Výpis publikací

NEMERGUT, Michal; Monika STULAJTEROVA; Rostislav SKRABANA; Andrej HOVAN; L'ubos AMBRO; Alan STRUNGA; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Maria TOMKOVA a Erik SEDLAK. Concentration-dependent dimerization of staphylokinase variants with engineered surface charges. Protein Science. MALDEN: WILEY-BLACKWELL, 2026, roč. 35, č. 3, s. 1-14. ISSN 0961-8368. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pro.70494.

BRHELOVÁ, Eliška; Daniel PLUSKAL; David KOVÁŘ; Jana HLOŽKOVÁ; Peter SCHEER; Ahmet Davut AKSU; Sandra THALEROVÁ; Robert MIKULÍK; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; Eva DRAŽANOVÁ a Radka JEŠINOVÁ. Optimalizace stanovení plazminogenu v krevní plazmě potkanů pomocí HPLC. In Květinův den - Mezioborová konference mladých farmakologů a toxikologů. 2026.

MAJEROVÁ, Marika; Jana HORÁČKOVÁ; Karolina SEDLÁČKOVÁ; Marie ŠULOVÁ; David KOVÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Structural insights into the evolution of alpha/beta-hydrolase fold luciferases. International journal of biological macromolecules. Amsterdam: Elsevier Science BV, 2026, roč. 361, May 2026, s. 1-13. ISSN 0141-8130. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2026.151870.

TOUL, Martin; Alan STRUNGA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Thrombolytic proteins profiling: High-throughput activity, selectivity, and resistance assays. FEBS Open Bio. HOBOKEN: WILEY, 2026, roč. 16, č. 2, s. 314-330. ISSN 2211-5463. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/2211-5463.70132.

STULAJTEROVA, Monika; Lubos AMBRO; Dagmar SEDLAKOVA; Michal NEMERGUT; Pavel KOHOUT; Stanislav MAZURENKO; Rastislav VARHAC; Alan STRUNGA; Martin TOUL; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Maria TOMKOVA a Erik SEDLÁK. Assessing the impact of His-tags on activity and stability of staphylokinase variants. International Journal of Biological Macromolecules. Amsterdam: ELSEVIER, 2025, roč. 328, November 2025, s. 1-10. ISSN 0141-8130. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.ijbiomac.2025.147655.

PLANAS IGLESIAS, Joan; Marika MAJEROVÁ; Daniel PLUSKAL; Michal VAŠINA; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; Martin MAREK a David BEDNÁŘ. Automated Engineering Protein Dynamics via Loop Grafting: Improving Renilla Luciferase Catalysis. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 15, č. 4, s. 3391-3404. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.4c06207.

GELFAND, Natalia; Vojtěch OREL; Wenqiang CUI; Jiří DAMBORSKÝ; Chenglong LI; Zbyněk PROKOP; Wen Jun XIE a Arieh WARSHEL. Biochemical and Computational Characterization of Haloalkane Dehalogenase Variants Designed by Generative AI: Accelerating the SN2 Step. Journal of the American Chemical Society. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 147, č. 3, s. 2747-2755. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacs.4c15551.

HAVLÁSEK, Martin; Sérgio Manuel MARQUES; Veronika SZOTKOWSKÁ; Antonín KUNKA; Petra BABKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a David BEDNÁŘ. Decoding Protein Stabilization: Impact on Aggregation, Solubility, and Unfolding Mechanisms. Journal of Chemical Information and Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 65, č. 16, s. 8688-8701. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.5c00611.

KOHOUT, Pavel; Michal VAŠINA; Marika MAJEROVÁ; Veronika NOVÁKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Martin MAREK; Zbyněk PROKOP a Stanislav MAZURENKO. Engineering Dehalogenase Enzymes Using Variational Autoencoder-Generated Latent Spaces and Microfluidics. JACS Au. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 5, č. 2, s. 838-850. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacsau.4c01101.

LAU, Emily S.; Marika MAJEROVÁ; Nicholai M. HENSLEY; Arnab MUKHERJEE; Michal VAŠINA; Daniel PLUSKAL; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; Jerome DELROISSE; Wendy-Shirley BAYAERT; Elise PAREY; Paola OLIVERI; Ferdinand MARLETAZ; Martin MAREK a Todd H. OAKLEY. Functional Characterization of Luciferase in a Brittle Star Indicates Parallel Evolution Influenced by Genomic Availability of Haloalkane Dehalogenase. Molecular Biology and Evolution. OXFORD: Oxford University Press, 2025, roč. 42, č. 5, s. 1-10. ISSN 0737-4038. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/molbev/msaf081.

KUNKA, Antonín; Hana HŘÍBKOVÁ; Tereza VÁŇOVÁ; Veronika POSPÍŠILOVÁ; Martin HAVLÁSEK; Jan HAVIERNIK; Daniel RŮŽEK; Jiří DAMBORSKÝ; Dáša BOHAČIAKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Modulation of Amyloid-β Aggregation by Surface Proteins from Pathogens Associated with Alzheimer's Disease. ACS Chemical Neuroscience. AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 16, č. 18, s. 3554-3566. ISSN 1948-7193. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acschemneuro.5c00444.

KANDRA, Mário; Tereza VÁŇOVÁ; Vincent Alexander JONGEN; Jakub POSPÍŠIL; Josef NOVAK; Václav CHOCHOLA; Tomas BURYSKA; Zbyněk PROKOP; Zdenek HODNY; Aleš HAMPL; Dáša BOHAČIAKOVÁ a Josef JAROŠ. A closed 3D printed microfluidic device for automated growth and differentiation of cerebral organoids from single-cell suspension. Biotechnology Journal. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2024, roč. 19, č. 8, s. 1-17. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/biot.202400240.

SLÁNSKÁ, Michaela; Lenka ŠTACKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; Peter ŠTACKO; Marek MARTÍNEK; Luboš JÍLEK; Martin TOUL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Azobenzene-Based Photoswitchable Substrates for Advanced Mechanistic Studies of Model Haloalkane Dehalogenase Enzyme Family. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 14, č. 15, s. 11635-11645. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.4c03503.

FRUHAUF, Sebastian; Dominic PUHRINGER; Michaela THAMHESL; Patricia FAJTL; Elisavet KUNZ-VEKIRU; Andreas HOBARTNER-GUSSL; Gerd SCHATZMAYR; Gerhard ADAM; Jiří DAMBORSKÝ; Kristina DJINOVIC-CARUGO; Zbyněk PROKOP a Wulf-Dieter MOLL. Bacterial Lactonases ZenA with Noncanonical Structural Features Hydrolyze the Mycotoxin Zearalenone. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 14, č. 5, s. 3392-3410. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.4c00271.

KUNKA, Antonín; Dávid LACKO; Jan DVORSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Stanislav MAZURENKO. Calfitter 2.0. 2024.

MARQUES, Sérgio Manuel; Petr KOUBA; Anthony Thomas P LEGRAND; Jiri SEDLAR; Lucas DISSON; Joan PLANAS IGLESIAS; Zainab Kemi SANUSI; Antonín KUNKA; Jiří DAMBORSKÝ; Tomas PAJDLA; Zbyněk PROKOP; Stanislav MAZURENKO; Josef SIVIC a David BEDNÁŘ. CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 4, č. 6, s. 2228-2245. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacsau.4c00182.

SLÁNSKÁ, Michaela; Lenka ŠTACKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; P. ŠTACKO; Marek MARTÍNEK; Luboš JÍLEK; Martin TOUL; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Fotoaktivovatelný substrát na bázi azobenzenu pro halogenalkandehalogenázy. 2024.

AKITA, Masaki; Paul GIRVAN; Mário ŠPÍREK; Jiří NOVÁČEK; David RUEDA; Zbyněk PROKOP a Lumír KREJČÍ. Mechanism of BCDX2-mediated RAD51 nucleation on short ssDNA stretches and fork DNA. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, č. 19, s. 11738-11752. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkae770.

MAJEROVÁ, Marika; Michal VAŠINA; Daniel PLUSKAL; Karolina SEDLÁČKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Nová duální dehalogenáza-luciferáza z hvězdice křehké Amphiura filiformis. 2024.

MAJEROVÁ, Marika; Michal VAŠINA; Daniel PLUSKAL; Karolina SEDLÁČKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Nová vysoce aktivní luciferáza z hvězdice křehké Amphiura filiformis. 2024.

KUNKA, Antonín; Sérgio Manuel MARQUES; Martin HAVLÁSEK; Michal VAŠINA; Nikola VELÁTOVÁ; Lucia CENGELOVÁ; David KOVÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Martin MAREK; David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2023, roč. 13, č. 19, s. 12506-12518. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.3c02575.

SMITH, Andrea; Martin TOUL; Daniel PLUSKAL; Racha BAATALLAH; Glwadys GAGNOT; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Vinicius T. T. SANTANA; Markéta STUCHLÁ; Petr NEUGEBAUER; Pimchai CHAIYEN; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Yves L. L. JANIN; Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases. Nature Catalysis. Nature Portfolio, 2023, roč. 6, č. 1, s. 23-38. ISSN 2520-1158. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41929-022-00895-z.

VILÍM, Jan; Tereza GHAZALOVÁ; Eliška PETULOVÁ; Aneta HORACKOVA; Veronika STEPANKOVA; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Computer-assisted stabilization of fibroblast growth factor FGF-18. Computational and Structural Biotechnology Journal. AMSTERDAM: Elsevier, 2023, roč. 21, October 2023, s. 5144-5152. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2023.10.009.

NEMERGUT, Michal; Sérgio Manuel MARQUES; Lukáš UHRÍK; Tereza VÁŇOVÁ; Markéta NEZVEDOVÁ; Darshak Chandulal GADARA; Durga JHA; Jan TULIS; Veronika NOVÁKOVÁ; Joan PLANAS IGLESIAS; Antonín KUNKA; Anthony Thomas P LEGRAND; Hana HŘÍBKOVÁ; Veronika POSPÍŠILOVÁ; Jiří SEDMÍK; Jan RAŠKA; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Dáša BOHAČIAKOVÁ; Zdeněk SPÁČIL; Lenka HERNYCHOVÁ; David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate. Molecular Neurodegeneration. England: BMC, 2023, roč. 18, č. 1, s. 1-25. ISSN 1750-1326. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13024-023-00620-9.

TOUL, Martin; Veronika SLONKOVÁ; Jan MIČAN; Adam Paulin URMINSKÝ; Maria TOMKOVA; Erik SEDLÁK; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Lenka HERNYCHOVÁ a Zbyněk PROKOP. Identification, characterization, and engineering of glycosylation in thrombolytics. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2023, roč. 66, September 2023, s. 1-23. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2023.108174.

NEMERGUT, Michal; Daniel PLUSKAL; Jana HORÁČKOVÁ; Tereza ŠUSTROVÁ; Jan TULIS; Tomáš BÁRTA; Racha BAATALLAH; Glwadys GAGNOT; Veronika NOVÁKOVÁ; Marika MAJEROVÁ; Karolina SEDLÁČKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; Martin TOUL; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; David BEDNÁŘ; Yves L. JANIN a Martin MAREK. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase. Nature Communications. Berlin: Nature, 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-20. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41467-023-43403-y.

VAŠINA, Michal; David KOVÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Ding YUN; Tianjin YANG; Andrew DE MELLO; Stanislav MAZURENKO; Stavros STAVRAKIS a Zbyněk PROKOP. In-depth analysis of biocatalysts by microfluidics: An emerging source of data for machine learning. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2023, roč. 66, September 2023, s. 1-22. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2023.108171.

