Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2023

    1. Dicer structure and function: conserved and evolving features
      ZAPLETAL, David, Karel KUBÍČEK, Petr SVOBODA a Richard ŠTEFL. Dicer structure and function: conserved and evolving features. EMBO reports. Wiley, 2023, roč. 24, č. 7, s. 1-13. ISSN 1469-221X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15252/embr.202357215.
      URL
      RIV/00216224:14740/23:00132893 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Zapletal, David (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Dicer; dsRBD; helicase; miRNA; siRNA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 9. 3. 2024 15:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2358654/cs
    2. Human senataxin is a bona fide R-loop resolving enzyme and transcription termination factor
      HAŠANOVÁ, Zdenka, Veronika KLÁPŠŤOVÁ, Odil PORRUA, Richard ŠTEFL a Marek ŠEBESTA. Human senataxin is a bona fide R-loop resolving enzyme and transcription termination factor. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2023, roč. 51, č. 6, s. 2818-2837. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad092.
      URL
      RIV/00216224:14740/23:00132763 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Hašanová, Zdenka (703 Slovensko, domácí) -- Klápšťová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šebesta, Marek (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA-POLYMERASE-II; OCULOMOTOR APRAXIA TYPE-2; SACCHAROMYCES-CEREVISIAE SEN1; GENOME INSTABILITY; REPLICATION CONFLICTS; RNA/DNA HYBRIDS; PAUSE SITES; INFO-RNA; HELICASE; ATAXIA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 6. 4. 2024 19:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2355898/cs
    3. The phosphorylated trimeric SOSS1 complex and RNA polymerase II trigger liquid-liquid phase separation at double-strand breaks
      LONG, Qilin, Marek ŠEBESTA, Kateřina ŠEDOVÁ, Vojtěch HALUZA, Adele ALAGIA, Zhichao LIU, Richard ŠTEFL a Monika GULLEROVA. The phosphorylated trimeric SOSS1 complex and RNA polymerase II trigger liquid-liquid phase separation at double-strand breaks. Cell Reports. Elsevier, 2023, roč. 42, č. 12, s. 1-25. ISSN 2211-1247. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.celrep.2023.113489.
      URL
      RIV/00216224:14740/23:00133166 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Šebesta, Marek (703 Slovensko, garant, domácí) -- Šedová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: c-Abl kinase; CP: Molecular biology; DNA damage; DNA:RNA hybrids; hSSB1; LLPS; phase-separation; phosphorylation; R-loops; RNA polymerase II; SOSS1 complex
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 7. 4. 2024 11:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2364700/cs

    2022

    1. Cooperation between intrinsically disordered and ordered regions of Spt6 regulates nucleosome and Pol II CTD binding, and nucleosome assembly
      KASILIAUSKAITE, Aiste, Karel KUBÍČEK, Tomáš KLUMPLER, Martina ZÁNOVÁ, David ZAPLETAL, Eliska KOUTNA, Jiří NOVÁČEK a Richard ŠTEFL. Cooperation between intrinsically disordered and ordered regions of Spt6 regulates nucleosome and Pol II CTD binding, and nucleosome assembly. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, č. 10, s. 5961-5973. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkac451.
      URL
      RIV/00216224:14740/22:00127507 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kasiliauskaite, Aiste (440 Litva, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Klumpler, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Zánová, Martina (703 Slovensko, domácí) -- Zapletal, David (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA polymerase II; transcription elongation factor; transcription elongation factor Spt6; unclassified drug
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 8. 3. 2023 09:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2240862/cs
    2. Cryo-EM reveals the structural basis for the regulatory function of HEL1 domain in vertebrate DICERs
      ZAPLETAL, David, Karel KUBÍČEK, Martina ZÁNOVÁ, Radek MALIK, Marek ŠEBESTA, Jiří NOVÁČEK, Petr SVOBODA a Richard ŠTEFL. Cryo-EM reveals the structural basis for the regulatory function of HEL1 domain in vertebrate DICERs. In Instruct Biennial Structural Biology ConferenceMuntgebouw, Utrecht, The Netherlands | 19-20 May, 2022. 2022.
      Název česky: Cryo-EM odhaluje strukturní podstatu regulační funkce HEL1 domény DICERu v obratlovcích
      RIV/00216224:14310/22:00126100 Prezentace na konferencích. angličtina. Česká republika.
      Zapletal, David (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Zánová, Martina (703 Slovensko) -- Šebesta, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, Petr (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Dicer; RNA interference; RNAi; miRNA; siRNA
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 10. 3. 2023 13:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1862096/cs
    3. Structural and functional basis of mammalian microRNA biogenesis by Dicer
      ZAPLETAL, David, Eliska TABORSKA, Josef PASULKA, Radek MALIK, Karel KUBÍČEK, Martina ZÁNOVÁ, Christian MUCH, Marek ŠEBESTA, Valeria BUCCHERI, Filip HORVAT, Irena JENICKOVA, Michaela PROCHAZKOVA, Jan PROCHAZKA, Matyáš PINKAS, Jiří NOVÁČEK, Diego F JOSEPH, Radislav SEDLACEK, Carrie BERNECKY, Donal CARROLL, Richard ŠTEFL a Petr SVOBODA. Structural and functional basis of mammalian microRNA biogenesis by Dicer. Molecular Cell. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2022, roč. 82, č. 21, s. 4064-4079. ISSN 1097-2765. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2022.10.010.
      URL
      RIV/00216224:14740/22:00128561 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Zapletal, David (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Zánová, Martina (703 Slovensko, domácí) -- Šebesta, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Pinkas, Matyáš (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CRYO-EM STRUCTUREGUIDE STRAND SELECTIONRNA-BINDINGSTRUCTURE VALIDATIONTRBP COMPLEXMOUSEEXPRESSIONMOLPROBITYSPECIFICITYRECOGNITION
      CHYBA! Kontroly podle WoS:
      Počet stran neodpovídá počtu stran uvedenému ve WoS. '16' => '30'
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 2. 2023 20:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2252813/cs

    2021

    1. PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC
      APPEL, Lisa-Marie, Vedran FRANKE, Melania BRUNO, Irina GRISHKOVSKAYA, Aiste KASILIAUSKAITE, Tanja KAUFMANN, Ursula E. SCHOEBERL, Martin G. PUCHINGER, Sebastian KOSTRHON, Carmen EBENWALDNER, Marek ŠEBESTA, Etienne BELTZUNG, Karl MECHTLER, Gen LIN, Anna VLASOVA, Martin LEEB, Rushad PAVRI, Alexander STARK, Altuna AKALIN, Richard ŠTEFL, Carrie BERNECKY, Kristina DJINOVIC-CARUGO a Dea SLADE. PHF3 regulates neuronal gene expression through the Pol II CTD reader domain SPOC. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 12, č. 1, s. 6078-6101. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-021-26360-2.
      URL
      RIV/00216224:14740/21:00124351 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Kasiliauskaite, Aiste (440 Litva, domácí) -- Šebesta, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Gene expression; Neural stem cells; Transcription; X-ray crystallography
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 7. 12. 2022 15:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1838578/cs

