Výpis publikací

WELEGERIMA, Kiros, Yonas MEHERETU, Josef BRYJA, Getachew Mulualem MUCHE, Welday HAYELOM, Ferej KEDIR, Apia W MASSAWE, Nsajigwa E MBIJE a Rhodes H MAKUNDI. Afromontane mosaic vegetation acts as a barrier between small mammals from two savannah biomes in northern Ethiopia. Biodiversity and Conservation. DORDRECHT: SPRINGER, 2024, roč. 33, č. 4, s. 1459-1478. ISSN 0960-3115. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10531-024-02811-2.

LIBÁNSKÁ, Alena, Eva RANDÁROVÁ, Daniela RUBANOVÁ, Svitlana SKOROPLYAS, Josef BRYJA, Lukáš KUBALA, Rafal KONEFAL, Adéla NAVRÁTILOVÁ, Lucie A. CEREZO, Ladislav ŠENOLT a Tomáš ETRYCH. Dexamethasone nanomedicines with optimized drug release kinetics tailored for treatment of site-specific rheumatic musculoskeletal diseases. International Journal of Pharmaceutics. Elsevier B.V., 2024, roč. 654, April 2024, s. 1-10. ISSN 0378-5173. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ijpharm.2024.123979.

DIANAT, Malahatosadat, Adam KONEČNÝ, Leonid A. LAVRENCHENKO, Julian C. Kerbis PETERHANS, Terrence C. DEMOS, Violaine NICOLAS, David ORTIZ MARTÍNEZ a Josef BRYJA. How to cross the desert if you are small and need mountains? Out-of-Ethiopia dispersal in Afromontane shrews. Journal of Biogeography. Hoboken: Wiley, 2024, roč. 51, č. 2, s. 230-245. ISSN 0305-0270. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jbi.14748.

MEHERETU, Yonas, Ondrej MIKULA, Daniel FRYNTA, Petra FRYDLOVA, Getachew Mulualem MUCHE, Leonid A LAVRENCHENKO, Danila S KOSTIN, Hassan Sh Abdirahman ELMI, Radim SUMBERA a Josef BRYJA. Phylogeny, biogeography, and integrative taxonomic revision of the Afro-Arabian rodent genus Ochromyscus (Muridae: Murinae: Praomyini). Zoological Journal of the Linnean Society. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 202, č. 1, s. 1-15. ISSN 0024-4082. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/zoolinnean/zlad158.

RUBANOVÁ, Daniela, Svitlana SKOROPLYAS, Alena LIBANSKA, Eva RANDAROVA, Josef BRYJA, Michaela CHORVÁTOVÁ, Tomas ETRYCH a Lukas KUBALA. Therapeutic activity and biodistribution of a nano-sized polymer-dexamethasone conjugate intended for the targeted treatment of rheumatoid arthritis. Nanomedicine: Nanotechnology, Biology and Medicine. Elsevier, 2024, roč. 55, January, s. 1-10. ISSN 1549-9634. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.nano.2023.102716.

DIANAT, Malahatosadat, Inessa VOET, David ORTIZ MARTÍNEZ, J.G. DE BELLOCQ, Laura N. CUYPERS, Boris KRYSTUFEK, Michal BUREŠ, Dagmar CIZKOVA, Anna BRYJOVA, Josef BRYJA, Violaine NICOLAS a Adam KONEČNÝ. Cryptic diversity of Crocidura shrews in the savannahs of Eastern and Southern Africa. Molecular Phylogenetics and Evolution. Elsevier, 2023, roč. 180, March, s. 1-17. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2023.107708.

PAVLÍČKOVÁ, Barbora, Anna BRYJOVÁ, Zbyszek BORATYNSKI, Leonid LAVRENCHENKO, Jakub ŽÁK a Josef BRYJA. Factors affecting the quantity of mitochondria in African small rodents. In 17th Rodens et Spatium – International Conference on Rodent Biology. 2023. ISBN 978-84-09-51624-7.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Aleksey A. MARTYNOV, Ondrej MIKULA, Anna BRYJOVA, Yonas MEHERETU, Leonid A LAVRENCHENKO a Josef BRYJA. Genomic diversity, evolutionary history, and species limits of the endemic Ethiopian laminate-toothed rats (genus Otomys, Rodentia: Muridae). Zoological Journal of the Linnean Society. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 199, č. 4, s. 1059-1077. ISSN 0024-4082. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/zoolinnean/zlad063.

HÁNOVÁ, Alexandra, Josef BRYJA, Joelle Goüy DE BELLOCQ, Stuart J. E. BAIRD, Laura CUYPERS, Adam KONEČNÝ a Ondřej MIKULA. Historical demography and climatic niches of the Natal multimammate mouse (Mastomys natalensis) in the Zambezian region. Mammalian Biology. Springer, 2023, roč. 103, č. 2, s. 239-251. ISSN 1616-5047. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s42991-023-00346-7.

REICHARD, Martin, Stephan KOBLMULLER, Radim BLAŽEK, Holger ZIMMERMANN, Cyprian KATONGO, Anna BRYJOVA a Josef BRYJA. Lack of host specialization despite selective host use in brood parasitic cuckoo catfish. Molecular Ecology. doi: 10.1111/j.1365-294X.2010.04899.x: Blackwell Publishing Ltd., 2023, roč. 32, č. 22, s. 6070-6082. ISSN 0962-1083. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/mec.17173.

GAJDÁROVÁ, Barbora, Elisa BELOTTI, Luděk BUFKA, Josefa VOLFOVÁ, Sybille WÖLFL, Tereza MINÁRIKOVÁ, Laura HOLLERBACH, Martin DUĽA, Oddmund KLEVEN, Miroslav KUTAL, Carsten NOWAK, Janis OZOLINS, Branislav TÁM, Josef BRYJA, Petr KOUBEK a Jarmila KROJEROVÁ-PROKEŠOVÁ. Long-term genetic monitoring of a reintroduced Eurasian lynx population does not indicate an ongoing loss of genetic diversity. Global Ecology and Conservation. Elsevier, 2023, roč. 42, April, s. 1-18. ISSN 2351-9894. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.gecco.2023.e02399.

MIZEROVSKÁ, Daniela, František ŠPOUTIL, Julien CLAUDE, Leonid A LAVRENCHENKO, Jan PROCHÁZKA, Josef BRYJA a Ondřej MIKULA. Parallel Evolution of Skull Form in Three Rodent Genera Inhabiting Steep Elevational Gradients of Ethiopian Highlands. Evolutionary Biology. Springer, 2023, roč. 50, č. 3, s. 332-349. ISSN 0071-3260. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11692-023-09608-1.

CUYPERS, Laura N., Sophie GRYSEELS, Natalie VAN HOUTTE, Stuart J. E. BAIRD, Christopher A. SABUNI, Abdul S. KATAKWEBA, Sebastiaan R. M. VAN DEN BURG, Josef BRYJA, Herwig LEIRS a Joëlle Goüy DE BELLOCQ. Subspecific rodent taxa as the relevant host taxonomic level for mammarenavirus host specificity. Virology. Elsevier, 2023, roč. 581, April, s. 116-127. ISSN 0042-6822. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.virol.2023.02.014.

MARTYNOV, Aleksey A., Elena D. ZEMLEMEROVA, Danila S. KOSTIN, Valeria A. KOMAROVA, Anton R. GROMOV, Mesele YIHUNE, Adane TSEGAYE, Dmitry Y. ALEXANDROV, Afework BEKELE, Josef BRYJA a Leonid A. LAVRENCHENKO. Uncovering the diversity of rodents and shrews in the Chebera Churchura National Park, Ethiopia. Mammalia. BERLIN: WALTER DE GRUYTER GMBH, 2023, roč. 87, č. 5, s. 451-463. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2022-0127.

KRÁSOVÁ, Jarmila, Ondřej MIKULA, Leonid A. LAVRENCHENKO, Radim ŠUMBERA, Yonas MEHERETU a Josef BRYJA. A new rodent species of the genus Mus (Rodentia: Muridae) confirms the biogeographical uniqueness of the isolated forests of southern Ethiopia. Organisms Diversity & Evolution. HEIDELBERG: SPRINGER HEIDELBERG, 2022, roč. 22, č. 2, s. 491-509. ISSN 1439-6092. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s13127-022-00539-x.

MEHERETU, Yonas, Tadesse TILAHUN, Getachew ENGDAYEHU, Luwieke BOSMA, Getachew Mulualem MUCHE, Evan W CRAIG, Josef BRYJA a van Steenbergen FRANK. A snapshot of rodents and shrews of agroecosystems in Ethiopian highlands using camera traps. Mammalia. Berlin: WALTER DE GRUYTER GMBH, 2022, roč. 86, č. 3, s. 230-238. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2021-0135.

CUYPERS, Laura N., Christopher SABUNI, Radim SUMBERA, Tatiana AGHOVÁ, Edita LIŠKOVÁ, Herwig LEIRS, Stuart J. E. BAIRD, Gouey de Bellocq JOELLE a Josef BRYJA. Biogeographical Importance of the Livingstone Mountains in Southern Tanzania: Comparative Genetic Structure of Small Non-volant Mammals. Frontiers in Ecology and Evolution. Frontiers Media SA, 2022, roč. 9, January, s. 1-11. ISSN 2296-701X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fevo.2021.742851.

BRYJA, Josef, Yonas MEHERETU, Zbyszek BORATYNSKI, Ali ZEYNU, Christiane DENYS, Getachew Mulualem MUCHE, Kiros WELEGERIMA, Anna BRYJOVÁ, Mohammed KASSO, Danila S. KOSTIN, Aleksey A. MARTYNOV a Leonid A. LAVRENCHENKO. Rodents of the Afar Triangle (Ethiopia): geographical isolation causes high level of endemism. Biodiversity and Conservation. Springer, 2022, roč. 31, č. 2, s. 629-650. ISSN 0960-3115. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10531-022-02354-4.

MIKULA, Ondřej, Jarmila KRÁSOVÁ, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Taxonomic position and biogeography of Mus callewaerti, the largest species of the subgenus Nannomys (Rodentia: Muridae). Lynx. Praha: Národní muzeum, Praha, 2022, roč. 53, č. 1, s. 271-290. ISSN 0024-7774. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.37520/lynx.2022.020.

KRÁSOVÁ, Jarmila, Ondřej MIKULA, Josef BRYJA, Ninda L. BAPTISTA, Telmo ANTÓNIO, Tatiana AGHOVÁ a Radim ŠUMBERA. Biogeography of Angolan rodents: The first glimpse based on phylogenetic evidence. Diversity and Distributions. HOBOKEN: Wiley, 2021, roč. 27, č. 12, s. 2571-2583. ISSN 1366-9516. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/ddi.13435.

KOMAROVA, Valeria A., Danila S. KOSTIN, Josef BRYJA, Ondřej MIKULA, Anna BRYJOVÁ, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Radim ŠUMBERA, Yonas MEHERETU a Leonid A. LAVRENCHENKO. Complex reticulate evolution of speckled brush-furred rats (Lophuromys) in the Ethiopian centre of endemism. Molecular Ecology. Wiley, 2021, roč. 30, č. 10, s. 2349-2365. ISSN 0962-1083. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/mec.15891.