BRHELOVÁ, Eliška; Veronika SLONKOVÁ; Martin TOUL; David KOVÁŘ; Sandra THALEROVÁ; Jana HLOŽKOVÁ; Peter SCHEER; Ahmet Davut AKSU; Radka OPATŘILOVÁ; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Robert MIKULÍK. Poměr plazminogen/plazmin jako ukazatel bezpečnosti trombolytické léčby. In 50. pracovní konference "Komise experimentální kardiologie" 4.-6. října 2023, hotel Galant, Mikulov. 2023. ISBN 978-80-11-03840-3.

PAPAGEORGIOU, Anna; Michaela POSPÍŠILOVÁ; Jakub CIBULKA; Raghib ASHRAF; Christopher WAUDBY; Pavel KADEŘÁVEK; Volha MAROZ; Karel KUBÍČEK; Zbyněk PROKOP; Lumír KREJČÍ a Konstantinos TRIPSIANES. Recognition and coacervation of G-quadruplexes by a multifunctional disordered region in RECQ4 helicase. Nature Communications. Berlin: Nature, 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-19. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41467-023-42503-z.

FULNEČEK, Jaroslav; Eva KLIMENTOVÁ; Albert CAIRO CALZADA; Soňa BUKOVČÁKOVÁ; Panagiotis ALEXIOU; Zbyněk PROKOP a Karel ŘÍHA. The SAP domain of Ku facilitates its efficient loading onto DNA ends. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 51, č. 21, s. 11706-11716. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkad850.

DVOŘÁK, Petr; Pavel KREJČÍ; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Pavel DVOŘÁK; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Eva ŠEBESTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. 熱安定性ＦＧＦ２ポリペプチド及びその使用. 2022. Patent. Číslo: JP7131772. Vydavatel: Japan Patent Office (JPO). Místo vydání: Kasumigaseki Chiyoda-ku, Tokyo. Název vlastníka: Masarykova univerzita, Enantis, s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 29. 8. 2022.

VAŠINA, Michal; Pavel VAŇÁČEK; Jiri HON; David KOVÁŘ; Hana FALDYNOVÁ; Antonín KUNKA; Tomáš BURYŠKA; Christoffel P. S. BADENHORST; Stanislav MAZURENKO; David BEDNÁŘ; Stavros STAVRAKIS; Uwe T. BORNSCHEUER; Andrew DEMELLO; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics. Chem Catalysis. Elsevier, 2022, roč. 2, č. 10, s. 2704-2725. ISSN 2667-1093. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.checat.2022.09.011.

KUNKA, Antonín; David LACKO; Jan ŠTOURAČ; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Stanislav MAZURENKO. CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, W1, s. "W145"-"W151", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkac378.

NIKITIN, Dmitri; Jan MIČAN; Martin TOUL; David BEDNÁŘ; Michaela PEŠKOVÁ; Patrícia KITTOVÁ; Sandra THALEROVÁ; Jan VÍTEČEK; Jiří DAMBORSKÝ; Robert MIKULÍK; Sarel J. FLEISHMAN; Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2022, roč. 20, May 2022, s. 1366-1377. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2022.03.004.

YANG, Tianjin; Alessia VILLOIS; Antonín KUNKA; Fulvio GRIGOLATO; Paolo AROSIO; Zbyněk PROKOP; Andrew DEMELLO a Stavros STAVRAKIS. Droplet-Based Microfluidic Temperature-Jump Platform for the Rapid Assessment of Biomolecular Kinetics. Analytical chemistry. American Chemical Society, 2022, roč. 94, č. 48, s. 16675-16684. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.analchem.2c03009.

TOUL, Martin; Dmitri NIKITIN; Martin MAREK; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Extended Mechanism of the Plasminogen Activator Staphylokinase Revealed by Global Kinetic Analysis: 1000-fold Higher Catalytic Activity than That of Clinically Used Alteplase. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 12, č. 7, s. 3807-3814. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.1c05042.

TOUL, Martin; Jan MIČAN; Veronika SLONKOVÁ; Dmitri NIKITIN; Martin MAREK; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase. Stroke. Dallas: Lippincott Williams & Wilkins, 2022, roč. 53, č. 10, s. 3235-3237. ISSN 0039-2499. Dostupné z: https://doi.org/10.1161/STROKEAHA.122.040219.

KOVÁŘ, David; Stanislav MAZURENKO; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. MAPityser 2.1 - Analyzátor dat pro mikrofluidní platformu MAPit. 2022.

MARQUES, Sérgio Manuel; Michaela SLÁNSKÁ; Klaudia CHMELOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Martin MAREK; Spencer CLARK; Jiří DAMBORSKÝ; Eric T. KOOL; David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 2, č. 6, s. 1324-1337. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacsau.2c00002.

KOVÁŘ, David; Stanislav MAZURENKO; Michal VAŠINA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. MicroPEX Data Analyser 1.0*. 2022.

VAŠINA, Michal; Jan VELECKÝ; Joan PLANAS IGLESIAS; Sérgio Manuel MARQUES; Jana ŠKAŘUPOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ; Stanislav MAZURENKO a Zbyněk PROKOP. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes. ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2022, roč. 183, April 2022, s. 1-16. ISSN 0169-409X. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.addr.2022.114143.

DAMBORSKÝ, Jiří; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Martin MAREK; Stanislav MAZURENKO; Jan ŠTOURAČ; Sérgio Manuel MARQUES; Gabriela Filipa FONSECA PINTO; Joan PLANAS IGLESIAS; Miloš MUSIL; Jiří HON; Ondřej VÁVRA; Rayyan Tariq KHAN; Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.

MARKOVÁ, Klára; Antonín KUNKA; Klaudia CHMELOVÁ; Martin HAVLÁSEK; Petra BABKOVÁ; Sérgio Manuel MARQUES; Michal VAŠINA; Joan PLANAS IGLESIAS; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 21, s. 12864-12885. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.1c03343.

TOUL, Martin; Andrea SMITH; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Martin MAREK; Lenka HERNYCHOVÁ; Veronika LIŠKOVÁ; Daniel PLUSKAL; Stephane EMOND; Mark DÖRR; Joan PLANAS IGLESIAS; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Uwe T. BORNSCHEUER; Florian HOLLFELDER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.

SCHENKMAYEROVÁ, Andrea; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Martin TOUL; Martin MAREK; Lenka HERNYCHOVÁ; Joan PLANAS IGLESIAS; Veronika LIŠKOVÁ; Daniel PLUSKAL; Michal VAŠINA; Stephane EMOND; Mark DÖRR; Radka CHALOUPKOVÁ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Florian HOLLFELDER; Uwe T. BORNSCHEUER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 12, č. 1, s. 3616-3631. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41467-021-23450-z.

HESS, David; Veronika DOČKALOVÁ; Piia Pauliina KOKKONEN; David BEDNÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Andrew DEMELLO; Zbyněk PROKOP a Stavros STAVRAKIS. Exploring mechanism of enzyme catalysis by on-chip transient kinetics coupled with global data analysis and molecular modeling. Chem. Cambridge: Cell Press, 2021, roč. 7, č. 4, s. 1066-1079. ISSN 2451-9294. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.chempr.2021.02.011.

KOKKONEN, Piia Pauliina; Andy BEIER; Stanislav MAZURENKO; Jiří DAMBORSKÝ; David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Substrate inhibition by the blockage of product release and its control by tunnel engineering. RSC Chemical Biology. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2021, roč. 2, č. 2, s. 645-655. ISSN 2633-0679. Dostupné z: https://doi.org/10.1039/d0cb00171f.

CHMELOVÁ, Klaudia; Eva ŠEBESTOVÁ; Veronika LIŠKOVÁ; Andy BEIER; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique (S)-Enantiopreference, and High Thermostability. Applied and Environmental Microbiology. Washington, D.C.: American Society for Microbiology, 2020, roč. 86, č. 17, s. 1-12. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/AEM.02820-19.

ASLAN-UZEL, Askin S.; Andy BEIER; David KOVÁŘ; Clemens CZIEGLER; Santosh K. PADHI; Eva D. SCHUITEN; Mark DORR; Dominique BOTTCHER; Frank HOLLMANN; Florian RUDROFF; Marko D. MIHOVILOVIC; Tomáš BURYŠKA; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP; Christoffel P. S. BADENHORST a Uwe T. BORNSCHEUER. An Ultrasensitive Fluorescence Assay for the Detection of Halides and Enzymatic Dehalogenation. ChemCatChem. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2020, roč. 12, č. 7, s. 2032-2039. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cctc.201901891.

HON, Jiří; Simeon BORKO; Jan ŠTOURAČ; Zbyněk PROKOP; Jaroslav ZENDULKA; David BEDNÁŘ; Tomas MARTINEK a Jiří DAMBORSKÝ. EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W104"-"W109", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkaa372.

VAŠINA, Michal; Pavel VAŇÁČEK; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Exploration of enzyme diversity: High-throughput techniques for protein production and microscale biochemical characterization. Online. In Dan S. Tawfik. Methods in Enzymology - Enzyme Engineering and Evolution: General Methods. Neuveden: Elsevier Inc, 2020, s. 51-85. ISBN 978-0-12-821149-6. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/bs.mie.2020.05.004.

DOČKALOVÁ, Veronika; Esther Maria MARQUEZ SANCHEZ - CARNERERO; Zuzana DUNAJOVÁ; Eduardo PALAO UTIEL; Michaela SLÁNSKÁ; Tomáš BURYŠKA; Jiří DAMBORSKÝ; Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Fluorescent substrates for haloalkane dehalogenases: Novel probes for mechanistic studies and protein labeling. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 922-932. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.03.029.

MAZURENKO, Stanislav; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Machine Learning in Enzyme Engineering. ACS Catalysis. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2020, roč. 10, č. 2, s. 1210-1223. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.9b04321.

KOKKONEN, Piia Pauliina; Michaela SLÁNSKÁ; Veronika DOČKALOVÁ; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Esther Maria MARQUEZ SANCHEZ - CARNERERO; Jiří DAMBORSKÝ; Petr KLÁN; Zbyněk PROKOP a David BEDNÁŘ. The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 805-813. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.csbj.2020.03.017.

BURYŠKA, Tomáš; Michal VAŠINA; Fabrice GIELEN; Pavel VAŇÁČEK; Liisa VAN VLIET; Jan JEZEK; Zdenek PILAT; Pavel ZEMÁNEK; Jiří DAMBORSKÝ; Florian HOLLFELDER a Zbyněk PROKOP. Controlled Oil/Water Partitioning of Hydrophobic Substrates Extending the Bioanalytical Applications of Droplet-Based Microfluidics. Analytical Chemistry. Washington, D.C.: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 91, č. 15, s. 10008-10015. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.analchem.9b01839.

NEVOLOVÁ, Šárka; Elisabet MAŇÁSKOVÁ; Stanislav MAZURENKO; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Development of Fluorescent Assay for Monitoring of Dehalogenase Activity. Biotechnology Journal. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2019, roč. 14, č. 3, s. 1-6. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/biot.201800144.

KOKKONEN, Piia Pauliina; David BEDNÁŘ; G. PINTO; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering enzyme access tunnels. BIOTECHNOLOGY ADVANCES. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2019, roč. 37, č. 6, s. 1-13. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.biotechadv.2019.04.008.

JINDAL, Garima; Kateřina SLÁNSKÁ; Veselin KOLEV; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Arieh WARSHEL. Exploring the challenges of computational enzyme design by rebuilding the active site of a dehalogenase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. WASHINGTON: NATL ACAD SCIENCES, 2019, roč. 116, č. 2, s. 389-394. ISSN 0027-8424. Dostupné z: https://doi.org/10.1073/pnas.1804979115.

