÁ, David KOVÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Martin MAREK, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2023, roč. 13, č. 19, s. 12506-12518. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.3c02575.

ŠNAJDAROVÁ, Karolína, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, 2023, roč. 79, November, s. 956-970. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798323006642.

SMITH, Andrea, Martin TOUL, Daniel PLUSKAL, Racha BAATALLAH, Glwadys GAGNOT, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Vinicius T. T. SANTANA, Markéta STUCHLÁ, Petr NEUGEBAUER, Pimchai CHAIYEN, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Yves L. L. JANIN, Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases. Nature Catalysis. Nature Portfolio, 2023, roč. 6, č. 1, s. 23-38. ISSN 2520-1158. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41929-022-00895-z.

POLJOVKA, Andrej, Miloš MUSIL, David BEDNÁŘ, Katarina CHOVANOVA, Vladena BAUEROVA-HLINKOVA, Jana BELLOVA, Lenka KOHUTOVA, Peter BARATH a Marcel ZAMOCKY. Comparison of Fungal Thermophilic and Mesophilic Catalase-Peroxidases for Their Antioxidative Properties. Antioxidants. Basel: MDPI, 2023, roč. 12, č. 7, s. 1-19. ISSN 2076-3921. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/antiox12071382.

VILÍM, Jan, Tereza GHAZALOVÁ, Eliška PETULOVÁ, Aneta HORACKOVA, Veronika STEPANKOVA, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Computer-assisted stabilization of fibroblast growth factor FGF-18. Computational and Structural Biotechnology Journal. AMSTERDAM: Elsevier, 2023, roč. 21, October 2023, s. 5144-5152. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2023.10.009.

NEMERGUT, Michal, Sérgio Manuel MARQUES, Lukáš UHRÍK, Tereza VÁŇOVÁ, Markéta NEZVEDOVÁ, Darshak Chandulal GADARA, Durga JHA, Jan TULIS, Veronika NOVÁKOVÁ, Joan PLANAS IGLESIAS, Antonín KUNKA, Anthony Thomas P LEGRAND, Hana HŘÍBKOVÁ, Veronika POSPÍŠILOVÁ, Jiří SEDMÍK, Jan RAŠKA, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ, Dáša BOHAČIAKOVÁ, Zdeněk SPÁČIL, Lenka HERNYCHOVÁ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate. Molecular Neurodegeneration. England: BMC, 2023, roč. 18, č. 1, s. 1-25. ISSN 1750-1326. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13024-023-00620-9.

TOUL, Martin, Veronika SLONKOVÁ, Jan MIČAN, Adam Paulin URMINSKÝ, Maria TOMKOVA, Erik SEDLÁK, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Lenka HERNYCHOVÁ a Zbyněk PROKOP. Identification, characterization, and engineering of glycosylation in thrombolytics. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2023, roč. 66, September 2023, s. 1-23. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2023.108174.

NEMERGUT, Michal, Daniel PLUSKAL, Jana HORÁČKOVÁ, Tereza ŠUSTROVÁ, Jan TULIS, Tomáš BÁRTA, Racha BAATALLAH, Glwadys GAGNOT, Veronika NOVÁKOVÁ, Marika MAJEROVÁ, Karolina SEDLÁČKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Martin TOUL, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP, David BEDNÁŘ, Yves L. JANIN a Martin MAREK. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase. Nature Communications. Berlin: Nature, 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-20. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-43403-y.

VÁVRA, Ondřej, Jakub BERANEK, Jan ŠTOURAČ, Martin SURKOVSKY, Jiří FILIPOVIČ, Jiří DAMBORSKÝ, Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 39, č. 8, s. 1-3. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btad443.

ULBRICH, Pavol, Manuela WALDNER, Katarína FURMANOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan BYŠKA. sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, 2023, roč. 29, č. 1, s. 581-590. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2022.3209411.

DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: US11746135B2. Vydavatel: United States Patent and Trademark Office. Místo vydání: Alexandria (Virginie). Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 9. 2023.

DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: CA3006388. Vydavatel: Canadian Intellectual Property Office. Místo vydání: Gatineau, Quebec. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 9. 5. 2023.

DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2023. Patent. Číslo: IN485239. Vydavatel: Intellectual Property India. Místo vydání: Dwarka, New Delhi. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 19. 12. 2023.

DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. 熱安定性ＦＧＦ２ポリペプチド及びその使用. 2022. Patent. Číslo: JP7131772. Vydavatel: Japan Patent Office (JPO). Místo vydání: Kasumigaseki Chiyoda-ku, Tokyo. Název vlastníka: Masarykova univerzita, Enantis, s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 29. 8. 2022.

PARDO, Isabel, David BEDNÁŘ, Patricia CALERO, Daniel C VOLKE, Jiří DAMBORSKÝ a Pablo I. NIKEL. A Nonconventional Archaeal Fluorinase Identified by In SilicoMining for Enhanced Fluorine Biocatalysis br. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 12, č. 11, s. 6570-6577. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.2c01184.

VAŠINA, Michal, Pavel VAŇÁČEK, Jiri HON, David KOVÁŘ, Hana FALDYNOVÁ, Antonín KUNKA, Tomáš BURYŠKA, Christoffel P. S. BADENHORST, Stanislav MAZURENKO, David BEDNÁŘ, Stavros STAVRAKIS, Uwe T. BORNSCHEUER, Andrew DEMELLO, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics. Chem Catalysis. Elsevier, 2022, roč. 2, č. 10, s. 2704-2725. ISSN 2667-1093. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.checat.2022.09.011.

MUSIL, Miloš, Andrej JEŽÍK, Marie HAMŠÍKOVÁ, Jan ŠTOURAČ, Jakub GALGONEK, jiří VONDÁŠEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Caver Web 1.2. 2022.

NIKITIN, Dmitri, Jan MIČAN, Martin TOUL, David BEDNÁŘ, Michaela PEŠKOVÁ, Patrícia KITTOVÁ, Sandra THALEROVÁ, Jan VÍTEČEK, Jiří DAMBORSKÝ, Robert MIKULÍK, Sarel J. FLEISHMAN, Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2022, roč. 20, May 2022, s. 1366-1377. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.03.004.

ZÁMOCKÝ, Marcel, Miloš MUSIL, Maksym DANCHENKO, Peter FERIANC, Katarína CHOVANOVÁ, Peter BARÁTH, Andrej POLJOVKA a David BEDNÁŘ. Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases. BIOLOGY-BASEL. BASEL: MDPI, 2022, roč. 11, č. 3, s. 1-18. ISSN 2079-7737. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biology11030459.

ONUŠČÁKOVÁ, Magdaléna, Hana PÍŽOVÁ, Tereza KAUEROVÁ, Marie HAMŠÍKOVÁ, David BEDNÁŘ, Peter KOLLÁR a Pavel BOBÁĽ. DESIGN AND SYNTHESIS OF N-HYDROXY-CINNAMAMIDE DERIVATES AS NOVEL HDAC INHIBITORS: EVALUATION OF BIOLOGICAL ACTIVITY IN CANCER CELLS. Online. In Radmila Řápková, Martin Fusek, Pavel Drašar. Czech Chemical Society Symposium Series. Pague, Czech republic: Czech Chemical Society, 2022, s. 28-29. ISSN 2336-7202.

VÁVRA, Ondřej, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fast approximative methods for study of ligand transport and rational design of improved enzymes for biotechnologies. Biotechnology Advances. Elsevier, 2022, roč. 60, November, s. 1-12. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.108009.

HOŘÁK, Martin, DeLisa FAIRWEATHER, Piia Pauliina KOKKONEN, David BEDNÁŘ a Julie DOBROVOLNÁ. Follistatin-like 1 and its paralogs in heart development and cardiovascular disease. Heart Failure Reviews. New York: Springer US, 2022, roč. 27, č. 6, s. 2251-2265. ISSN 1382-4147. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10741-022-10262-6.