    2020

    1. A Structural Basis for the Cross-Talk Between Histones and RNA Polymerase II
      KASILIAUSKAITE, Aiste, Richard ŠTEFL, Tomáš KLUMPLER a Jiří NOVÁČEK. A Structural Basis for the Cross-Talk Between Histones and RNA Polymerase II. In CEITEC PhD Conference. 2020.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00118407 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
      Kasiliauskaite, Aiste (440 Litva, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Klumpler, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Histones; RNA Polymerase II
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 17. 3. 2021 14:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1753034/cs
    2. Recognition of RNA Polymerase II C-terminal domain by RPRD2
      LINHARTOVÁ, Kateřina, Jakub MACOŠEK, Veronika JANŠTOVÁ, Eliška ŠMIŘÁKOVÁ, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Recognition of RNA Polymerase II C-terminal domain by RPRD2. In CEITEC PhD Conference. 2020.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00118409 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
      Linhartová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Macošek, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Janštová, Veronika (203 Česká republika) -- Šmiřáková, Eliška (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA Polymerase II C-terminal domain; RPRD2
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 17. 3. 2021 14:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1753038/cs
    3. Structural Characterization of the Interaction Between BRCA1-BARD1 and RNA Polymerase II
      KLÁPŠŤOVÁ, Veronika, Marek ŠEBESTA, Jiří NOVÁČEK a Richard ŠTEFL. Structural Characterization of the Interaction Between BRCA1-BARD1 and RNA Polymerase II. In CEITEC PhD Conference. 2020.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00118408 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
      Klápšťová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Šebesta, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: BRCA1-BARD1; RNA Polymerase II
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 17. 3. 2021 14:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1753036/cs
    4. Termination of non-coding transcription in yeast relies on both an RNA Pol II CTD interaction domain and a CTD-mimicking region in Sen1
      HAN, Z., Olga JASNOVIDOVA, N. HAIDARA, A. TUDEK, Karel KUBÍČEK, D. LIBRI, Richard ŠTEFL a O. PORRUA. Termination of non-coding transcription in yeast relies on both an RNA Pol II CTD interaction domain and a CTD-mimicking region in Sen1. EMBO Journal. Hoboken (USA): WILEY-BLACKWELL, 2020, roč. 39, č. 7, s. 101548-101569. ISSN 0261-4189. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15252/embj.2019101548.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00114181 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Jasnovidova, Olga (233 Estonsko, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: non-coding transcription; pervasive transcription; RNA polymerase II CTD; Sen1 helicase; transcription termination
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 11. 3. 2021 18:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1662605/cs
    5. Yeast Spt6 Reads Multiple Phosphorylation Patterns of RNA Polymerase II C-Terminal Domain In Vitro
      BRÁZDA, Pavel, Magdaléna KREJČÍKOVÁ, Aiste KASILIAUSKAITE, Eliška ŠMIŘÁKOVÁ, Tomáš KLUMPLER, Robert VÁCHA, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Yeast Spt6 Reads Multiple Phosphorylation Patterns of RNA Polymerase II C-Terminal Domain In Vitro. Journal of Molecular Biology. Academic Press, 2020, roč. 432, č. 14, s. 4092-4107. ISSN 0022-2836. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2020.05.007.
      URL
      RIV/00216224:14740/20:00114180 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Brázda, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Krejčíková, Magdaléna (203 Česká republika, domácí) -- Kasiliauskaite, Aiste (440 Litva, domácí) -- Šmiřáková, Eliška (203 Česká republika, domácí) -- Klumpler, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Vácha, Robert (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CTD; RNA polymerase II; Spt6; NMR structure; phosphorylation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 11. 3. 2021 19:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1662603/cs

    2019

    1. Efficient and robust preparation of tyrosine phosphorylated intrinsically disordered proteins
      BRÁZDA, Pavel, Ondrej ŠEDO, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Efficient and robust preparation of tyrosine phosphorylated intrinsically disordered proteins. BioTechniques. UNITED HOUSE, 2 ALBERT PL, LONDON N3 1QB: FUTURE SCI LTD, 2019, roč. 67, č. 1, s. 16-22. ISSN 0736-6205. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.2144/btn-2019-0033.
      URL
      Název anglicky: Efficient and robust preparation of tyrosine phosphorylated intrinsically disordered proteins
      RIV/00216224:14740/19:00107820 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Brázda, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Šedo, Ondrej (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: C-terminal domain; co-expression; CTD; IDP; intrinsically disordered proteins; phosphorylation; purification; RNA polymerase II; TRANSCRIPTION TERMINATION; LARGEST SUBUNIT; CELL-CYCLE; KINASE; STRATEGIES; SEMISYNTHESIS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 20. 2. 2020 12:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1585263/cs

    2017

    1. Structural insight into recognition of phosphorylated threonine-4 of RNA polymerase II C-terminal domain by Rtt103p
      JASNOVIDOVA, Olga, Magdaléna KREJČÍKOVÁ, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Structural insight into recognition of phosphorylated threonine-4 of RNA polymerase II C-terminal domain by Rtt103p. EMBO reports. Hoboken: Wiley-Blackwell, 2017, roč. 18, č. 6, s. 906-913. ISSN 1469-221X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.15252/embr.201643723.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00094697 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Jasnovidova, Olga (233 Estonsko, domácí) -- Krejčíková, Magdaléna (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; RNA processing; RNAPII CTD code; structural biology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 23. 2. 2018 13:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1376840/cs
    2. Structure and dynamics of the RNAPII CTDsome with Rtt103
      JASNOVIDOVA, Olga, Tomáš KLUMPLER, Karel KUBÍČEK, Sergei KALYNYCH, Pavel PLEVKA a Richard ŠTEFL. Structure and dynamics of the RNAPII CTDsome with Rtt103. Proceeding of the National Academy of Sciences of the USA. The Academy, 2017, roč. 114, č. 42, s. 11133-11138. ISSN 0027-8424. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1712450114.
      URL
      RIV/00216224:14740/17:00095104 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Jasnovidova, Olga (233 Estonsko, domácí) -- Klumpler, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Kalynych, Sergei (124 Kanada, domácí) -- Plevka, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CTDsome; SAXS; NMR; X ray; Rtt103; RNA Polymerase II
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 14. 3. 2018 15:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1393597/cs

    2016

    1. Recognition of phosphorylated threonine-4 of RNA polymerase II C-terminal domain by 3 '-end processing apparatus
      JASNOVIDOVA, Olga, Magdaléna KREJČÍKOVÁ, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Recognition of phosphorylated threonine-4 of RNA polymerase II C-terminal domain by 3 '-end processing apparatus. In 41st FEBS Congress on Molecular and Systems Biology for a Better Life. 2016. ISSN 1742-464X.
      RIV/00216224:14740/16:00096392 Konferenční abstrakt. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Jasnovidova, Olga (233 Estonsko, domácí) -- Krejčíková, Magdaléna (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR ; RNA processing; RNAPII; CTD code; structural biology; phosphorylation; Rtt103p
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 8. 11. 2017 16:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1376987/cs
    2. What are the key aspects of interaction between RNA polymerase II C-terminal domain phosphorylated on tyrosine-1 and the elongation factors
      KUBÍČEK, Karel, Magdaléna KREJČÍKOVÁ, Pavel BRÁZDA, Eliška ŠMIŘÁKOVÁ, Jiří NOVÁČEK, Patrick CRAMER a Richard ŠTEFL. What are the key aspects of interaction between RNA polymerase II C-terminal domain phosphorylated on tyrosine-1 and the elongation factors. In 41st FEBS Congress on Molecular and Systems Biology for a Better Life. 2016. ISSN 1742-464X.
      RIV/00216224:14740/16:00096391 Konferenční abstrakt. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Krejčíková, Magdaléna (203 Česká republika, domácí) -- Brázda, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Šmiřáková, Eliška (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Cramer, Patrick (276 Německo) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA polymerase II; CTD; tSH2 Spt6; elongation factor; structural biology; NMR; transcription
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 9. 11. 2017 09:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1376986/cs