HORVÁTH, Peter; Peter ŠEBEJ; David KOVÁŘ; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Petr KLÁN. Fluorescent pH Indicators for Neutral to Near-Alkaline Conditions Based on 9-Iminopyronin Derivatives. ACS Omega. WASHINGTON: American Chemical Society, 2019, roč. 4, č. 3, s. 5479-5485. ISSN 2470-1343. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acsomega.9b00362.

SCHENKMAYEROVA, A.; G. PINTO; Martin MAREK; Martin TOUL; Lenka HERNYCHOVÁ; Veronika LIŠKOVÁ; S. EMOND; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; F. HOLLFELDER a U.T. BORNSCHEUER. Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.118.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Veronika LIŠKOVÁ; Martin TOUL; Klára MARKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; Lenka HERNYCHOVÁ; Martin MAREK; José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO; Daniel PLUSKAL; Jitka WATERMAN; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Light-Emitting Dehalogenases: Reconstruction of Multifunctional Biocatalysts. ACS Catalysis. Washington, D.C.: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 9, č. 6, s. 4810-4823. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.9b01031.

KOKKONEN, Piia Pauliina; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Lukáš DANIEL; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Structure-Function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases. In Aerobic Utilization of Hydrocarbons, Oils, and Lipids. Cham: Springer, 2019, s. 367-387. 1. ISBN 978-3-319-50417-9. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-50418-6_15.

PILAT, Zdenek; Jan JEZEK; Martin KIZOVSKY; Tereza KLEMENTOVA; Stanislav KRATKY; Jaroslav SOBOTA; Ota SAMEK; Pavel ZEMANEK; Tomáš BURYŠKA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Surface-enhanced Raman Spectroscopy in Microfluidic Chips for Directed Evolution of Enzymes and Environmental Monitoring. In 2019 PHOTONICS & ELECTROMAGNETICS RESEARCH SYMPOSIUM - SPRING (PIERS-SPRING). New York: IEEE, 2019, s. 1301-1309. ISBN 978-1-7281-3403-1. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/PIERS-Spring46901.2019.9017521.

BEIER, Andy; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Transhalogenation Catalysed by Haloalkane Dehalogenases Engineered to Stop Natural Pathway at Intermediate. ADVANCED SYNTHESIS & CATALYSIS. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2019, roč. 361, č. 11, s. 2438-2442. ISSN 1615-4150. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/adsc.201900132.

BURYŠKA, Tomáš; Petra BABKOVÁ; Ondřej VÁVRA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. A Haloalkane Dehalogenase From a Marine Microbial Consortium Possessing Exceptionally Broad Substrate Specificity. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. American Society for Microbiology, 2018, roč. 84, č. 2, s. 1-13. ISSN 0099-2240.

MAZURENKO, Stanislav; Jan ŠTOURAČ; Antonín KUNKA; S. NEDELJKOVIC; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W344"-"W349", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gky358.

DVOŘÁK, Pavel; David BEDNÁŘ; Pavel VAŇÁČEK; Lukáš BÁLEK; Lívia EISELLEOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Eva ŠEBESTOVÁ; Michaela BOSÁKOVÁ; Žaneta KONEČNÁ; Stanislav MAZURENKO; Antonín KUNKA; Tereza VÁŇOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Pavel KREJČÍ; Zbyněk PROKOP; Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/bit.26531.

KOKKONEN, Piia Pauliina; David BEDNÁŘ; Veronika DOČKALOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Conformational changes allow processing of bulky substrates by a haloalkane dehalogenase with a small and buried active site. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2018, roč. 293, č. 29, s. 11505-11512. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://doi.org/10.1074/jbc.RA117.000328.

PILAT, Z.; M. KIZOVSKY; J. JEZEK; S. KRATKY; J. SOBOTA; Martin ŠILER; O. SAMEK; Tomáš BURYŠKA; Pavel VAŇÁČEK; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a P. ZEMANEK. Detection of Chloroalkanes by Surface-Enhanced Raman Spectroscopy in Microfluidic Chips. Sensors. Basel: MDPI AG, 2018, roč. 18, č. 10, s. 1-18. ISSN 1424-8220. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/s18103212.

PROKOP, Zbyněk; A. GHOSE; Piia Pauliina KOKKONEN; J. SYKORA; David BEDNÁŘ; M. AMARO; Šárka NEVOLOVÁ; M. HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of enzyme gating driven by molecular dynamics, transient kinetics, and single molecule spectroscopy. In The 43rd FEBS Congress. 2018. ISSN 2211-5463.

BEERENS, Koen; Stanislav MAZURENKO; Antonín KUNKA; Sérgio Manuel MARQUES; N. HANSEN; Miloš MUSIL; Radka CHALOUPKOVÁ; Jitka WATERMAN; Jan BREZOVSKÝ; David BEDNÁŘ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2018, roč. 8, č. 10, s. 9420-9428. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.8b01677.

VAŇÁČEK, Pavel; Eva ŠEBESTOVÁ; Petra BABKOVÁ; Šárka NEVOLOVÁ; Lukáš DANIEL; Pavel DVOŘÁK; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Exploration of Enzyme Diversity by Integrating Bioinformatics with Expression Analysis and Biochemical Characterization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2018, roč. 8, č. 3, s. 2402-2412, 21 s. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.7b03523.

KUNKA, Antonín; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Haloalkane Dehalogenases From Marine Organisms. MARINE ENZYMES AND SPECIALIZED METABOLISM, PT B. SAN DIEGO: ELSEVIER ACADEMIC PRESS INC, 2018, roč. 605, č. 1, s. 203-251. ISSN 0076-6879. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/bs.mie.2018.03.005.

KAUSHIK, Shubhangi; Sérgio Manuel MARQUES; Prashant Kumar KHIRSARIYA; Kamil PARUCH; Lenka LIBICHOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Impact of the access tunnel engineering on catalysis is strictly ligand-specific. the FEBS Journal. 2018, roč. 285/2018, č. 8, s. 1456-1476. ISSN 1742-464X. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/febs.14418.

KOKKONEN, Piia Pauliina; J. SYKORA; Zbyněk PROKOP; A. GHOSE; David BEDNÁŘ; M. AMARO; Koen BEERENS; Šárka NEVOLOVÁ; Michaela SLÁNSKÁ; Jan BREZOVSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ a M. HOF. Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time. Journal of the American Chemical Society. Washington: American Chemical Society, 2018, roč. 140, č. 51, s. 17999-18008. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jacs.8b09848.

PILAT, Z.; J. JEZEK; O. SAMEK; P. ZEMANEK; Tomáš BURYŠKA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. OPTOFLUIDIC TECHNIQUES FOR DIRECTED EVOLUTION OF ENZYMES. In 16th International Seminar of the Institute-of-Scientific-Instruments-The-Czech-Academy-of-Sciences. 2018. ISBN 978-80-87441-23-7.

MAZURENKO, Stanislav; Šárka NEVOLOVÁ; Markéta KOTLÁNOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Sensitive operation of enzyme-based biodevices by advanced signal processing. Plos one. San Francisco: Public Library of Science, 2018, roč. 13, č. 6, s. 1-16. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://doi.org/10.1371/journal.pone.0198913.

PILAT, Z.; M. KIZOVSKY; J. JEZEK; S. KRATKY; J. SOBOTA; M. SILER; O. SAMEK; Tomáš BURYŠKA; Pavel VAŇÁČEK; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Pavel ZEMANEK. Surface-enhanced Raman spectroscopy of chloroalkanes in microfluidic chips. Online. In Zemanek, P. 21ST CZECH-POLISH-SLOVAK OPTICAL CONFERENCE ON WAVE AND QUANTUM ASPECTS OF CONTEMPORARY OPTICS. BELLINGHAM: SPIE-INT SOC OPTICAL ENGINEERING, 2018, s. 1-7. ISBN 978-1-5106-2608-9. Dostupné z: https://doi.org/10.1117/12.2518393.

MOSKALÍKOVÁ, Hana; Markéta KOTLÁNOVÁ; Zbyněk PROKOP a Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ. Biosensorická špička s DgpA pro detekci v nízké teplotě 10 oC. 2017.

MOSKALÍKOVÁ, Hana; Markéta KOTLÁNOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jaroslav ŘEZÁČ. Biosensorická špička s DhmeA pro detekci v alkalických podmínkách pH 10. 2017.

MOSKALÍKOVÁ, Hana; Markéta KOTLÁNOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jaroslav ŘEZÁČ. Biosensorická špička s LinA a LinB pro detekci beta-HCH. 2017.

MAZURENKO, Stanislav; Antonín KUNKA; Koen BEERENS; Christopher JOHNSON; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. CalFitter 1.0. 2017.

MARQUES, Sérgio Manuel; Zuzana DUNAJOVÁ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Catalytic Cycle of Haloalkane Dehalogenases Toward Unnatural Substrates Explored by Computational Modeling. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING. DC USA: AMER CHEMICAL SOC, 2017, roč. 57, č. 8, s. 1970-1989. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.jcim.7b00070.

LIŠKOVÁ, Veronika; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; David BEDNÁŘ; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites. Angewandte Chemie International Edition. WEINHEIM, GERMANY: WILEY-V C H VERLAG, 2017, roč. 56, č. 17, s. 4719-4723. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/anie.201611193.

MARQUES, Sérgio Manuel; Lukáš DANIEL; Tomáš BURYŠKA; Zbyněk PROKOP; Jan BREZOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Enzyme Tunnels and Gates As Relevant Targets in Drug Design. MEDICINAL RESEARCH REVIEWS. Hoboken, USA: WILEY, 2017, roč. 37, č. 5, s. 1095-1139. ISSN 0198-6325. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/med.21430.

MAZURENKO, Stanislav; Antonín KUNKA; Koen BEERENS; Christopher M. JOHNSON; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Exploration of Protein Unfolding by Modelling Calorimetry Data from Reheating. Scientific Reports. London: NATURE PUBLISHING GROUP, 2017, roč. 7, November, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41598-017-16360-y.

MUSIL, Miloš; Jan ŠTOURAČ; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Jaroslav ZENDULKA; Tomáš MARTÍNEK; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Web Server for Automated Design of Thermostable Proteins. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 45, W1, s. "W393"-"W399", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://doi.org/10.1093/nar/gkx285.

MUSIL, Miloš; Jan ŠTOURAČ; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; J. ZENDULKA; Tomáš MARTÍNEK; David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt 1.0. 2017.

CHIU, Flora W. Y.; David KOVÁŘ; Stavros STAVRAKIS; Simon BERGER; Andrew J. DEMELLO; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. High-throughput screening of haloalkane dehalogenase libraries based on a pH- sensitive assay using droplet-based microfluidics. 2017.

KAUSHIK, Shubhangi; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Radka CHALOUPKOVÁ. Kinetics of Binding of Fluorescent Ligands to Enzymes with Engineered Access Tunnels. FEBS Journal. Hoboken, NJ USA: WILEY-BLACKWELL, 2017, roč. 284, č. 1, s. 134-148. ISSN 1742-464X. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/febs.13957.

KOTÍK, Martin; Pavel VAŇÁČEK; Antonín KUNKA; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Metagenome-derived Haloalkane Dehalogenases with Novel Catalytic Properties. APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY. New York: Springer, 2017, roč. 101, č. 16, s. 6385-6397. ISSN 0175-7598. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s00253-017-8393-3.