MUSIL, Miloš, Andrej JEŽÍK, Marie HAMŠÍKOVÁ, Jan ŠTOURAČ, Jakub GALGONEK, Saltuk Mustafa EYRILMEZ, Jiri VONDRASEK, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2022, roč. 20, November 2022, s. 6512-6518. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031.

TOUL, Martin, Jan MIČAN, Veronika SLONKOVÁ, Dmitri NIKITIN, Martin MAREK, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase. Stroke. Dallas: Lippincott Williams & Wilkins, 2022, roč. 53, č. 10, s. 3235-3237. ISSN 0039-2499. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1161/STROKEAHA.122.040219.

PLANAS IGLESIAS, Joan, Filip OPÁLENÝ, Pavol ULBRICH, Jan ŠTOURAČ, Zainab Kemi SANUSI, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Andrea SMITH, Jan BYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, W1, s. "W465"-"W473", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkac249.

WEI, Ren, Gerlis VON HAUGWIT, Lara PFAFF, Jan MIČAN, Christoffel P. S. BADENHORST, Weidong LIU, Gert WEBER, Harry P. AUSTIN, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Uwe T. BORNSCHEUER. Mechanism-Based Design of Efficient PET Hydrolases. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 6, s. 3382-3396. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c05856.

MARQUES, Sérgio Manuel, Michaela SLÁNSKÁ, Klaudia CHMELOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Martin MAREK, Spencer CLARK, Jiří DAMBORSKÝ, Eric T. KOOL, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 2, č. 6, s. 1324-1337. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacsau.2c00002.

PFAFF, Lara, Jian GAO, Zhishuai LI, Anna JAECKERING, Gert WEBER, Jan MIČAN, Yinping CHEN, Weiliang DONG, Xu HAN, Christian G. FEILER, Yu-Fei AO, Christoffel P. S. BADENHORST, David BEDNÁŘ, Gottfried J. PALM, Michael LAMMERS, Jiří DAMBORSKÝ, Birgit STRODEL, Weidong LIU, Uwe T. BORNSCHEUER a Ren WEI. Multiple Substrate Binding Mode-Guided Engineering of a Thermophilic PET Hydrolase. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 15, s. 9790-9800. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.2c02275.

PLANAS IGLESIAS, Joan, Filip OPÁLENÝ, Pavol ULBRICH, Jan ŠTOURAČ, Zainab Kemi SANUSI, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, A. SCHENKMAYEROVÁ, Jan BYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. Nástroj LoopGrafter. 2022.

VARADI, Mihaly, Stephen ANYANGO, David ARMSTRONG, John BERRISFORD, Preeti CHOUDHARY, Mandar DESHPANDE, Nurul NADZIRIN, Sreenatha S. NAIR, Lukas PRAVDA, Ahsan TANWEER, Bissan AL-LAZIKANI, Claudia ANDREINI, Geoffrey J. BARTON, David BEDNÁŘ, Karel BERKA, Tom BLUNDELL, Kelly P. BROCK, Jose MARIA CARAZO, Jiří DAMBORSKÝ, Alessia DAVID, Sucharita DEY, Roland DUNBRACK, Fernandez Juan RECIO, Franca FRATERNALI, Toby GIBSON, Manuela HELMER-CITTERICH, David HOKSZA, Thomas HOPF, David JAKUBEC, Natarajan KANNAN, Radoslav KRIVAK, Manjeet KUMAR, Emmanuel D. LEVY, Nir LONDON, Jose Ramon MACIAS, Madhusudhan M. SRIVATSAN, Debora S. MARKS, Lennart MARTENS, Stuart A. MCGOWAN, Jake E. MCGREIG, Vivek MODI, Gonzalo R. PARRA, Gerardo PEPE, Damiano PIOVESAN, Jaime PRILUSKY, Valeria PUTIGNANO, Leandro G. RADUSKY, Pathmanaban RAMASAMY, Atilio O. RAUSCH, Nathalie REUTER, Luis A. RODRIGUEZ, Nathan J. ROLLINS, Antonio ROSATO, Luis SERRANO, Gulzar SINGH, Petr SKODA, Carlos Oscar S. SORZANO, Jan ŠTOURAČ, Joanna I. SULKOWSKA, Radka SVOBODOVÁ, Natalia TICHSHENKO, Silvio C. E. TOSATTO, Wim VRANKEN, Mark N. WASS, Dandan XUE, Daniel ZAIDMAN, Janet THORNTON, Michael STERNBERG, Christine ORENGO a Sameer VELANKAR. PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, D1, s. "D534"-"D542", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkab988.

