SIMONOVÁ, Jaroslava, David GREGER, Vít ŠŤASTNÝ, Alice BÍLÁ, Kateřina NOVOTNÁ, Jana NAVRÁTILOVÁ, Eva POTUŽNÍKOVÁ, Kamila BROŽOVÁ a Dominik DVOŘÁK. Podoby diferenciace na základních školách. Zpráva z výzkumu. Praha, 2023, 223 s.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Zkušenosti žáků s výukou ve výkonových skupinách: kvalitativní výzkumná sonda. In Konference ČAPV Pedagogický výzkum a proměny vzdělávání, Pedagogická fakulta Univerzita J. E. Purkyně v Ústí nad Labem, 2023. 2023.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Zkušenosti žáků s výukou ve výkonových skupinách: kvalitativní výzkumná sonda. Pedagogika. Praha: Univerzita Karlova, 2023, roč. 73, č. 1, s. 41-62, 21 s. ISSN 0031-3815. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.14712/23362189.2023.2572.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Kontext částečně diferencované výuky na druhém stupni ZŠ. In 29. výroční konference ČAPV: Na cestě ke spravedlnosti ve vzdělávání: pedagogický výzkum pro lepší praxi a politiku, 2021. 2021.
ŠALAMOUNOVÁ, Zuzana a Jana NAVRÁTILOVÁ. Žáci jako spolužáci: participace žáků na výukové komunikaci v kontextu jejich vlivu ve třídě. Studia paedagogica. 2021, roč. 26, č. 1, s. 39-68, 29 s. ISSN 1803-7437. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5817/SP2021-1-2.
ŠEĎOVÁ, Klára a Jana NAVRÁTILOVÁ. Silent students and the patterns of their participation in classroom talk. Journal of the Learning Sciences. 2020, roč. 29, 4-5, s. 681-716. ISSN 1050-8406. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/10508406.2020.1794878.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Spolu, a přece odděleně: vnitřní diferenciace na druhém stupni základních škol. Komenský. Brno: Masarykova univerzita, 2020, č. 145, s. 01, 21-27. ISSN 0323-0449.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Diferencovaná výuka jako cesta k žákovské participaci. Studia paedagogica. Brno: Masarykova univerzita, 2019, roč. 24, č. 1, s. 157-186. ISSN 1803-7437. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5817/SP2019-1-7.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Diferencovaná výuka jako cesta k žákovské participaci. In Transdisciplinarita v pedagogických vědách: XXVI. ročník konference České asociace pedagogického výzkumu, 12. – 14. září 2018, Zlín. 2018.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Jak žáci prožívají přechod ze čtvrtého do pátého ročníku základní školy. 2017. vyd. Brno, Komenský: Masarykova univerzita, 2017, s. 13-17. ISSN 0323-0449.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Přechod žáků ze čtvrtého do pátého ročníku základní školy (případová studie). Online. In Michek, Stanislav; Vondroušová, Jindra; Vítová, Jitka. Vliv technologií v oblasti vzdělávání a v pedagogickém výzkumu. Sborník abstraktů z XXV. konference České asociace pedagogického výzkumu konané ve dnech 13.-14. září 2017 v Hradci Králové, 2017. Vydání: 1. Hradec Králové: Gaudeamus, 2017, s. 38-40. ISBN 978-80-7435-688-9.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Přechod žáků ze čtvrtého do pátého ročníku základní školy (případová studie). In XXV. výroční konference České asociace pedagogického výzkumu s tématem "Vliv technologií v oblasti vzdělávání a v pedagogickém výzkumu". Hradec Králové, 13. - 14. září 2017, 2017. 2017.
NAVRÁTILOVÁ, Jana. Changes in Friendships as a Result of Students' Transition from Grade Four to Grade Five of Primary School. Studia paedagogica. Brno: Masarykova univerzita, 2016, roč. 21, č. 4, s. 151-168. ISSN 1803-7437.