    2015

    1. Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles
      KŘENEK, Aleš, Karel KUBÍČEK, Richard ŠTEFL a Jiří FILIPOVIČ. Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles. Online. In Simon Lin, Vicky Huang. Proceedings of International Symposium on Grids and Clouds 2015. Pissa: Proceedings of Science, 2015, s. nestránkováno, 9 s. ISSN 1824-8039.
      URL
      Název anglicky: Accurate Fitting SAXS Curves with NMR Structure Ensembles
      RIV/00216224:14610/15:00083645 Stať ve sborníku. Biochemie. angličtina.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: saxs; nmr; ensamble fit
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 27. 4. 2018 14:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1309251/cs
    2. Biological Small Angle X-ray Scattering at CEITEC-MU
      KLUMPLER, Tomáš, Tereza GERGURI, Olga JASNOVIDOVA, Lumír KREJČÍ, Karel KUBÍČEK, Daniel NĚMEČEK, Vojtěch SEDLÁČEK a Richard ŠTEFL. Biological Small Angle X-ray Scattering at CEITEC-MU. Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology. Praha: Krystalografická společnost, 2015, roč. 22, č. 3, s. 127-132. ISSN 1211-5894.
      URL
      Název česky: Biologický maloúhlý rentgenový rozptyl v CEITEC-MU
      Biofyzika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: saxs, biosaxs, ceitec, services
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 15. 4. 2016 08:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1310370/cs
    3. Can We Execute Stable Microsecond-Scale Atomistic Simulations of Protein-RNA Complexes?
      KREPL, Miroslav, Marek HAVRILA, Petr STADLBAUER, Pavel BANÁŠ, Michal OTYEPKA, Josef PASULKA, Richard ŠTEFL a Jiří ŠPONER. Can We Execute Stable Microsecond-Scale Atomistic Simulations of Protein-RNA Complexes? Journal of Chemical Theory and Computation. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2015, roč. 11, č. 3, s. 1220-1243. ISSN 1549-9618. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/ct5008108.
      URL
      RIV/00216224:14740/15:00080801 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
      Krepl, Miroslav (203 Česká republika) -- Havrila, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Stadlbauer, Petr (203 Česká republika) -- Banáš, Pavel (203 Česká republika) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; PARTICLE MESH EWALD; MECHANICS FORCE-FIELDS; RIBOSOMAL L1 STALK; BINDING PROTEINS; NUCLEIC-ACIDS; CAENORHABDITIS-ELEGANS; CRYSTAL-STRUCTURE; NONCODING RNAS; ANIMAL VIRUS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 18. 5. 2015 12:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1299537/cs
    4. RBM7 subunit of the NEXT complex binds U-rich sequences and targets 3 '-end extended forms of snRNAs
      HROŠŠOVÁ, Dominika, Tomáš ŠIKORSKÝ, David POTĚŠIL, Marek BARTOŠOVIČ, Josef PASULKA, Zbyněk ZDRÁHAL, Richard ŠTEFL a Štěpánka VAŇÁČOVÁ. RBM7 subunit of the NEXT complex binds U-rich sequences and targets 3 '-end extended forms of snRNAs. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2015, roč. 43, č. 8, s. 4236-4248. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv240.
      URL
      RIV/00216224:14740/15:00081028 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Hroššová, Dominika (703 Slovensko, domácí) -- Šikorský, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Potěšil, David (203 Česká republika, domácí) -- Bartošovič, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA-POLYMERASE-II; CRYPTIC UNSTABLE TRANSCRIPTS; STRUCTURAL BASIS; SPLICING REGULATION; POLY(A) POLYMERASE; PROTEOMIC ANALYSIS; PROTEIN-STRUCTURE; QUALITY-CONTROL; EXOSOME; RECOGNITION
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 18. 11. 2015 13:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1311339/cs

    2014

    1. Molecular Basis for Coordinating Transcription Termination with Noncoding RNA Degradation
      TUDEK, Agnieszka, Odil Porrua FUERTE, Tomasz KABZINSKI, Michael LIDSCHREIBER, Karel KUBÍČEK, Andrea FOŘTOVÁ, Francoise LACROUTE, Štěpánka VAŇÁČOVÁ, Patrick CRAMER, Richard ŠTEFL a Domenico LIBRI. Molecular Basis for Coordinating Transcription Termination with Noncoding RNA Degradation. Molecular Cell. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2014, roč. 55, č. 3, s. 467-481. ISSN 1097-2765. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.molcel.2014.05.031.
      URL
      RIV/00216224:14740/14:00073613 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Tudek, Agnieszka (250 Francie) -- Fuerte, Odil Porrua (724 Španělsko) -- Kabzinski, Tomasz (616 Polsko, domácí) -- Lidschreiber, Michael (276 Německo) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Fořtová, Andrea (203 Česká republika, domácí) -- Lacroute, Francoise (250 Francie) -- Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, domácí) -- Cramer, Patrick (276 Německo) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí) -- Libri, Domenico (380 Itálie)
      Klíčová slova anglicky: CRYPTIC UNSTABLE TRANSCRIPTS; POLYMERASE-II TRANSCRIPTS; BINDING PROTEINS NRD1; QUALITY-CONTROL; SACCHAROMYCES-CEREVISIAE; PERVASIVE TRANSCRIPTION; BIDIRECTIONAL PROMOTERS; POLY(A) POLYMERASE; NUCLEAR EXOSOME; TRAMP COMPLEX
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 29. 10. 2014 09:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1182103/cs
    2. Structure and semi-sequence-specific RNA binding of Nrd1
      BAČÍKOVÁ, Veronika, Josef PASULKA, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Structure and semi-sequence-specific RNA binding of Nrd1. Nucleic Acids Research. United Kingdom: Oxford University Press, 2014, roč. 42, č. 12, s. 8024-8038. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gku446.
      URL
      RIV/00216224:14740/14:00073612 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Bačíková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein Nrd1; RNA; untranslated RNA; fluorescence analysis; RNA processing; transcription termination; RNA surveillance; RNA recognition motif
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 3. 12. 2014 10:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1182096/cs

    2013

    1. The CTD code of RNA polymerase II: a structural view
      JASNOVIDOVA, Olga a Richard ŠTEFL. The CTD code of RNA polymerase II: a structural view. Wiley Interdisciplinary Reviews: RNA. Hoboken, USA: WILEY-BLACKWELL, 2013, roč. 4, č. 1, s. 1-16. ISSN 1757-7004. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/wrna.1138.
      URL
      Název anglicky: The CTD code of RNA polymerase II: a structural view
      RIV/00216224:14740/13:00065946 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Jasnovidova, Olga (233 Estonsko, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CARBOXYL-TERMINAL DOMAIN; PROLYL CIS/TRANS ISOMERASES; MESSENGER-RNA; TRANSCRIPTION TERMINATION; GENE-EXPRESSION; CAPPING ENZYME; O-GLCNAC; TYROSINE PHOSPHORYLATION; PERVASIVE TRANSCRIPTION; BIDIRECTIONAL PROMOTERS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 24. 10. 2013 09:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1073506/cs