ŠTOURAČ, Jan, Rayyan Tariq KHAN, Simeon BORKO, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictSNP Onco 1.0. 2022.

VELECKÝ, Jan, Marie HAMŠÍKOVÁ, Jan ŠTOURAČ, Miloš MUSIL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2022, roč. 20, November 2022, s. 6339-6347. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.009.

VON HAUGWITZ, Gerlis, Xu HAN, Lara PFAFF, Qian LI, Hongli WEI, Jian GAO, Karen METHLING, Yufei AO, Yannik BRACK, Jan MIČAN, Christian G FEILER, Manfred S WEISS, David BEDNÁŘ, Gottfried J. PALM, Michael LALK, Michael LAMMERS, Jiří DAMBORSKÝ, Gert WEBER, Weidong LIU, Uwe T. BORNSCHEUER a Ren WEI. Structural Insights into (Tere)phthalate-Ester Hydrolysis by a Carboxylesterase and Its Role in Promoting PET Depolymerization. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 24, s. 15259-15270. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.2c03772.

VAŠINA, Michal, Jan VELECKÝ, Joan PLANAS IGLESIAS, Sérgio Manuel MARQUES, Jana ŠKAŘUPOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Stanislav MAZURENKO a Zbyněk PROKOP. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes. ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2022, roč. 183, April 2022, s. 1-16. ISSN 0169-409X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.addr.2022.114143.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Natalie M. HENDRIKSE, Jan ŠTOURAČ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Virtual screening of potential anticancer drugs based on microbial products. Seminars in Cancer Biology. London: Academic Press Ltd.-Elsevier Science Ltd., 2022, roč. 86, November 2022, s. 1207-1217. ISSN 1044-579X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2021.07.012.

PLANAS IGLESIAS, Joan, Sérgio Manuel MARQUES, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Miloš MUSIL, Jan ŠTOURAČ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Computational design of enzymes for biotechnological applications. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2021, roč. 47, March–April, s. 1-22. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2021.107696.

DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.

MARKOVÁ, Klára, Antonín KUNKA, Klaudia CHMELOVÁ, Martin HAVLÁSEK, Petra BABKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Michal VAŠINA, Joan PLANAS IGLESIAS, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 21, s. 12864-12885. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c03343.

MAREK, Martin, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Daniel PLUSKAL, Marika MAJEROVÁ a Joan PLANAS IGLESIAS. Designované a syntetizované geny kódující nově zkonstruované proteinové katalyzátory (luciferázy) s ověřenými vlastnostmi. 2021.

TOUL, Martin, Andrea SMITH, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Martin MAREK, Lenka HERNYCHOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, Daniel PLUSKAL, Stephane EMOND, Mark DÖRR, Joan PLANAS IGLESIAS, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Uwe T. BORNSCHEUER, Florian HOLLFELDER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.

SCHENKMAYEROVÁ, Andrea, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Martin TOUL, Martin MAREK, Lenka HERNYCHOVÁ, Joan PLANAS IGLESIAS, Veronika LIŠKOVÁ, Daniel PLUSKAL, Michal VAŠINA, Stephane EMOND, Mark DÖRR, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Florian HOLLFELDER, Uwe T. BORNSCHEUER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 12, č. 1, s. 3616-3631. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-021-23450-z.