HÁNOVÁ, Alexandra, Adam KONEČNÝ, Ondřej MIKULA, Anna BRYJOVÁ, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Diversity, distribution, and evolutionary history of the most studied African rodents, multimammate mice of the genus Mastomys: An overview after a quarter of century of using DNA sequencing. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. Hoboken: Wiley, 2021, roč. 59, č. 8, s. 2500-2518. ISSN 0947-5745. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jzs.12569.

ONDITI, Kenneth Otieno, Terrence C. DEMOS, Julian Kerbis PETERHANS, Zhong-Zheng CHEN, Josef BRYJA, Leonid A. LAVRENCHENKO, Simon MUSILA, Erik VERHEYEN, Frederik VAN DE PERRE, Benjamin Dudu AKAIBE, Noé U. DE LA SANCHA a Xue-Long JIANG. Historical biogeography, systematics, and integrative taxonomy of the non-Ethiopian speckled pelage brush-furred rats (Lophuromys flavopunctatus group). BMC Ecology and Evolution. London: BMC, 2021, roč. 21, č. 1, s. "89", 27 s. ISSN 2730-7182. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12862-021-01813-w.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Anna BRYJOVÁ, Violaine NICOLAS, Leonid A. LAVRENCHENKO a Josef BRYJA. Mitogenomics of the endemic Ethiopian rats: looking for footprints of adaptive evolution in sky islands. Mitochondrion. Elsevier B.V., 2021, roč. 57, March, s. 182-191. ISSN 1567-7249. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.mito.2020.12.015.

VOELKER, G., J.W. HUNTLEY, Josef BRYJA, C. DENYS, R. SUMBERA, T.C. DEMOS, L. LAVRENCHENKO, V. NICOLAS, T.P. GNOSKE a J.C.K. PETERHANS. Molecular systematics and biogeographic history of the African climbing-mouse complex (Dendromus). Molecular Phylogenetics and Evolution. Academic Press Inc., 2021, roč. 161, August, s. 107166-107180. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2021.107166.

HÁNOVÁ, Alexandra, Adam KONEČNÝ, Violaine NICOLAS, Christiane DENYS, Laurent GRANJON, Leonid A. LAVRENCHENKO, Radim ŠUMBERA, Ondřej MIKULA a Josef BRYJA. Multilocus phylogeny of African striped grass mice (Lemniscomys): Stripe pattern only partly reflects evolutionary relationships. Molecular Phylogenetics and Evolution. San Diego: Academic Press Inc. Elsevier Science, 2021, roč. 155, February 2021, s. 107007-107020. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2020.107007.

MIKULA, Ondřej, Violaine NICOLAS, Radim ŠUMBERA, Adam KONEČNÝ, Christiane DENYS, Erik VERHEYEN, Anna BRYJOVÁ, Alan R. LEMMON, Emily Moriarty LEMMON a Josef BRYJA. Nuclear phylogenomics, but not mitogenomics, resolves the most successful Late Miocene radiation of African mammals (Rodentia: Muridae: Arvicanthini). Molecular Phylogenetics and Evolution. Academic Press Inc., 2021, roč. 157, April, s. "107069", 9 s. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2021.107069.

NICOLAS, Violaine, Ondřej MIKULA, Leonid A. LAVRENCHENKO, Radim ŠUMBERA, Veronika BARTÁKOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Yonas MEHERETU, Erik VERHEYEN, Alain Didier MISSOUP, Alan R. LEMMON, Emily Moriarty LEMMON a Josef BRYJA. Phylogenomics of African radiation of Praomyini (Muridae: Murinae) rodents: First fully resolved phylogeny, evolutionary history and delimitation of extant genera. Molecular Phylogenetics and Evolution. ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE, 2021, roč. 163, October, s. "107263", 17 s. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2021.107263.

KRÁSOVÁ, Jarmila, Ondřej MIKULA, Radim ŠUMBERA, Sylvie HORÁKOVÁ, Jan ROBOVSKÝ, Danila S. KOSTIN, Aleksey A. MARTYNOV, Leonid A. LAVRENCHENKO a Josef BRYJA. The Rufous Sengi is not Elephantulus—Multilocus reconstruction of evolutionary history of sengis from the subfamily Macroscelidinae. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. Hoboken: Wiley, 2021, roč. 59, č. 4, s. 918-932. ISSN 0947-5745. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jzs.12460.

MIKULA, Ondrej, Violaine NICOLAS, Zbyszek BORATYNSKI, Christiane DENYS, Gauthier DOBIGNY, Elisabeth FICHET-CALVET, Sama GAGARE, Rainer HUTTERER, Shirley Cameron NIMO-PAINTSIL, Ayodeji OLAYEMI a Josef BRYJA. Commensalism outweighs phylogeographical structure in its effect on phenotype of a Sudanian savanna rodent. Biological Journal of the Linnean Society. Oxford: Academic Press, 2020, roč. 129, č. 4, s. 931-949. ISSN 0024-4066. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/biolinnean/blz184.

DIANAT, Malahatosadat, Violaine NICOLAS-COLIN, Josef BRYJA, Christiane DENYS a Adam KONEČNÝ. Diversity and genome-level molecular phylogeny of African giant shrews (Crocidura olivieri species complex). In Zoologické dny Olomouc. 2020.

KERBIS PETERHANS, Julian C., Rainer HUTTERER, Jeffrey B. DOTY, Jean M. MALEKANI, David C. MOYER, Jarmila KRÁSOVÁ, Josef BRYJA, Rebecca A. BANASIAK a Terrence C. DEMOS. Four new species of the Hylomyscus anselli group (Mammalia: Rodentia: Muridae) from the Democratic Republic of Congo and Tanzania. Bonn Zoological Bulletin. 2020, roč. 69, č. 1, s. 55-83. ISSN 2190-7307. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.20363/BZB-2020.69.1.055.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Ondřej MIKULA, Yonas MEHERETU, Veronika BARTÁKOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Danila S. KOSTIN, Radim SUMBERA, Leonid A. LAVRENCHENKO a Josef BRYJA. Integrative taxonomic revision of the Ethiopian endemic rodent genus Stenocephalemys (Muridae: Murinae: Praomyini) with the description of two new species. Journal of Vertebrate Biology. Brno: Institute of Vertebrate Biology, Czech Academy of Sciences, 2020, roč. 69, č. 2, s. 1-21. ISSN 2694-7684. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.25225/jvb.20031.

KOSTIN, Danila S., Aleksey A. MARTYNOV, Valeria A. KOMAROVA, Dmitriy Yu ALEXANDROV, Mesele YIHUNE, Mohammed KASSO, Josef BRYJA a Leonid A. LAVRENCHENKO. Rodents of Choke Mountain and surrounding areas (Ethiopia): the Blue Nile gorge as a strong biogeographic barrier. Journal of Vertebrate Biology. Brno: Institute of Vertebrate Biology, Czech Academy of Sciences, 2020, roč. 69, č. 2, s. 1-12. ISSN 2694-7684. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.25225/jvb.20016.

CRAIG, Evan W., William T. STANLEY, Julian C. Kerbis PETERHANS, Josef BRYJA a Yonas MEHERETU. Small terrestrial mammal distributions in Simien Mountains National Park, Ethiopia: a reassessment after 88 years. Journal of Mammalogy. Cary: Oxford University Press, 2020, roč. 101, č. 3, s. 634-647. ISSN 0022-2372. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/jmammal/gyaa040.

LÖVY, Matěj, Leonid A. LAVRENCHENKO, Danila S. KOSTIN, Alexey A. MARTYNOV, Radim ŠUMBERA, Josef BRYJA a Jan OKROUHLÍK. The effect of elevation on haematocrit in Ethiopian rodents. Journal of Vertebrate Biology. Brno: Institute of Vertebrate Biology, Czech Academy of Sciences, 2020, roč. 69, č. 2, s. 1-11. ISSN 2694-7684. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.25225/jvb.20011.

NICOLAS, Violaine, Pierre-Henri FABRE, Josef BRYJA, Christiane DENYS, Erik VERHEYEN, Alain Didier MISSOUP, Ayodeji OLAYEMI, Pionus KATUALA, Akaibe DUDU, Marc COLYN, Julian Kerbis PETERHANS a Terrence DEMOS. The phylogeny of the African wood mice (Muridae, Hylomyscus) based on complete mitochondrial genomes and five nuclear genes reveals their evolutionary history and undescribed diversity. Molecular Phylogenetics and Evolution. San Diego: Academic Press Inc. Elsevier Science, 2020, roč. 144, MAR 2020, s. 1-15. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2019.106703.

BRYJA, Josef, Yonas MEHERETU, Christiane DENYS, Peter TAYLOR a Herwig LEIRS. The 13th African Small Mammal Symposium in Mekelle, Ethiopia, and the evolution of these meetings. Journal of Vertebrate Biology. Brno: Institute of Vertebrate Biology, Czech Academy of Sciences, 2020, roč. 69, č. 2, s. 1-5. ISSN 2694-7684. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.25225/jvb.E2002.

CUYPERS, Laura N., Stuart J.E. BAIRD, Alexandra HÁNOVÁ, Tatjana LOCUS, Abdul S. KATAKWEBA, Sophie GRYSEELS, Josef BRYJA, Herwig LEIRS a Joëlle Goüy DE BELLOCQ. Three arenaviruses in three subspecific Natal multimammate mouse taxa in Tanzania: same host specificity, but different spatial genetic structure? Virus Evolution. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 6, č. 2, s. "veaa039", 12 s. ISSN 2057-1577. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/ve/veaa039.

KONEČNÝ, Adam, Rainer HUTTERER, Yonas MEHERETU a Josef BRYJA. Two new species of Crocidura (Mammalia: Soricidae) from Ethiopia and updates on the Ethiopian shrew fauna. Journal of Vertebrate Biology. Brno: Institute of Vertebrate Biology, Czech Academy of Sciences, 2020, roč. 69, č. 2, s. 1-16. ISSN 2694-7684. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.25225/jvb.20064.

BRYJA, Josef, Yonas MEHERETU, Radim ŠUMBERA a Leonid A. LAVRENCHENKO. Annotated checklist, taxonomy and distribution of rodents in Ethiopia. Folia Zoologica. BRNO: INST VERTEBRATE BIOLOGY AS CR, 2019, roč. 68, č. 3, s. 117-213. ISSN 0139-7893. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.25225/fozo.030.2019.

BRYJA, Josef, Paolo COLANGELO, Leonid A. LAVRENCHENKO, Yonas MEHERETU, Radim ŠUMBERA, Anna BRYJOVÁ, Erik VERHEYEN, Herwig LEIRS a Riccardo CASTIGLIA. Diversity and evolution of African Grass Rats (Muridae: Arvicanthis)-From radiation in East Africa to repeated colonization of northwestern and southeastern savannas. Journal of Zoological Systematics and Evolutionary Research. Hoboken: Blackwell Science, 2019, roč. 57, č. 4, s. 970-988. ISSN 0947-5745. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jzs.12290.