    2012

    1. Air2p is critical for the assembly and RNA-binding of the TRAMP complex and the KOW domain of Mtr4p is crucial for exosome activation
      HOLUB, Peter, Jana LALÁKOVÁ, Hana ČERNÁ, Josef PASULKA, Marie SÁRAZOVÁ, Kristýna HRAZDILOVÁ, Maria SAŇUDO ARCE, Fruzsina HÓBOR, Richard ŠTEFL a Štěpánka VAŇÁČOVÁ. Air2p is critical for the assembly and RNA-binding of the TRAMP complex and the KOW domain of Mtr4p is crucial for exosome activation. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2012, roč. 40, č. 12, s. 5679-5693. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gks223.
      URL
      RIV/00216224:14740/12:00057391 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Holub, Peter (203 Česká republika, domácí) -- Laláková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Černá, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Sárazová, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Hrazdilová, Kristýna (203 Česká republika, domácí) -- Saňudo Arce, Maria (724 Španělsko, domácí) -- Hóbor, Fruzsina (348 Maďarsko, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA recognition; binding; RNA processing; RNA-protein interaction
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 7. 4. 2013 12:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/982490/cs
    2. In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1 dependent transcription termination
      PORRUA-FUERTE, Odil, Fruzsina HÓBOR, Jocelyne BOULAY, Karel KUBÍČEK, Yves D’AUBENTON-CARAFA, Rajani Kanth GUDIPATI, Richard ŠTEFL a Domenico LIBRI. In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1 dependent transcription termination. EMBO Journal. NEW YORK: NATURE PUBLISHING GROUP, 2012, roč. 31, č. 19, s. 3935-3948. ISSN 0261-4189. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/emboj.2012.237.
      URL
      RIV/00216224:14740/12:00057509 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Porrua-Fuerte, Odil (724 Španělsko) -- Hóbor, Fruzsina (348 Maďarsko, domácí) -- Boulay, Jocelyne (250 Francie) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- D’Aubenton-Carafa, Yves (250 Francie) -- Gudipati, Rajani Kanth (250 Francie) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Libri, Domenico (250 Francie, garant)
      Klíčová slova anglicky: cryptic unstable transcripts; transcription termination; Nrd1p-Nab3p-Sen1p complex; hidden transcription; transcriptional insulators
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 11. 4. 2013 08:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/988334/cs
    3. Recognition of asymmetrically dimethylated arginine by TDRD3
      ŠIKORSKÝ, Tomáš, Fruzsina HÓBOR, Eva KRIŽANOVÁ, Josef PASULKA, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Recognition of asymmetrically dimethylated arginine by TDRD3. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2012, roč. 40, č. 22, s. 11748-11755. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gks929.
      URL
      Název česky: Recognition of asymmetrically dimethylated arginine by TDRD3
      Název anglicky: Recognition of asymmetrically dimethylated arginine by TDRD3
      RIV/00216224:14740/12:00057639 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Šikorský, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Hóbor, Fruzsina (348 Maďarsko, domácí) -- Križanová, Eva (703 Slovensko, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: tudor; assymetric dimethylarginine; histone; C-terminal domain of RNA polymerase II; recognition mark; nuclear magnetic resonance
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 12. 4. 2013 08:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1068202/cs
    4. RNA
      ŠTEFL, Richard a Vladimír SKLENÁŘ. RNA. In Ivano Pertini, Kathleen S. McGreevy, Giacomo Parigi. NMR of Biomolecules, Towards Mechanistic System Biology. 1. vyd. Weinheim, Německo: Wiley-Blackwell, 2012, s. 119-135. ISBN 978-3-527-32850-5.
      Název česky: RNA
      RIV/00216224:14740/12:00057098 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Německo.
      Štefl, Richard (203 Česká republika, domácí) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA NMR
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 11. 3. 2013 05:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/983329/cs
    5. Serine phosphorylation and proline isomerization in RNAP II CTD control recruitment of Nrd1
      KUBÍČEK, Karel, Hana ČERNÁ, Peter HOLUB, Josef PASULKA, Dominika HROŠŠOVÁ, Frank LOEHR, Ctirad HOFR, Štěpánka VAŇÁČOVÁ a Richard ŠTEFL. Serine phosphorylation and proline isomerization in RNAP II CTD control recruitment of Nrd1. Genes & Development. New York: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2012, roč. 26, č. 17, s. 1891-1896. ISSN 0890-9369. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1101/gad.192781.112.
      URL
      RIV/00216224:14740/12:00057508 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Černá, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Holub, Peter (203 Česká republika, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Hroššová, Dominika (703 Slovensko, domácí) -- Loehr, Frank (276 Německo) -- Hofr, Ctirad (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RNA polymerase II; CTD code; phosphorylation; proline isomerization; RNA processing and degradation; NMR spectroscopy; structure
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 7. 4. 2013 04:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/988332/cs

    2011

    1. Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein
      HÓBOR, Fruzsina, Roberto PERGOLI, Karel KUBÍČEK, Dominika HROŠŠOVÁ, Veronika BAČÍKOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Josef PASULKA, Ctirad HOFR, Štěpánka VAŇÁČOVÁ a Richard ŠTEFL. Recognition of transcription termination signal by the nuclear polyadenylated RNA-binding (Nab)3 protein. The Journal of Biological Chemistry. Am. Soc. for Biochem. and Mol. Biol., 2011, roč. 286, č. 5, s. 3645-3657. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.M110.158774.
      RIV/00216224:14740/11:00049398 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Hóbor, Fruzsina (348 Maďarsko, domácí) -- Pergoli, Roberto (380 Itálie, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Hroššová, Dominika (703 Slovensko, domácí) -- Bačíková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Hofr, Ctirad (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; Protein structure; RNA processing; RNA-protein interaction; Transcription termination
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 25. 3. 2012 05:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/907969/cs
    2. 1H, 13C, and 15N resonance assignments for the CTD-Interacting Domain of Nrd1 bound to Ser5-phosphorylated CTD of RNA Polymerase II
      KUBÍČEK, Karel, Josef PASULKA, Hana ČERNÁ, Frank LÖHR a Richard ŠTEFL. 1H, 13C, and 15N resonance assignments for the CTD-Interacting Domain of Nrd1 bound to Ser5-phosphorylated CTD of RNA Polymerase II. Biomolecular NMR Assignments. Netherlands: Springer Netherlands, 2011, roč. 5, č. 2, s. 203-205. ISSN 1874-2718. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s12104-011-9300-y.
      URL
      Název česky: Přířazení 1H, 13C, 15N rezonančních frekvencí CTD interagující domény proteinu Nrd1 v komplexu s 5pSer CTD RNA polymerázy II
      RIV/00216224:14740/11:00049411 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Nizozemské království.
      Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Černá, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Löhr, Frank (276 Německo) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CTD-interacting domain (CID); CTD; RNA-processing; transcription termination
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 28. 3. 2012 00:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/927075/cs