MAZURENKO, Stanislav; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Multi-Enzyme Pathway Optimisation Through Star-Shaped Reachable Sets. In Rocha M.,De Paz J.F.,Pinto T.,Fdez-Riverola. 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. Německo: Springer International Publishing, 2017, s. 9-17. ISBN 978-3-319-60816-7. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-60816-7_2.

VALUCHOVÁ, Soňa; Jaroslav FULNEČEK; Zbyněk PROKOP; Peggy STOLT-BERGNER; Eliška JANOUŠKOVÁ; Ctirad HOFR a Karel ŘÍHA. Protection of Arabidopsis Blunt-Ended Telomeres Is Mediated by a Physical Association with the Ku Heterodimer. Plant Cell. ROCKVILLE: AMER SOC PLANT BIOLOGISTS, 2017, roč. 29, č. 6, s. 1533-1545. ISSN 1040-4651. Dostupné z: https://doi.org/10.1105/tpc.17.00064.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA01 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA101 carrying thermostabilizing mutations by evolution-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA112 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA115 carrying thermostabilizing mutations by combine approach. 2017.

KOTÍK, M.; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase eHLD2. 2017.

KOTÍK, M.; Pavel VAŇÁČEK; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase eHLD3. 2017.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase LinB116 carrying thermostabilizing mutations by FRESCO with removed disulphide bridge. 2017.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC01 carrying thermostabilizing mutations. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-DJ carrying thermostabilizing mutations. 2017.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-LT01 carrying thermostabilizing mutations. 2017.

BEDNÁŘ, David; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-LT02 carrying thermostabilizing mutations. 2017.

KOKKONEN, Piia Pauliina; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Lukáš DANIEL; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Structure-function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases. Online. In Rojo, Fernando. HANDBOOK OF HYDROCARBON AND LIPID MICROBIOLOGY SERIES. AEROBIC UTILIZATION OF HYDROCARBONS, OILS, AND LIPIDS. Heidelberg: Springer, Cham, 2017, s. 1-21. ISBN 978-3-319-50419-3. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-319-39782-5.

PROKOP, Zbyněk; Anežka NEČASOVÁ; Jana KLÁNOVÁ a Pavel ČUPR. Bioavailability and mobility of organic contaminants in soil: new three-step ecotoxicological evaluation. Environmental Science and Pollution Research. HEIDELBERG (GERMANY): SPRINGER HEIDELBERG, 2016, roč. 23, č. 5, s. 4312-4319. ISSN 0944-1344. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s11356-015-5555-7.

BIDMANOVÁ, Šárka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; A. DÜRKOP a O.S. WOLFBEIS. Device for Detection of Halogenated Hydrocarbons. 2016. Patent. Číslo: 15196591. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 26. 11. 2015.

BURYŠKA, Tomáš; Lukáš DANIEL; Antonín KUNKA; Jan BREZOVSKÝ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Discovery of Novel Haloalkane Dehalogenase Inhibitors. Applied and Environmental Microbiology. WASHINGTON, DC (USA): AMER SOC MICROBIOLOGY, 2016, roč. 82, č. 6, s. 1958-1965. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/AEM.03916-15.

BREZOVSKÝ, Jan; Petra BABKOVÁ; Oksana DEGTJARIK; Andrea FOŘTOVÁ; Artur Wiktor GÓRA; L. IERMAK; Petra ŘEZÁČOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering a de Novo Transport Tunnel. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2016, roč. 6, č. 11, s. 7597-7610. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acscatal.6b02081.

BIDMANOVÁ, Šárka; M.S. STEINER; Martina STEPAN; Kamila VYMAZALOVA; M.A. GRUBER; A. DUERKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a O.S. WOLFBEIS. Enzyme Based Test Stripes for the Visual or Photographic Detection and Quantitation of Gaseous Sulfur Mustard. ANALYTICAL CHEMISTRY. 2016, roč. 88, č. 11, s. 6044-6049. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.analchem.6b01272.

BIDMANOVÁ, Šárka; Markéta KOTLÁNOVÁ; T. RATAJ; Jiří DAMBORSKÝ; Martina TRTILEK a Zbyněk PROKOP. Fluorescence-Based Biosensor for Monitoring of Environmental Pollutants: From Concept to Field Application. Biosensors & bioelectronics : the international journal for the professional involved with research, technology and applications of biosensors and related devices. Elsevier Science, 2016, roč. 84, October, s. 97-105. ISSN 0956-5663. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.bios.2015.12.010.

PROKOP, Zbyněk; Pavel VAŇÁČEK a Jiří DAMBORSKÝ. Mikrofluidní čip pro teplotní gradient. 2016.

GROSS, J.; Zbyněk PROKOP; D. JANSSEN; Kurt FABER a M. HALL. Regio- and Enantioselective Sequential Dehalogenation of rac-1,3-Dibromobutane by Haloalkane Dehalogenase LinB. CHEMBIOCHEM. WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2016, roč. 17, č. 15, s. 1437-1441. ISSN 1439-4227. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cbic.201600227.

GLOSER, Vít; Halyna KOROVETSKA; Ana Isabel Martín VERTEDOR; Martina HÁJÍČKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Sally WILKINSON a William DAVIES. The Dynamics of Xylem Sap pH under Drought: a Universal Response in Herbs? PLANT AND SOIL. Springer, 2016, roč. 409, 1-2, s. 259-272. ISSN 0032-079X. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s11104-016-2962-6.

BIDMANOVÁ, Šárka; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Detekční proužky. 2015.

ŠARMÍROVÁ, Klaudia; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. DsvA from Saccharomonospora viridis DSM 43017. 2015.

CHRÁST, Lukáš; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Enzyme haloalkane dehalogenase DmxA from Marinobacter sp. ELB17 purified to homogeneity. 2015.

DVOŘÁK, Pavel; Lukáš CHRÁST; Pablo Ivan NIKEL; Radek FEDR; Karel SOUČEK; Miroslava SEDLÁČKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Víctor LORENZO DE; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Exacerbation of Substrate Toxicity by IPTG in Escherichia coli BL21(DE3) Carrying a Synthetic Metabolic Pathway. Microbial Cell Factories. London: BioMed Central, 2015, roč. 14, December, s. "nestrankovano", 15 s. ISSN 1475-2859. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12934-015-0393-3.

BEDNÁŘ, David; Koen BEERENS; Eva ŠEBESTOVÁ; Jaroslav BENDL; S. KHARE; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Jan BREZOVSKÝ; D. BAKER a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2015, roč. 11, č. 11, s. "nestrankovano", 20 s. ISSN 1553-734X. Dostupné z: https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004556.

POLACH, Petr a Zbyněk PROKOP. Firmware k ovládání biosensoru. 2015.

GIELEN, Fabrice; Tomáš BURYŠKA; Liisa VAN VLIET; Maren BUTZ; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Florian HOLLFELDER. Interfacing Microwells with Nanoliter Compartments: A Sampler Generating High-Resolution Concentration Gradients for Quantitative Biochemical Analyses in Droplets. Analytical Chemistry. 2015, roč. 87, č. 1, s. 624-632. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/ac503336g.

DANIEL, Lukáš; Tomáš BURYŠKA; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Jan BREZOVSKÝ. Mechanism-Based Discovery of Novel Substrates of Haloalkane Dehalogenases using in Silico Screening. Journal of Chemical Information and Modeling. 2015, roč. 55, č. 1, s. 54-62. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/ci500486y.

SHRIVASTAVA, Nidhi; Zbyněk PROKOP a Ashwani KUMAR. Novel LinA Type 3 delta-Hexachlorocyclohexane Dehydrochlorinase. Applied and Environmental Microbiology. WASHINGTON, DC (USA): AMER SOC MICROBIOLOGY, 2015, roč. 81, č. 21, s. 7553-7559. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/AEM.01683-15.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant ancestral enzyme ancDbjA-DbeA NOD1. 2015.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant ancestral enzyme ancDbjA-DbeA NOD2. 2015.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant ancestral enzyme ancDbjA-DbeA NOD3. 2015.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant ancestral enzyme ancDbjA-DbeA NOD4. 2015.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant ancestral enzyme ancDbjA-DbeA NOD5. 2015.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant ancestral enzyme ancHLD-Rluc. 2015.

BABKOVÁ, Petra; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant ancestral enzyme ancLinB-DmbA. 2015.

KURUMBANG, Nagendra Prasad; Pavel DVOŘÁK; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-Assisted Engineering of Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Persistent Pollutant. ACS Synthetic Biology. 2014, roč. 3, č. 3, s. 172-181. ISSN 2161-5063. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/sb400147n.

SYKORA, J.; Jan BREZOVSKÝ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; M. LAHODA; Andrea FOŘTOVÁ; T. CHERNOVETS; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Zbyněk PROKOP; I. KUTA SMATANOVA; M. HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Dynamics and Hydration Explain Failed Functional Transformation in Dehalogenase Design. Nature Chemical Biology. 2014, roč. 10, č. 6, s. 428-430. ISSN 1552-4450.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie degradující toxické environmentalní polutanty Ps. putida CF4 deg31. 2014.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie Pseudomonas putida CF4 deg 31 pro degradaci toxického environmentálního polutantu 1,2,3-trichlorpropanu na chromosomu. 2014.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Geneticky modifikovaná bakterie Pseudomonas putida CF4 pro degradaci toxického environmentálního polutantu 1,2,3-trichlorpropanu na plasmidu. 2014.

DVOŘÁK, Pavel; Šárka BIDMANOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Immobilized Synthetic Pathway for Biodegradation of Toxic Recalcitrant Pollutant 1,2,3-Trichloropropane. Environmental Science & Technology. 2014, roč. 48, č. 12, s. 6859-6866. ISSN 0013-936X. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/es500396r.

DVOŘÁK, Pavel; Nagendra Prasad KURUMBANG; Jaroslav BENDL; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Maximizing the Efficiency of Multi-enzyme Process by Stoichiometry Optimization. ChemBioChem. WEINHEIM: WILEY-VCH, 2014, roč. 15, č. 13, s. 1891-1895. ISSN 1439-4227. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cbic.201402265.

BIDMANOVÁ, Šárka; Eva HRDLIČKOVÁ; Josef JAROŠ; Ladislav ILKOVICS; Aleš HAMPL; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Microscopic Monitoring Provides Information on Structure and Properties During Biocatalyst Immobilisation. Biotechnology Journal. WEINHEIM, GERMANY: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2014, roč. 9, č. 6, s. 852-860. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/biot.201300049.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkane dehalogenase HTS001. 2014.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkane dehalogenase HTS003. 2014.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkane dehalogenase HTS004. 2014.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkane dehalogenase HTS005. 2014.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkane dehalogenase HTS006. 2014.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkane dehalogenase HTS010. 2014.

VAŇÁČEK, Pavel; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkane dehalogenase HTS013. 2014.

MORIUCHI, Ryota; Hiroki TANAKA; Yuki NIKAWADORI; Mayuko ISHITSUKA; Michihiro ITO; Yoshiyuki OHTSUBO; Masataka TSUDA; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Yuji NAGATA. Stepwise Enhancement of Catalytic Performance of Haloalkane Dehalogenase LinB towards Beta-Hexachlorocyclohexane. Applied Microbiology and Biotechnology Express. London: Springer, 2014, roč. 4, č. 72, s. 1-10. ISSN 2191-0855. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s13568-014-0072-5.