HESS, David, Veronika DOČKALOVÁ, Piia Pauliina KOKKONEN, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Andrew DEMELLO, Zbyněk PROKOP a Stavros STAVRAKIS. Exploring mechanism of enzyme catalysis by on-chip transient kinetics coupled with global data analysis and molecular modeling. Chem. Cambridge: Cell Press, 2021, roč. 7, č. 4, s. 1066-1079. ISSN 2451-9294. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.chempr.2021.02.011.

MUSIL, Miloš, Rayyan Tariq KHAN, Andy BEIER, Jan ŠTOURAČ, Hannes KONEGGER, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction. Briefings in Bioinformatics. OXFORD: Oxford University Press, 2021, roč. 22, č. 4, s. 1-11. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbaa337.

ŠTOURAČ, Jan, Juraj DUBRAVA, Miloš MUSIL, Jana HORÁČKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. FireProt(DB): database of manually curated protein stability data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, D1, s. "D319"-"D324", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa981.

KHAN, Rayyan Tariq, Miloš MUSIL, Jan DVORSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR. Current Protocols. Wiley, 2021, roč. 1, č. 2. ISSN 2691-1299. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpz1.30.

SCHUITEN, Eva D., Christoffel P. S. BADENHORST, Gottfried J. PALM, Leona BERNDT, Michael LAMMERS, Jan MIČAN, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Uwe T. BORNSCHEUER. Promiscuous Dehalogenase Activity of the Epoxide Hydrolase CorEH from Corynebacterium sp. C12. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 10, s. 6113-6120. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c00851.

MARQUES, Sérgio Manuel, Lucie ŠUPOLÍKOVÁ, Lenka MOLČANOVÁ, Karel ŠMEJKAL, David BEDNÁŘ a Iva SLANINOVÁ. Screening of Natural Compounds as P-Glycoprotein Inhibitors against Multidrug Resistance. BIOMEDICINES. BASEL: MDPI, 2021, roč. 9, č. 4, s. 1-22. ISSN 2227-9059. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biomedicines9040357.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří FILIPOVIČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2021, roč. 19, May, s. 3187-3197. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2021.05.043.

HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. Protein-Ligand Interactions and Drug Design. New York: Humana, New York, NY, 2021, s. 105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN 978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6.

HON, Jiří, Martin MARUSIAK, Tomas MARTINEK, Antonín KUNKA, Jaroslav ZENDULKA, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 37, č. 1, s. 23-28. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1102.

KOKKONEN, Piia Pauliina, Andy BEIER, Stanislav MAZURENKO, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Substrate inhibition by the blockage of product release and its control by tunnel engineering. RSC Chemical Biology. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2021, roč. 2, č. 2, s. 645-655. ISSN 2633-0679. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/d0cb00171f.

DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2021. Patent. Číslo: AU2016359722. Vydavatel: Australian Patent Office. Místo vydání: Australia. Název vlastníka: Masarykova Univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 7. 1. 2021.

DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2021. Patent. Číslo: SG11201804402W. Vydavatel: Intellectual Property Office of Singapore (IPOS). Místo vydání: Singapur. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 4. 2021.

CHMELOVÁ, Klaudia, Eva ŠEBESTOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, Andy BEIER, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique (S)-Enantiopreference, and High Thermostability. Applied and Environmental Microbiology. Washington, D.C.: American Society for Microbiology, 2020, roč. 86, č. 17, s. 1-12. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1128/AEM.02820-19.

FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492.

MARKOVÁ, Klára, Klaudia CHMELOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Philippe CARPENTIER, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst. Chemical Science. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2020, roč. 11, č. 41, s. 11162-11178. ISSN 2041-6520. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/d0sc03367g.

FURMANOVÁ, Katarína, Ondřej VÁVRA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Vojtěch VONÁSEK, David BEDNÁŘ a Jan BYŠKA. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2020, roč. 39, č. 6, s. 452-464. ISSN 0167-7055. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/cgf.14048.

HON, Jiří, Simeon BORKO, Jan ŠTOURAČ, Zbyněk PROKOP, Jaroslav ZENDULKA, David BEDNÁŘ, Tomas MARTINEK a Jiří DAMBORSKÝ. EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W104"-"W109", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa372.