    2010

    1. The computational view inside the dynamical behavior of the RNA-binding motive
      PASULKA, Josef, Jaroslav KOČA a Richard ŠTEFL. The computational view inside the dynamical behavior of the RNA-binding motive. In 8th Discussions in Structural Molecular Biology, Nove Hrady, March 18 - 20, 2010. 2010. ISSN 1211-5894.
      Název česky: The computational view inside the dynamical behavior of the RNA-binding motive
      Název anglicky: The computational view inside the dynamical behavior of the RNA-binding motive
      Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics; RNA-binding motive; ADAR2; RNA recognition
      Změnil: Mgr. Josef Pasulka, Ph.D., učo 105979. Změněno: 30. 12. 2010 11:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/877469/cs
    2. The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove
      ŠTEFL, Richard, Florian OBERSTRASS, Jeniffer HOOD, Muriel JOURDAN, Michal ZIMMERMANN, Lenka SKŘÍŠOVSKÁ, Christophe MARIS, Li PENG, Ctirad HOFR, Ronald EMESON a Frederic ALLAIN. The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove. CELL. UNITED STATES: CELL PRESS, 2010, roč. 143, č. 2, s. 225-237. ISSN 0092-8674.
      Název česky: The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove
      Název anglicky: The Solution Structure of the ADAR2 dsRBM-RNA Complex Reveals a Sequence-Specific Readout of the Minor Groove
      RIV/00216224:14310/10:00040623 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí) -- Oberstrass, Florian (756 Švýcarsko) -- Hood, Jeniffer (840 Spojené státy) -- Jourdan, Muriel (250 Francie) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Skříšovská, Lenka (203 Česká republika) -- Maris, Christophe (250 Francie) -- Peng, Li (840 Spojené státy) -- Hofr, Ctirad (203 Česká republika, domácí) -- Emeson, Ronald (840 Spojené státy) -- Allain, Frederic (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: OUBLE-STRANDED-RNA; TORSION ANGLE DYNAMICS; DSRNA-BINDING DOMAIN; ADENOSINE DEAMINASES; RIBONUCLEASE-III; EDITING ENZYME; PROTEIN-KINASE; GLUR-B; NMR; RECOGNITION
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. Mgr. Ctirad Hofr, Ph.D., učo 7807. Změněno: 14. 12. 2010 16:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/908019/cs
    3. (1)H, (13)C, and (15)N chemical shift assignments for the RNA recognition motif of Nab3.
      PERGOLI, Roberto, Karel KUBÍČEK, Fruzsina HÓBOR, Josef PASULKA a Richard ŠTEFL. (1)H, (13)C, and (15)N chemical shift assignments for the RNA recognition motif of Nab3. Biomolecular NMR Assignments. UNITED STATES: SPRINGER, 2010, roč. 4, č. 1, s. 119-121. ISSN 1874-2718. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s12104-010-9221-1.
      URL
      Název česky: Přiřazení (1)H, (13)C a (15)N rezonančních frekvencí RNA-rozpoznávacího motivu proteinu Nab3
      Název anglicky: (1)H, (13)C, and (15)N chemical shift assignments for the RNA recognition motif of Nab3.
      RIV/00216224:14310/10:00040504 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Nizozemské království.
      Pergoli, Roberto (380 Itálie, domácí) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Hóbor, Fruzsina (348 Maďarsko, domácí) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Nab3 - RNA-binding motif - RRM - Transcription termination
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD., učo 20563. Změněno: 17. 1. 2012 16:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/878566/cs
    4. 1H, 13C, and 15N chemical shift assignments of ZCCHC9
      SAŇUDO ARCE, Maria, Martin JACKO, Christiane RAMMELT, Štěpánka VAŇÁČOVÁ a Richard ŠTEFL. 1H, 13C, and 15N chemical shift assignments of ZCCHC9. Biomolecular NMR Assignments. SPRINGER, 2010, roč. 5, č. 1, s. 19-21. ISSN 1874-2718. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s12104-010-9257-2.
      URL
      RIV/00216224:14310/10:00040608 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Saňudo Arce, Maria (724 Španělsko, domácí) -- Jacko, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Rammelt, Christiane (756 Švýcarsko) -- Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, domácí) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ZCCHC9; Zinc knuckle; CCHC; RNA degradation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 19. 4. 2013 14:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/902553/cs

    2009

    1. Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1
      ČERNÁ, Hana, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1. In Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1. 2009. ISSN 1211-5894.
      Název česky: Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1
      Název anglicky: Recognition of phosphorylated CTD of RNA Pol II by Nrd1
      RIV/00216224:14310/09:00028837 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Černá, Hana (203 Česká republika) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR; CTD; RNA; transcription termination
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 25. 3. 2010 18:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/877472/cs
    2. Structure and RNA binding of Nab3
      HÓBOR, Fruzsina, Karel KUBÍČEK, Josef PASULKA a Richard ŠTEFL. Structure and RNA binding of Nab3. In Structure and RNA binding of Nab3. 2009. ISSN 1211-5894.
      Název anglicky: Structure and RNA binding of Nab3
      RIV/00216224:14310/09:00028838 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Hóbor, Fruzsina (348 Maďarsko) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR; Nab3; RNA binding ; transcription termination; structure
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 25. 3. 2010 18:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/877482/cs
    3. The molecular dynamics study of the RNA-binding domain of ADAR2 bound to dsRNA
      PASULKA, Josef, Jaroslav KOČA a Richard ŠTEFL. The molecular dynamics study of the RNA-binding domain of ADAR2 bound to dsRNA. In 7th Discussions in Structural Molecular Biology Nove Hrady, 12 - 14 March 2009. 2009. ISSN 1211-5894.
      Název česky: The molecular dynamics study of the RNA-binding domain of ADAR2 bound to dsRNA
      Název anglicky: The molecular dynamics study of the RNA-binding domain of ADAR2 bound to dsRNA
      Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics; RNA-binding motive; ADAR2; RNA recognition
      Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 10. 4. 2010 11:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/877473/cs
    4. Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts
      HÓBOR, Fruzsina, Hana ČERNÁ, Veronika BAČÍKOVÁ, Josef PASULKA, Karel KUBÍČEK a Richard ŠTEFL. Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts. In Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts. 2009. ISSN 1211-5894.
      Název česky: Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts
      Název anglicky: Transcription termination of nonpolyadenylated transcripts
      RIV/00216224:14310/09:00028836 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Hóbor, Fruzsina (348 Maďarsko) -- Černá, Hana (203 Česká republika) -- Bačíková, Veronika (203 Česká republika) -- Pasulka, Josef (203 Česká republika) -- Kubíček, Karel (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: RNA; transcription termination; NMR
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 25. 3. 2010 18:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/877455/cs

    2007

    1. The exosome and RNA quality control in the nucleus
      VAŇÁČOVÁ, Štěpánka a Richard ŠTEFL. The exosome and RNA quality control in the nucleus. EMBO REPORTS. Nature Publishing Group, London, UK: Nature Publishing Group, London, UK, 2007, roč. 8, č. 7, s. 651-657. ISSN 1469-221X.
      Název česky: The exosome and RNA quality control in the nucleus
      Název anglicky: The exosome and RNA quality control in the nucleus
      RIV/00216224:14310/07:00022206 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vaňáčová, Štěpánka (203 Česká republika, garant) -- Štefl, Richard (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: RNA decay; exoribonuclease; exosome; structure; nuclear polyadenylation; TRAMP
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 30. 7. 2007 12:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/719399/cs
    2. The testis-specific human protein RBMY recognizes RNA through a novel mode of interaction
      SKRISOVSKA, Lenka, Cyril BOURGEOIS, Richard ŠTEFL, Sushma-Nagaraja GRELLSCHEID, Liliane KISTER, Philipp WENTER, David ELLIOTT, James STEVENIN a Frederic ALLAIN. The testis-specific human protein RBMY recognizes RNA through a novel mode of interaction. EMBO REPORTS. Nature Publishing Group, London, UK: Nature Publishing Group, London, UK, 2007, roč. 8, č. 4, s. 372–379. ISSN 1469-221X.
      Název česky: The testis-specific human protein RBMY recognizes RNA through a novel mode of interaction
      Název anglicky: The testis-specific human protein RBMY recognizes RNA through a novel mode of interaction
      RIV/00216224:14310/07:00022207 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Skrisovska, Lenka (203 Česká republika) -- Bourgeois, Cyril (250 Francie) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant) -- Grellscheid, Sushma-Nagaraja (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Kister, Liliane (250 Francie) -- Wenter, Philipp (756 Švýcarsko) -- Elliott, David (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Stevenin, James (250 Francie) -- Allain, Frederic (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: alternative splicing; NMR; protein-nucleic acid recognition; spermatogenesis; SELEX
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 6. 2008 06:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/719419/cs