CHALOUPKOVÁ, Radka; T. PRUDNIKOVA; P. REZACOVA; Zbyněk PROKOP; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Lukáš DANIEL; Jan BREZOVSKÝ; W. IKEDA-OHTSUBO; Y. SATO; M. KUTY; Y. NAGATA; I. KUTA SMATANOVA a Jiří DAMBORSKÝ. Structural and Functional Analysis of a Novel Haloalkane Dehalogenase with Two Halide-Binding Sites. Acta Crystallographica D. 2014, roč. 70, July, s. 1884-1897. ISSN 0907-4449. Dostupné z: https://doi.org/10.1107/S1399004714009018.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli degWT upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli degWT-opt- upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg31 upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg31-opt upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg90R upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

DVOŘÁK, Pavel; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. E. coli deg90R-opt upravená bakterie degradující toxické environmentální polutanty. 2013.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Radka CHALOUPKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Eva ŠEBESTOVÁ; M. HESSELER; M. KHABIRI; M. PLEVAKA; D. KULIK; I. KUTA SMATANOVA; P. REZACOVA; R. ETTRICH; U.T. BORNSCHEUER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering Enzyme Stability and Resistance to an Organic Cosolvent by Modification of Residues in the Access Tunnel. Angewandte Chemie International Edition. Verlag Chemie, 2013, roč. 52, č. 7, s. 1959-1963. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/anie.201206708.

ŠTĚPÁNKOVÁ, Veronika; M. KHABIRI; Jan BREZOVSKÝ; Antonín PAVELKA; J. SYKORA; M. AMARO; B. MINOFAR; Zbyněk PROKOP; M. HOF; R. ETTRICH; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Expansion of Access Tunnels and Active-Site Cavities Influence Activity of Haloalkane Dehalogenases in Organic Cosolvents. ChemBioChem. WEINHEIM: WILEY-VCH, 2013, roč. 14, č. 7, s. 890-897. ISSN 1439-4227. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/cbic.201200733.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Šárka BIDMANOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Antonín PAVELKA; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Haloalkane dehalogenases: Biotechnological applications. Biotechnology Journal. HOBOKEN: WILEY-BLACKWELL, 2013, roč. 8, č. 1, s. 32-45, 15 s. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/biot.201100486.

BIDMANOVÁ, Šárka; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Immobilization of Haloalkane Dehalogenase LinB from Sphingobium japonicum UT26 for Biotechnological Applications. Journal of Biocatalysis & Biotransformation. 2013, roč. 2, č. 2, s. 1-7. ISSN 2324-9099.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; F. OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2013. Patent. Číslo: EP 1899022. Název vlastníka: MU. Datum přijetí: 9. 10. 2013.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ a Artur Wiktor GORA. Method of Thermostabilization of a Protein And/or Stabilization Towards Organic Solvents. 2013. Patent. Číslo: US 8,580,932. Vydavatel: USTPO (Úřad pro patenty a ochranné známky USA). Název vlastníka: MU. Datum registrace: 5. 9. 2012. Datum přijetí: 12. 11. 2013.

BIDMANOVÁ, Šárka; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Miniaturizovaný příruční fluorimetr. 2013.

NIHARIKA, Neha; Hana MOSKALÍKOVÁ; Jasvinder KAUR; Miroslava SEDLÁČKOVÁ; Aleš HAMPL; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Rup LAL. Novosphingobium barchaimii sp nov., isolated from hexachlorocyclohexane-contaminated soil. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. SOC GENERAL MICROBIOLOGY, 2013, roč. 63, Part 2, s. 667-672. ISSN 1466-5026. Dostupné z: https://doi.org/10.1099/ijs.0.039826-0.

PROKOP, Zbyněk; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkan dehalogenáza DatA. 2013.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Rekombinantní enzym haloalkan dehalogenáza DspA. 2013.

HLADILKOVA, J.; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a P. JUNGWIRTH. Release of Halide Ions from the Buried Active Site of the Haloalkane Dehalogenase LinB Revealed by Stopped-Flow Fluorescence Analysis and Free Energy Calculations. Journal of Physical Chemistry B. 2013, roč. 117, č. 46, s. 14329–14335. ISSN 1520-6106. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/jp409040u.

KAUR, Jasvinder; Hana MOSKALÍKOVÁ; Neha NIHARIKA; Miroslava SEDLÁČKOVÁ; Aleš HAMPL; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Rup LAL. Sphingobium baderi sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. SOC GENERAL MICROBIOLOGY, 2013, roč. 63, Part 2, s. 673-678. ISSN 1466-5026. Dostupné z: https://doi.org/10.1099/ijs.0.039834-0.

NIHARIKA, Neha; Hana MOSKALÍKOVÁ; Jasvinder KAUR; Fazlurrahman KHAN; Miroslava SEDLÁČKOVÁ; Aleš HAMPL; Jiří DAMBORSKÝ; Zbyněk PROKOP a Rup LAL. Sphingobium czechense sp nov., isolated from a hexachlorocyclohexane dump site. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. SOC GENERAL MICROBIOLOGY, 2013, roč. 63, Part 2, s. 723-728. ISSN 1466-5026. Dostupné z: https://doi.org/10.1099/ijs.0.039396-0.

ŠTĚPÁNKOVÁ, Veronika; Šárka BIDMANOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Strategies for Stabilization and Activation of Biocatalysts in Organic Solvents. ACS Catalysis. 2013, roč. 3, č. 12, s. 2823-2836. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/cs400684x.

HASAN, Khomaini; Artur Wiktor GORA; Jan BREZOVSKÝ; Radka CHALOUPKOVÁ; Hana MOSKALÍKOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. The Effect of a Unique Halide-Stabilising Residue on the Catalytic Properties of Haloalkane Dehalogenase DatA from Agrobacterium tumefaciens C58. FEBS Journal. Blackwell, 2013, roč. 280, č. 13, s. 3149-3159. ISSN 1742-464X. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/febs.12238.

BIEDERMANNOVÁ, Lada; Zbyněk PROKOP; Artur Wiktor GORA; Eva CHOVANCOVÁ; Mihály KOVÁCS; Jiří DAMBORSKÝ a Rebecca C. WADE. A Single Mutation in a Tunnel to the Active Site Changes the Mechanism and Kinetics of Product Release in Haloalkane Dehalogenase LinB. The Journal of Biological Chemistry. USA, 2012, roč. 287, č. 34, s. 29062-29074. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://doi.org/10.1074/jbc.M112.377853.

BIDMANOVÁ, Šárka; Antonín HLAVÁČEK; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Conjugation of 5(6)-carboxyfluorescein and 5(6)-carboxynaphthfluorescein with bovine serum albumin and their immobilization for optical pH sensing. SENSORS AND ACTUATORS B: CHEMICAL. 2012, roč. 161, č. 1, s. 93-99. ISSN 0925-4005. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.snb.2011.09.046.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA57. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA61. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA63. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA80. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA82. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA85. 2012.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a Táňa KOUDELÁKOVÁ. Engineered recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA88. 2012.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; F. OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2012. Patent. Číslo: CA 2610024. Název vlastníka: MU. Datum přijetí: 26. 6. 2012.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; F. OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2012. Patent. Číslo: IL 186596. Název vlastníka: MU. Datum přijetí: 1. 5. 2012.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; Filip OPLUŠTIL; Andrea FOŘTOVÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2012. Patent. Číslo: IL 186596. Vydavatel: Israeli Patent Office. Místo vydání: Israel. Název vlastníka: Masarykova univerzita. Datum registrace: 11. 10. 2007. Datum přijetí: 31. 1. 2012.

SEDLACEK, Jiri; Šárka BIDMANOVÁ; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Bretislav MIKEL a Jaromir HUBALEK. Analyzer for Fluorescent Biosensing Application. Online. In Franz, M Nicolics, J Pietrikova, A. 2011 34TH INTERNATIONAL SPRING SEMINAR ON ELECTRONICS TECHNOLOGY (ISSE 2011) - NEW TRENDS IN MICRO/NANOTECHNOLOGY. NEW YORK: IEEE, 2011, s. 600-603. ISBN 978-1-4577-2110-6. Dostupné z: https://doi.org/10.1109/ISSE.2011.6053958.

DAMBORSKÝ, Jiří; Pavel DVOŘÁK; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Martin KLVAŇA; Michal OTYEPKA; R .C. WADE; Z. NAGATA; Eva HRDLIČKOVÁ a R. STLOUKAL. Biodegradation of 1,2,3-Trichloropropane. In Recent Trends in Developing Bioremediation Strategies for Hexachlorocyclohexane (HCH) & Other Chlorinated Contaminants. 2011.

HASAN, Khomaini; Andrea FOŘTOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; M. ISHITSUKA; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Biochemical Characteristics of the Novel Haloalkane Dehalogenase DatA Isolated from the Plant Pathogen Agrobacterium tumefaciens C58. Applied and Environmental Microbiology. 2011, roč. 77, č. 5, s. 1881-1884. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://doi.org/10.1128/AEM.02109-10.

BIEDERMANNOVÁ, Lada; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Jiří DAMBORSKÝ a R. WAADE. Biology and Bioinformatics. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Pavel DVOŘÁK; Radka CHALOUPKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Construction of pollutant-degrading bacteria by protein and metabolic engineering. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Radka CHALOUPKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Decontamination kit Yperzyme. 2011.

HUBÁLEK, Jaromír; Jiří SEDLÁČEK; Zbyněk PROKOP; Šárka BIDMANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Fluorimetr pro biosensorové měření. 2011.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; Eva HRDLIČKOVÁ a Pavel TRTÍLEK. HaloPen. 2011.

DVOŘÁK, Pavel; Zbyněk PROKOP; Jan BREZOVSKÝ; David BEDNÁŘ; Šárka BIDMANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway. In Biotrans 2011. 2011.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; František OPLUŠTIL; Andrea FOŘTOVÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2011. Patent. Číslo: US 7,888,103. Vydavatel: Úřad pro patenty a ochranné známky USA. Místo vydání: USA. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 1. 6. 2006. Datum přijetí: 15. 2. 2011.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; F. OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases,. 2011. Patent. Číslo: US 7,888,103. Název vlastníka: MU. Datum přijetí: 15. 2. 2011.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; František OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases,. 2011. Patent. Číslo: JP 4793947. Vydavatel: Japonský patentový úřad. Místo vydání: Japonsko. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 1. 6. 2006. Datum přijetí: 5. 8. 2011.

SATO, Yukari; Zbyněk PROKOP; Jan BREZOVSKÝ; Ryo NATSUME; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Toshiya SENDA. Molecular bases of enantioselectivity of haloalkane dehalogenase DbjA. In Annual Meeting of American Crystallographic Association, New Orleans, USA,. 2011.

ŠTĚPÁNKOVÁ, Veronika; Radka CHALOUPKOVÁ; M. KHABIRI; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Rudiger ETTRICH a Jiří DAMBORSKÝ. Molecular mechanisms of the effects of organic solvents on activity of haloalkane dehalogenases. 2011.

ŠTĚPÁNKOVÁ, Veronika; Radka CHALOUPKOVÁ; Morteza KHABIRI; Jan BREZOVSKÝ; Zbyněk PROKOP; Rudiger ETTRICH a Jiří DAMBORSKÝ. Molekulární podstata působení organických rozpouštědel na strukturu a funkci haloalkandehalogenáz. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP a Hana MOSKALÍKOVÁ. Novosphingobium barchaimii LL02 sp. nov. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Radka CHALOUPKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DmxA. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Radka CHALOUPKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DpcA. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Radka CHALOUPKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase Spur. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP a Hana MOSKALÍKOVÁ. Sphingobium baderi LL03 sp. nov. 2011.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP a Hana MOSKALÍKOVÁ. Sphingobium czechense LL01 sp. nov. 2011.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Stereoselectivity and Conformational Stability of Haloalkane Dehalogenase DbjA from Bradyrhizobium japonicum USDA110: The Effect of pH and Temperature. FEBS Journal. 2011, roč. 278, č. 15, s. 2728-2738. ISSN 1742-464X. Dostupné z: https://doi.org/10.1111/j.1742-4658.2011.08203.x.

