Filtrování publikací
-
PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.AlphaFind web application Pre-print
Česká republika.
Klíčová slova anglicky: Protein structure similarity;Learned metric index;Learned indexing;Protein structure search;AlphaFold DB
Mezinárodní význam: ano
Změnila: RNDr. Terézia Slanináková, učo 445526. Změněno: 19. 2. 2024 10:17.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2375820/cs -
PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, Neuveden, May 15, s. 1-5. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.URL
angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Klíčová slova anglicky: AlphaFind;Protein similarity search;Structure-based retrieval;Protein tertiary structure;AlphaFold DB;Machine learning
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: doc. RNDr. Vlastislav Dohnal, Ph.D., učo 2952. Změněno: 18. 5. 2024 21:22.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2402219/cs -
HOŠKOVÁ, Kateřina, Šárka FAJTLOVÁ, Pavel PLEVKA, Michal MIKL, Milan EŠNER, Radka SVOBODOVÁ a Boris TICHÝ. CF Day 2023. 2024.URL
RIV: Popularizační texty a aktivity. angličtina. Česká republika.
Hošková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Fajtlová, Šárka (203 Česká republika, domácí) -- Plevka, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mikl, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ešner, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Tichý, Boris (203 Česká republika)
Klíčová slova anglicky: CEITEC; Core Facilities; instrumentations and services; guided tours; lectures
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 20. 3. 2024 15:19.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2375939/cs -
ŠPAČKOVÁ, Anna, Ondřej VÁVRA, Tomáš RAČEK, Václav BAZGIER, David SEHNAL, Jiří DAMBORSKÝ, Radka SVOBODOVÁ, David BEDNÁŘ a Karel BERKA. ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2024, roč. 52, D1, s. "D413"-"D418", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad1012.URL
RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (garant)
Klíčová slova anglicky: amino acids; databases; protein; software; biomacromolecules; 3D structure; organelle- and cell-sized models; visualization
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 8. 3. 2024 10:36.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2346238/cs -
BUČEKOVÁ, Gabriela, Viktoriia DOSHCHENKO, Aliaksei CHARESHNEU, Jana PORUBSKÁ, Michal PAJTINKA, Michal OLEKSIK, Tomáš SVOBODA, Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Rare ring conformations in PDB: Facts or wishful thinking? bioRxiv. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1101/2024.06.20.598822.URL
angličtina.
Klíčová slova anglicky: validation, ring conformation, ligand, X-ray crystallography, Protein Data Bank
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Bc. Gabriela Bučeková, učo 436961. Změněno: 6. 8. 2024 12:55.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421800/cs -
LAMOTHE, Lucie, Jennifer R B JENSEN, Hans IENASESCU, Ove J R GUSTAFSSON, Alban GAIGNARD, Dmitry REPCHEVSKY, Radka SVOBODOVÁ, Tomáš RAČEK, Adrián ROŠINEC, Matej ANTOL a Hervé MÉNAGER. An Evaluation of EDAM Coverage in the Tools Ecosystem and Prototype Integration of Galaxy and Workflowhub Systems. BioHackrXiv. 2023, s. 1-10. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.37044/osf.io/79kje.URL
RIV/00216224:14740/23:00131062 Článek v odborném periodiku (nerecenzovaný). angličtina.
Lamothe, Lucie (garant) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Rošinec, Adrián (703 Slovensko, domácí) -- Antol, Matej (703 Slovensko, domácí)
Klíčová slova anglicky: metadata; Tools Ecosystem; Galaxy workflows
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 30. 3. 2024 10:31.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2293251/cs -
BUČEKOVÁ, Gabriela, Viktoriia DOSHCHENKO, Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Conformational study of small carbon rings in ligands. In 3D-BioInfo | ICSB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Community Meeting in Structural Bioinformatics. 2023.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Bc. Gabriela Bučeková, učo 436961. Změněno: 1. 8. 2024 21:21.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421117/cs -
ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Enhancing Data Accessibility: Strategies and Tools for Effective Metadata Management. In IBERGRID 2023. 2023.URL
angličtina.
Klíčová slova anglicky: research data management, metadata, FAIR, Onedata
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 8. 7. 2024 09:12.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2320317/cs -
PORUBSKÁ, Jana, Veronika HORSKÁ, Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Exploring the relationship between structural quality and journal impact factor. In 3D-BioInfo | ICSB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Community Meeting in Structural Bioinformatics. 2023.Conference website
angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; database; trends in quality; Journal Impact Factor; Structure Quality Metrics
Změnila: Mgr. Bc. Jana Porubská, učo 436837. Změněno: 23. 12. 2023 16:37.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2352922/cs -
ŠPAČKOVÁ, Anna, Ondřej VÁVRA, Tomáš RAČEK, Václav BAZGIER, David SEHNAL, Jiří DAMBORSKÝ, Radka SVOBODOVÁ a Karel BERKA. ChannelsDB 2.0: A Comprehensive Database of Protein Tunnels and Pores in AlphaFold Era. In 3D-BioInfo | ICSB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Community Meeting in Structural Bioinformatics. 2023.URL
angličtina. Česká republika.
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 16. 11. 2023 12:07.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2339999/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Karel BERKA, Alessio CANTARA, Aleš KŘENEK, Dominik TICHÝ, Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. αCharges: partial atomic charges for AlphaFold structures in high quality. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 51, W1, s. "W11"-"W16", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad349.URL
RIV/00216224:14310/23:00130737 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Schindler, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Cantara, Alessio (380 Itálie, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Tichý, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: molecular structures; AlphaFoldDB; partial atomic charges; electrostatics; chemoinformatics
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 8. 3. 2024 00:03.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2281277/cs -
SVOBODA, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ, David ANTOŠ, Adrián ROŠINEC a Aleš KŘENEK. Introduction to Onedata at CEITEC MU and in Czech National Repository Platform. In MATECHat meeting. 2023.
Název česky: Úvod do použití systému Onedata na CEITEC MU a v České národní repozitářové platformě
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: vyžádaná přednáška
Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 15. 1. 2024 13:35.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2361077/cs -
BUČEKOVÁ, Gabriela, Viktoriia DOSHCHENKO, Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Invesigating the rare conformation of small rings in ligands. In XXII. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2023.URL
angličtina. Česká republika.
Změnila: Mgr. Bc. Gabriela Bučeková, učo 436961. Změněno: 1. 8. 2024 21:37.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421157/cs -
PORUBSKÁ, Jana, Veronika HORSKÁ, Vladimír HORSKÝ a Radka SVOBODOVÁ. Journal metrics and structures: A dynamic interplay. In XXII. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2023. ISBN 978-80-280-0409-5.Conference website
angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; database; trends in quality; Journal Impact Factor; Structure Quality Metrics
Změnila: Mgr. Bc. Jana Porubská, učo 436837. Změněno: 23. 12. 2023 16:27.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2352919/cs -
RAČEK, Tomáš, Tomáš SVOBODA a Radka SVOBODOVÁ. Management of life-science data and their metadata. In XXII. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2023.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 16. 11. 2023 09:46.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2339518/cs -
CHARESHNEU, Aliaksei, Adam MIDLIK, Crina-Maria IONESCU, Alexander ROSE, Vladimír HORSKÝ, Alessio CANTARA, Radka SVOBODOVÁ, Karel BERKA a David SEHNAL. Mol* Volumes and Segmentations: visualization and interpretation of cell imaging data alongside macromolecular structure data and biological annotations. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2023, roč. 51, W1, s. "W326"-"W330", 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad411.URL
RIV/00216224:14310/23:00131662 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Chareshneu, Aliaksei (112 Bělorusko, domácí) -- Midlik, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Cantara, Alessio (380 Itálie, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Sehnal, David (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: 3D structure; visualization; biomacromolecules; organelle- and cell-sized models
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 3. 3. 2024 14:20.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2309937/cs -
SVOBODOVÁ, Radka, Karel BERKA, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš RAČEK a Ondřej SCHINDLER. New ways of protein family visualization in AlphaFold era. In 3D-BioInfo | ICSB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Community Meeting in Structural Bioinformatics. 2023.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 16. 11. 2023 11:01.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2339977/cs -
ROŠINEC, Adrián, Tomáš SVOBODA, Tomáš RAČEK, Josef HANDL, Jozef SABO, Aleš KŘENEK a Radka SVOBODOVÁ. Onedata4Sci: Life-science experimental datasets management system. In 3D-BioInfo | ISCB 3D-SIG | ELIXIR Czech Republic Structural Bioinformatics. 2023.URL
angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: datasets management;FAIR principles;life-science data;Onedata
Mezinárodní význam: ano
Změnil: Mgr. Ing. Tomáš Svoboda, učo 323969. Změněno: 16. 11. 2023 12:34.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2340017/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Alphacharges - a web service for calculating QM-like partial atomic charges for AlphaFold proteins. In XXI. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2022.
angličtina.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 15. 11. 2023 08:28.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2267466/cs -
RAČEK, Tomáš, Ondřej SCHINDLER, Lenka PTÁČNÍKOVÁ a Radka SVOBODOVÁ. Atomic Charge Calculator II – a web service for calculating partial atomic charges. In ENBIK2022. 2022. ISBN 978-80-7592-127-7.URL
angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: partial atomic charges, web service, API, empirical methods, parameters
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 14. 6. 2022 06:36.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1860117/cs -
SKLENÁŘ, Vladimír, Radovan FIALA, Jiří NOVÁČEK, Josef HOUSER, Jan PŘIBYL, Zbyněk ZDRÁHAL, Milan EŠNER, Michal MIKL, Boris TICHÝ, Vojtěch BYSTRÝ a Radka SVOBODOVÁ. CF Day Meeting. 2022.URL
Název anglicky: CF Day Meeting
RIV/00216224:14740/22:00128659 Popularizační texty a aktivity. čeština. Česká republika.
Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Fiala, Radovan (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Houser, Josef (203 Česká republika, domácí) -- Přibyl, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Ešner, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Mikl, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Tichý, Boris (203 Česká republika, domácí) -- Bystrý, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: CF day; Core Facilities; instruments; services
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 15. 2. 2023 14:04.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2256059/cs -
CHARESHNEU, Aliaksei, David SEHNAL a Radka SVOBODOVÁ. CoverView: clear atom-level visualization of electron density coverage of PDB structures to assist validation. 2022.URL
RIV/00216224:14740/22:00124983 Software. angličtina. Česká republika.
Chareshneu, Aliaksei (112 Bělorusko, garant, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: proteins; visualization; electron density; coverage; PDB;
Změnila: Ing. Daniela Tršová, Ph.D., učo 242921. Změněno: 20. 3. 2023 12:15.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790523/cs -
MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Aliaksei CHARESHNEU, Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. OverProt: secondary structure consensus for protein families. Bioinformatics. Oxford University Press, 2022, roč. 38, č. 14, s. 3648-3650. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac384.URL
RIV/00216224:14310/22:00127334 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Midlik, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Hutařová Vařeková, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Hutař, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Chareshneu, Aliaksei (112 Bělorusko, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: protein family; OverProt
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 1. 2023 17:35.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2236338/cs -
VARADI, Mihaly, Stephen ANYANGO, David ARMSTRONG, John BERRISFORD, Preeti CHOUDHARY, Mandar DESHPANDE, Nurul NADZIRIN, Sreenatha S. NAIR, Lukas PRAVDA, Ahsan TANWEER, Bissan AL-LAZIKANI, Claudia ANDREINI, Geoffrey J. BARTON, David BEDNÁŘ, Karel BERKA, Tom BLUNDELL, Kelly P. BROCK, Jose MARIA CARAZO, Jiří DAMBORSKÝ, Alessia DAVID, Sucharita DEY, Roland DUNBRACK, Fernandez Juan RECIO, Franca FRATERNALI, Toby GIBSON, Manuela HELMER-CITTERICH, David HOKSZA, Thomas HOPF, David JAKUBEC, Natarajan KANNAN, Radoslav KRIVAK, Manjeet KUMAR, Emmanuel D. LEVY, Nir LONDON, Jose Ramon MACIAS, Madhusudhan M. SRIVATSAN, Debora S. MARKS, Lennart MARTENS, Stuart A. MCGOWAN, Jake E. MCGREIG, Vivek MODI, Gonzalo R. PARRA, Gerardo PEPE, Damiano PIOVESAN, Jaime PRILUSKY, Valeria PUTIGNANO, Leandro G. RADUSKY, Pathmanaban RAMASAMY, Atilio O. RAUSCH, Nathalie REUTER, Luis A. RODRIGUEZ, Nathan J. ROLLINS, Antonio ROSATO, Luis SERRANO, Gulzar SINGH, Petr SKODA, Carlos Oscar S. SORZANO, Jan ŠTOURAČ, Joanna I. SULKOWSKA, Radka SVOBODOVÁ, Natalia TICHSHENKO, Silvio C. E. TOSATTO, Wim VRANKEN, Mark N. WASS, Dandan XUE, Daniel ZAIDMAN, Janet THORNTON, Michael STERNBERG, Christine ORENGO a Sameer VELANKAR. PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, D1, s. "D534"-"D542", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkab988.URL
RIV/00216224:14310/22:00125998 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: WEB SERVER; PROTEIN; PREDICT
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 9. 3. 2023 20:45.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1860103/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK a Radka SVOBODOVÁ. Prediction of QM-like partial atomic charges for alphafold. In XXII. Workshop of biophysical chemists and electrochemists. 2022. ISBN 978-80-280-0087-5.URL
angličtina.
Klíčová slova anglicky: AlphaFold2, Proteins, Partial Atomic Charges
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D., učo 437155. Změněno: 22. 8. 2022 11:07.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2212600/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK, Kamil JELÍNEK a Radka SVOBODOVÁ. QM-like partial atomic charges for AlphaFold available online. In ENBIK2022. 2022. ISBN 978-80-7592-127-7.URL
angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: partial atomic charges, AlphaFold
Změnil: RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D., učo 437155. Změněno: 4. 7. 2022 13:57.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1860118/cs -
BUČEKOVÁ, Gabriela, Viktoriia DOSHCHENKO, Aliaksei CHARESHNEU a Radka SVOBODOVÁ. Validation of cycle conformation in small molecules. In XXI. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2022.URL
angličtina. Česká republika.
Změnila: Mgr. Bc. Gabriela Bučeková, učo 436961. Změněno: 1. 8. 2024 21:48.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421158/cs -
SILLITOE, Ian, Nicola BORDIN, Natalie DAWSON, Vaishali P. WAMAN, Paul ASHFORD, Harry M. SCHOLES, Camilla S.M. PANG, Laurel WOODRIDGE, Clemens RAUER, Neeladri SEN, Mahnaz ABBASIAN, Sean LE CORNU, Su Datt LAM, Karel BERKA, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka SVOBODOVÁ, Jon LEES a Christine A. ORENGO. CATH: increased structural coverage of functional space. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, D1, s. "D266"-"D273", 8 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa1079.URL
RIV/00216224:14740/21:00120994 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Hutařová Vařeková, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: protein structures; CATH
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 2. 2022 14:29.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1730557/cs -
SEHNAL, David, S. BITTRICH, M. DESHPANDE, Radka SVOBODOVÁ, K. BERKA, V. BAZGIER, S. VELANKAR, S.K. BURLEY, Jaroslav KOČA a A.S. ROSE. Mol* Viewer: modern web app for 3D visualization and analysis of large biomolecular structures. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, W1, s. "W431"-"W437", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkab314.URL
RIV/00216224:14740/21:00122430 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICSDATABASE
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 13. 10. 2021 10:54.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1793640/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK, Aleksandra MARŠAVELSKI, Jaroslav KOČA, Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ. Optimized SQE atomic charges for peptides accessible via a web application. Journal of Cheminformatics. Chemistry Central Ltd. in association with BioMed Central, 2021, roč. 13, č. 1, s. 45-55. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-021-00528-w.URL
RIV/00216224:14740/21:00121862 Článek v odborném periodiku. angličtina. Česká republika.
Schindler, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Maršavelski, Aleksandra (191 Chorvatsko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Parameterization; Empirical methods; Web service
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 18. 5. 2022 13:10.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1779818/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK, Aleksandra MARŠAVELSKI, Radka SVOBODOVÁ a Jaroslav KOČA. Partial atomic charges for proteins. In 1st Student Conference in Structural Biology, 2021. 2021.URL
Název anglicky: Partial atomic charges for proteins
Změnil: RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D., učo 437155. Změněno: 14. 4. 2022 08:03.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1847018/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK, Radka SVOBODOVÁ a Karel BERKA. QM-like partial atomic charges for proteins available online. In ELIXIR CZ Annual Conference 2021. 2021. ISBN 978-80-86241-67-8.
angličtina. Česká republika.