    2006

    1. "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA
      ŠTEFL, Richard. "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA. In xxx. Croatia: xxxx, 2006, s. 36.
      Název česky: "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA
      Název anglicky: "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA
      RIV/00216224:14310/06:00021942 Stať ve sborníku. Biochemie. angličtina. Chorvatsko.
      Štefl, Richard (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein-RNA interactions; gene regulation; structure
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 30. 7. 2007 12:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/713217/cs
    2. "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA
      ŠTEFL, Richard. "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA. USA: xxx, 2006. xxx.
      Název česky: "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA
      Název anglicky: "Lock and key" recognition in the world of protein-RNA interactions: How ADAR2 binds RNA
      RIV/00216224:14310/06:00018577 Audiovizuální tvorba. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein-RNA interactions; gene regulation; structure
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 22. 2. 2007 14:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/713216/cs
    3. RNA recognition by the ADAR2 dsRBMs
      ŠTEFL, Richard. RNA recognition by the ADAR2 dsRBMs. In Meeting of Internationat Resarch Scholars. USA: Howard Hughes Medical Institute, 2006, s. 71-153.
      Název česky: RNA recognition by the ADAR2 dsRBMs
      Název anglicky: RNA recognition by the ADAR2 dsRBMs
      RIV/00216224:14310/06:00018580 Stať ve sborníku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: RNA modification; RNA binding; structure; nuclear magnetic resonance
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 22. 2. 2007 14:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/713233/cs
    4. Shape-specific recognition in the structure of the Vts1p SAM domain with RNA
      OBERSTRASS, Florian, Albert LEE, Richard ŠTEFL, Michael JANIS, Guillaume CHANFREAU a Frederic ALLAIN. Shape-specific recognition in the structure of the Vts1p SAM domain with RNA. NATURE STRUCTURAL & MOLECULAR BIOLOGY. 2006, roč. 13, č. 2, s. 160-167. ISSN 1545-9985.
      Název česky: Shape-specific recognition in the structure of the Vts1p SAM domain with RNA
      Název anglicky: Shape-specific recognition in the structure of the Vts1p SAM domain with RNA
      RIV/00216224:14310/06:00018474 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Oberstrass, Florian (756 Švýcarsko) -- Lee, Albert (840 Spojené státy) -- Štefl, Richard (203 Česká republika, garant) -- Janis, Michael (840 Spojené státy) -- Chanfreau, Guillaume (250 Francie) -- Allain, Frederic (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: SACCHAROMYCES-CEREVISIAE; REPRESSES TRANSLATION; DEADENYLASE COMPLEX; DROSOPHILA EMBRYO; DIPOLAR COUPLINGS; CRYSTAL-STRUCTURE; CCR4-NOT COMPLEX; GENE-EXPRESSION
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 22. 2. 2007 13:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/710501/cs
    5. Structure and Specific RNA Binding of ADAR2 Double-Stranded RNA Binding Motifs
      STEFL, Richard, Ming XU, Lenka SKŘÍŠOVSKÁ, Ron EMESON a Frederic ALLAIN. Structure and Specific RNA Binding of ADAR2 Double-Stranded RNA Binding Motifs. Structure. 2006, roč. 14, č. 2, s. 345–355. ISSN 0969-2126.
      Název česky: Structure and Specific RNA Binding of ADAR2 Double-Stranded RNA Binding Motifs
      Název anglicky: Structure and Specific RNA Binding of ADAR2 Double-Stranded RNA Binding Motifs
      RIV/00216224:14310/06:00018473 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Stefl, Richard (203 Česká republika, garant) -- Xu, Ming (840 Spojené státy) -- Skříšovská, Lenka (203 Česká republika) -- Emeson, Ron (840 Spojené státy) -- Allain, Frederic (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: RNA editing; MESSENGER-RNA; DSRNA-BINDING; ADENOSINE DEAMINASES; HUMAN TRANSCRIPTOME; RECEPTOR CHANNELS; CA2+ PERMEABILITY; MOLECULAR-BASIS; HUMAN BRAIN
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 22. 2. 2007 13:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/710500/cs
    6. Structure and specific RNA-binding of ADAR2 double-stranded RNA-binding motifs
      ŠTEFL, Richard. Structure and specific RNA-binding of ADAR2 double-stranded RNA-binding motifs. Brno: Masaryk University, 2006.
      URL
      Název česky: Structure and specific RNA-binding of ADAR2 double-stranded RNA-binding motifs
      Název anglicky: Structure and specific RNA-binding of ADAR2 double-stranded RNA-binding motifs
      RIV/00216224:14310/06:00018575 Audiovizuální tvorba. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Štefl, Richard (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR; protein-RNA interactions; gene regulation; structure
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 22. 2. 2007 14:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/713212/cs

    2005

    1. A novel RNA pentaloop fold involved in targeting ADAR2
      ŠTEFL, Richard a Frederic ALLAIN. A novel RNA pentaloop fold involved in targeting ADAR2. RNA. 2005, roč. 11, č. 5, s. 592-597. ISSN 1355-8382.
      Název česky: A novel RNA pentaloop fold involved in targeting ADAR2
      Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: ADENOSINE DEAMINASES; BACTERIOPHAGE-LAMBDA; CA2+ PERMEABILITY; RECEPTOR CHANNELS; BINDING DOMAIN; RECOGNITION; COMPLEX; ACT; TETRALOOPS;
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 11:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/710503/cs
    2. Resonance assignments of the double-stranded RNA-binding of adenosine deaminase acting on RNA 2 (ADAR2)
      ŠTEFL, Richard, Lenka SKŘÍŠOVSKÁ, Ming XU, Ron EMESON a Frederic ALLAIN. Resonance assignments of the double-stranded RNA-binding of adenosine deaminase acting on RNA 2 (ADAR2). JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR. 2005, roč. 31, č. 1, s. 71-72. ISSN 0925-2738.
      Název česky: Resonance assignments of the double-stranded RNA-binding of adenosine deaminase acting on RNA 2 (ADAR2)
      Biochemie. angličtina. Nizozemské království.
      Klíčová slova anglicky: LARGE PROTEINS; NMR; TROSY
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 14:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/710531/cs
    3. RNA sequence- and shape-dependent recognition by proteins in the ribonucleoprotein particle
      ŠTEFL, Richard, Lenka SKŘÍŠOVSKÁ a Frederic ALLAIN. RNA sequence- and shape-dependent recognition by proteins in the ribonucleoprotein particle. EMBO REPORTS. 2005, roč. 6, č. 1, s. 33-38. ISSN 1469-221X.
      Název česky: RNA sequence- and shape-dependent recognition by proteins in the ribonucleoprotein particle
      Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Klíčová slova anglicky: DOUBLE-STRANDED-RNA; ZINC-FINGER PROTEIN; PRE-RIBOSOMAL-RNA; HUMAN U1A PROTEIN; AU-RICH ELEMENT; BINDING DOMAIN; CRYSTAL-STRUCTURE; STRUCTURAL BASIS; DNA RECOGNITION;
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 20. 6. 2007 18:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/710533/cs