MOZGA, Tomáš; T. PRUDNIKOVA; Radka CHALOUPKOVÁ; P. REZACOVA; Yukari SATO; Michal KUTÝ; Zbyněk PROKOP; Yuji NAGATA; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Biochemical and structural characterization of novel haloalkane dehalogenase DbeA from Bradyrhizobium elkani USDA94 possesing two halide binding sites. In 8th Discussion in Structural Molecular Biology and Bioinformatics. 2010.

BIDMANOVÁ, Šárka; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. CONSTRUCTION AND CHARACTERIZATION OF FIBER-OPTIC BIOSENSOR BASED ON HALOALKANE DEHALOGENASE. In Europt(r)ode X. 2010.

LITERÁKOVÁ, Petra; Jan LOCHMAN; Zbyněk ZDRÁHAL; Zbyněk PROKOP; Vladimír MIKEŠ a Tomáš KAŠPAROVSKÝ. Determination of capsidiol in tobacco cells culture by HPLC. Journal of Chromatographic Science. 2010, roč. 48, č. 6, s. 436-440. ISSN 0021-9665.

BIDMANOVÁ, Šárka; Radka CHALOUPKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Development of an enzymatic fiber-optic biosensor for detection of halogenated hydrocarbons. Analytical and Bioanalytical Chemistry. Springer-Verlag, 2010, roč. 10, č. 1007, s. 1891-1898. ISSN 1618-2642.

BIDMANOVÁ, Šárka; Michal POHANKA; J. CABAL; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Early Warning Biosensors for Detection of Chemical Warfare Agents. CHEMICKE LISTY. Česká republika, 2010, roč. 104, č. 104, s. 302-308. ISSN 0009-2770.

ŠTĚPÁNKOVÁ, Veronika; Radka CHALOUPKOVÁ; Morteza KHABIRI; Minofar BABÁK; Zbyněk PROKOP; R. ETTRICH a Jiří DAMBORSKÝ. Effect of organic solvents on structure and function of haloalkane dehalogenases. In 8th Discussion in Structural Molecular Biology and Bioinformatics. 2010.

PROKOP, Zbyněk; Yukari SATO; Jan BREZOVSKÝ; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Petr JEŘÁBEK; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Ryo NATSUME; J.G.E LEEUWEN; D.B. JANSSEN; Jan FLORIAN; Yuji NAGATA; Toshiya SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering. In Trends in Enzymology. 2010.

PROKOP, Zbyněk; Yukari SATO; Jan BREZOVSKÝ; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Petr JEŘÁBEK; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Rio NATSUME; J.G.E. LEEWEN; D,B. JANSSEN; J. FLORIAN; Yuji NAGATA; T. SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases and its Modulation by Surface Loop Engineering. Angewandte Chemie International Edition. Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA, Weinhe, 2010, roč. 49, č. 35, s. 6111-6115. ISSN 1433-7851.

PROKOP, Zbyněk; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Martin KLVAŇA; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Tomáš MOZGA; Antonín PAVELKA; Pavel DVOŘÁK; Monika STRAKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Biocatalysts by Modification of Access Tunnels. In Novel Enzymes. 2010.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Eva CHOVANCOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Jan BREZOVSKÝ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; Antonín PAVELKA a Pavel DVOŘÁK. Engineering of Enzymes by Modification of Access Tunnels. In GEM 2010. 2010.

HASAN, Khomaini; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Haloalkane dehalogenase from Agrobacterium tumefaciens C58 with new halide-stabilising residues and unique kinetics. In Trends in Enzymology. 2010.

BIEDERMANNOVÁ, Lada; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Jiří DAMBORSKÝ a R. WADE. Investigation of Ligand Passage in Proteins Investigation of Ligand Passage in Proteins. In Computational Chemistry. 2010.

HASAN, Khomaini; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Kinetics and enantioselectivity of haloalkane dehalogenase from Agrobacterium tumefaciens c58. In XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2010.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; F. OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2010. Patent. Číslo: AU 2006254625. Název vlastníka: MU. Datum přijetí: 4. 2. 2010.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; František OPLUŠTIL; Andrea FOŘTOVÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2010. Patent. Číslo: AU 2006254625 B2. Vydavatel: Patentový úřad Austrálie. Místo vydání: Austrálie. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 1. 6. 2006. Datum přijetí: 4. 2. 2010.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; František OPLUŠTIL; Andrea FOŘTOVÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2010. Patent. Číslo: NZ 564218. Vydavatel: Patentový úřad Nový Zéland. Místo vydání: Nový Zěland. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 1. 6. 2006. Datum přijetí: 9. 9. 2010.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; F. OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases,. 2010. Patent. Číslo: NZ 564218. Název vlastníka: MU. Datum přijetí: 9. 9. 2010.

BIDMANOVÁ, Šárka; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Optical biosensor based on haloalkane dehalogenase for detection of halogenated hydrocarbons in the environment. In Biosensors. 2010.

ŠTĚPÁNKOVÁ, Veronika; Radka CHALOUPKOVÁ; Morteza KHABIRI; Minofar BABAK; Zbyněk PROKOP; R. ETTRICH a Jiří DAMBORSKÝ. Struktura a funkce haloalkándehalogenas v organických rozpouštědlech. 2010.

JESENSKÁ, Andrea; Marta MONINCOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Khomaini HASAN; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Z. GEERLOF a Jiří DAMBORSKÝ. Characterization of Haloalkane Dehalogenases DrbA and DmbC: Representatives of Novel Subfamily. Applied and Environmental Microbilogy. 2009, roč. 75, č. 15, s. 5157-5160. ISSN 0099-2240.

MOZGA, Tomáš; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Chiral Aliphatic Hydroxy Compounds in Nature: a Review of Biological Functions and Practical Applications. Collection of Czechoslovak chemical communications. 2009, roč. 74, 7-8, 83 s. ISSN 0010-0765.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; F. OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a J. NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2009. Patent. Číslo: RU11311. Vydavatel: ROSPATENT. Místo vydání: Rusko. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 1. 6. 2006. Datum přijetí: 27. 2. 2009.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; František OPLUŠTIL; Andrea FOŘTOVÁ a Yuji NAGATA. Method of detoxication of yperite by using haloalkane dehalogenases. 2009. Patent. Číslo: RU 11311. Vydavatel: Patentový úřad Ruska. Místo vydání: Ruska federace. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 1. 6. 2006. Datum přijetí: 27. 2. 2009.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; Yuji NAGATA a D. B. JANSSEN. Method of Production of Optically Active Hydrocarbons and Alcohols Using Hydrolytic Dehalogenation Catalysed by Haloalkane Dehalogenases. 2009. Patent. Číslo: US 7,632,666. Vydavatel: USTPO Úřad pro patenty a ochranné známky USA. Místo vydání: USA. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 24. 7. 2007. Datum přijetí: 15. 12. 2009.

KLVAŇA, Martin; Martina PAVLOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Pavel DVOŘÁK; Zbyněk PROKOP; A. STSIAPANAVA; Michal KUTÝ; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; J. DOHNÁLEK; Petr KULHÁNEK; R. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Pathways and Mechanisms for Product Release in the Engineered Haloalkane Dehalogenases Explored using Classical and Random Acceleration Molecular Dynamics Simulations. JOURNAL OF MOLECULAR BIOLOGY. 2009, roč. 2009, č. 00, s. 0000-0000, 10 s. ISSN 0022-2836.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DbeA. 2009.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DmbC. 2009.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DrbA. 2009.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; Yuji NAGATA a D. JANSSEN. Způsob výroby opticky aktivních halogenalkanů a alkoholů hydrolytickou dehalogenací katalyzovanou halogenalkandehalogenázami. 2009. Patent. Číslo: 301290. Vydavatel: Patentový úřad ČR. Název vlastníka: Masarykova univerzita. Datum registrace: 27. 12. 2004. Datum přijetí: 20. 11. 2009.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; Yuji NAGATA a Dick JANSSEN. Způsob výroby opticky aktivních halogenalkanů a alkoholů hydrolytickou dehalogenací katalyzovanou halogenalkandehalogenázami. 2009. Patent. Číslo: 301290. Vydavatel: UPVCR Úřad průmyslového vlastnictví České republiky. Místo vydání: Česká republika. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 27. 12. 2004. Datum přijetí: 20. 11. 2009.

PROKOP, Zbyněk; František OPLUŠTIL a Jiří DAMBORSKÝ. Decontamination of chemical warfare agent sulphur mustard. 2008.

TVRZOVÁ, Ludmila; Jiří NEČA; Zbyněk ZDRÁHAL; Danuška HORÁKOVÁ; Miroslav NĚMEC a Zbyněk PROKOP. Degradation of 4 Nitroguaiacol and Other Nitroaromatic Compounds by Strains of Arthrobacter nitroguajacolicus. Archives of Microbiology. 2008, roč. 00, č. 00, s. 00-00, 10 s. ISSN 0302-8933.

BIDMANOVÁ, Šárka; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; G. KUNCOVÁ; J. BOLYÓ a Jiří DAMBORSKÝ. Development of Enzyme Biosensors for Detection of Toxic Halogenated Compounds. 2008.

MIKELOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Karel STEJSKAL; Vojtěch ADAM; Miroslava BEKLOVÁ; Libuše TRNKOVÁ; Bohumila KULICHOVÁ; A. HORNA; Radka CHALOUPKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a René KIZEK. Enzymatic reaction coupled with flow-injection analysis with charged aerosol, coulometric, or amperometric detection for estimation of contamination of the environment by pesticides. Chromatographia. 2008, roč. 67, č. 01, s. 47-53. ISSN 0009-5893.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ a Thomas SCHEPER. Fluorescence spectrophotometer TUH-01. 2008.

HASAN, Khomaini; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ a Zbyněk PROKOP. Characterization of Haloalkane Dehalogenase DmbC from Mycobacterium tubercul.sis H37Rv,. 2008.

PROKOP, Zbyněk; Martina PAVLOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Martin KLVAŇA; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Inženýrství stereoselektivity enzymů pro aplikace biokatalýzy. 2008.

BREZOVSKÝ, Jan; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; J. FLORIÁN; Tomáš MOZGA; Radka CHALOUPKOVÁ; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Petr JEŘÁBEK; Rio NATSUME; D.B. JANSSEN; Yuji NAGATA; T. SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Modulation of Enantioselectivity in Haloalkane Dehalogenase DbjA by Engineering of a Surface Loop. 2008.

HOLUB, Peter; Martina PAVLOVÁ; Martin KLVAŇA; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Aaron OAKLEY; M. TSUDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Protein Engineering of Haloalkane Dehalogenases: Towards the Change of Reaction Mechanism. 2008.

BREZOVSKÝ, Jan; Marta MONINCOVÁ; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; T. SENDA; Yuji NAGATA; R.C. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Quantitative Comparison of Binding Sites within the Protein Family of Haloalkane Dehalogenases,. 2008.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DbjA. 2008.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA. 2008.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhmA. 2008.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DmbA. 2008.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DmbB. 2008.

PROKOP, Zbyněk a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase LinB. 2008.

DVOŘÁK, Pavel; Martina PAVLOVÁ; Martin KLVAŇA; Zbyněk PROKOP a Yuji NAGATA. Semi-Rational Engineering of Haloalkane Dehalogenases DHAA Towards Improved Activity with 1,2-Dichloroethane. In XII. Working Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2008.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Tomáš MOZGA; Yukari SATO; Táňa KOUDELÁKOVÁ; D.B. JANSSEN; Yuji NAGATA; T. SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Thermodynamic Analysis of Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenase DbjA and its Variants DbjA and DbjA+H139A towards Brominated Esters and substituted Bromoalkanes. 2008.