Změnil: RNDr. Ondřej Schindler, Ph.D., učo 437155. Změněno: 19. 4. 2022 12:11.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1847019/cs -
MIDLIK, Adam, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Tarakaramji MOTURU, Jaroslav KOČA, Radka SVOBODOVÁ a K. BERKA. Uncovering of cytochrome P450 anatomy by SecStrAnnotator. Nature Scientific Reports. London: NATURE RESEARCH, 2021, roč. 11, č. 1, s. 12345-12356. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-021-91494-8.URL
RIV/00216224:14740/21:00122561 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
Midlik, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Navrátilová, Veronika (203 Česká republika) -- Moturu, Tarakaramji (356 Indie, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: CRYSTAL-STRUCTURE; SEQUENCE LOGOS; PROTEINS; DIVERSITY; DATABASE; BIOSYNTHESIS; RESOLUTION; ENZYMES; SITES; P450S
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 18. 5. 2022 13:21.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1797277/cs -
HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Ivana, Jan HUTAŘ, Adam MIDLIK, Vladimír HORSKÝ, Eva HLADKÁ, Radka SVOBODOVÁ a Karel BERKA. 2DProts: database of family-wide protein secondary structure diagrams. Bioinformatics. Oxford University Press, 2021, roč. 37, č. 23, s. 4599-4601. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btab505.URL
RIV/00216224:14740/21:00122676 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Hutařová Vařeková, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Hutař, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Midlik, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Hladká, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika)
Klíčová slova anglicky: 2DProts database; 2D diagram; proteins; database; ontologie;
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 8. 2. 2022 15:23.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1799857/cs -
RAČEK, Tomáš, Ondřej SCHINDLER, Dominik TOUŠEK, Vladimír HORSKÝ, Karel BERKA, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ. Atomic Charge Calculator II: web-based tool for the calculation of partial atomic charges. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W591"-"W596", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa367.domovská stránka výsledku
RIV/00216224:14740/20:00115952 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Schindler, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: partial atomic charges; molecular structures; non-QM charge calculation methods; electrostatics; chemoinformatics
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 19. 1. 2021 16:04.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1669836/cs -
SEHNAL, David, Sebastian BITTRICH, Sameer VELANKAR, Jaroslav KOČA, Radka SVOBODOVÁ, Stephen K. BURLEY a Alexander S. ROSE. BinaryCIF and CIFTools-Lightweight, efficient and extensible macromolecular data management. PLoS Computational Biology. San Francisco: Public Library of Science, 2020, roč. 16, č. 10, s. 1-13. ISSN 1553-734X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1008247.URL
RIV/00216224:14740/20:00117701 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: Structural Biology; Molecular Graphics; Data Curation
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 22. 2. 2021 13:09.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1726121/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ, Karel BERKA, Alexander S. ROSE, Stephen K. BURLEY, Sameer VELANKAR a Jaroslav KOČA. High-performance macromolecular data delivery and visualization for the web. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, 2020, roč. 76, December 2020, s. 1167-1173. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798320014515.URL
RIV/00216224:14740/20:00117882 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Sehnal, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: data delivery; visualization; macromolecules; browser- based; web- based
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 3. 3. 2021 14:28.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1730510/cs -
MOTURU, Tarakaramji, Sansrity SINHA, Hymavathi SALAVA, Sravankumar THULA, Tomasz NODZYNSKI, Radka SVOBODOVÁ, Jiří FRIML a Sibu SIMON. Molecular Evolution and Diversification of Proteins Involved in miRNA Maturation Pathway. Plants. Basel: MDPI, 2020, roč. 9, č. 3, s. 1-19. ISSN 2223-7747. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/plants9030299.URL
RIV/00216224:14740/20:00114699 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
Moturu, Tarakaramji (356 Indie, garant, domácí) -- Thula, Sravankumar (356 Indie, domácí) -- Nodzynski, Tomasz (616 Polsko, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Friml, Jiří (203 Česká republika) -- Simon, Sibu (356 Indie, domácí)
Klíčová slova anglicky: small RNA (smRNAs); Dawdle (DDL); Tough (TGH); Serrate (SE; ARS2); Argonaute (AGO); Dicer-Like (DCR; DCL); evolution; phylogeny
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 5. 3. 2021 14:55.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1730656/cs -
ARMSTRONG, David R., John M. BERRISFORD, Matthew J. CONROY, Aleksandras GUTMANAS, Stephen ANYANGO, Preeti CHOUDHARY, Alice R. CLARK, Jose M. DANA, Mandar DESHPANDE, Roisin DUNLOP, Paul GANE, Romana GÁBOROVÁ, Deepti GUPTA, Pauline HASLAM, Jaroslav KOČA, Lora MAK, Saqib MIR, Abhik MUKHOPADHYAY, Nurul NADZIRIN, Sreenath NAIR, Typhaine PAYSAN-LAFOSSE, Lukas PRAVDA, David SEHNAL, Osman SALIH, Oliver SMART, James TOLCHARD, Mihaly VARADI, Radka SVOBODOVÁ, Hossam ZAKI, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. PDBe: improved findability of macromolecular structure data in the PDB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, D1, s. "D335"-"D343", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz990.URL
RIV/00216224:14740/20:00117897 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Gáborová, Romana (703 Slovensko, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDBe; Structural Biology; Molecular Graphics; Data Curation
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 6. 3. 2021 12:13.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1730685/cs -
VARADI, Mihaly, John BCRRISFORD, Mandar DESHPANDE, Sreenath S. NAIR, Aleksandras GUTMANAS, David ARMSTRONG, Lukáš PRAVDA, Bissan AL-LAZIKANI, Stephen ANYANGO, Geoffrey J. BARTON, Karel BERKA, Tom BLUNDELL, Neera BORKAKOTI, Jose DANA, Sayoni DAS, Sucharita DEY, Patrizio DI MICCO, Franca FRATERNALI, Toby GIBSON, Manuela HELMER-CITTERICH, David HOKSZA, Liang-Chin HUANG, Rishabh JAIN, Harry JUBB, Christos KANNAS, Natarajan KANNAN, Jaroslav KOČA, Radoslav KRIVAK, Manjeet KUMAR, Emanuel D. LEVY, F. MADEIRA, M. S. MADHUSUDHAN, Henry J. MARTELL, Stuart MACGOWAN, Jake E. MCGREIG, Saqib MIR, Abhik MUKHOPADHYAY, Luca PARCA, Typhaine PAYSAN-LAFOSSE, Leandro RADUSKY, Antonio RIBEIRO, Luis SERRANO, Ian SILLITOE, Gulzar SINGH, Petr SKODA, Radka SVOBODOVÁ, Jonathan TYZACK, Alfonso VALENCIA, Eloy Villasclaras FERNANDEZ, Wim VRANKEN, Mark WASS, Janet THORNTON, Michael STERNBERG, Christine ORENGO a Sameer VELANKAR. PDBe-KB: a community-driven resource for structural and functional annotations. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, D1, s. "D344"-"D353", 10 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz853.URL
RIV/00216224:14740/20:00117896 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDBe-KB
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 6. 3. 2021 12:16.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1730679/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK, Radka SVOBODOVÁ, Karel BERKA a Jaroslav KOČA. SQE charge calculation and its applicability for proteins. In ELIXIR CZ Annual Conference 2020. 2020. ISBN 978-80-86241-65-4.
RIV/00216224:14740/20:00116809 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Schindler, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: partial atomic charges; empirical methods; SQE; proteins
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 18. 3. 2021 20:16.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1688880/cs -
BUČEKOVÁ, Gabriela, Michal PAJTINKA a Radka SVOBODOVÁ. Validation of cycle conformation in Protein Data Bank. In ELIXIR CZ Annual Conference 2020. 2020.URL
angličtina.
Změnila: Mgr. Bc. Gabriela Bučeková, učo 436961. Změněno: 1. 8. 2024 21:47.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421159/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ, K. BERKA, Lukáš PRAVDA, Adam MIDLIK a Jaroslav KOČA. Visualization and Analysis of Protein Structures with LiteMol Suite. Online. In STRUCTURAL BIOINFORMATICS: METHODS AND PROTOCOLS. TOTOWA: HUMANA PRESS INC, 2020, s. 1-13. 2112. ISBN 978-1-0716-0270-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-0270-6_1.URL
RIV/00216224:14740/20:00122562 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Midlik, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: Protein visualization; Atom selection; Validation report; Ligand representation; Electron density
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 18. 5. 2022 13:22.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1797280/cs -
RAČEK, Tomáš, Ondřej SCHINDLER, Vladimír HORSKÝ, Jaroslav KOČA, Dominik TOUŠEK a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. AtomicChargeCalculator II. In ELIXIR CZ Annual Conference 2019. 2019. ISBN 978-80-86241-61-6.
RIV/00216224:14740/19:00111276 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Schindler, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Partial atomic charge; AtomicChargeCalculator
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:50.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1579098/cs -
MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Tarakaramji MOTURU, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA, Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Automated family-wide annotation of secondary structure elements. In Alexander E. Kister. Protein supersecondary structures: Methods and protocols. Second Edition. New York: Humana Press, 2019, s. 47-71. Methods in Molecular Biology. ISBN 978-1-4939-9160-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9161-7_3.URL
RIV/00216224:14740/19:00109647 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
Midlik, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Hutařová Vařeková, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Hutař, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Moturu, Tarakaramji (356 Indie, domácí) -- Navrátilová, Veronika (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Annotation; Secondary structure; Secondary structure elements; Protein family; Protein domain; SecStrAnnotator; Structural alignment; Secondary structure assignment
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 23. 1. 2022 19:59.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1530759/cs -
MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA, Karel BERKA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Creation and visualization of secondary structure consensus for protein families. In XX. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2019.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D., učo 379962. Změněno: 22. 1. 2020 13:53.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1608525/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Exploring trends in quality and features of biomacromolecular complexes with ValTrendsDB. In XX. setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2019. ISBN 978-80-210-9420-8.Conference website
RIV/00216224:14740/19:00111378 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; X-ray crystallography; NMR spectroscopy; 3DEM; database; trends in quality; visualization; statistical analysis
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:48.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1581336/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Interactive exploration of trends in biomacromolecule structure quality with ValTrendsDB. In CEITEC Joint Retreat 2019. 2019. ISBN 978-80-210-9300-3.Book of abstracts
RIV/00216224:14740/19:00110334 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; X-ray crystallography; NMR spectroscopy; 3DEM; database; trends in quality; visualization; statistical analysis
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:52.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1548689/cs -
SCHINDLER, Ondřej, Tomáš RAČEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Partial atomic charges for proteins. In ELIXIR CZ Annual Conference 2019. 2019. ISBN 978-80-86241-61-6.