    2004

    1. DNA A-tract bending in three dimensions: Solving the dA4T4 vs. dT4A4 conundrum
      ŠTEFL, Richard, Haihong WU, Sapna RAVINDRANATHAN, Vladimír SKLENÁŘ a Juli FEIGON. DNA A-tract bending in three dimensions: Solving the dA4T4 vs. dT4A4 conundrum. Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A. 2004, roč. 101, č. 5, s. 1171-1176. ISSN 0027-8424.
      Název česky: Prostorový ohyb A-traktu DNA: Řešení hlavolamu rozdílu mezi dA4T4 a dT4A4
      Název anglicky: DNA A-tract bending in three dimensions: Solving the dA4T4 vs. dT4A4 conundrum
      RIV/00216224:14310/04:00021192 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Wu, Haihong (156 Čína) -- Ravindranathan, Sapna (356 Indie) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Feigon, Juli (840 Spojené státy)
      Klíčová slova anglicky: helical bending; NMR; structure; residual dipolar couplings
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 21. 4. 2011 10:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/493122/cs
    2. Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations
      FADRNÁ, Eva, Naděžda ŠPAČKOVÁ, Richard ŠTEFL, Jaroslav KOČA, Thomas E. CHEATHAM a Jiří ŠPONER. Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations. Biophysical Journal. Bethesda, USA: Biophysical Society, 2004, roč. 87, č. 1, s. 227-242. ISSN 0006-3495.
      URL
      Název česky: MD simulace quaninového kvadruplexu
      Název anglicky: Molecular dynamics simulations of guanine quadruplex loops:Advances and force field limitations
      RIV/00216224:14310/04:00010228 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
      Fadrná, Eva (203 Česká republika, garant) -- Špačková, Naděžda (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Cheatham, Thomas E. (840 Spojené státy) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics; G-DNA; free energy calculations; DNA loop geometries; LES; force fields
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 14:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/557010/cs

    2003

    1. Formation Pathways of a Guanine-Quadruplex DNA Revealed by Molecular Dynamics and Thermodynamics Analysis of the Substates
      ŠTEFL, Richard, Thomas E. CHEATHAM, Naděžda ŠPAČKOVÁ, Eva FADRNÁ, Imre BERGER, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER. Formation Pathways of a Guanine-Quadruplex DNA Revealed by Molecular Dynamics and Thermodynamics Analysis of the Substates. Biophysical Journal. Bethesda, USA: Biophysical Society, 2003, roč. 85, č. 3, s. 1787-1804. ISSN 0006-3495.
      URL
      Název anglicky: Formation Pathways of a Guanine-Quadruplex DNA Revealed by Molecular Dynamics and Thermodynamics Analysis of the Substates
      RIV/00216224:14310/03:00009168 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Cheatham, Thomas E. (840 Spojené státy) -- Špačková, Naděžda (203 Česká republika) -- Fadrná, Eva (203 Česká republika) -- Berger, Imre (756 Švýcarsko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: G-DNA;quadruplex;molecular dynamics
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 14:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/490423/cs
    2. Molecular Dynamics of Guanine Quadruplex Molecules
      ŠPAČKOVÁ, Naděžda, Richard ŠTEFL, Imre BERGER, Eva FADRNÁ, Jaroslav KOČA, T.E. CHEATHAM III a Jiří ŠPONER. Molecular Dynamics of Guanine Quadruplex Molecules. In Book of Abstracts. Albany, NY, USA: 13th Conversatin in the Discipline Biomolecular Structure and Dynamics, 2003, s. 001-1.
      Název anglicky: Molecular Dynamics of Guanine Quadruplex Molecules
      RIV/00216224:14310/03:00009415 Stať ve sborníku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
      Špačková, Naděžda (203 Česká republika, garant) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Berger, Imre (756 Švýcarsko) -- Fadrná, Eva (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Cheatham III, T.E. (840 Spojené státy) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: molecular modelling; DNA quadruplex
      Změnila: Mgr. Eva Fadrná, Ph.D., učo 1573. Změněno: 25. 6. 2008 11:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/492010/cs
    3. Non-Watson-Crick Basepairing and Hydration in RNA Motifs:
      RÉBLOVÁ, Kamila, Nadezda SPACKOVÁ, Richard STEFL, Kristina CSASZAR, Jaroslav KOCA, Neocles LEONTIS a Jiri SPONER. Non-Watson-Crick Basepairing and Hydration in RNA Motifs:. Biophysical Journal. New York, USA: Rockefeller University, 2003, roč. 84, č. 6, s. 3564-3582, 18 s. ISSN 0006-3465.
      Název anglicky: Non-Watson-Crick Basepairing and Hydration in RNA Motifs:
      RIV/00216224:14310/03:00008756 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Česká republika.
      Réblová, Kamila (203 Česká republika) -- Spacková, Nadezda (203 Česká republika) -- Stefl, Richard (203 Česká republika) -- Csaszar, Kristina (840 Spojené státy) -- Koca, Jaroslav (203 Česká republika) -- Leontis, Neocles (840 Spojené státy) -- Sponer, Jiri (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics simulations; Loop E motifs; non-Watson-Crick base pairs; ordered hydration; 5S rRNA.
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/487258/cs

    2002

    1. Determination of the glycosidic torsion angels in uniformly C-13 labeled nucleic acids from vicinal coupling constants 3J(C2/4-H1') and 3J(C6/8-H1')
      TRANTÍREK, Lukáš, Richard ŠTEFL, James MASSE, Juli FEIGON a Vladimír SKLENÁŘ. Determination of the glycosidic torsion angels in uniformly C-13 labeled nucleic acids from vicinal coupling constants 3J(C2/4-H1') and 3J(C6/8-H1'). Journal of Biomolecular NMR. Dordrecht: Kluwer/Escom, 2002, roč. 23, č. 1, s. 1-12. ISSN 0925-2738.
      Název anglicky: Determination of the glycosidic torsion angels in uniformly C-13 labeled nucleic acids from vicinal coupling constants 3J(C2/4-H1') and 3J(C6/8-H1')
      RIV/00216224:14310/02:00005792 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Nizozemské království.
      Trantírek, Lukáš (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Masse, James (840 Spojené státy) -- Feigon, Juli (840 Spojené státy) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: DNA; glycosidic bond; Karplus equation; NMR; quadruplex; scalar coupling
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 20. 6. 2008 12:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/403825/cs
    2. Molecular dynamics of the 5S rRNA loop E
      RÉBLOVÁ, Kamila, Naděžda ŠPAČKOVÁ, Richard ŠTEFL, Kristina CSASZAR, Jaroslav KOČA, Neocles LEONTIS a Jiří ŠPONER. Molecular dynamics of the 5S rRNA loop E. In Chemometrics. Brno: Chemometrics VI., 2002, s. 18-18.
      Název anglicky: Molecular dynamics of the 5S rRNA loop E
      RIV/00216224:14310/02:00007242 Stať ve sborníku. Biofyzika. angličtina. Česká republika.
      Réblová, Kamila (203 Česká republika) -- Špačková, Naděžda (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Csaszar, Kristina (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Leontis, Neocles (840 Spojené státy) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics simulations; Loop E motifs; non-Watson-Crick base pairs; ordered hydration; 5S rRNA.
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/483335/cs
    3. Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings
      PADRTA, Petr, Richard ŠTEFL, Lukáš KRÁLÍK, Lukáš ŽÍDEK a Vladimír SKLENÁŘ. Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings. Journal of Biomolecular NMR. Dordrecht: Kluwer/Escom, 2002, roč. 24, č. 1, s. 1-14. ISSN 0925-2738.
      Název anglicky: Refinement of d(GCGAAGC) hairpin structure using one- and two-bond residual dipolar couplings
      RIV/00216224:14310/02:00006455 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Nizozemské království.
      Padrta, Petr (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Králík, Lukáš (203 Česká republika) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: DNA hairpin; NMR; refinement; residual dipolar couplings
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 20. 6. 2008 12:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/405489/cs