BREZOVSKÝ, Jan; Marta MONINCOVÁ; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Yuji NAGATA; R.C. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Comparative Binding Energy Analysis of Haloalkane Dehalogenase from Bradyrhizobium japonicum USDA110. 2007.

BREZOVSKÝ, Jan; Marta MONINCOVÁ; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Yuji NAGATA; R.C. WADE a Jiří DAMBORSKÝ. Comparative Binding Energy (COMBINE) Analysis of the Substrate Specificity of Haloalkane Dehalogenase from Bradyrhizobium japonicum USDA110. 2007.

ITO, M.; Zbyněk PROKOP; Martin KLVAŇA; Y. OTSUBO; M. TSUDA; Jiří DAMBORSKÝ a Yuji NAGATA. Degradation of Beta-Hexachlorocyclohexane by Haloalkane Dehalogenase LinB from Hexachlorocyclohexane-Utilizing Bacterium Sphingobium sp. MI1205. ARCHIVES IN MICROBIOLOGY. 2007, roč. 188, č. 4, s. 313-325. ISSN 0302-8933.

TVRZOVÁ, Ludmila; Jiří NEČA; Zbyněk ZDRÁHAL; Danuška HORÁKOVÁ; Miroslav NĚMEC a Zbyněk PROKOP. Degradation of 4 Nitroguaiacol and Other Nitroaromatic Compounds by Strains of Arthrobacter nitroguajacolicus. Archives of Microbiology. 2007, roč. 00, č. 00, s. 00-00, 10 s. ISSN 0302-8933.

BIDMANOVÁ, Šárka; Zbyněk PROKOP; G. KUNCOVÁ; J. BOLYÓ a Jiří DAMBORSKÝ. Development of Enzymatic Biosensors for Detection of Halogenated Environmental Pollutants. 2007.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ; M. OLŠANSKÁ a F. OPLUŠTIL. Enzymatic Detoxification of Sulfur Mustard by Haloalkane Dehalogenases. 2007.

PROKOP, Zbyněk; Yukari SATO; Tomáš MOZGA; Petr JEŘÁBEK; Rio NATSUME; J. FLORIÁN; M. TSUDA; Yuji NAGATA; T. SENDA a Jiří DAMBORSKÝ. Haloalkane Dehalogenases Possess Two Different Structural Bases for Their Enantioselectivity. 2007.

DAMBORSKÝ, Jiří a Zbyněk PROKOP. Keyhole-Lock-Key Model of Enzymatic Catalysis: Engineering of Tunnels in Proteins with Buried Active Sites. 2007.

KŘÍŽKOVÁ, Soňa; Jan HRADECKÝ; V. ŠUPÁLKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Libuše TRNKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. LinB Enzyme for Detection of Chlorinated Pesticides- Suggestion Design of a New Biosensor. 2007.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; D.B. JANSSEN a Yuji NAGATA. Method of Production of Optically Active Hydrocarbons and Alcohols Using Hydrolytic Dehalogenation Catalysed by Haloalkane Dehalogenases. 2007. Patent. Číslo: US 7,632,666 B2. Vydavatel: The Director of the United States Patent and Trademark Office. Místo vydání: USA. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 23. 12. 2005. Datum přijetí: 14. 2. 2007.

CHROUST, Karel; Martina PAVLOVÁ; Zbyněk PROKOP; Jan MENDEL; Kateřina BOŽKOVÁ; Zdeněk KUBÁT; Věra ZAJÍČKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Quantitative Structure-Activity Relationships for Toxicity and Genotoxicity of Halogenated Aliphatic Compounds: Wing Spot Test of Drosophila melanogaster. CHEMOSPHERE. 2007, roč. 67, č. 1, s. 152-159. ISSN 0045-6535.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Monika STRAKOVÁ; Tomáš MOZGA a Jiří DAMBORSKÝ. Stereoselectivity and Conformational Stability of Haloalkane Dehalogenase DbjA from Bradyrhizobium japonicum USDA110: The effect of temperature and pH. 2007.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Monika STRAKOVÁ; Yukari SATO; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Stereoselektivita a konformační stabilita halogenalkan dehalogenázy DbjA z Bradyrhizobium japonicum USDA110,. 2007.

PAVLOVÁ, Martina; Martin KLVAŇA; Andrea JESENSKÁ; Zbyněk PROKOP; Hana KONEČNÁ; Yukari SATO; M. TSUDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. The Identification of Catalytic Pentad in the Haloalkane Dehalogenase DhmA from Mycobacterium avium N85: Reaction Mechanism and Molecular Evolution. Journal of Structural Biology. 2007, roč. 157, č. 2, s. 384-392. ISSN 1047-8477.

PROKOP, Zbyněk; Radka CHALOUPKOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Marta MONINCOVÁ; Michal STROUHAL; V. VELEBNÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Využití enzymů ve farmaceutických výrobách. 2007.

MONINCOVÁ, Marta; Zbyněk PROKOP; Jitka VEVODOVÁ; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Weak Activity of Haloalkane Dehalogenase LinB with 1,2,3-Trichloropropane Revealed by X-ray Crystallography and Microcalorimetry. Applied and Environmental Microbiology. 2007, roč. 73, č. 6, s. 2005-2008. ISSN 0099-2240.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Lucie GRODECKÁ; T. SENDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Změna enantioselektivity a substrátové specifity haloalkan dehalogenázy proteinovým inženýrstvím. 2007.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; František OPLUŠTIL; Andrea FOŘTOVÁ a Yuji NAGATA. ZPŮSOB DETOXIKACE SULFIDICKÉHO YPERITU ÚČINKEM HALOGENALKANDEHALOGENÁZ. 2007. Patent. Číslo: 298287. Vydavatel: Úřad průmyslového vlastnictví ČR. Místo vydání: ČR. Název vlastníka: MU. Datum registrace: 3. 6. 2005. Datum přijetí: 4. 7. 2007.

MIKELOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jan HRADECKÝ; Libuše TRNKOVÁ; Vojtěch ADAM; Jiří DAMBORSKÝ a René KIZEK. A suggestion of enzymatic biosensor for determination of chlorinated pesticides. In 11th International conference on electroanalysis. první. Bordeaux: European Society for ElectroAnalytical Chemistry, 2006, s. 1-45, 300 s.

HRADECKÝ, Jan; Radka MIKELOVÁ; Zbyněk PROKOP; Libuše TRNKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Vojtěch ADAM; Jitka PETRLOVÁ a René KIZEK. A suggestion of enzymatic biosensor for determination of chlorinated pesticides. 2006.

MIKELOVÁ, Radka; Jan HRADECKÝ; Libuše TRNKOVÁ; David POTĚŠIL; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Jaroslav HUBÁLEK; Vojtěch ADAM a René KIZEK. Analýza chlorovaných uhlovodíků s využitím stříbrné a uhlíkové pastové elektrody. In XXVI. Moderní elektrochemické metody. První. Praha: Česká společnost chemická, 2006, s. 51-56, 154 s. ISBN 80-86238-98-9.

TVRZOVÁ, Ludmila; Zbyněk PROKOP; Jitka NAVRÁTILOVÁ; Radka MULLEROVÁ a Jiří NEČA. Development of a microtiter plate-based method for determination of degradation profile of nitrophenolic compounds. Journal of Microbiological Methods. Amsterdam: Elsevier Science B.V., 2006, roč. 65, č. 3, s. 551-556. ISSN 0167-7012.

HRADECKÝ, Jan; Radka MIKELOVÁ; Zbyněk PROKOP; Libuše TRNKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Vojtěch ADAM; Jana PETRLOVÁ a René KIZEK. Development of biosensor for determination of chlorinated pesticides. 2006.

MIKELOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Jan HRADECKÝ; Libuše TRNKOVÁ; Vojtěch ADAM; Miroslava BEKLOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a René KIZEK. Development of Enzymatic Biosensor for Determination of Chlorinated Pesticides. 2006.

PROKOP, Zbyněk; Yukari SATO; Tomáš MOZGA; D.B. JANSSEN; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Discovery of Stereoselective Haloalkane Dehalogenases: New Tool for Asymmetric Syntheses. 2006.

MIKELOVÁ, Radka; Libuše TRNKOVÁ; Jan HRADECKÝ; Vojtěch ADAM; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ a René KIZEK. Elektrochemické stanovení chloridů na uhlíkových elektrodách. In Sborník příspěvků VI. Pracovního setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků. Brno: Masarykova universita, 2006, s. 70-71, 125 s. ISBN 80-210-3943-4.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Zbyněk PROKOP; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Lucie GRODECKÁ; Yukari SATO; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of enantioselective enzyme by cumulative mutagenesis. 2006.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Yukari SATO; Zbyněk PROKOP; Marta MONINCOVÁ; Andrea JESENSKÁ; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Enantioselective Haloalkane Dehalogenase by Cumulative Mutagenesis. 2006.

KOUDELÁKOVÁ, Táňa; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Marta MONINCOVÁ; Andrea FOŘTOVÁ; Lucie GRODECKÁ; T. SENDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of Haloalkane Dehalogenase DhaA from Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064 Towards Higher Enantioselectivity. 2006.

PROKOP, Zbyněk; František OPLUŠTIL; J. DEFRANK a Jiří DAMBORSKÝ. Enzymes Fight Chemicals Weapons. Biotechnology Journal. 2006, roč. 1, č. 12, s. 1370-1380. ISSN 1860-6768.

HRADECKÝ, Jan; Radka MIKELOVÁ; Zbyněk PROKOP; Libuše TRNKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Vojtěch ADAM; Jitka PETRLOVÁ a René KIZEK. Enzymový Biosenzor pro detekci chlorovaných pesticidů. In Sborník příspěvků X. pracovního setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova Universita, 2006, s. 66-67. ISBN 0-00-000000-0.

NAKAMURA, Takashi; Marcel ZAMOCKY; Zbyněk ZDRÁHAL; Radka CHALOUPKOVA; Marta MONINCOVÁ; Zbyněk PROKOP; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Expression of Glycosylated Haloalkane Dehalogenase LinB in Pichia pastoris. PROTEIN EXPRESSION AND PURIFICATION. 2006, roč. 1/2006, č. 46, s. 85-91. ISSN 1046-5928.

NAKAMURA, T.; Marcel ZÁMOCKÝ; Zbyněk ZDRÁHAL; Radka CHALOUPKOVÁ; Marta MONINCOVÁ; Zbyněk PROKOP; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Expression of Haloalkane Dehalogenase LinB in Pichia pastoris. 2006.

MONINCOVÁ, Marta; Andrea FOŘTOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Yukari SATO; Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. High-throughput characterization of enzymes from genomic and proteomic projects-multivariate statistical approach. In Materials Structure in Chemistry, Biology, Physics and Technology. 2006.

DAMBORSKÝ, Jiří; Zbyněk PROKOP; Táňa KOUDELÁKOVÁ; Tomáš MOZGA; Petr JEŘÁBEK; Yukari SATO; Yuji NAGATA a T. SENDA. Natural and Engineered Enantioselective Haloalkane Dehalogenases. 2006.