RIV/00216224:14740/19:00111277 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Schindler, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; proteins
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:49.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1579102/cs -
BURLEY, S.K., H.M. BERMAN, C. BHIKADIYA, C.X. BI, L. CHEN, L. DI COSTANZO, C. CHRISTIE, J.M. DUARTE, S. DUTTA, Z.K. FENG, S. GHOSH, D.S. GOODSELL, R.K. GREEN, V. GURANOVIC, D. GUZENKO, B.P. HUDSON, Y.H. LIANG, R. LOWE, E. PEISACH, I. PERISKOVA, C. RANDLE, A. ROSE, M. SEKHARAN, CH. SHAO, Y.P. TAO, Y. VALASATAVA, M. VOIGT, J. WESTBROOK, J. YOUNG, C. ZARDECKI, M. ZHURAVLEVA, G. KURISU, H. NAKAMURA, Y. KENGAKU, H. CHO, J. SATO, J.Y. KIM, Y. IKEGAWA, A. NAKAGAWA, R. YAMASHITA, T. KUDOU, G.J. BEKKER, H. SUZUKI, T. IWATA, M. YOKOCHI, N. KOBAYASHI, T. FUJIWARA, S. VELANKAR, G.J. KLEYWEGT, S. ANYANGO, D.R. ARMSTRONG, J.M. BERRISFORD, M.J. CONROY, J.M. DANA, M. DESHPANDE, P. GANE, Romana GÁBOROVÁ, D. GUPTA, A. GUTMANAS, Jaroslav KOČA, L. MAK, S. MIR, A. MUKHOPADHYAY, N. NADZIRIN, S. NAIR, A. PATWARDHAN, T. PAYSAN-LAFOSSE, Lukáš PRAVDA, O. SALIH, David SEHNAL, M. VARADI, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, J.L. MARKLEY, J.C. HOCH, P.R. ROMERO, K. BASKARAN, D. MAZIUK, E.L. ULRICH, J.R. WEDELL, H.Y. YAO, M. LIVNY a Y.E. IOANNIDIS. Protein Data Bank: the single global archive for 3D macromolecular structure data. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 47, D1, s. "D520"-"D528", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gky949.URL
RIV/00216224:14740/19:00109524 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Burley, S.K. (840 Spojené státy) -- Berman, H.M. (840 Spojené státy) -- Bhikadiya, C. (840 Spojené státy) -- Bi, C.X. (840 Spojené státy) -- Chen, L. (840 Spojené státy) -- Di Costanzo, L. (840 Spojené státy) -- Christie, C. (840 Spojené státy) -- Duarte, J.M. (840 Spojené státy) -- Dutta, S. (840 Spojené státy) -- Feng, Z.K. (840 Spojené státy) -- Ghosh, S. (840 Spojené státy) -- Goodsell, D.S. (840 Spojené státy) -- Green, R.K. (840 Spojené státy) -- Guranovic, V. (840 Spojené státy) -- Guzenko, D. (840 Spojené státy) -- Hudson, B.P. (840 Spojené státy) -- Liang, Y.H. (840 Spojené státy) -- Lowe, R. (840 Spojené státy) -- Peisach, E. (840 Spojené státy) -- Periskova, I. (840 Spojené státy) -- Randle, C. (840 Spojené státy) -- Rose, A. (840 Spojené státy) -- Sekharan, M. (840 Spojené státy) -- Shao, CH. (840 Spojené státy) -- Tao, Y.P. (840 Spojené státy) -- Valasatava, Y. (840 Spojené státy) -- Voigt, M. (840 Spojené státy) -- Westbrook, J. (840 Spojené státy) -- Young, J. (840 Spojené státy) -- Zardecki, C. (840 Spojené státy) -- Zhuravleva, M. (840 Spojené státy) -- Kurisu, G. (392 Japonsko) -- Nakamura, H. (392 Japonsko) -- Kengaku, Y. (392 Japonsko) -- Cho, H. (392 Japonsko) -- Sato, J. (392 Japonsko) -- Kim, J.Y. (392 Japonsko) -- Ikegawa, Y. (392 Japonsko) -- Nakagawa, A. (392 Japonsko) -- Yamashita, R. (392 Japonsko) -- Kudou, T. (392 Japonsko) -- Bekker, G.J. (392 Japonsko) -- Suzuki, H. (392 Japonsko) -- Iwata, T. (392 Japonsko) -- Yokochi, M. (392 Japonsko) -- Kobayashi, N. (392 Japonsko) -- Fujiwara, T. (392 Japonsko) -- Velankar, S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Kleywegt, G.J. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Anyango, S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Armstrong, D.R. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Berrisford, J.M. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Conroy, M.J. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Dana, J.M. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Deshpande, M. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Gane, P. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Gáborová, Romana (703 Slovensko, domácí) -- Gupta, D. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Gutmanas, A. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mak, L. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Mir, S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Mukhopadhyay, A. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Nadzirin, N. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Nair, S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Patwardhan, A. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Paysan-Lafosse, T. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika) -- Salih, O. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Varadi, M. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Markley, J.L. (840 Spojené státy) -- Hoch, J.C. (840 Spojené státy) -- Romero, P.R. (840 Spojené státy) -- Baskaran, K. (840 Spojené státy) -- Maziuk, D. (840 Spojené státy) -- Ulrich, E.L. (840 Spojené státy) -- Wedell, J.R. (840 Spojené státy) -- Yao, H.Y. (840 Spojené státy) -- Livny, M. (840 Spojené státy) -- Ioannidis, Y.E. (300 Řecko)
Klíčová slova anglicky: RESOURCE DESCRIPTION FRAMEWORK; VALIDATION; REPRESENTATION; PREDICTION; DEPOSITION; CHALLENGE; SYSTEM; TOOLS
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 12. 5. 2020 13:27.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1525776/cs -
ISON, Jon, Hans IENASESCU, Piotr CHMURA, Emil RYDZA, Hervé MÉNAGER, Matúš KALAŠ, Veit SCHWÄMMLE, Björn GRÜNING, Niall BEARD, Rodrigo LOPEZ, Severine DUVAUD, Heinz STOCKINGER, Bengt PERSSON, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš RAČEK, Jiří VONDRÁŠEK, Hedi PETERSON, Ahto SALUMETS, Inge JONASSEN, Rob HOOFT, Tommi NYRÖNEN, Alfonso VALENCIA, Salvador CAPELLA, Josep GELPÍ, Federico ZAMBELLI, Babis SAVAKIS, Brane LESKOŠEK, Kristoffer RAPACKI, Christophe BLANCHET, Rafael JIMENEZ, Arlindo OLIVEIRA, Gert VRIEND, Olivier COLLIN, Jacques van HELDEN, Peter LØNGREEN a Søren BRUNAK. The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences. GENOME BIOLOGY. LONDON: BIOMED CENTRAL LTD, 2019, roč. 20, č. 164, s. 1-4. ISSN 1474-760X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13059-019-1772-6.URL
RIV/00216224:14740/19:00110410 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Ison, Jon (garant) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: bio.tools registry; life sciences
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 12. 5. 2020 13:07.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1549416/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK a Jaroslav KOČA. ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user. In ELIXIR - EXCELERATE All Hands meeting 2019. 2019.Conference announcement
RIV/00216224:14740/19:00110335 Konferenční abstrakt. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; X-ray crystallography; NMR spectroscopy; 3DEM; database; trends in quality; visualization; statistical analysis
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:51.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1548691/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. ValTrendsDB: bringing Protein Data Bank validation information closer to the user. Bioinformatics. Oxford (UK): Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 24, s. 5389-5390. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz532.URL
RIV/00216224:14740/19:00110332 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; X-ray crystallography; NMR spectroscopy; 3DEM; database; trends in quality; visualization; statistical analysis
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 11. 3. 2020 18:18.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1548686/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. ValTrendsDB: Database of biomacromolecular structure validation trends. 2019.URL
RIV/00216224:14740/19:00110338 Software. angličtina. Česká republika.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; database; trends in quality; visualization; statistical analysis; C++; Qt SDK; JavaScript; d3.js; Metro UI
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 11. 3. 2020 18:19.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1548695/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Dominik TOUŠEK, Jaroslav KOČA a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. ValTrendsDB: Enabling comparison of quality and features of biomacromolecular complexes to the global trend. In ELIXIR CZ Annual Conference 2019. 2019. ISBN 978-80-86241-61-6.Conference website
RIV/00216224:14740/19:00111379 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDB; PDBe; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; wwPDB validation pipeline; ligands; ValTrendsDB; X-ray crystallography; NMR spectroscopy; 3DEM; database; trends in quality; visualization; statistical analysis
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:47.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1581337/cs -
MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Annotation of protein secondary structure elements for whole protein families. In ECCB 2018, Athens, Greece. 2018.
angličtina. Česká republika.
Mezinárodní význam: ano
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 25. 10. 2018 13:44.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1455916/cs -
MIDLIK, Adam, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Tarakaramji MOTURU, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Automated Annotation of Secondary Structure Elements for Entire Protein Families. In National Bioinformatic Conference ENBIK. 2018.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D., učo 379962. Změněno: 22. 1. 2020 13:45.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1608524/cs -
RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Dan POLANSKÝ, Karel BERKA a Jaroslav KOČA. bio.tools Sum – tool for exploration of summary information about bioinformatics services in bio.tools. In F1000Research. 2018. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1115564.1.
angličtina. Česká republika.
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2019 15:23.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1430916/cs -
SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Bringing validation information closer to the user. In CEITEC PhD and Postdoc Retreat 2018. 2018. ISBN 978-80-210-8941-9.
RIV/00216224:14740/18:00102640 Prezentace na konferencích. angličtina. Česká republika.
Smart, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Gore, Swanand (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kleywegt, Gerard J. (528 Nizozemské království) -- Velankar, Sameer (826 Velká Británie a Severní Irsko)
Klíčová slova anglicky: PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; ligands; ValTrendsDB
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: Mgr. Vladimír Horský, Ph.D., učo 358970. Změněno: 29. 4. 2018 17:17.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1415496/cs -
RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. CCL - Charge Calculation Language. In ELIXIR CZ Annual Conference 2018. 2018. ISBN 978-80-86241-60-9.