BABKOVÁ, Petra, Zuzana DUNAJOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 1497-1508. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.06.021.

KOKKONEN, Piia Pauliina, Michaela SLÁNSKÁ, Veronika DOČKALOVÁ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Esther Maria MARQUEZ SANCHEZ - CARNERERO, Jiří DAMBORSKÝ, Petr KLÁN, Zbyněk PROKOP a David BEDNÁŘ. The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 805-813. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.03.017.

DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2020. Patent. Číslo: EP3380508. Vydavatel: European Patent Office. Místo vydání: Munich. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 22. 7. 2020.

ŠTOURAČ, Jan, O. VAVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Andrea SCHENKMAYEROVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.251.

ŠTOURAČ, Jan, Ondřej VÁVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jan BREZOVSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 47, W1, s. 414-422. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378.

VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386.

MUSIL, Miloš, Hannes KONEGGER, Jiří HON, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 9, č. 2, s. 1033-1054. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.8b03613.

MARQUES, Sérgio Manuel, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Study of Protein-Ligand Unbinding for Enzyme Engineering. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 6, JAN 2019, s. 1-15. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fchem.2018.00650.

CHRÁST, Lukáš, K. TRATSIAK, Joan PLANAS IGLESIAS, Lukáš DANIEL, T. PRUDNIKOVA, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, I.K. SMATANOVA, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17. Microorganisms. Basel: MDPI, 2019, roč. 7, č. 11, s. 1-20. ISSN 2076-2607. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/microorganisms7110498.

KOKKONEN, Piia Pauliina, David BEDNÁŘ, G. PINTO, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering enzyme access tunnels. BIOTECHNOLOGY ADVANCES. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2019, roč. 37, č. 6, s. 1-13. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2019.04.008.

RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Jiří FILIPOVIČ, Jan ŠTOURAČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Fast Screening of Inhibitor Binding/Unbinding using Novel Software Tool CaverDock. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 7, OCT 29 2019, s. 1-14. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fchem.2019.00709.

SCHENKMAYEROVA, A., G. PINTO, Martin MAREK, Martin TOUL, Lenka HERNYCHOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, S. EMOND, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, F. HOLLFELDER a U.T. BORNSCHEUER. Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.118.

MIČAN, Jan, Martin TOUL, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Structural Biology and Protein Engineering of Thrombolytics. Computational and Structural Biology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2019, roč. 17, č. 2019, s. 917-938. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2019.06.023.

MAZURENKO, Stanislav, Jan ŠTOURAČ, Antonín KUNKA, S. NEDELJKOVIC, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W344"-"W349", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gky358.

JURČÍK, Adam, David BEDNÁŘ, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, Katarína FURMANOVÁ, Lukáš DANIEL, Piia Pauliina KOKKONEN, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Jan ŠTOURAČ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. Bioinformatics. 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386.

MIČAN, Jan, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Enzyme Design of Haloalkane Dehalogenases for Yperite Degradation. In XV Discussions in Structural Molecular Biology. 2018. ISSN 1805-4382.

DVOŘÁK, Pavel, David BEDNÁŘ, Pavel VAŇÁČEK, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, Michaela BOSÁKOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Stanislav MAZURENKO, Antonín KUNKA, Tereza VÁŇOVÁ, Karolína ZOUFALOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Pavel KREJČÍ, Zbyněk PROKOP, Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/bit.26531.

KOKKONEN, Piia Pauliina, David BEDNÁŘ, Veronika DOČKALOVÁ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Conformational changes allow processing of bulky substrates by a haloalkane dehalogenase with a small and buried active site. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2018, roč. 293, č. 29, s. 11505-11512. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.RA117.000328.

PROKOP, Zbyněk, A. GHOSE, Piia Pauliina KOKKONEN, J. SYKORA, David BEDNÁŘ, M. AMARO, Šárka NEVOLOVÁ, M. HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of enzyme gating driven by molecular dynamics, transient kinetics, and single molecule spectroscopy. In The 43rd FEBS Congress. 2018. ISSN 2211-5463.