DIANAT, Malahatosadat, Violaine NICOLAS-COLIN, Josef BRYJA, Christiane DENYS a Adam KONEČNÝ. Diversity and genome-level molecular phylogeny of African giant shrews (Crocidura olivieri species complex). In The 13th African Small Mammals Symposium, Mekelle, Ethiopia. 2019. ISBN 978-80-87189-27-6.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Ondřej MIKULA a Josef BRYJA. Evoluce na příkrém gradientu nadmořské výšky: stanovení role genetických a ekologických faktorů v procesu vzniku druhů. In sborník abstraktů z konference 7.-8. února 2019. Brno, 2019. ISBN 978-80-87189-25-2.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Ondřej MIKULA, Veronika BARTÁKOVÁ, Yonas MEHERETU, Leonid LAVRENCHENKO a Josef BRYJA. Evolution at altitudinal gradient: assessment of the role of genetic and ecological factors in speciation of Ethiopian rodents. Brno, 2019. ISBN 978-80-87189-27-6.

KRÁSOVÁ, Jarmila, Ondřej MIKULA, Vladimir MAZOCH, Josef BRYJA, Oldrich ŘÍČAN a Radim ŠUMBERA. Evolution of the Grey-bellied pygmy mouse group: Highly structured molecular diversity with predictable geographic ranges but morphological crypsis. Molecular Phylogenetics and Evolution. SAN DIEGO: ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE, 2019, roč. 130, JAN, s. 143-155. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2018.10.016.

PETRUŽELA, Jan, Josef BRYJA, Anna BRYJOVÁ, Abdul KATAKWEBA, Christopher SABUNI, Stuart J. E. BAIRD a Joëlle,Marie,Chantal GOÜY DE BELLOCQ FEUQUIERES. Evolutionary history of Pneumocystis fungi in their African rodent hosts. Infection, Genetics and Evolution. Amsterdam: Elsevier Science, 2019, roč. 75, NOV, s. 1-10. ISSN 1567-1348. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2019.103934.

KROJEROVÁ, Jarmila, Barbora TURBAKOVÁ, M. JELENCIC, M. BOJDA, M. KUTAL, Tomaz SKRBINSEK, P. KOUBEK a Josef BRYJA. Genetic constraints of population expansion of the Carpathian lynx at the western edge of its native distribution range in Central Europe. Heredity. London: NATURE PUBLISHING GROUP, 2019, roč. 122, č. 6, s. 785-799. ISSN 0018-067X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41437-018-0167-x.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Violaine NICOLAS-COLIN, Terrence C. DEMOS, Dudu AKAIBE, Marc COLYN, Christiane DENYS, Prince K. KALEME, Pionus KATUALA, Jan KENNIS, Julian C. Kerbis PETERHANS, Anne LAUDISOIT, Alain Didier MISSOUP, Radim ŠUMBERA, Erik VERHEYEN a Josef BRYJA. Genetic variation of the most abundant forest-dwelling rodents in Central Africa (Praomys jacksoni complex): Evidence for Pleistocene refugia in both montane and lowland forests. Journal of Biogeography. Hoboken: Wiley, 2019, roč. 46, č. 7, s. 1466-1478. ISSN 0305-0270. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jbi.13604.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA, Radek ŠANDA, Yusuf BEKTAS, Tihomir STEFANOV, Lukáš CHOLEVA, Carl SMITH a Martin REICHARD. High cryptic diversity of bitterling fish in the southern West Palearctic. Molecular Phylogenetics and Evolution. SAN DIEGO: ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE, 2019, roč. 133, APR 2019, s. 1-11. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2018.12.025.

HÁNOVÁ, Alexandra, Adam KONEČNÝ, Ondřej MIKULA, Leonid A. LAVRECHENKO, Alex MARTYNOV, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Molecular phylogeny and distribution of the multimammate mice genus Mastomys. In The 13th African Small Mammal Symposium, Mekelle. 2019. ISBN 978-80-87189-27-6.

KONEČNÝ, Adam, Malahatosadat DIANAT, Violaine NICOLAS-COLIN, Michal BUREŠ a Josef BRYJA. Molecular techniques reveal cryptic diversity of African Crocidura hirta-flavescens species complex (Eulipotyphla: Soricidae). In The 13th African Small Mammals Symposium, Mekelle, Ethiopia. 2019. ISBN 978-80-87189-27-6.

AGHOVÁ, Tatiana, K. PALUPCIKOVA, Radim ŠUMBERA, Daniel FRYNTA, L.A. LAVRENCHENKO, Y. MEHERETU, J. SÁDLOVÁ, J. VOTÝPKA, J.S. MBAU, David MODRÝ a Josef BRYJA. Multiple radiations of spiny mice (Rodentia: Acomys) in dry open habitats of Afro-Arabia: evidence from a multi-locus phylogeny. BMC Evolutionary Biology. LONDON: BioMed Central, 2019, roč. 19, MAR 4, s. 1-22. ISSN 1471-2148. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12862-019-1380-9.

KONEČNÝ, Adam, Rainer HUTTERER, Yonas MEHERETU a Josef BRYJA. New species of Crocidura (Mammalia: Soricidae) from Ethiopia, and a review of shrews from the country. In The 13th African Small Mammals Symposium, Mekelle, Ethiopia. 2019. ISBN 978-80-87189-27-6.

KOSTIN, D.S., M. KASSO, V.A. KOMAROVA, A.A. MARTYNOV, A.R. GROMOV, D.Y. ALEXANDROV, A. BEKELE, C. ZEWDIE, Josef BRYJA a L.A. LAVRENCHENKO. Taxonomic and genetic diversity of rodents from the Arsi Mountains (Ethiopia). Mammalia. Berlin: WALTER DE GRUYTER GMBH, 2019, roč. 83, č. 3, s. 237-247. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2017-0135.

SABUNI, C., Tatiana AGHOVÁ, A. BRYJOVA, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Biogeographic implications of small mammals from Northern Highlands in Tanzania with first data from the volcanic Mount Kitumbeine. Mammalia. Berlin: WALTER DE GRUYTER GMBH, 2018, roč. 82, č. 4, s. 360-372. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2017-0069.

BRYJA, Josef, Hana KONVIČKOVÁ, Anna BRYJOVA, Ondřej MIKULA, R. MAKUNDI, WN CHITAUKALI a Radim ŠUMBERA. Differentiation underground: Range-wide multilocus genetic structure of the silvery mole-rat does not support current taxonomy based on mitochondrial sequences. Mammalian Biology. JENA: Urban & Fischer, 2018, roč. 93, NOV, s. 82-92. ISSN 1616-5047. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.mambio.2018.08.006.

ŠUMBERA, Radim, J. KRASOVA, L.A. LAVRENCHENKO, S. MENGISTU, A. BEKELE, Ondřej MIKULA a Josef BRYJA. Ethiopian highlands as a cradle of the African fossorial root-rats (genus Tachyoryctes), the genetic evidence. Molecular Phylogenetics and Evolution. SAN DIEGO: ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE, 2018, roč. 126, SEP, s. 105-115. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2018.04.003.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA a Martin REICHARD. Fine-scale genetic structure of the European bitterling at the intersection of three major European watersheds. BMC Evolutionary Biology. LONDON: BioMed Central, 2018, roč. 18, JUL, s. "15", 15 s. ISSN 1471-2148. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12862-018-1219-9.

AGHOVÁ, Tatiana, Y. KIMURA, Josef BRYJA, G. DOBIGNY, L. GRANJON a G.J. KERGOAT. Fossils know it best: Using a new set of fossil calibrations to improve the temporal phylogenetic framework of murid rodents (Rodentia: Muridae). Molecular Phylogenetics and Evolution. SAN DIEGO: ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE, 2018, roč. 128, NOV, s. 98-111. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2018.07.017.

GOÜY DE BELLOCQ, Joëlle, A. RIBAS, Josef BRYJA, Jaroslav PIÁLEK, S.J.E. BAIRD a Wasim UDDIN. Holobiont suture zones: Parasite evidence across the European house mouse hybrid zone. Molecular Ecology. Blackwell Publishing Ltd., 2018, roč. 27, č. 24, s. 5214-5227. ISSN 0962-1083. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/mec.14938.

KONEČNÝ, Adam, O.P. POPA, Veronika BARTÁKOVÁ, K. DOUDA, Josef BRYJA, Carl SMITH, L.O. POPA a Martin REICHARD. Modelling the invasion history of Sinanodonta woodiana in Europe: Tracking the routes of a sedentary aquatic invader with mobile parasitic larvae. EVOLUTIONARY APPLICATIONS. HOBOKEN: WILEY, 2018, roč. 11, č. 10, s. 1975-1989. ISSN 1752-4571. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/eva.12700.

HÁNOVÁ, Alexandra, Adam KONEČNÝ, Ondřej MIKULA, Leonid A. LAVRECHENKO, Alex MARTYNOV, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Molecular phylogeny and distribution of the most widespread African rodents, the multimammate mice genus Mastomys: a review. In 6th International Conference of Rodent Biology and Management and 16th Rodens et Spatium. 2018. ISBN 978-3-95547-059-3.

HÁNOVÁ, Alexandra, Adam KONEČNÝ, Ondřej MIKULA, Leonid A. LAVRECHENKO, Alex MARTYNOV, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Molekulární fylogeneze a distribuce nejrozšířenějších afrických hlodavců, myší rodu Mastomys. In Zoológia 2018, Zvolen. 2018. ISBN 978-80-228-3112-3.

HÁNOVÁ, Alexandra, Josef BRYJA, Tatiana AGHOVÁ, Violaine NICOLAS, Christiane DENYS, Radim ŠUMBERA a Adam KONEČNÝ. Molekulární fylogeneze afrických savanových myší rodu Lemniscomys založená na multilokusových datech. In Zoologické dny 2018, Praha. 2018.

MAZOCH, Vladimír, Ondřej MIKULA, Josef BRYJA, Hana KONVIČKOVÁ, Isa-Rita RUSSO, Erik VERHEYEN a Radim ŠUMBERA. Phylogeography of a widespread sub-Saharan murid rodent Aethomys chrysophilus: the role of geographic barriers and paleoclimate in the Zambezian bioregion. Mammalia. Berlin: WALTER DE GRUYTER GMBH, 2018, roč. 82, č. 4, s. 373-387. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2017-0001.

BRYJA, Josef, D. KOSTIN, Y. MEHERETU, Radim ŠUMBERA, A. BRYJOVA, M. KASSO, Ondřej MIKULA a L.A. LAVRENCHENKO. Reticulate Pleistocene evolution of Ethiopian rodent genus along remarkable altitudinal gradient. Molecular Phylogenetics and Evolution. SAN DIEGO: ACADEMIC PRESS INC ELSEVIER SCIENCE, 2018, roč. 118, č. 1, s. 75-87. ISSN 1055-7903. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ympev.2017.09.020.