HRADECKÝ, Jan; Radka MIKELOVÁ; Zbyněk PROKOP; Libuše TRNKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Vojtěch ADAM; Jitka PETRLOVÁ a René KIZEK. Navržení Biosenzoru pro detekci chlorovaných pesticidů. In Sborník příspěvků VI. Pracovního setkání fyzikálních chemiků a elektrochemiků. Brno: Masarykova universita, 2006, s. 50-51, 125 s. ISBN 80-210-3943-4.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Monika STRAKOVÁ; Tomáš MOZGA a Jiří DAMBORSKÝ. Physical Variables as a Control of Enzyme Stereoselectivity. 2006.

MONINCOVÁ, Marta; Yuji NAGATA; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Andrea FOŘTOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Masataka TSUDA a Jiří DAMBORSKÝ. Protein engineering of haloalkane dehalogenase LinB: reconstruction of active site and modification of entrance tunnel. In Book of Abstracts, 10th International Symposium of the Genetics of Industrial Microorganisms. 1. vyd. Praha: Institute of Microbiology ASCR, 2006, s. 160-161. ISBN 80-239-7323-1.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Monika STRAKOVÁ; Tomáš MOZGA a Jiří DAMBORSKÝ. Řízení stereoselektivity enzymu fyzikálně-chemickými parametry. 2006.

PAPAJAK, Ewa; Zbyněk PROKOP; Radka CHALOUPKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ a Piotr PANETH. Solvent Isotope Effects on Haloalkane Dehalogenase LinB. 2006.

MONINCOVÁ, Marta; Radka CHALOUPKOVÁ; Yuji NAGATA; Zbyněk PROKOP; Soňa MARVANOVÁ; Jana SÝKOROVÁ; Andrea JESENSKÁ; Martina PAVLOVÁ; M. TSUDA a Jiří DAMBORSKÝ. Structure-Based Engineering of Haloalkane Dehalogenase. 2006.

PAVLOVÁ, Martina; Martin KLVAŇA; Andrea JESENSKÁ; Zbyněk PROKOP; Hana KONEČNÁ; T. SATO; M. TSUDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. The Identification of Catalytic Pentad in the Haloalkane Dehalogenase DhmA from Mycobacterium avium N85: Reaction Mechanism and Molecular Evolution. JOURNAL OF STRUCTURAL BIOLOGY. 2006, roč. 1/2006, č. 1, s. 9999-10007. ISSN 1047-8477.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Zbyněk PROKOP; Monika STRAKOVÁ; Tomáš MOZGA a Jiří DAMBORSKÝ. The stereoselectivity and Conformational Stability of Haloalkane Dehalogenase DbjA from Bradyrhizobium japonicum USDA110: The Effect of Temperature and pH. 2006.

HRADECKÝ, Jan; Radka MIKELOVÁ; Zbyněk PROKOP; Libuše TRNKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Vojtěch ADAM a René KIZEK. Vyvoj enzymoveho biosenzoru pro detekci chlorovanych pesticidu. In VI. Mezioborove setkani mladych biologu, biochemiku a chemiku; Sigma-Aldrich. první. Praha: Ceska spolecnost chemicka, 2006, s. 384-385. ISSN 0009-2770.

NAGATA, Yuji; Zbyněk PROKOP; Yukari SATO; Petr JEŘÁBEK; Ashawi KUMAR; Yoshiyuhi OHTSUBO; Masataka TSUDA a Jiří DAMBORSKÝ. Degradation of b-Hexachlorocyclohexane by Haloalkane Dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26. Applied and Environmental Microbiology. USA, 2005, roč. 71, č. 4, s. 2183-2185. ISSN 0099-2240.

JESENSKÁ, Andrea; Martina PAVLOVÁ; Michal STROUHAL; Radka CHALOUPKOVÁ; Iva TĚŠÍNSKÁ; Marta MONINCOVÁ; Zbyněk PROKOP; Milan BARTOŠ; Ivo PAVLÍK; Ivan RYCHLÍK; Petra MOBIUS; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Mycobacterial Haloalkane Dehalogenases: Cloning, Biochemical Properties and distribution. Applied and Environmental Microbiology. 2005, roč. 71, č. 11, s. 6736-6745. ISSN 0099-2240.

SATO, Yukari; Marta MONINCOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Zbyněk PROKOP; Yoshiyuki OHTSUBO; Kiwamu MINAMISAWA; Masataka TSUDA; Jiří DAMBORSKÝ a Yuji NAGATA. Two Rhizobial Strains, Mesorhizobium loti MAFF303099 and Bradyrhizobium japonicum USDA110, Encode Haloalkane Dehalogenases with Novel Structures and Substrate Specificities. APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY. 2005, roč. 71, č. 8, s. 43724379-43724386. ISSN 0099-2240.

HRADECKÝ, Jan; Radka MIKELOVÁ; Zbyněk PROKOP; Libuše TRNKOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Vojtěch ADAM; Jitka PETRLOVÁ a René KIZEK. Vývoj enzymového biosenzoru pro detekci chlorovaných pesticidů. In Sborník příspěvků: MendelNet 2005. Brno: Mendelova zemedelska a lesnicka univerzita v Brně, 2005, s. 61-61, 139 s. ISBN 80-7157-905-X.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; František OPLUŠTIL; Andrea JESENSKÁ a Yuji NAGATA. Způsob detoxikace sulfidického yperitu psobením halogenalkandehalogenázami. 2005. Patent. Číslo: PV2005/352. Vydavatel: Masarykova univerzita, rektorát. Místo vydání: Brno, Česká republika. Název vlastníka: Masarykova univerzita, rektorát. Datum registrace: 3. 6. 2005. Datum přijetí: 3. 6. 2005.

PROKOP, Zbyněk; Jiří DAMBORSKÝ; Dick JANSSEN a Yuji NAGATA. Způsob výroby opticky aktivních halogenalkanů a alkoholů hydrolytickou dehalogenací katalyzovanou halogenalkandehalogenázami. 2005. Patent. Číslo: PCT/CZ2005/000099. Vydavatel: Masarykova univerzita, rektorát. Místo vydání: Brno, Česká Republika. Název vlastníka: Masarykova univerzita, rektorát. Datum registrace: 27. 12. 2004. Datum přijetí: 27. 12. 2004.

MONINCOVÁ, Marta; Yukari SATO; Iva TĚŠÍNSKÁ; Zbyněk PROKOP; Yuji NAGATA a Jiri DAMBORSKY. Substrátová specifita haloalkandehalogenáz. In Sborník abstraktů, STUDENTSKÁ VĚDECKÁ KONFERENCE v oboru chemie a biochemie. 1. vyd. Brno: Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně, 2004, s. 40.

PROKOP, Zbyněk; Marta MONINCOVÁ; Radka CHALOUPKOVÁ; Martin KLVAŇA; Yuji NAGATA; Dick B. JANSSEN a Jiří DAMBORSKÝ. Catalytic mechanism of the haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26. Journal of Biological Chemistry. 2003, roč. 278, č. 46, s. 45094-45100. ISSN 0021-9258.

STRELTSOV, Victor; Zbyněk PROKOP; Jiří DAMBORSKÝ; Yuji NAGATA; Aaron OAKLEY a Matthew C.J. WILCE. Haloalkane dehalogenase LinB from Sphingomonas paucimobilis UT26: X-ray crystallographic studies of dehalogenation of brominated substrates. Biochemistry. 2003, roč. 42, č. 34, s. 10104-10112. ISSN 0006-2960.

PROKOP, Zbyněk; Pavel ČUPR; V. ZLEVOROVÁ-ZLÁMALÍKOVÁ; Josef KOMÁREK; Ladislav DUŠEK a Ivan HOLOUBEK. Mobility, bioavailability and toxic effects of cadmium in soil samples. Environmental Research. 2003, roč. 91, -, s. 119-126. ISSN 0013-9351.

CHALOUPKOVÁ, Radka; Jana SÝKOROVÁ; Zbyněk PROKOP; Andrea JESENSKÁ; Marta MONINCOVÁ; Martina PAVLOVÁ; Masataka TSUDA; Yuji NAGATA a Jiří DAMBORSKÝ. Modification of Activity and Specificity of Haloalkane Dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26 by Engineering of its Entrance Tunnel. Journal of Biological Chemistry. 2003, roč. 278, č. 52, s. 52622-52628. ISSN 1083-351X.

NAGATA, Yuji; Zbyněk PROKOP; Soňa MARVANOVÁ; Jana SÝKOROVÁ; Marta MONINCOVÁ; Masataka TSUDA a Jiří DAMBORSKÝ. Re-construction of mycobacterial dehalogenase Rv2579 by cumulative mutagenesis of haloalkane dehalogenase LinB. Applied and Environmental Microbiology. 2003, roč. 69, č. 4, s. 2349-2355. ISSN 1098-5336.

MONINCOVÁ, Marta; Yuji NAGATA; Zbyněk PROKOP; Soňa MARVANOVÁ; Jana SÝKOROVÁ; Masataka TSUDA a Jiří DAMBORSKÝ. Validation of Putative Enzymes from Genomic Projects: Confirmation of Dehalogenation ARv2ctivity for Mycobacterial Protein 579. In Management and Control of (Undesirable) Microorganisms, IBBS/IBRG Meeting Abstracts. Manchester, UK: IBBS/IBRG, 2003, s. 28.

OAKLEY, Aaron; Zbyněk PROKOP; Michal BOHÁČ; Jan KMUNÍČEK; Tomáš JEDLIČKA; Marta MONINCOVÁ; Ivana KUTÁ-SMATANOVÁ; Yuji NAGATA; Jiří DAMBORSKÝ a Matthew WILCE. Exploring the structure and activity of haloalkane dehalogenase from Sphingomonas paucimobilis UT26: evidence for product and water mediated inhibition. Biochemistry. 2002, roč. 41, č. 15, s. 4847-4855. ISSN 0006-2960.

BOHÁČ, Michal; Yuji NAGATA; Zbyněk PROKOP; Martin PROKOP; Marta MONINCOVÁ; Masataka TSUDA; Jaroslav KOČA a Jiri DAMBORSKÝ. Halide-stabilizing residues of haloalkane dehalogenases studied by quantum mechanic calculations and site-directed mutagenesis. Biochemistry. 2002, roč. 41, č. 48, s. 14272-14280. ISSN 0006-2960.

ÄŚUPR, Pavel; ZbynÄ›k PROKOP; Alan GAVEL; Alena ANSORGOVá a I HOLOUBEK. Bioavailability and mobility of organic contaminants in soil and sediment samples: a three-step ecotoxicology evaluation. In 6th SECOTOX World Conagress and 6th European Conference on Ecotoxicology and Environmental Safety. Krakow : Art-Tekst, 2001, s. 253. ISBN 83-88316-10-9.

PROKOP, Zbyněk a Ivan HOLOUBEK. The use of a microbial contact toxicity test for evaluating cadmium bioavailability in soil. J. Soils and Sediments. 2001, roč. 1, č. 1, s. 21-24.

PROKOP, Zbyněk; Pavel ČUPR a Ivan HOLOUBEK. Hodnocení biodostupnosti organických látek půdním mikroorganismům kontaktními testy toxicity. In Hodnocení rizik pro životní prostředí - ERA 2000. Brno: Masarykova univerzita & TOCOEN, s.r.o., 2000, s. 188-189. ISBN 80-210-2328-7.

ČUPR, Pavel; Zbyněk PROKOP; Michal ŠKAREK; Alan GAVEL; Blahoslav MARŠÁLEK; Karel CHROUST a Ivan HOLOUBEK. Screeningové hodnocení environmentálních rizik v sedimentech regionu Zlín. In Hodnocení rizik pro životní prostředí - ERA 2000. Brno: Masarykova univerzita & TOCOEN, s.r.o., 2000, s. 174-176. ISBN 80-210-2328-7.