Při rozvoji onemocnění (ať už ústní sliznice nebo kteréhokoliv onemocnění obecně) stojí na jedné straně vyvolávající příčiny a na druhé straně reakce organizmu postiženého jedince, která je dána jeho genetickými předpoklady a jeho momentálním zdravotním stavem. Příčiny onemocnění ústní sliznice velmi různorodé – mají různou kvalitu, kvantitu i dobu působení, mohou se vzájemně kombinovat nebo potencovat. Můžeme je rozdělit na příčiny místní a celkové, případně zevní a vnitřní.

Ze zevních vlivů jsou to zejména vlivy fyzikální (mechanické, termické, záření a elektrogalvanické), chemické (toxické), infekční (virové, bakteriální, mykotické). Infekční noxy sice přicházejí zvenčí, nicméně to, jak na ně bude organizmus reagovat, je pak dáno individuální imunitní reakcí organizmu.