KRÁLOVÁ, Tereza, Tomáš ALBRECHT, Josef BRYJA, D. HOŘÁK, A. JOHNSEN, J.T. LIFJELD, M. NOVOTNY, O. SEDLACEK, H. VELOVA a Michal VINKLER. Signatures of diversifying selection and convergence acting on passerine Toll-like receptor 4 in an evolutionary context. Molecular Ecology. Blackwell Publishing Ltd., 2018, roč. 27, č. 13, s. 2871-2883. ISSN 0962-1083. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/mec.14724.

TURBAKOVÁ, Barbora, Miroslav KUTAL, Michal BOJDA, Josef BRYJA, Petr KOUBEK a Jarmila KROJEROVÁ-PROKEŠOVÁ. Sociální struktura karpatské populace rysa ostrovida na západním okraji areálu výskytu. In Zoologické dny. 2018.

PETRUŽELA, Jan, Radim ŠUMBERA, Tatiana AGHOVÁ, Anna BRYJOVA, A.S. KATAKWEBA, C.A. SABUNI, W.N. CHITAUKALI a Josef BRYJA. Spiny mice of the Zambezian bioregion - phylogeny, biogeography and ecological differentiation within the Acomys spinosissimus complex. Mammalian Biology. Německo: Urban & Fischer, 2018, roč. 91, December, s. 79-90. ISSN 1616-5047. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.mambio.2018.03.012.

HÁNOVÁ, Alexandra, Josef BRYJA, Tatiana AGHOVÁ, Violaine NICOLAS, Christiane DENYS, Radim ŠUMBERA a Adam KONEČNÝ. The first molecular phylogeny of African striped grass mice (genus Lemniscomys) based on multilocus data. In International Conference on Integrative Approaches of Rodent Studies, Mashhad, Iran. 2018.

KONEČNÝ, Adam, Michal BUREŠ a Josef BRYJA. Diverzita a molekulární fylogeneze východoafrických bělozubek (Soricidae: Crocidura). In Zoologické dny Brno 2017: sborník abstraktů z konference 9.-10. února 2017. 2017. ISBN 978-80-87189-21-4.

BRYJA, Josef, Radim ŠUMBERA, Julian Kerbis PETERHANS, Tatiana AGHOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Ondřej MIKULA, Violaine NICOLAS, Christiane DENYS a Erik VERHEYEN. Evolutionary history of the thicket rats (genus Grammomys) mirrors the evolution of African forests since late Miocene. Journal of Biogeography. Hoboken, NJ USA: Wiley, 2017, roč. 44, č. 1, s. 182-194. ISSN 0305-0270. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jbi.12890.

AGHOVÁ, Tatiana, Yuri KIMURA, Josef BRYJA, Gauthier DOBIGNY, Laurent GRANJON a Gael J KERGOAT. Fossils know it best: using a new set of fossil calibrations to improve the temporal phylogenetic framework of murid rodents (Rodentia: Myomorpha: Muroidea: Muridae). 2017. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1101/180398.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Josef BRYJA, Violaine NICOLAS, Terrence DEMOS, Julian C. KERBIS PETERHANS a Adam KONEČNÝ. Fylogeografie a rozšíření afrických myší druhového komplexu Praomys jacksoni. In Zoologické dny Brno 2017: sborník abstraktů z konference 9.-10. února 2017. 2017. ISBN 978-80-87189-21-4.

TĚŠÍKOVÁ, Jana, A. BRYJOVA, Josef BRYJA, L.A. LAVRENCHENKO a Joëlle GOÜY DE BELLOCQ. Hantavirus Strains in East Africa Related to Western African Hantaviruses. Vector borne and zoonotic diseases. NEW ROCHELLE: Mary Ann Liebert, Inc., 2017, roč. 17, č. 4, s. 278-280. ISSN 1530-3667. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/vbz.2016.2022.

PETRUŽELA, Jan, Josef BRYJA, Anna BRYJOVÁ a Joëlle GOÜY DE BELLOCQ. Kofylogeneze hlodavců a jejich parazitů z rodu Pneumocystis. (lecture). In Zoologické Dny - National Zoological Congress. Brno, Czech Republic. 2017.

RYMEŠOVÁ, Dana, Tereza KRÁLOVÁ, Marta BURRI, Josef BRYJA, Oldřich TOMÁŠEK, Jana SVOBODOVÁ, Petr ŠMILAUER, Miroslav ŠÁLEK a Tomáš ALBRECHT. Mate choice for major histocompatibility complex complementarity in a strictly monogamous bird, the grey partridge (Perdix perdix). Frontiers in Zoology. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2017, roč. 14, č. 9, s. nestránkováno, 10 s. ISSN 1742-9994. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12983-017-0194-0.

AGHOVÁ, Tatiana, Radim ŠUMBERA, L. PIALEK, Ondřej MIKULA, M.M. MCDONOUGH, L.A. LAVRENCHENKO, Y. MEHERETU, J.S. MBAU a Josef BRYJA. Multilocus phylogeny of East African gerbils (Rodentia, Gerbilliscus) illuminates the history of the Somali-Masai savanna. Journal of Biogeography. HOBOKEN: WILEY, 2017, roč. 44, č. 10, s. 2295-2307. ISSN 0305-0270. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jbi.13017.

HÁNOVÁ, Alexandra, Adam KONEČNÝ, Ondřej MIKULA, Stuart J.E. BAIRD, Oliver GAST a Josef BRYJA. Nejpočetnější africký hlodavec Mastomys natalensis - nový model pro studium speciace. In Zoologické dny Brno 2017: sborník abstraktů z konference 9.-10. února 2017. 2017. ISBN 978-80-87189-21-4.

TURBAKOVÁ, Barbora, Tomaž SKRBINŠEK, Maja JELENČIČ, Miroslav KUTAL a Josef BRYJA. Non-invasive genetics of the Eurasian lynx of the Western Carpathians. In KUTAL, Miroslav. Zoologické dny. 2017. ISBN 978-80-87189-21-4.

LAVRENCHENKO, L.A., R.S. NADJAFOVA, A. BEKELE, T.A. MIRONOVA a Josef BRYJA. Phylogenetic position of a monotypic Ethiopian endemic rodent genus Megadendromus (Rodentia, Nesomyidae). Mammalia. Berlin: WALTER DE GRUYTER GMBH, 2017, roč. 81, č. 1, s. 71-82. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2015-0148.

AGHOVÁ, Tatiana, Yuri KIMURA, Josef BRYJA a Gael J KERGOAT. Skrytý potenciál fosílií: využitie starých fosílnych záznamov pre nové kalibrovanie evolúcie myšovitých hlodavcov (Rodentia: Muridae). In Zoologické dny. 2017.

HÁNOVÁ, Alexandra, Josef BRYJA, Tatiana AGHOVÁ, Violaine NICOLAS, Christiane DENYS, Radim ŠUMBERA a Adam KONEČNÝ. The first molecular phylogeny of African striped grass mice (genus Lemniscomys) based on multilocus data. In 91st Annual Meeting of the Deutsche Gesellschaft für Säugetierkunde, Greifswald. 2017.

TĚŠÍKOVÁ, Jana, Yonas MEHERETU, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Josef BRYJA a Joëlle GOÜY DE BELLOCQ. Tigray virus - hantavirus from the Ethiopian white-footed mouse (Stenocephalemys albipes). In CzechoSlovak virology conference 2017. 2017.

TĚŠÍKOVÁ, Jana, Yonas MEHERETU, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Josef BRYJA a Joëlle GOÜY DE BELLOCQ. Tigray virus - nově popsaný hantavirus u etiopského hlodavce Stenocephalemys albipes. In Zoologické dny Brno 2017 : Sborník abstraktů z konference 9.-10. února 2017. 2017. ISBN 978-80-87189-21-4.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA a Martin REICHARD. Východní Mediterán - centrum genetické diverzity evropských hořavek. In Zoologické Dny 2017. 2017.

BRYJA, Josef, Michal HORSÁK, Zdeněk ŘEHÁK a Jan ZUKAL. Zoologické dny Brno 2017, Brno, Ekonomicko-správní fakulta MU. 2017.

BRYJA, Josef, Michal HORSÁK, Veronika HORSÁKOVÁ, Zdeněk ŘEHÁK a Jan ZUKAL. Zoologické dny Brno 2017. Sborník abstraktů z konference 9 .-1 0 . února 2017. 1. vyd. Brno, 2017, s. 1-254. ISBN 978-80-87189-21-4.

HÁNOVÁ, Alexandra, Josef BRYJA, Tatiana AGHOVÁ, Radim ŠUMBERA a Adam KONEČNÝ. Ač má pruhy, zebrou není aneb fylogeneze myší rodu Lemniscomys. In Zoologické dny, České Budějovice 2016. 2016. ISBN 978-80-87189-20-7.

AGHOVÁ, Tatiana, Radim ŠUMBERA, Ondřej MIKULA, Klára PALUPČÍKOVÁ, Daniel FRYNTA a Josef BRYJA. Comparative phylogeography of the Somali-Masai savanna in eastern Africa using small rodents as a model. 2016.

GOÜY DE BELLOCQ, Joëlle, Jana TĚŠÍKOVÁ, Yonas MEHERETU, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Herwig LEIRS a Josef BRYJA. Complete genome characterisation and phylogenetic position of Tigray hantavirus from the Ethiopian white-footed mouse, Stenocephalemys albipes. Infection, Genetics and Evolution. Amsterdam: Elsevier Science, 2016, roč. 45, November, s. 242-245. ISSN 1567-1348. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.meegid.2016.09.009.

PETRUŽELA, Jan, Josef BRYJA, Anna BRYJOVÁ a Joëlle GOÜY DE BELLOCQ. Cophylogeny between rodents and their pathogens from genus Pneumocystis. (poster). In 15th Rodens et Spatium - International Conference on Rodent Biology, Olomouc, Czech Republic. 2016.

MIKULA, Ondřej, Radim ŠUMBERA, Tatiana AGHOVÁ, Judith S. MBAU, Josef BRYJA, Abdul S. KATAKWEBA a Christopher A. SABUNI. Evolutionary history and species diversity of African pouched mice (Rodentia: Nesomyidae: Saccostomus). Zoologica Scripta. Hoboken: Wiley, 2016, roč. 45, č. 6, s. 595-617. ISSN 0300-3256. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/zsc.12179.

HÁNOVÁ, Alexandra, Štěpánka ŘÍČANOVÁ, Josef BRYJA a Adam KONEČNÝ. Genetic-based modelling of population history and spread of the European ground squirrel (Spermophilus citellus). In The 15th Rodens et Spatium, International Conference on Rodent Biology, Olomouc, Czech Republic, 2016. 2016. ISBN 978-80-244-4984-5.

AGHOVÁ, Tatiana, Gauthier DOBIGNY, Laurent GRANJON, Yuri KIMURA, Josef BRYJA a Gael J. KERGOAT. Integrative phylogeography of rodents from Sudanian savanna. 2016.