    2001

    1. A-like Guanine-Guanine Stacking in the Aqueous DNA
      ŠTEFL, Richard, Lukáš TRANTÍREK, Michaela VORLÍČKOVÁ, Jaroslav KOČA, Vladimír SKLENÁŘ a Jaroslav KYPR. A-like Guanine-Guanine Stacking in the Aqueous DNA. Journal of Molecular Biology. USA: Academic Press, 2001, roč. 307, č. 1, s. 513-524. ISSN 0022-2836.
      Název anglicky: A-like Guanine-Guanine Stacking in the Aqueous DNA
      RIV/00216224:14310/01:00003142 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Trantírek, Lukáš (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: A-like guanine stacking; B/A intermediate structure;heteronomous duplex
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/359292/cs
    2. Molecular dynamics of DNA quadruplex molecules containing inosine, 6-thioguanine and 6-thiopurine
      ŠTEFL, Richard, Naděžda ŠPAČKOVÁ, Imre BERGER, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER. Molecular dynamics of DNA quadruplex molecules containing inosine, 6-thioguanine and 6-thiopurine. Biophysical Journal. Bethesda, USA: Biophysical Society, 2001, roč. 80, č. 1, s. 455-468. ISSN 0006-3495.
      RIV/00216224:14310/01:00005556 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Špačková, Naděžda (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: STRANDED GUANINE TETRAPLEX; OXYTRICHA TELOMERIC DNA; MESH EWALD METHOD; G-C REPEATS; CRYSTAL-STRUCTURE; FORCE-FIELD; BASE-PAIRS; AB-INITIO; G-QUARTET; STABLE TRAJECTORIES
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/399772/cs
    3. Molecular Dynamics of DNA Quadruplex Molecules Containing Inosine, 6-Thioguanine and 6-Thiopurine
      ŠTEFL, Richard, Naďa ŠPAČKOVÁ, Imre BERGER, Jaroslav KOČA a Jiří ŠPONER. Molecular Dynamics of DNA Quadruplex Molecules Containing Inosine, 6-Thioguanine and 6-Thiopurine. Biophysical Journal. New York, USA: Rockefeller University, 2001, roč. 80, č. 1, s. 455-468. ISSN 0006-3465.
      RIV/00216224:14310/01:00002906 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 21. 2. 2001 17:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/350273/cs
    4. Molecular dynamics of the frame-shifting pseudoknot from beet western yellows virus: The role of non- Watson-Crick base-pairing, ordered hydration, cation binding and base mutations on stability and unfolding
      CSASZAR, Kristina, Naděžda ŠPAČKOVÁ, Richard ŠTEFL, Jiří ŠPONER a Neocles B. LEONTIS. Molecular dynamics of the frame-shifting pseudoknot from beet western yellows virus: The role of non- Watson-Crick base-pairing, ordered hydration, cation binding and base mutations on stability and unfolding. Journal of Molecular Biology. London: Academic Press, 2001, roč. 313, č. 5, s. 1073-1091. ISSN 0022-2836.
      RIV/00216224:14310/01:00005555 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Špačková, Naděžda (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Šponer, Jiří (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: molecular dynamics simulation; pseudoknot; non-Watson-Crick; base-pairs; beet western yellows virus
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/399756/cs
    5. NMR methodology for the study of nucleic acids
      ŽÍDEK, Lukáš, Richard ŠTEFL a Vladimír SKLENÁŘ. NMR methodology for the study of nucleic acids. Current Opinion in Structural Biology. London: Elsevier Science Ltd., 2001, roč. 11, č. 3, s. 275-281. ISSN 0959-440X.
      Název anglicky: NMR methodology for the study of nucleic acids
      RIV/00216224:14310/01:00004237 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Česká republika.
      Žídek, Lukáš (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: NMR; nucleic acids; NMR methods; review
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/363291/cs

    2000

    1. A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings
      TRANTÍREK, Lukáš, Milan URBÁŠEK, Richard ŠTEFL, Juli FEIGON a Vladimír SKLENÁŘ. A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings. Journal of the American Chemical Society. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2000, roč. 122, č. 42, s. 10454-10455. ISSN 0002-7863.
      Název anglicky: A Method for Direct Determination of Helical Parameters in Nucleic Acids Using Residual Dipolar Couplings
      RIV/00216224:14310/00:00004025 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Trantírek, Lukáš (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: residual dipolar coupling; helical parameter; principal order frame; DNA; RNA; NMR; structure
      Změnil: prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc., učo 2611. Změněno: 20. 6. 2008 12:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/345311/cs
    2. An A-type Double Helix of DNA Having B-type Puckering of the Deoxyribose Rings
      TRANTÍREK, Lukáš, Richard ŠTEFL, Michalea VORLÍČKOVÁ, Jaroslav KOČA, Vladimír SKLENÁŘ a Jaroslav KYPR. An A-type Double Helix of DNA Having B-type Puckering of the Deoxyribose Rings. Journal of Molecular Biology. USA: Academic Press, 2000, roč. 297, č. 4, s. 907-922. ISSN 0022-2836.
      Název anglicky: An A-type Double Helix of DNA Having B-type Puckering of the Deoxyribose Rings
      RIV/00216224:14310/00:00000057 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Trantírek, Lukáš (203 Česká republika) -- Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: DNA; A-type double helix; B-type deoxyribose pucker; buckled CG step; minor group widening
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/314191/cs
    3. Unrestrained Molecular Dynamics Simulations of d(AT5]2 Duplex in Aqueous Solution: Hydration and Sodium Ions Binding in the Minor Groove.
      ŠTEFL, Richard a Jaroslav KOČA. Unrestrained Molecular Dynamics Simulations of d(AT5]2 Duplex in Aqueous Solution: Hydration and Sodium Ions Binding in the Minor Groove. Journal of the American Chemical Society. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2000, roč. 122, č. 22, s. 5025-5033. ISSN 0002-7863.
      RIV/00216224:14310/00:00002905 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant)
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/350254/cs

    1999

    1. Differences in Conformational Behavior of ATA and TAT Sequences in Single Strand DNA Trimer
      ŠTEFL, Richard, Eva FADRNÁ a Jaroslav KOČA. Differences in Conformational Behavior of ATA and TAT Sequences in Single Strand DNA Trimer. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics. USA: Adenine Press, 1999, roč. 16, č. 5, s. 1087-1095. ISSN 0739-1102.
      URL
      Název anglicky: Differences in Conformational Behavior of ATA and TAT Sequences in Single Strand DNA Trimer
      RIV/00216224:14310/99:00000908 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
      Štefl, Richard (203 Česká republika) -- Fadrná, Eva (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant)
      Změnil: prof. Mgr. Richard Štefl, Ph.D., učo 19362. Změněno: 26. 1. 2007 17:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/204645/cs
Zobrazeno: 26. 4. 2024 04:16