RIV/00216224:14740/18:00108934 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Raček, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: partial atomic charges; empirical methods; domain specific language
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:54.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1471685/cs -
SUCHÁNKOVÁ, Pavla a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Connection of glycoinformatics databases with Pubchem. In ENBIK. 2018. ISBN 978-80-7592-017-1.
Název česky: Propojení glycoinformatických databází s Pubchem
RIV/00216224:14740/18:00108837 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Suchánková, Pavla (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: Glycoinformatics; format conversion; PubChem
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:44.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1421017/cs -
RAČEK, Tomáš, Ondřej SCHINDLER, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Empirical methods for calculation of partial atomic charges – applicability for proteins? In ENBIK2018. 2018. ISBN 978-80-7592-017-1.URL
angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: EEM, QEq, parameterization, atomic charges, proteins
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 2. 10. 2018 11:13.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1421343/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Adam MIDLIK, Jan HUTAŘ, Tarakaramji MOTURU, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Family-wide annotation and schematic 2D visualization of secondary structure elements. In National Bioinformatic Conference ENBIK. 2018.URL
angličtina. Česká republika.
Změnil: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D., učo 379962. Změněno: 22. 1. 2020 13:12.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1608457/cs -
PRAVDA, Lukáš, David SEHNAL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Dominik TOUŠEK, Karel BERKA, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA. ChannelsDB: database of biomacromolecular tunnels and pores. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, D1, s. "D399"-"D405", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkx868.URL
Název anglicky: ChannelsDB: Database of biomacromolecular tunnels and pores
RIV/00216224:14740/18:00102052 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Veronika (203 Česká republika) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: protein structure; protein channel; substrate channeling; tunnel; pore; MOLE; database; CYP P450; ribosome; aquaporin
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 13. 3. 2019 13:28.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1390698/cs -
SEHNAL, David, M DESHPANDE, A ROSE, Lukáš PRAVDA, Adam MIDLIK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, S MIR, K BERKA, S VELANKAR a Jaroslav KOČA. Interactive 3D Macromolecular Structure Data Mining with MolQL and Litemol Suite. In 62nd Annual Meeting of the Biophysical-Society. 2018. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2017.11.308.URL
angličtina. Spojené státy.
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 1. 7. 2020 13:39.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1668648/cs -
KUZAK, M., J. HARROW, R.C. JIMENEZ, P.A. MARTINEZ, F.E. PSOMOPOULOS, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a A. VIA. Lesson development for Open Source Software best practices adoption. Online. In 2018 IEEE 14TH INTERNATIONAL CONFERENCE ON E-SCIENCE (E-SCIENCE 2018). NEW YORK: IEEE, 2018, s. 19-20. ISBN 978-1-5386-9156-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/eScience.2018.00011.URL
RIV/00216224:14310/18:00113651 Stať ve sborníku. angličtina. Itálie.
Kuzak, M. (garant) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: training; Open Source; software guidelines; best practices; recommendations; Open Science; Reproducible Research; sustainability; FAIR
Druh sborníku: postkonferenční sborník
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 17. 4. 2020 22:46.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1646559/cs -
MOTURU, Tarakaramji, Sravankumar THULA, R.K. SINGH, Tomasz NODZYNSKI, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, J. FRIML a Sibu SIMON. Molecular evolution and diversification of the SMXL gene family. Journal of Experimental Botany. Oxford: OXFORD UNIV PRESS, 2018, roč. 69, č. 9, s. 2367-2378. ISSN 0022-0957. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/jxb/ery097.URL
RIV/00216224:14740/18:00101161 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Moturu, Tarakaramji (356 Indie, domácí) -- Thula, Sravankumar (356 Indie, domácí) -- Singh, R.K. (356 Indie) -- Nodzynski, Tomasz (616 Polsko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Friml, J. (40 Rakousko) -- Simon, Sibu (356 Indie, domácí)
Klíčová slova anglicky: D14; DLK2; evolution; KAI2; karrikin; MAX2; SMAX1-like; strigolactone
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2024 14:52.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1435099/cs -
PRAVDA, Lukáš, David SEHNAL, Dominik TOUŠEK, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Václav BAZGIER, Karel BERKA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA. MOLEonline: a web-based tool for analyzing channels, tunnels and pores (2018 update). Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W368"-"W373", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gky309.
RIV/00216224:14740/18:00103406 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Toušek, Dominik (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Veronika (203 Česká republika) -- Bazgier, Václav (203 Česká republika) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika)
Klíčová slova anglicky: tunnel; pore; aquaporine; protein; MOLE; software
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 24. 4. 2019 16:40.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1427156/cs -
LASKOWSKI, R.A., Jagoda JABŁOŃSKA, Lukáš PRAVDA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Janet M THORNTON. PDBsum: Structural summaries of PDB entries. Protein Science. HOBOKEN: WILEY, 2018, roč. 27, č. 1, s. 129-134. ISSN 0961-8368. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/pro.3289.URL
Název anglicky: PDBsum: Structural summaries of PDB entries
RIV/00216224:14310/18:00102044 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Laskowski, R.A. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Jabłońska, Jagoda (616 Polsko) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Thornton, Janet M (826 Velká Británie a Severní Irsko)
Klíčová slova anglicky: PDBsum; protein structure analysis; PDB; protein database; 3D protein structure; schematic diagrams; molecular interactions; enzymes
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: Mgr. Martin Prokop, Ph.D., učo 1474. Změněno: 25. 4. 2019 11:48.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1390097/cs -
HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Ivana, Jan HUTAŘ, Adam MIDLIK, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Karel BERKA. Protein family based 2D Diagrams of Secondary Structure Elements. In National Bioinformatic Conference ENBIK. 2018.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D., učo 379962. Změněno: 22. 1. 2020 13:18.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1608476/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Adam MIDLIK, Ivana HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Jan HUTAŘ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Jaroslav KOČA a Karel BERKA. Secondary Structure Elements-Annotations and Schematic 2D Visualizations Stable for Individual Protein Families. In Biophysical Society 62nd Annual Meeting, San Francisco, California. 2018. ISSN 0006-3495. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2017.11.307.URL
angličtina. Česká republika.
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 1. 7. 2020 12:21.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1455876/cs -
ALOCCI, Davide, Pavla SUCHÁNKOVÁ, Renaud COSTA, Nicolas HORY, Julien MARIETHOZ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Philip TOUKACH a Frederique LISACEK. SugarSketcher: Quick and Intuitive Online Glycan Drawing. Molecules. Mayer und Muller, 2018, roč. 23, č. 12, s. 3206-3216. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules23123206.
RIV/00216224:14740/18:00105326 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
Alocci, Davide (380 Itálie) -- Suchánková, Pavla (203 Česká republika, domácí) -- Costa, Renaud (203 Česká republika) -- Hory, Nicolas (250 Francie) -- Mariethoz, Julien (276 Německo) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Toukach, Philip (756 Švýcarsko) -- Lisacek, Frederique (756 Švýcarsko)
Klíčová slova anglicky: carbohydrate; 2D structure; software; SNFG notation
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: Mgr. Martin Prokop, Ph.D., učo 1474. Změněno: 25. 4. 2019 11:58.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1484322/cs -
SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Validation information in the Protein Data Bank: What is it and why should you care? In ENBIK 2018. 2018. ISBN 978-80-7592-017-1.
RIV/00216224:14310/18:00103001 Prezentace na konferencích. angličtina. Česká republika.
Smart, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Gore, Swanand (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kleywegt, Gerard J. (528 Nizozemské království) -- Velankar, Sameer (826 Velká Británie a Severní Irsko)
Klíčová slova anglicky: PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; validation metrics; density fit; visualization; ligands; ValTrendsDB
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: Mgr. Vladimír Horský, Ph.D., učo 358970. Změněno: 12. 6. 2018 18:56.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1420656/cs -
SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Validation of ligands in macromolecular structures determined by X-ray crystallography. Acta Crystallographica Section D. 2018, roč. 74, č. 3, s. 228-236. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798318002541.URL
RIV/00216224:14740/18:00102379 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Smart, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Gore, Swanand (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kleywegt, Gerard J. (528 Nizozemské království) -- Velankar, Sameer (826 Velká Británie a Severní Irsko)
Klíčová slova anglicky: PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; ligands; ValTrendsDB
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: Mgr. Martin Prokop, Ph.D., učo 1474. Změněno: 25. 4. 2019 11:50.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1410438/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. ValTrendsDB: Viewing structure quality from macro and micro perspective. In ELIXIR CZ Annual Conference 2018. 2018.
RIV/00216224:14310/18:00104935 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: PDB; Protein Data Bank; Chemical Component Dictionary; three-dimensional macromolecular structure; validation; validation metrics; density fit; visualization; ligands; ValTrendsDB; analysis of trends
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: Mgr. Vladimír Horský, Ph.D., učo 358970. Změněno: 16. 12. 2018 15:56.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1478656/cs -
SMART, Oliver S., Vladimír HORSKÝ, Swanand GORE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Gerard J. KLEYWEGT a Sameer VELANKAR. Worldwide Protein Data Bank validation information: usage and trends. Acta Crystallographica Section D. 2018, roč. 74, MAR, s. 237-244. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798318003303.URL
RIV/00216224:14740/18:00102378 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Smart, Oliver S. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Gore, Swanand (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kleywegt, Gerard J. (528 Nizozemské království) -- Velankar, Sameer (826 Velká Británie a Severní Irsko)
Klíčová slova anglicky: PDB; Protein Data Bank; three-dimensional macromolecular structure; validation; quality control; X-ray crystallography; ValTrendsDB
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: Mgr. Martin Prokop, Ph.D., učo 1474. Změněno: 25. 4. 2019 11:52.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1410436/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Biomacromolecular structure quality – improvement or stagnation? In CEITEC PhD Retreat II. 2017. ISBN 978-80-210-8551-0.URL
Makromolekulární chemie. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient
Druh účasti: aktivní účast
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 14. 3. 2018 11:11.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1379032/cs -
RAČEK, Tomáš, Dan POLANSKÝ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. bio.tools Sum. In ELIXIR CZ Annual Conference 2017. 2017. ISBN 978-80-86241-57-9.