PETRUŽELA, Jan, Josef BRYJA, Anna BRYJOVÁ a Joëlle GOÜY DE BELLOCQ. Koevoluce mezi africkými hlodavci a jejich patogeny z rodu Pneumocystis. (poster). In Zoologické Dny - National Zoological Congress. České Budějovice, Czech Republic. 2016.

HÁNOVÁ, Alexandra, Josef BRYJA, Tatiana AGHOVÁ, Violaine NICOLAS, Christiane DENYS, Radim ŠUMBERA a Adam KONEČNÝ. Molecular phylogeny of African striped grass mice (genus Lemniscomys). In vedecký kongres "Zoológia 2016", Nitra. 2016. ISBN 978-80-558-1102-4.

HÁNOVÁ, Alexandra, Josef BRYJA, Tatiana AGHOVÁ, Violaine NICOLAS, Christiane DENYS, Radim ŠUMBERA a Adam KONEČNÝ. Molecular phylogeny of African striped grass mice (genus Lemniscomys). In The 15th Rodens et Spatium, International Conference on Rodent Biology, Olomouc, Czech Republic, 2016. 2016. ISBN 978-80-244-4984-5.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Josef BRYJA, Violaine NICOLAS, Erik VERHEYEN, Jan KENNIS, Alain Didier MISSOUP a Adam KONEČNÝ. Molecular phylogeny of the genus Praomys (Rodentia: Murinae) with an emphasis on P. jacksoni species complex. 2016. ISBN 978-80-558-1102-4.

MIZEROVSKÁ, Daniela, Josef BRYJA, Violaine NICOLAS, Erik VERHEYEN, Jan KENNIS, Alain Didier MISSOUP a Adam KONEČNÝ. Molecular phylogeny of the genus Praomys (Rodentia: Murinae) with an emphasis on P. jacksoni species complex. In The 15th Rodens et Spatium, International Conference on Rodent Biology, Olomouc, Czech Republic, 2016. 2016. ISBN 978-80-244-4984-5.

BRYJA, Josef, Vladimír MAZOCH, Tatiana AGHOVÁ, Radim ŠUMBERA, Anna BRYJOVÁ, Jan PETRUŽELA a Ondřej MIKULA. Neviditelné bariéry ve východoafrické savaně - role klimatu, historie a geomorfologie. (lecture). In Zoologické Dny - National Zoological Congress. České Budějovice, Czech Republic. 2016.

UDDIN, Wasim, Josef BRYJA, Alexis RIBAS, Stuard BAIRD, Jaroslav PIÁLEK a Joëlle GOÜY DE BELLOCQ. Testing parasite intimacy: the whipworm Trichuris muris in the European house mouse hybrid zone. Ecology and Evolution. 2016, roč. 6, č. 9, s. 2688-2701. ISSN 2045-7758. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/ece3.2022.

JANOVA, E., Josef BRYJA, D. CIZMAR, L. CEPELKA a M. HEROLDOVA. A new method for assessing food quality in common vole (Microtus arvalis) populations. European Journal of Wildlife Research. Springer, 2015, roč. 61, č. 1, s. 57-62. ISSN 1612-4642. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10344-014-0873-5.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA a Martin REICHARD. Detailní populačně-genetická struktura hořavky duhové ve střední Evropě. In Zoologické Dny Brno. 2015.

MEHERETU, Yonas, Radim SUMBERA a Josef BRYJA. Enigmatic Ethiopian endemic rodent Muriculus imberbis (Ruppell 1842) represents a separate lineage within genus Mus. Mammalia. WALTER DE GRUYTER GMBH, 2015, roč. 79, č. 1, s. 15-23. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2013-0119.

MEHERETU, Yonas, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Enigmatic Ethiopian endemic rodent Muriculus imberbis (Rüppell 1842) represents a separate lineage within genus Mus. Mammalia. BERLIN: WALTER DE GRUYTER GMBH, 2015, roč. 79, č. 1, s. 15-23. ISSN 0025-1461. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1515/mammalia-2013-0119.

ZEMANOVÁ, Barbora, Petra HÁJKOVÁ, Bedřich HÁJEK, Natália MARTÍNKOVÁ, Peter MIKULÍČEK, Jan ZIMA a Josef BRYJA. Extremely low genetic variation in endangered Tatra chamois and evidence for hybridization with an introduced Alpine population. Conservation Genetics. Dordrecht: Springer, 2015, roč. 16, č. 3, s. 729-741. ISSN 1566-0621. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10592-015-0696-2.

BRYJA, Josef, Vladimír MAZOCH, Tatiana AGHOVÁ, Ondřej MIKULA, Molly MCDONOUGH, Jan PETRUŽELA, Rhodes MAKUNDI a Radim ŠUMBERA. Genetic structure of rodents in Zambezian savannah – the role of rivers, mountains and climatic changes. (lecture). In The 12th African Small Mammal Symposium, Mantasoa, Madagascar. 2015.

POPA, Oana P., Veronika BARTÁKOVÁ, Josef BRYJA, Martin REICHARD a Luis POPA. Characterization of nine microsatellite markers and development of multiplex PCRs for the Chinese huge mussel Anodonta (Sinanodonta) woodiana Lea, 1834 (Mollusca, Bivalvia). Biochemical Systematics and Ecology. 2015, roč. 60, June, s. 234-237. ISSN 0305-1978. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bse.2015.05.001.

HÁNOVÁ, Alexandra, Štěpánka ŘÍČANOVÁ, Josef BRYJA a Adam KONEČNÝ. Mapování historie a šíření populací sysla obecného (Spermophilus citellus). In Zoologické dny, Brno 2015. 2015. ISBN 978-80-87189-18-4.

MCDONOUGH, M.M., R. SUMBERA, V. MAZOCH, A.W. FERGUSON, C.D. PHILLIPS a Josef BRYJA. Multilocus phylogeography of a widespread savanna-woodland-adapted rodent reveals the influence of Pleistocene geomorphology and climate change inAfrica's Zambezi region. Molecular Ecology. Blackwell Publishing Ltd., 2015, roč. 24, č. 20, s. 5248-5266. ISSN 0962-1083. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/mec.13374.

KAŇUCH, Peter, Tatiana AGHOVÁ, Yonas MEHERETU, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. New discoveries on the ecology and echolocation of the heart-nosed bat Cardioderma cor with a contribution to the phylogeny of Megadermatidae. African Zoology. SCOTTSVILLE, SOUTH AFRICA: ZOOLOGICAL SOC SOUTHERN AFRICA, 2015, roč. 50, č. 1, s. 53-57. ISSN 1562-7020. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/15627020.2015.1021711.

JACQUET, F., C. DENYS, E. VERHEYEN, Josef BRYJA, R. HUTTERER, J.C.K. PETERHANS, W.T. STANLEY, S.M. GOODMAN, A. COULOUX, M. COLYN a V. NICOLAS. Phylogeography and evolutionary history of the Crocidura olivieri complex (Mammalia, Soricomorpha): from a forest origin to broad ecological expansion across Africa. BMC Evolutionary Biology. LONDON: BioMed Central, 2015, roč. 15, April, s. "nestrankovano", 15 s. ISSN 1471-2148. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12862-015-0344-y.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA a Martin REICHARD. Population genetic structure of the European bitterling in central Europe. In XV European Congress of Ichthyology. 2015.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Martin REICHARD, Radim BLAŽEK, Matej POLAČIK a Josef BRYJA. Terrestrial fishes: rivers are barriers to gene flow in annual fishes from the African savanna. Journal of Biogeography. Blackwell Scientific Publications, 2015, roč. 42, č. 10, s. 1832-1844. ISSN 0305-0270. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/jbi.12567.

AGHOVÁ, Tatiana, Lubomír PIÁLEK, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Ondřej MIKULA, Vladimír MAZOCH, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Analysis of rodent museum samples using DNA barcoding and next-generation sequencing. In NGS workshop Nové Hrady. 2014.

AGHOVÁ, Tatiana, Lubomír PIÁLEK, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Ondřej MIKULA, Vladimír MAZOCH, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Analysis of rodent museum samples using DNA barcoding and next-generation sequencing. In Conservation Genetics Workshop. 2014.

TĚŠÍKOVÁ, Jana, N. VAN HOUTTE, S. GRYSEELS, Y. MEHERETU, Josef BRYJA a J. GOÜY DE BELLOCQ. Arenaviry a hantaviry afrických drobných savců. In Zoologické dny Ostrava 2014 : Sborník abstraktů z konference 6.-7. února 2014. 2014. ISBN 978-80-87189-16-0.

KRÁLOVÁ, Tereza, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Jakub KREISINGER, Michal VINKLER, Jan T. LIFJELD, Arild JOHNSEN, Josef BRYJA a Tomáš ALBRECHT. Coding-sequence variability in TLR4 in tropical and temperate zone passerines. In Avian Immunology Research Group Meeting 2014, Guelph, Canada. 2014.

FORNŮSKOVÁ, Alena, Josef BRYJA, Michal VINKLER, Miloš MACHOLÁN a Jaroslav PIÁLEK. Contrasting patterns of polymorphism and selection in bacterial-sensing toll-like receptor 4 in two house mouse subspecies. ECOLOGY AND EVOLUTION. 2014, roč. 4, č. 14, s. 2931-2944. ISSN 2045-7758. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/ece3.1137.

AGHOVÁ, Tatiana, Lubomír PIÁLEK, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje? In Zoologické dny 2014. 2014.

BAINOVÁ, Hana, Tereza KRÁLOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Tomáš ALBRECHT, Josef BRYJA a Michal VINKLER. First evidence of independent pseudogenization of Toll-like receptor 5 in passerine birds. DEVELOPMENTAL AND COMPARATIVE IMMUNOLOGY. England, 2014, roč. 45, č. 1, s. 151-155. ISSN 0145-305X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dci.2014.02.010.

AGHOVÁ, Tatiana, Leonid LAVRENCHENKO, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Genetická diverzita pieskomilov z rodu Gerbilliscus odhaľuje históriu Somali-Maasai savany vo Východnej Afrike. In Zoologické dny 2014. 2014.

KRÁLOVÁ, Tereza, Hana BAINOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Michal VINKLER, Arild JOHNSEN, Jan T. LIFJELD, Tomáš ALBRECHT a Josef BRYJA. Mezidruhová variabilita Toll-like receptoru 4 u vybraných druhů pěvců tropického a mírného pásma. In Zoologické dny 2014, Ostrava. 2014.

AGHOVÁ, Tatiana, Leonid LAVRENCHENKO, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Molecular phylogeny of Eastern African gerbils (Gerbilliscus) reveals the history of SOmali-Maasai savannah. 2014.