BEERENS, Koen, Stanislav MAZURENKO, Antonín KUNKA, Sérgio Manuel MARQUES, N. HANSEN, Miloš MUSIL, Radka CHALOUPKOVÁ, Jitka WATERMAN, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2018, roč. 8, č. 10, s. 9420-9428. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.8b01677.

SUMBALOVÁ, Lenka, Jan ŠTOURAČ, Tomáš MARTÍNEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W356"-"W362", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gky417.

KOKKONEN, Piia Pauliina, J. SYKORA, Zbyněk PROKOP, A. GHOSE, David BEDNÁŘ, M. AMARO, Koen BEERENS, Šárka NEVOLOVÁ, Michaela SLÁNSKÁ, Jan BREZOVSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a M. HOF. Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time. Journal of the American Chemical Society. Washington: American Chemical Society, 2018, roč. 140, č. 51, s. 17999-18008. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacs.8b09848.

FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017.

LIŠKOVÁ, Veronika, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites. Angewandte Chemie International Edition. WEINHEIM, GERMANY: WILEY-V C H VERLAG, 2017, roč. 56, č. 17, s. 4719-4723. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/anie.201611193.

MUSIL, Miloš, Jan ŠTOURAČ, Jaroslav BENDL, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP, Jaroslav ZENDULKA, Tomáš MARTÍNEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Web Server for Automated Design of Thermostable Proteins. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 45, W1, s. "W393"-"W399", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkx285.

MUSIL, Miloš, Jan ŠTOURAČ, Jaroslav BENDL, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP, J. ZENDULKA, Tomáš MARTÍNEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt 1.0. 2017.

HON, Jiří, David BEDNÁŘ, Tomáš MARTÍNEK a Jiří DAMBORSKÝ. HTS 1.0. 2017.

BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA01 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA101 carrying thermostabilizing mutations by evolution-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA112 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA115 carrying thermostabilizing mutations by combine approach. 2017.

BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-DJ carrying thermostabilizing mutations. 2017.

BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-LT02 carrying thermostabilizing mutations. 2017.

LIŠKOVÁ, Veronika, David BEDNÁŘ, T. PRUDNIKOVA, P. REZACOVA, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, I., KUTA- SMATANOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Balancing the Stability-Activity Trade-off by Fine-Tuning Dehalogenase Access Tunnels. ChemCatChem. 2015, roč. 7, č. 4, s. 648-659. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cctc.201402792.

BEDNÁŘ, David, Koen BEERENS, Eva ŠEBESTOVÁ, Jaroslav BENDL, S. KHARE, Radka CHALOUPKOVÁ, Zbyněk PROKOP, Jan BREZOVSKÝ, D. BAKER a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2015, roč. 11, č. 11, s. "nestrankovano", 20 s. ISSN 1553-734X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004556.

AMARO, M., Jan BREZOVSKÝ, Silvia KOVÁČOVÁ, J. SYKORA, David BEDNÁŘ, Václav NĚMEC, Veronika LIŠKOVÁ, Nagendra Prasad KURUMBANG, Koen BEERENS, Radka CHALOUPKOVÁ, Kamil PARUCH, Martina HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence. Journal of the American Chemical Society. 2015, roč. 137, č. 15, s. 4988-4992. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacs.5b01681.

KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MAŇÁK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. Caver Analyst 1.0. 2014.

KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures. Bioinformatics. Oxford University Press, 2014, roč. 30, č. 18, s. 2684-2685. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu364.

DVOŘÁK, Pavel, Zbyněk PROKOP, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, Šárka BIDMANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway. In Biotrans 2011. 2011.

BENEŠÍK, Martin, David BEDNÁŘ, Lubomír JANDA, Radka DOPITOVÁ, Jiří DOŠKAŘ a Roman PANTŮČEK. Klonování genů fágových lytických enzymů a jejich funkčních domén. In Genetická konference GSGM 2011, 14.-16.9.2011, Lednice. 2011. ISBN 978-80-210-5569-8.