Počítačový hardware a software. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: ELIXIR; bio.tools; summary; report generation; citations; tools; databases; publications
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 14. 6. 2018 10:44.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1396220/cs -
SUCHÁNKOVÁ, Pavla a Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ. Connection of saccharide database UnicarbKb with common databases of molecular structures. In XVIII. setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2017. 2017. ISBN 978-80-210-8765-1.
RIV/00216224:14740/17:00108802 Konferenční abstrakt. angličtina. Česká republika.
Suchánková, Pavla (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: glycan; GlycoCT; InChI; InChIKey; PDB; PubChem; UnicarbKB
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 16:46.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1409482/cs -
MIDLIK, Adam, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Karel BERKA a Jaroslav KOČA. Cytochrome P450 structure anatomy – recognition and analysis of secondary structure elements. In ISMB/ECCB, Prague. 2017.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D., učo 379962. Změněno: 22. 1. 2020 13:41.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1608522/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Sameer VELANKAR a Jaroslav KOČA. Do trends in biomacromolecular structure quality inspire optimism? In 25th Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) / 16th Conference on European Conference on Computational Biology (ECCB) 2017. 2017.URL
Makromolekulární chemie. angličtina. Spojené státy.
Klíčová slova anglicky: ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient
Mezinárodní význam: ano
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 14. 3. 2018 11:11.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1385957/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Exploring Trends in Quality of Biomacromolecular Structure Data. In ELIXIR CZ Annual Conference 2017. 2017. ISBN 978-80-86241-57-9.
RIV/00216224:14740/17:00108766 Konferenční abstrakt. Makromolekulární chemie. angličtina. Česká republika.
Horský, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 20:57.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1395683/cs -
JIMÉNEZ, Rafael C, Mateusz KUZAK, Monther ALHAMDOOSH, Michelle BARKER, Bérénice BATUT, Mikael BORG, Salvador CAPELLA-GUTIERREZ, Neil Chue HONG, Martin COOK, Manuel CORPAS, Madison FLANNERY, Leyla GARCIA, Josep Ll GELPÍ, Simon GLADMAN, Carole GOBLE, Montserrat González FERREIRO, Alejandra GONZALEZ-BELTRAN, Philippa C GRIFFIN, Björn GRÜNING, Jonas HAGBERG, Petr HOLUB, Rob HOOFT, Jon ISON, Daniel S KATZ, Brane LESKOŠEK, Federico López GÓMEZ, Luis J OLIVEIRA, David MELLOR, Rowland MOSBERGEN, Nicola MULDER, Yasset PEREZ-RIVEROL, Robert PERGL, Horst PICHLER, Bernard POPE, Ferran SANZ, Maria V SCHNEIDER, Victoria STODDEN, Radosław SUCHECKI, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Harry-Anton TALVIK, Ilian TODOROV, Andrew TRELOAR, Sonika TYAGI, Maarten van GOMPEL, Daniel VAUGHAN, Allegra VIA, Xiaochuan WANG, Nathan S WATSON-HAIGH a Crouch STEVE. Four simple recommendations to encourage best practices in research software. F1000Research. 2017, roč. 6, JUN, s. 876-888. ISSN 2046-1402. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.11407.1.URL
Název anglicky: Four simple recommendations to encourage best practices in research software
RIV/00216224:14740/17:00120331 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Holub, Petr (203 Česká republika) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: Open Source; code; software; guidelines; best practices; recommendations; Open Science; quality; sustainability; FAIR
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 5. 5. 2022 16:08.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401937/cs -
SEHNAL, David, Mandar DESHPANDE, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Saqib MIR, Karel BERKA, Adam MIDLIK, Lukáš PRAVDA, Sameer VELANKAR a Jaroslav KOČA. LiteMol suite: interactive web-based visualization of large-scale macromolecular structure data. Nature Methods. London, United Kingdom: Nature Publishing Group, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1121-1122. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4499.URL
RIV/00216224:14740/17:00098551 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Deshpande, Mandar (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Mir, Saqib (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Midlik, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Velankar, Sameer (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: LiteMol; visualization
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 29. 3. 2018 10:42.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1397262/cs -
HUTAŘOVÁ VAŘEKOVÁ, Ivana, Jan HUTAŘ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Karel BERKA. Mapping and 2D visualization of secondary structure elements in cytochromes. In ISMB/ECCB, Prague. 2017.URL
angličtina. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D., učo 379962. Změněno: 22. 1. 2020 13:16.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1608478/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Vladimír HORSKÝ, David SEHNAL, Veronika BENDOVÁ, Lukáš PRAVDA a Jaroslav KOČA. Quo Vadis, Biomacromolecular Structure Quality. In Biophysical Society 61st Annual Meeting, New Orleans, Louisiana. 2017. ISSN 1542-0086. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.bpj.2016.11.1880.URL
Makromolekulární chemie. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 30. 6. 2020 11:22.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1376028/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Trends in biomacromolecular structure quality. In 2nd Annual Users Meeting of iNEXT. 2017.
Makromolekulární chemie. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 14. 3. 2018 11:08.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1381539/cs -
HORSKÝ, Vladimír, Veronika BENDOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Trends in quality and properties of biomacromolecular complexes. In Curie - Pasteur - CEITEC joint young scientist retreat. 2017.URL
Makromolekulární chemie. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 14. 3. 2018 11:07.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1389300/cs -
ŽUFANOVÁ, Zuzana, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Michaela WIMMEROVÁ. Validation and analyses of biomacromolecular ligand conformations. In CEITEC PhD Retreat II. 2017. ISBN 978-80-210-8550-3.
Biochemie. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: structure validation; ligand conformation; MotiveValidator; ValidatorDB
Druh účasti: aktivní účast
Změnila: Mgr. Zuzana Hammerová, učo 393906. Změněno: 25. 1. 2018 14:38.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1404401/cs -
MIDLIK, Adam, Karel BERKA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Automatická anotácia sekundárnych štruktúr v cytochrómoch P450 a hodnotenie ich štruktúrnej podobnosti. In Národní bioinformatická konference ENBIK. 2016.URL
slovenština. Česká republika.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: Mgr. et Mgr. Adam Midlik, Ph.D., učo 379962. Změněno: 22. 1. 2020 13:36.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1608516/cs -
PRAVDA, Lukáš, David SEHNAL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Detekce biomolekulárních substruktur pomocí PatternQuery. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 30. 6. 2016 13:01.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348888/cs -
HEJRET, Václav, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. ChrgDescCalc.py – nástroj na výpočet nábojových deskriptorů. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.URL
Název anglicky: ChrgDescCalc.py - tool for calculating charge descriptors
RIV/00216224:14740/16:00108723 Konferenční abstrakt. čeština. Česká republika.
Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: ChrgDescCalc.py; calculating charge descriptors
Druh účasti: aktivní účast
Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 21:00.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1380243/cs -
RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Jana PAZÚRIKOVÁ, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM. In ENBIK2016. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.URL
čeština. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: EEM, parameterization, atomic charges
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 18. 10. 2016 11:28.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348875/cs -
RAČEK, Tomáš, Jana PAZÚRIKOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK, Francesco Luca FALGINELLA, Vladimír HORSKÝ, Václav HEJRET a Jaroslav KOČA. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2016, roč. 8, October, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-016-0171-1.URL
RIV/00216224:14740/16:00091249 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Falginella, Francesco Luca (380 Itálie, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity equalization method; EEM; EEM parameterization; wwPDB CCD database
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 22. 2. 2017 10:46.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1357233/cs -
ADAMS, Paul D., Kathleen AERTGEERTS, Cary BAUER, Jeffrey A. BELL, Helen M. BERMAN, Talapady N. BHAT, Jeff M. BLANEY, Evan BOLTON, Gerard BRICOGNE, David BROWN, Stephen K. BURLEY, David A. CASE, Kirk L. CLARK, Tom DARDEN, Paul EMSLEY, Victoria A. FEHER, Zukang FENG, Colin R. GROOM, Seth F. HARRIS, Jorg HENDLE, Thomas HOLDER, Andrzej JOACHIMIAK, Gerard J. KLEYWEGT, Tobias KROJER, Joseph MARCOTRIGIANO, Alan E. MARK, John L. MARKLEY, Matthew MILLER, Wladek MINOR, Gaetano T. MONTELIONE, Garib MURSHUDOV, Atsushi NAKAGAWA, Haruki NAKAMURA, Anthony NICHOLLS, Marc NICKLAUS, Robet T. NOLTE, Anil K. PADYANA, Catherine E. PEISHOFF, Susan PIENIAZEK, Randy J. READ, Chenghua SHAO, Steven SHERIFF, Oliver SMART, Stephen SOISSON, John SPURLINO, Terry STOUCH, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Wolfram TEMPEL, Thomas C. TERWILLIGER, Dale TRONRUD, Sameer VELANKAR, Suzanna C. WARD, Gregory L. WARREN, John D. WESTBROOK, Pamela WILLIAMS, Huanwang YANG a Jasmine YOUNG. Outcome of the First wwPDB/CCDC/D3R Ligand Validation Workshop. Structure. CAMBRIDGE: CELL PRESS, 2016, roč. 24, č. 4, s. 502-508. ISSN 0969-2126. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.str.2016.02.017.URL
RIV/00216224:14740/16:00093806 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
Adams, Paul D. (840 Spojené státy) -- Aertgeerts, Kathleen (840 Spojené státy) -- Bauer, Cary (840 Spojené státy) -- Bell, Jeffrey A. (840 Spojené státy) -- Berman, Helen M. (840 Spojené státy) -- Bhat, Talapady N. (840 Spojené státy) -- Blaney, Jeff M. (840 Spojené státy) -- Bolton, Evan (840 Spojené státy) -- Bricogne, Gerard (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Brown, David (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Burley, Stephen K. (840 Spojené státy) -- Case, David A. (840 Spojené státy) -- Clark, Kirk L. (840 Spojené státy) -- Darden, Tom (840 Spojené státy) -- Emsley, Paul (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Feher, Victoria A. (840 Spojené státy) -- Feng, Zukang (840 Spojené státy) -- Groom, Colin R. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Harris, Seth F. (840 Spojené státy) -- Hendle, Jorg (840 Spojené státy) -- Holder, Thomas (840 Spojené státy) -- Joachimiak, Andrzej (840 Spojené státy) -- Kleywegt, Gerard J. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Krojer, Tobias (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Marcotrigiano, Joseph (840 Spojené státy) -- Mark, Alan E. (36 Austrálie) -- Markley, John L. (840 Spojené státy) -- Miller, Matthew (36 Austrálie) -- Minor, Wladek (840 Spojené státy) -- Montelione, Gaetano T. (840 Spojené státy) -- Murshudov, Garib (840 Spojené státy) -- Nakagawa, Atsushi (392 Japonsko) -- Nakamura, Haruki (392 Japonsko) -- Nicholls, Anthony (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Nicklaus, Marc (840 Spojené státy) -- Nolte, Robet T. (840 Spojené státy) -- Padyana, Anil K. (840 Spojené státy) -- Peishoff, Catherine E. (840 Spojené státy) -- Pieniazek, Susan (840 Spojené státy) -- Read, Randy J. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Shao, Chenghua (840 Spojené státy) -- Sheriff, Steven (840 Spojené státy) -- Smart, Oliver (840 Spojené státy) -- Soisson, Stephen (840 Spojené státy) -- Spurlino, John (840 Spojené státy) -- Stouch, Terry (840 Spojené státy) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Tempel, Wolfram (124 Kanada) -- Terwilliger, Thomas C. (840 Spojené státy) -- Tronrud, Dale (840 Spojené státy) -- Velankar, Sameer (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Ward, Suzanna C. (840 Spojené státy) -- Warren, Gregory L. (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Westbrook, John D. (840 Spojené státy) -- Williams, Pamela (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Yang, Huanwang (840 Spojené státy) -- Young, Jasmine (840 Spojené státy)
Klíčová slova anglicky: PROTEIN DATA-BANK; CAMBRIDGE STRUCTURAL DATABASE; ELECTRON-DENSITY; TASK-FORCE; INFORMATION; MACROMOLECULES; GENERATION; MOLECULES; TOOLS; PDB
Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 6. 3. 2017 17:33.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1374814/cs -
PAZÚRIKOVÁ, Jana, Tomáš RAČEK, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce. In ENBIK 2016. 2016.
Název česky: Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
Název anglicky: Parametrization of Electronegativity Equalization Method through Differential Evolution
Počítačový hardware a software. čeština. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: atomic charges; EEM; differential evolution
Druh účasti: aktivní účast
Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 3. 8. 2016 09:31.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350828/cs -
KOČA, Jaroslav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, Karel BERKA, Stanislav GEIDL, David SEHNAL a Michal OTYEPKA. Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases. Online. 1. vyd. Cham: Springer International Publishing, 2016, 144 s. SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology. ISBN 978-3-319-47388-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47388-8.URL
RIV/00216224:14740/16:00093315 Odborná kniha. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika)
Klíčová slova anglicky: Structural bioinformatics tools; databases of molecular structure; drug design; detection of biomacromolecular fragments; validation of ligands; detection of channels and pores
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 9. 4. 2017 11:36.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1370955/cs -
PERCZEL, András, Atanas G. ATANASOV, Vladimír SKLENÁŘ, Jiří NOVÁČEK, Veronika PAPOUŠKOVÁ, Pavel KADEŘÁVEK, Lukáš ŽÍDEK, Henryk KOZLOWSKI, Joanna WATLY, Aleksandra HECEL, Paulina KOLKOWSKA, Jaroslav KOČA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, David SEHNAL, Vladimír HORSKÝ, Stanislav GEIDL, Ricardo D. ENRIZ, Pavel MATĚJKA, Adéla JENIŠTOVÁ, Marcela DENDISOVÁ, Alžběta KOKAISLOVÁ, Volkmar WEISSIG, Mark OLSEN, Aidan COFFEY, Jude AJUEBOR, Ruth KEARY, Marta SANZ-GAITERO, Mark J. VAN RAAIJ, Olivia MCAULIFFE, Birgit WALTENBERGER, Andrei MOCAN, Karel ŠMEJKAL, Elke H. HEISS, Marc DIEDERICH, Robert MUSIOL, Janez KOŠMRLJ, Jaroslaw POLANSKI a Josef JAMPÍLEK. The Eighth Central European Conference “Chemistry towards Biology”: Snapshot. MOLECULES. Basel: MDPI AG, 2016, roč. 21, č. 10, s. nestránkováno, 27 s. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules21101381.URL
Název anglicky: The Eighth Central European Conference “Chemistry towards Biology”: Snapshot
RIV/00216224:14310/16:00091715 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Švýcarsko.
Perczel, András (348 Maďarsko) -- Atanasov, Atanas G. (40 Rakousko) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Papoušková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kozlowski, Henryk (616 Polsko) -- Watly, Joanna (616 Polsko) -- Hecel, Aleksandra (616 Polsko) -- Kolkowska, Paulina (616 Polsko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Enriz, Ricardo D. (32 Argentina) -- Matějka, Pavel (203 Česká republika) -- Jeništová, Adéla (203 Česká republika) -- Dendisová, Marcela (203 Česká republika) -- Kokaislová, Alžběta (203 Česká republika) -- Weissig, Volkmar (840 Spojené státy) -- Olsen, Mark (840 Spojené státy) -- Coffey, Aidan (372 Irsko) -- Ajuebor, Jude (372 Irsko) -- Keary, Ruth (372 Irsko) -- Sanz-Gaitero, Marta (724 Španělsko) -- van Raaij, Mark J. (724 Španělsko) -- McAuliffe, Olivia (372 Irsko) -- Waltenberger, Birgit (40 Rakousko) -- Mocan, Andrei (642 Rumunsko) -- Šmejkal, Karel (203 Česká republika) -- Heiss, Elke H. (40 Rakousko) -- Diederich, Marc (410 Korejská republika) -- Musiol, Robert (616 Polsko) -- Košmrlj, Janez (705 Slovinsko) -- Polanski, Jaroslaw (616 Polsko) -- Jampílek, Josef (703 Slovensko)
Klíčová slova anglicky: drug design; targeting; chemical biology; biological chemistry; proteins and nucleic acids; natural compounds; synthesis; biomaterials; nanoparticles; ADME; drug delivery systems
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 9. 4. 2017 11:32.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360575/cs -
ISON, Jon, Kristoffer RAPACKI, Herve MENAGER, Matus KALAS, Emil RYDZA, Piotr CHMURA, Christian ANTHON, Niall BEARD, Karel BERKA, Dan BOLSER, Tim BOOTH, Anthony BRETAUDEAU, Jan BREZOVSKÝ, Rita CASADIO, Gianni CESARENI, Frederik COPPENS, Michael CORNELL, Gianmauro CUCCURU, Kristian DAVIDSEN, Gianluca DELLA VEDOVA, Tunca DOGAN, Olivia DOPPELT-AZEROUAL, Laura EMERY, Elisabeth GASTEIGER, Thomas GATTER, Tatyana GOLDBERG, Marie GROSJEAN, Bjoern GRUNING, Manuela HELMER-CITTERICH, Hans IENASESCU, Vassilios IOANNIDIS, Martin Closter JESPERSEN, Rafael JIMENEZ, Nick JUTY, Peter JUVAN, Maximilian KOCH, Camille LAIBE, Jing-Woei LI, Luana LICATA, Fabien MAREUIL, Ivan MICETIC, Rune Mollegaard FRIBORG, Sebastien MORETTI, Chris MORRIS, Steffen MOLLER, Aleksandra NENADIC, Hedi PETERSON, Giuseppe PROFITI, Peter RICE, Paolo ROMANO, Paola RONCAGLIA, Rabie SAIDI, Andrea SCHAFFERHANS, Veit SCHWAMMLE, Callum SMITH, Maria Maddalena SPEROTTO, Heinz STOCKINGER, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Silvio C. E. TOSATTO, Victor DE LA TORRE, Paolo UVA, Allegra VIA, Guy YACHDAV, Federico ZAMBELLI, Gert VRIEND, Burkhard ROST, Helen PARKINSON, Peter LONGREEN a Soren BRUNAK. Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2016, roč. 44, D1, s. "D38"-"D47", 10 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv1116.URL