BRYJA, Josef, Ondřej MIKULA, Radim ŠUMBERA, Yonas MEHERETU, Tatiana AGHOVÁ, Leonid A. LAVRENCHENKO, Vladimír MAZOCH, Nicholas OGUGE, Judith S MBAU, Kiros WELEGERIMA, Nicaise AMUNDALA, Marc COLYN, Herwig LEIRS a Erik VERHEYEN. Pan-African phylogeny of Mus (subgenus Nannomys ) reveals one of the most successful mammal radiations in Africa. BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2014, roč. 14, December, s. nestránkováno, 20 s. ISSN 1471-2148. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12862-014-0256-2.

DÁVIDOVÁ, Martina, Markéta ONDRAČKOVÁ, Jiří JARKOVSKÝ, Josef BRYJA a Martin REICHARD. Spatial variation of metazoan parasite communities in bitterling fish across its geographical distribution. In ICOPA XIII. 2014.

FORNŮSKOVÁ, Alena, Eric PETIT, Tomáš BARTONIČKA, Peter KAŇUCH, Alain BUTET, Zdeněk ŘEHÁK a Josef BRYJA. Strong matrilineal structure in common pipistrelle bats (Pipistrellus pipistrellus) is associated with variability in echolocation calls. Biological Journal of the Linnean Society. Academic Press, 2014, roč. 113, č. 4, s. 1115-1125. ISSN 0024-4066. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/bij.12381.

VINKLEROVÁ, Jitka, Hana BAINOVÁ, A. BRYJOVÁ, J. ELIÁŠ, Pavel HYRŠL, Lucie PROKOPOVÁ, J. SVOBODOVÁ, Tomáš ALBRECHT, Michal VINKLER a Josef BRYJA. Vliv polymorfismu TLR4 na prozánětlivou odpověď u sýkory koňadry (Parus major). In Zoologické dny 2014. 2014. ISBN 978-80-87189-16-0.

AGHOVÁ, Tatiana, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Analysis of distribution of genetic lineages of African rodents – DNA barcoding using next-generation sequencing and museum samples. In 9th International Conference on Behaviour, Physiology and Genetics of Wildlife. 2013.

TĚŠÍKOVÁ, Jana, Yonas MEHERETU, Josef BRYJA a Joelle GOÜY DE BELLOCQ. Arenaviruses and hantaviruses in small mammals of Eastern Africa. In 11th International Mammalogical Congress 2013 : Programme and Abstracts. 2013.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA, Matej POLAČIK, Radim BLAŽEK a Martin REICHARD. Comparative phylogeography of annual Nothobranchius fishes from southern Mozambique. In Fifth International Conference of the Pan African Fish and Fisheries Association (PAFFA5), African Fish and Fisheries: Diversity, Conservation and Sustainable Management, Book of Abstracts. 2013.

FORNŮSKOVÁ, Alena, Michal VINKLER, Marie PAGÈS, Maxime GALAN, Emmanuelle JOUSSELIN, Frederique CERQUEIRA, Serge MORAND, Nathalie CHARBONNEL, Josef BRYJA a Jean-François COSSON. Contrasted evolutionary histories of two Toll-like receptors (Tlr4 and Tlr7) in wild rodents (MURINAE). BMC Evolutionary Biology. BioMed Central, 2013, roč. 13, č. 194, s. 1-17. ISSN 1471-2148. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1471-2148-13-194.

ĆOSIĆ, Nada, Štěpánka ŘÍČANOVÁ, Josef BRYJA, Aleksandra PENEZIĆ a Duško ĆIROVIĆ. Do rivers and human-induced habitat fragmentation affect genetic diversity and population structure of the European ground squirrel at the edge of its Pannonian range? Conservation Genetics. Kluwer Academic Publishers, 2013, roč. 14, č. 2, s. 345-354. ISSN 1566-0621. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10592-013-0466-y.

AGHOVÁ, Tatiana, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Genetic diversity of Eastern African gerbils of genus Gerbilliscus reveals history of Somali-Maasai savanna. In The 11th International Mammalogical Congress 2013. 2013.

KRÁLOVÁ, Tereza, Anna BRYJOVÁ, Tomáš ALBRECHT a Josef BRYJA. Innate immunity receptors in tropical and temperate zone passerines. In 9th International Conference on Behaviour, Physiology and Genetics of Wildlife, 18th - 21st September 2013, Berlin, Germany. 2013.

PROMEROVÁ, Marta, Tereza KRÁLOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Tomáš ALBRECHT a Josef BRYJA. MHC Class IIB Exon 2 Polymorphism in the Grey Partridge (Perdix perdix) Is Shaped by Selection, Recombination and Gene Conversion. PLoS ONE. 2013, roč. 8, č. 7, s. "nestrankovano", 10 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0069135.

ŘÍČANOVÁ, Štěpánka, Yordan KOSHEV, Oldřich ŘÍČAN, Nada ĆOSIĆ, Duško ĆIROVIĆ, František SEDLÁČEK a Josef BRYJA. Multilocus phylogeography of the European ground squirrel: cryptic interglacial refugia of continental climate in Europe. Molecular Ecology. Blackwell Publishing Ltd., 2013, roč. 22, č. 16, s. 4256-4269. ISSN 0962-1083. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/mec.12382.

BUZAN, Elena V., Josef BRYJA, Barbora ZEMANOVÁ a Boris KRYSTUFEK. Population genetics of chamois in the contact zone between the Alps and the Dinaric Mountains: uncovering the role of habitat fragmentation and past management. Conservation Genetics. Kluwer Academic Publishers, 2013, roč. 14, č. 2, s. 401-412. ISSN 1566-0621. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10592-013-0469-8.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA, Matej POLAČIK, Radim BLAŽEK a Martin REICHARD. Řeky jako bariéry toku genů - ale pro ryby? Komparativní fylogeografie halančíků rodu Nothobranchius ze savan jižního Mosambiku. In Zoologické Dny Brno. 2013.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Martin REICHARD, Karel JANKO, Matej POLAČIK, Radim BLAŽEK, Kathrin REICHWALD, Alessandro CELLERINO a Josef BRYJA. Strong population genetic structuring in an annual fish, Nothobranchius furzeri, suggests multiple savannah refugia in southern Mozambique. BMC Evolutionary Biology. BioMed Central, 2013, roč. 13, č. 196, s. 1-15. ISSN 1471-2148. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1471-2148-13-196.

KRÁLOVÁ, Tereza, Marta PROMEROVÁ, Anna BRYJOVÁ, Tomáš ALBRECHT, Dana RYMEŠOVÁ a Josef BRYJA. Struktura MHC a jeho vliv na pohlavní výběr monogamního zástupce hrabavých, koroptve polní. In Zoologické Dny, 7. - 8.2.2013, Brno. 2013.

KRÁLOVÁ, T, Marta PROMEROVÁ, Anna BRYJOVÁ, Tomáš ALBRECHT a Josef BRYJA. Analýza genů hlavního histokompatibilního komplexu u zástupce hrabavých, koroptve polní (Perdix perdix; Galliformes). In Zoológia 2012, 22. - 24.11.2012, Zvolen, Slovenská republika. 2012.

TĚŠÍKOVÁ, Jana, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Yonas MEHERETU, Josef BRYJA a Joelle GOÜY DE BELLOCQ. Arenaviruses and hantaviruses in Eastern Africa - preliminary results. In The 13th Rodens et Spatium Conference : Abstracts. 2012. ISBN 978-951-40-2374-3.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA a Martin REICHARD. Genetická struktura halančíků rodu Nothobranchius v jižním Mosambiku. In Zoologické Dny Brno. 2012.

SEIFERTOVÁ, Mária, Josef BRYJA, Martina VYSKOČILOVÁ, Natália MARTÍNKOVÁ a Andrea VETEŠNÍKOVÁ ŠIMKOVÁ. Multiple Pleistocene refugia and postglacial colonization in the European chub (Squalius cephalus) revealed by combined use of nuclear and mitochondrial markers. Journal of Biogeography. 2012, roč. 39, č. 6, s. 1024-1040. ISSN 0305-0270. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2699.2011.02661.x.

BARTÁKOVÁ, Veronika, Josef BRYJA, Matej POLAČIK, Radim BLAŽEK a Martin REICHARD. Population genetic structure of annual Nothobranchius fishes in southern Mozambique. In XIV European Congress of Ichthyology. 2012.

AGHOVÁ, Tatiana, Hana KONVIČKOVÁ, Ondřej MIKULA, Radim ŠUMBERA a Josef BRYJA. Porovnávacia fylogeografia východoafrickej oblasti Somali-Maasai na príklade modelovej skupiny hlodavcov. 2012.

KRÁLOVÁ, Tereza, Marta PROMEROVÁ, Anna BRYJOVÁ, Tomáš ALBRECHT a Josef BRYJA. Variation of the major histocompatibility complex genes in the Grey Partridge (Perdix perdix; Galliformes). In Zoologické Dny, 9. - 10.2.2012, Olomouc. 2012.

TĚŠÍKOVÁ, Jana, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Sophie GRYSEELS, Josef BRYJA a Joelle GOÜY DE BELLOCQ. Výzkum arenavirů a hantavirů ve východní Africe. In Zoologické dny Olomouc 2012 : Sborník abstraktů z konference 9.-10. února 2012. 2012. ISBN 978-80-87189-11-5.

ŘÍČANOVÁ, Štěpánka, Josef BRYJA, Jean Francois COSSON, Csongor GEDEON, Lukáš CHOLEVA, Michal AMBROS a František SEDLÁČEK. Depleted genetic variation of the European ground squirrel in Central Europe in both microsatellites and the major histocompatibility complex gene: implications for conservation. Conservation Genetics. Netherlands: Springer, 2011, roč. 12/2011, č. 1, s. 1115-1129. ISSN 1566-0621. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10592-011-0213-1.

ZEMANOVÁ, Barbora, Petra HAJKOVA, Josef BRYJA, Jan Jr ZIMA, Andrea HAJKOVA a Jan ZIMA. Development of multiplex microsatellite sets for noninvasive population genetic study of the endangered Tatra chamois. Folia Zoologica. INST VERTEBRATE BIOLOGY AS CR, 2011, roč. 60, č. 1, s. 70-80. ISSN 0139-7893.

TOMÁŠEK, Oldřich, Michal VINKLER, Hana BAINOVÁ, Pavlína OPATOVÁ, Anna BRYJOVÁ, Josef BRYJA a Tomáš ALBRECHT. Structure and variability of Toll-like receptor genes in Grey Partridge (Perdix perdix). In 13th Congress of the European Society for Evolutionary Biology. Tübingen : Eberhard Karls Universität Tübingen. 2011.

JÁNOVÁ, Eva, Marta HEROLDOVÁ, Adam KONEČNÝ a Josef BRYJA. Traditional and diversified crops in South Moravia (Czech Republic): Habitat preferences of common vole and mice species. Mammalian Biology. Jena: German Society of Mammalogy, 2011, roč. 76/2011, č. 1, s. 570-576. ISSN 1616-5047. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.mambio.2011.04.003.

KRÁLOVÁ, Tereza, Marta PROMEROVÁ, Anna BRYJOVÁ a Josef BRYJA. Variation of the major histocompatibility complex genes in the Grey Partridge (Perdix perdix, Galliformes). In 8th International Conference on Behaviour, Physiology and Genetics of Wildlife, 14th - 17th September 2011, Berlin, Germany. 2011.

KAŇUCH, Peter, Alena FORNŮSKOVÁ, Tomáš BARTONIČKA, Josef BRYJA a Zdeněk ŘEHÁK. Do two cryptic pipistrelle bat species differ in their autumn and winter roosting strategies within the range of sympatry? Folia Zoologica. Brno: Institute of Vertebrate Biology AS CR, 2010, roč. 59, č. 2, s. 102– 107. ISSN 0139-7893.

JÁNOVÁ, Eva, Jiřina NESVADBOVÁ, Marta HEROLDOVÁ a Josef BRYJA. EFFECTIVENESS OF TWO TRAPPING PROTOCOLS FOR STUDYING THE DEMOGRAPHY OF COMMON VOLES. Hystrix Italian Journal of Mammalogy. 2010, roč. 21/2010, č. 2, s. 189-194.

HULVA, Pavel, Alena FORNŮSKOVÁ, Adéla CHUDÁRKOVÁ, Allowen EVIN, Benjamin ALLEGRINI, Petr BENDA a Josef BRYJA. Mechanisms of radiation in a bat group from the genus Pipistrellus inferred by phylogeography, demography and population genetics. Molecular Ecology. doi: 10.1111/j.1365-294X.2010.04899.x: Blackwell Publishing Ltd., 2010, roč. 2010, č. 1, 15 s. ISSN 0962-1083.

BUZAN, Elena V., Boris KRYSTUFEK a Josef BRYJA. Microsatellite markers confirm extensive population fragmentation of the endangered Balkan palaeoendemic Martino s vole (Dinaromys bogdanovi). Conservation Genetics. Netherlands: Springer, 2010, roč. 11/2010, č. 5, s. 1783-1794. ISSN 1566-0621.

BRYJA, Josef, Marcel UHRIN, Peter KAŇUCH, Petra BÉMOVÁ, Natália MARTÍNKOVÁ a Jan ZUKAL. Mitochondrial DNA confirms low genetic variation of the greater mouse-eared bats, Myotis myotis, in Central Europe. Acta Chiropterologica. Warszawa: Museum and Institute of Zoology, PAS, 2010, roč. 12/2010, č. 1, s. 73-81. ISSN 1508-1109.

BARTONIČKA, Tomáš, Peter KAŇUCH, Barbora BÍMOVÁ a Josef BRYJA. Olfactory discrimination between two cryptic species of bats Pipistrellus pipistrellus and P. pygmaeus. Folia Zoologica. Brno: Institute of Vertebrate Biology AS CR, 2010, roč. 59, č. 3, s. 175–182. ISSN 0139-7893.

HULVA, Pavel, Alena FORNŮSKOVÁ, Adéla CHUDÁRKOVÁ, Benjamin ALLEGRINI, Allowen EVIN, Petr BENDA, Ivan HORÁČEK, Tomáš BARTONIČKA a Josef BRYJA. Phylogeography of Pipistrellus pipistrellus species group: radiation and reticulation. In 15th International Bat Research Conference. 2010. ISBN 978-80-87154-46-5.

VINKLER, Michal, Oldřich TOMÁŠEK, Hana BAINOVÁ, Pavlína OPATOVÁ, Tomáš ALBRECHT, Anna BRYJOVÁ a Josef BRYJA. Toll-like receptor repertoire in grey partridge. In XI Avian Immunology Research Group Meeting: scientific program & proceedings. 2010. ISBN 978-963-88019-2-0.

BRYJA, Josef, Peter KAŇUCH, Alena FORNŮSKOVÁ, Tomáš BARTONIČKA a Zdeněk ŘEHÁK. Low population genetic structuring of two cryptic bat species suggests their migratory behaviour in continental Europe. Biological Journal of the Linnean Society. London: Blackwell Publishing, 2009, roč. 96, č. 1, s. 103-114, 11 s. ISSN 0024-4066.

DÁVIDOVÁ, Martina, Jiří JARKOVSKÝ, Markéta ONDRAČKOVÁ, Josef BRYJA, Martin REICHARD a Milan GELNAR. Metazoan parasite species richness and diversity of european bitterling: effect of geographical and phylogenetic distance. 2009. ISBN 978-80-210-4887-4.

KRYŠTUFEK, B., Josef BRYJA a E. V. BUŽAN. Mitochondrial phylogeography of the European ground squirrel, Spermophilus citellus, yields evidence on refugia for steppic taxa in the southern BalkansMitochondrial phylogeography of the ground squirrel. Heredity. 2009, roč. 103, č. 2, s. 129-135. ISSN 0018-067X.

DÁVIDOVÁ, Martina, Jiří JARKOVSKÝ, Markéta ONDRAČKOVÁ, Josef BRYJA, Martin REICHARD a Milan GELNAR. Spatial variation in species diversity and composition of metazoan parasite communities of the European bitterling across its geographical range. 2009. ISBN 978-9955-18-452-2.

ŘEHÁK, Zdeněk, Tomáš BARTONIČKA, Josef BRYJA a Jiří GAISLER. New records of the Alcathoe bat, Myotis alcathoe in Moravia (Czech Republic). Folia Zoologica. Brno: Institute of Vertebrate Biology AS CR, 2008, roč. 57, č. 4, s. 465 - 469. ISSN 0139-7893.

RYMEŠOVÁ, Dana, Petra SLÁMOVÁ, Jan HANEL, Jana SVOBODOVÁ, Markéta ZÁRYBNICKÁ, Karel ŠŤASTNÝ, Tomáš ALBRECHT, Zdeněk ŘEHÁK a Josef BRYJA. Paternita sýce rousného (Aegolius funereus). In Zoologické dny České Budějovice 2008. 2008. ISBN 978-80-87189-00-9.

TÓTHOVÁ, Andrea, Jan KNOZ, Radim SONNEK, Josef BRYJA a Jaromír VAŇHARA. Taxonomic problems in the subgenus Meloehelea Wirth of the genus Atrichopogon Kieffer (Diptera: Ceratopogonidae) inferred from both morphological and molecular characters. Entomologica Fennica. Helsinki: Entomologica Fennica, 2008, roč. 19, č. 1, s. 1-12, 64 s. ISSN 0785-8760.

BRYJA, Josef, Hana PATZENHAUEROVÁ, Tomáš ALBRECHT, Ladislav MOŠANSKÝ, Michal STANKO a Pavel STOPKA. Varying levels of female promiscuity in four Apodemus mice species. Behavioral Ecology and Sociobiology. New York: Springer, 2008, roč. 63, č. 1, s. 251-260. ISSN 0340-5443.

BRYJA, Josef, Hana PATZENHAUEROVÁ, Tomáš ALBRECHT, Ladislav MOŠANSKÝ, Michal STANKO a Pavel STOPKA. Varying levels of female promiscuity in four Apodemus mice species. Behavioral Ecology and Sociobiology. 2008, roč. 63, s. 251-260. ISSN 0340-5443.

POLÁKOVÁ, Radka, Martina VYSKOČILOVÁ, Jean-Francois MARTIN, Herman L . MAYS, Geoffrey E. HILL, Josef BRYJA a Tomáš ALBRECHT. A multiplex set of microsatellite markers for the scarlet rosefinch (Carpodacus erythrinus). Molecular Ecology Notes. Blackwell Publishing, 2007, roč. 7, č. 6, s. 1150-1154, 4 s. ISSN 1471-8278.

KAŇUCH, Peter, Petra HÁJKOVÁ, Zdeněk ŘEHÁK a Josef BRYJA. A rapid PCR-based test for species identification of two cryptic bats Pipistrellus pipistrellus and P. pygmaeus and its application on museum and dropping samples. Acta Chiropterologica. Warszawa: Museum and Institute of Zoology PAS, 2007, roč. 9, č. 1, s. 277-282. ISSN 1508-1109.

BRYJA, Josef, Peter KAŇUCH, Alena FORNŮSKOVÁ, Tomáš BARTONIČKA a Zdeněk ŘEHÁK. Detailed population genetic structure of two migratory cryptic species (Pipistrellus pipistrellus and P. pygmaeus) in continental Europe. In Program and Abstracts, XIV International Bat Research Conference. 2007.

KOČÁREK, Petr, Jaroslav HOLUŠA, Robert VLK a Pavel MARHOUL. Eumodicogryllus bordigallensis (Orthoptera: Gryllidae) in the Czech Republic. In BRYJA, Josef a Jan ZUKAL. Zoologické dny Brno 2007, Sborník abstraktů z konference 8.-9. února 2007. 2007. ISBN 978-80-903329-7-3.

MURÁRIKOVÁ, Natália, Hana NOVOTNÁ, Andrea TÓTHOVÁ, Josef BRYJA, Petr BEJDÁK a Jaromír VAŇHARA. Fylogenéza západopalaearktických druhov rodu Tachina (Diptera, Tachinidae) na základe morfologických a molekulárnych dát. In 19. Dipterologický seminár. Dubová pri Modre, SR. 5.-7.9. 2007. 2007.

KAŇUCH, Peter, Alena FORNŮSKOVÁ, Tomáš BARTONIČKA a Josef BRYJA. Multiplex panels of polymorphic microsatellite loci for two cryptic bat species of the genus Pipistrellus, developed by cross-species amplification within the family Vespertilionidae. Molecular Ecology Notes. Blackwell Publishing, 2007, roč. 7, č. 1, s. 871-873. ISSN 1471-8278.

BRYJA, Josef, Alena FORNŮSKOVÁ, Peter KAŇUCH, Tomáš BARTONIČKA, Hana PATZENHAUEROVÁ a Zdeněk ŘEHÁK. Nízká genetická strukturovanost a geografická izolace u středoevropských populací netopýra hvízdavého (Pipistrellus pipistrellus). In 8. celoštátna odborná konferencia s medzinárodnou účasťou. Výskum a ochrana cicavcov na Slovensku. 2007.

TÓTHOVÁ, Andrea, Jan KNOZ, Josef BRYJA a Jaromír VAŇHARA. Hodnocení fylogenetických vztahů a taxonomických problémů v čeledi Ceratopogonidae na základě sekvencí 16S rRNA genu. In Zoologické dny 2006 Brno. Brno: UBO AVCR, 2006, s. 122-123. ISBN 80-903329-4-3.

TÓTHOVÁ, Andrea, Josef BRYJA, Petr BEJDÁK a Jaromír VAŇHARA. Molecular markers used in phylogenetic studies of Diptera with a methodological overview. Acta Universitatis Carolinae. Praha: Univerzita Karlova, 2006, roč. 50, 1-2, s. 125-133. ISSN 0001-7132.

MURÁRIKOVÁ, Natália, Andrea TÓTHOVÁ, Josef BRYJA, Veronika MICHALKOVÁ a Jaromír VAŇHARA. Molekulárno-genetická analýza tribu Winthemiini (Diptera, Tachinidae): predbežné výsledky. In Zoologické dny 2006, Brno. Brno: UBO AVCR, 2006, s. 108-375. ISBN 80-903329-4-3.

MURÁRIKOVÁ, Natália, Andrea TÓTHOVÁ, Hana NOVOTNÁ, Josef BRYJA a Jaromír VAŇHARA. Phylogenetic relationships within the genus Tachina (Diptera, Tachinidae): preliminary results on the basis of 16S rDNA sequences. In Dipteron. Bulletin of the Dipterological section of the Polish Entomological Society. 22. vyd. Wroclaw: The Polish Entomological Society, 2006, s. 34-35. ISSN 1895-4464.

TÓTHOVÁ, Andrea, Jan KNOZ, Josef BRYJA a Jaromír VAŇHARA. Solving basal phylogeny and some taxonomic problems within family Ceratopogonidae (Diptera) using 16S rDNA sequences. In Proccedings of the 6th International Congress of Dipterology. Fukuoka, Japan: Organizing Comitee of the 6th International Congress of Dipterology, 2006, s. 271-272.

BÉMOVÁ, Petra, Josef BRYJA a Jan ZUKAL. Genetic strructure of Greater Mouse-eared Bat, Myotis myotis, population in the Moravian Karst and its surroundings. In Abstracts of the Xth European Bat Research Symposium. Galway, Ireland: National University of Ireland, 2005, s. 6-7. ISBN 0-9551141-0-1.

TÓTHOVÁ, Andrea, Rudolf ROZKOŠNÝ, Josef BRYJA, Jaromír VAŇHARA a Jana HORSÁKOVÁ. Phylogenetic relationships within family Stratiomyidae (Diptera) based on both morphological data and 16S rDNA sequences. In Proceedings of the 5th Asia-Pacific Congress of Entomology. South Korea: Comitee of the 5th Asia-Pacific Congress of Entomology, 2005, s. 131.

TÓTHOVÁ, Andrea, Jan KNOZ, Josef BRYJA, Jaromír VAŇHARA a Radim SONNEK. Revision of the subgenus Meloehelea (genus Atrichopogon; Diptera: Ceratopogonidae). In Proceedings of the 5th Asia-Pacific Congress of Entomology. Korea: Comitee of the 5th Asia-Pacific Congress of Entomology, 2005, s. 72.

REICHARD, Martin, Josef BRYJA, Markéta ONDRAČKOVÁ, Martina DÁVIDOVÁ, Paulina KANIEWSKA a Carl SMITH. Sexual selection for male dominance reduces opportunities for female mate choice in the European bitterling (Rhodeus sericeus). Molecular Ecology. 2005, roč. 14, č. 5, s. 1533-1542. ISSN 0962-1083.

ŘEHÁK, Zdeněk a Josef BRYJA. Vzpomínka na Bohuslava Beneše. Lynx (Praha), n.s. Praha: Národní muzeum, 2003, roč. 34, č. 1, s. 237-238. ISSN 0024-7774.

BRYJA, Josef a Zdeněk ŘEHÁK. Další doklady současné expanze areálu myšice temnopásé (Apodemus agrarius) na Moravě. Lynx (Praha), n.s. Praha: Národní muzeum, 2002, roč. 33, č. 1, s. 69-77. ISSN 0024-7774.

BARTONIČKA, Tomáš, Zdeněk ŘEHÁK, Petr WOLF a Josef BRYJA. Drobní savci CHKO Litovelské Pomoraví. Část 1. Netopýři - Chiroptera. Lynx (Praha), n.s. Praha: Národní muzeum, 2002, roč. 33, č. 1, s. 35-46. ISSN 0024-7774.

BRYJA, Josef, Zdeněk ŘEHÁK, Zdeněk VERMOUZEK, Petr WOLF a Tomáš BARTONIČKA. Drobní savci CHKO Litovelské Pomoraví. Část 2. Hmyzožravci a hlodavci - Insectivora et Rodentia. Lynx (Praha), n.s. Praha: Národní muzeum, 2002, roč. 33, č. 1, s. 79-87. ISSN 0024-7774.

VLK, Robert. Intenzita výskytu imág a druhová diverzita taxocenóz vrtalek (Diptera: Agromyzidae) v polních a skleníkových kulturách v České republice. In BRYJA, Josef a Jan ZUKAL. Zoologické dny Brno 2002: Abstrakta referátů z konference. 2002. ISBN 80-238-8270-8.

BRYJA, Josef, Emil TKADLEC, Jiřina NESVADBOVÁ, Jiří GAISLER a Jan ZEJDA. Comparison of enumeration and Jolly-Seber estimation of population size in the common vole Microtus arvalis. Acta Theriologica. Bialowieza: Mammal Research Institute, 2001, roč. 46, č. 3, s. 279-285. ISSN 0001-7051.

BRYJOVÁ, Martina, Hana MIKŠÍKOVÁ, Josef BRYJA a Zdeněk ŘEHÁK. Demografická charakteristika významných druhů hlodavců na území CHKO Poodří. In ŘEHÁK, Zdeněk a Josef BRYJA. Příroda Poodří - 1. celostátní přírodovědná konference s mezinárodní účastí. 1st. Brno: Masarykova univerzita, 2000, s. 51-52. ISBN 80-210-2298-1.

BRYJA, Josef a Zdeněk ŘEHÁK. Drobní zemní savci CHKO Poodří. In ŘEHÁK, Zdeněk a Josef BRYJA. Příroda Poodří - 1. celostátní přírodovědná konference s mezinárodní účastí. 1st. Brno: Masarykova univerzita, 2000, s. 41-42. ISBN 80-210-2298-1.

ŘEHÁK, Zdeněk a Josef BRYJA. Drodní zemní savci (Insectivora, Rodentia) mokřadních ekosystémů údolních niv řek Odry, Moravy a Dyje. In Mokřady 2000. Olomouc: Správa CHKO ČR a Český Ramsarský výbor, 2000, s. 251-258. ISBN 80-86143-20-1.

ŘEHÁK, Zdeněk. Letní výskyt netopýrů v CHKO Poodří. In ŘEHÁK, Zdeněk a Josef BRYJA. Příroda Poodří - 1. celostátní přírodovědná konference s mezinárodní účast. 1st. Brno: Masarykova univerzita, 2000, s. 42-43. ISBN 80-210-2298-1.

HOROVÁ, Lucie, Karla ZEMANOVÁ, Josef BRYJA, Jana ŠMARDOVÁ, Sabina ŠEVČÍKOVÁ, Petr VODIČKA, Jiří KOHOUTEK a Jan ŠMARDA. Srovnání anti-onkogenních vlastností retinoidových receptorů RAR a RXR. In Biochemistry and molecular biology on the threshold of a new century. Brno: Vydavatelství MU, 2000, s. 14-15. ISBN 80-210-2266-3.

ROZEHNAL, Jiří a Zdeněk ŘEHÁK. Srovnání metod odchytu drobných zemních savců v lužním lese. In BRYJA, Josef a Zdeněk ŘEHÁK. Příroda Poodří - 1. celostátní přírodovědná konference s mezinárodní účastí. 1st. Brno: Masarykova univerzita, 2000, s. 54-55. ISBN 80-210-2298-1.

REICHARD, Martin, Markéta ONDRAČKOVÁ, Radim BLAŽEK, Eva VYSLOUŽILOVÁ, Klára PETRŽELKOVÁ, Martin POKORNÝ, Edita MAZUROVÁ, Radana SMRČKOVÁ, Radim SONNEK, Iveta MATĚJUSOVÁ, Monika ŠUGERKOVÁ, Martina DÁVIDOVÁ, Andrea ŠIMKOVÁ, Kateřina FEIKUSOVÁ, Jitka SOUKUPOVÁ, Michal JANÁČ, Jiří ROZEHNAL, Josef BRYJA a Pavel JURAJDA. Věková struktura driftu kaprovitých ryb. In Zoologické dny Brno 2000: Abstrakta referátů z konference. Brno: Česká zoologická společnost, 2000, s. 44-45.

ŠMARDA, Jan, Karla ZEMANOVÁ, Josef BRYJA, Sabina ŠEVČÍKOVÁ, Lucie HOROVÁ, Jana ŠMARDOVÁ, Jiří KOHOUTEK a Petr VODIČKA. Activated retinoid receptors suppress the v-myb oncogene. In Cells. Praha: Czechoslovak Biological Society, 1999, s. 128. ISBN 80-7232-069-6.

BRYJA, Josef, Karla ZEMANOVÁ a Jan ŠMARDA. Antileukemické účinky proteinu RXR. Klinická biochemie a metabolismus. Praha: Česká lékařská společnost J.E. Purkyně, 1999, roč. 7, č. 1, s. 17. ISSN 1210-7921.

BRYJA, Josef a Zdeněk ŘEHÁK. Drobní zemní savci na území CHKO Poodří. In Poodří. Současné výsledky výzkumu v Chráněné krajinné oblasti Poodří. 1st. Ostrava: Společnost přátel Poodří, 1999, s. 104-108.

ŠMARDA, Jan, Karla ZEMANOVÁ, Josef BRYJA, Jana ŠMARDOVÁ, Alois KOZUBÍK, Jiřina HOFMANOVÁ, Alice NEMAJEROVÁ, Sabina ŠEVČÍKOVÁ, Jiří KOHOUTEK a Petr VODIČKA. Retinoid X receptor suppresses transformation by the v-myb oncogene. Journal of Leukocyte Biology. New York: Society for Leukocyte Biology, 1999, roč. 66, č. 6, s. 1039-1048. ISSN 0741-5400.

TKADLEC, Emil, Jan ZEJDA, Jiřina NESVADBOVÁ, Marta HEROLDOVÁ, Josef BRYJA a Boris RYCHNOVSKÝ. Does litter size in common voles increase with age? In Abstr. Euro-Amer. Mammal Congr. Santiago de Compostela: Mammal Society, 1998, s. 317.

HEROLDOVÁ, Marta, Jan ZEJDA, Josef BRYJA, Boris RYCHNOVSKÝ, Emil TKADLEC a Jiřina NESVADBOVÁ. Kolísání potravní nabídky při změnách početnosti hraboše polního (Microtus arvalis). In Zool. dny 1998 - abstr. ref. Brno: Čs. zool. spol., 1998, s. 55.

HOROVÁ, Lucie, Karla ZEMANOVÁ, Josef BRYJA, J. ŠMARDOVÁ, Sabina ŠEVČÍKOVÁ, Jiří KOHOUTEK a Jan ŠMARDA. Retinoic X receptor suppresses v-myb transformation. In Česko-Slovenská genetická konferencia při príležitosti 30. výročia založenia Katedry genetiky PF UK. Bratislava: Genetická spoločnosť Gregora Mendela, 1998, s. 59.

ZEMANOVÁ, Karla, Josef BRYJA a Jan ŠMARDA. Retinoid X receptor alpha suppresses v-Myb transformation. In Oncogenes and Growth Control. Heidelberg, Germany: European Molecular Biology Laboratory, 1998, s. 179.