RIV/00216224:14310/16:00089977 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Ison, Jon (208 Dánsko) -- Rapacki, Kristoffer (208 Dánsko) -- Menager, Herve (250 Francie) -- Kalas, Matus (578 Norsko) -- Rydza, Emil (208 Dánsko) -- Chmura, Piotr (208 Dánsko) -- Anthon, Christian (208 Dánsko) -- Beard, Niall (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Bolser, Dan (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Booth, Tim (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Bretaudeau, Anthony (250 Francie) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Casadio, Rita (380 Itálie) -- Cesareni, Gianni (380 Itálie) -- Coppens, Frederik (56 Belgie) -- Cornell, Michael (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Cuccuru, Gianmauro (380 Itálie) -- Davidsen, Kristian (208 Dánsko) -- Della Vedova, Gianluca (380 Itálie) -- Dogan, Tunca (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Doppelt-Azeroual, Olivia (250 Francie) -- Emery, Laura (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Gasteiger, Elisabeth (756 Švýcarsko) -- Gatter, Thomas (276 Německo) -- Goldberg, Tatyana (276 Německo) -- Grosjean, Marie (250 Francie) -- Gruning, Bjoern (276 Německo) -- Helmer-Citterich, Manuela (380 Itálie) -- Ienasescu, Hans (208 Dánsko) -- Ioannidis, Vassilios (756 Švýcarsko) -- Jespersen, Martin Closter (208 Dánsko) -- Jimenez, Rafael (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Juty, Nick (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Juvan, Peter (705 Slovinsko) -- Koch, Maximilian (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Laibe, Camille (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Li, Jing-Woei (156 Čína) -- Licata, Luana (380 Itálie) -- Mareuil, Fabien (250 Francie) -- Micetic, Ivan (380 Itálie) -- Friborg, Rune Mollegaard (208 Dánsko) -- Moretti, Sebastien (756 Švýcarsko) -- Morris, Chris (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Moller, Steffen (276 Německo) -- Nenadic, Aleksandra (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Peterson, Hedi (233 Estonsko) -- Profiti, Giuseppe (380 Itálie) -- Rice, Peter (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Romano, Paolo (380 Itálie) -- Roncaglia, Paola (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Saidi, Rabie (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Schafferhans, Andrea (276 Německo) -- Schwammle, Veit (208 Dánsko) -- Smith, Callum (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Sperotto, Maria Maddalena (208 Dánsko) -- Stockinger, Heinz (756 Švýcarsko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Tosatto, Silvio C. E. (380 Itálie) -- de la Torre, Victor (724 Španělsko) -- Uva, Paolo (380 Itálie) -- Via, Allegra (380 Itálie) -- Yachdav, Guy (276 Německo) -- Zambelli, Federico (380 Itálie) -- Vriend, Gert (528 Nizozemské království) -- Rost, Burkhard (276 Německo) -- Parkinson, Helen (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Longreen, Peter (208 Dánsko) -- Brunak, Soren (208 Dánsko)
Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-BIOLOGY; SOFTWARE-DEVELOPMENT; LIFE SCIENCES; WEB SERVICES; COLLECTION; COMPILATION; SEQANSWERS; FRAMEWORK
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 21. 3. 2017 15:46.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1345757/cs -
ARTAZA, H., N. C. HONG, M. CORPAS, A. CORPUZ, R. HOOFT, R. C. JIMENEZ, B. LESKOŠEK, B. G. OLIVIER, J. STOURAC, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, T. VAN PARYS a D. VAUGHAN. Top 10 metrics for life science software good practices [version 1; referees: 2 approved]. F1000Research. F1000 Research Ltd., 2016, roč. 5, August, s. nestránkováno, 9 s. ISSN 2046-1402. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.9206.1.URL
Lékařská zařízení, přístroje a vybavení. angličtina.
Klíčová slova anglicky: biomedicine; feasibility study; human; organization; software
Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 20. 3. 2017 10:58.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1375998/cs -
GEIDL, Stanislav, Václav HEJRET, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Využití nábojových deskriptorů v chemoinformatice. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2016. ISBN 978-80-7080-960-0.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 10. 5. 2017 18:44.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1380244/cs -
PRAVDA, Lukáš, Karel BERKA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA. Anatomy of protein channels. In CEITEC PhD Retreat, Valtice, The Czech Republic. 2015. ISBN 978-80-210-7825-3.URL
Název anglicky: Anatomy of protein channels
Klíčová slova anglicky: MOLE, protein, channel, physicochemical properties
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 16. 7. 2015 01:42.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1299397/cs -
IONESCU, Crina-Maria, David SEHNAL, Francesco Luca FALGINELLA, Purbaj PANT, Lukáš PRAVDA, Tomáš BOUCHAL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. AtomicChargeCalculator: Interactive Web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug like molecules. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2015, roč. 7, č. 50, s. "nestránkováno", 13 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-015-0099-x.URL
RIV/00216224:14310/15:00081192 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Falginella, Francesco Luca (380 Itálie, domácí) -- Pant, Purbaj (524 Nepál, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Conformationally dependent atomic charges; Biomacromolecules; Drug-like molecules; Paracetamol; Benzoic acids; Protegrin; Proteasome; Allostery; Chemical reactivity
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 3. 2016 10:59.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1316982/cs -
GEIDL, Stanislav, Tomáš BOUCHAL, Tomáš RAČEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Václav HEJRET, Aleš KŘENEK, Ruben ABAGYAN a Jaroslav KOČA. High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2015, roč. 7, DEC, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-015-0107-1.URL
RIV/00216224:14740/15:00081211 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity Equalization Method; EEM; Quantum mechanics; QM; Drug-like molecules
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 3. 2016 11:06.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1317812/cs -
GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Lukáš PETRUSEK, Crina-Maria IONESCU, Zdeněk JURKA, Ruben A. ABAGYAN a Jaroslav KOČA. How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pK(a) Prediction? Journal of Chemical Information and Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2015, roč. 55, č. 6, s. 1088-1097. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/ci500758w.URL
RIV/00216224:14740/15:00082988 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Petrusek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Jurka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben A. (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: ELECTRONEGATIVITY EQUALIZATION METHOD; ATOMIC CHARGE SCHEMES; CARBOXYLIC-ACIDS; PHYSICAL-PROPERTIES; PHENOLS; VALUES; VALIDATION; QSAR; DESCRIPTORS; ALGORITHM
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 20. 3. 2017 11:00.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300114/cs -
PRAVDA, Lukáš, Karel BERKA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA. MOLE 2.5: Improved Tool for Analysis of Ligand-Accessible Channels. In ISMB/ECCB 2015, Dublin, Ireland. 2015.URL
Název anglicky: MOLE 2.5: Improved Tool for Analysis of Ligand-Accessible Channels
Klíčová slova anglicky: channel, protein, PDB, MOLE
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435. Změněno: 12. 11. 2015 12:41.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1306306/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Lukáš PRAVDA, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. MotiveQuery: Web application for fast detection of biomacromolecular fragments in the entire Protein Data Bank. In ISMB/ECCB 2015, Dublin, Ireland. 2015.URL
Název anglicky: MotiveQuery: Web application for fast detection of biomacromolecular fragments in the entire Protein Data Bank
Klíčová slova anglicky: protein structure, pattern, PDB, query language
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 16. 7. 2015 01:23.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1306304/cs -
SEHNAL, David, Lukáš PRAVDA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2015, roč. 43, W1, s. "W383"-"W388", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkv561.URL
Název anglicky: PatternQuery: web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank
RIV/00216224:14740/15:00082987 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: protein structure; protein structural pattern; structural bioinformatics; Protein Data Bank; query language
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 29. 3. 2016 16:44.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300113/cs -
PRAVDA, Lukáš, David SEHNAL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. PatternQuery: Web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank. In 3Dsig meeting at ISMB/ECCB 2015, Dublin, Ireland. 2015.URL
Název anglicky: PatternQuery: Web application for fast detection of biomacromolecular structural patterns in the entire Protein Data Bank
Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435. Změněno: 12. 11. 2015 12:40.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1306308/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Vladimír HORSKÝ, Deepti JAISWAL, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. Nucleic Acids Research. United Kingdom: Oxford University Press, 2015, roč. 43, D1, s. "D369"-"D375", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1118.URL
RIV/00216224:14310/15:00082165 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: chemical analysis; chemical structure; chirality; computer program; data analysis; data base; molecular model; process development; Protein Data Bank; systematic error; validation process; ValidatorDB
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 3. 2016 11:26.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206145/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, David SEHNAL, Lukáš PRAVDA, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. In 3Dsig meeting at ISMB/ECCB 2015, Dublin, Ireland. 2015.URL
Název anglicky: ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank
Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 16. 7. 2015 01:36.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1306309/cs -
SEHNAL, David, Lukáš PRAVDA, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. WebChemistry: a platform for the detection, validation, comparison, and characterization of structural patterns in biomacromolecules. In ISMB/ECCB 2015, Dublin, Ireland. 2015.URL
Název anglicky: WebChemistry: a platform for the detection, validation, comparison, and characterization of structural patterns in biomacromolecules
Klíčová slova anglicky: webchemistry, mole, motivevalidator, patternquery
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435. Změněno: 12. 11. 2015 12:39.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1306307/cs -
PRAVDA, Lukáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Karel BERKA, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA. Anatomy of enzymatic channels and algorithm for its detection. In 13th European Conference on Computational Biology, Strasbourg, France. 2014.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435. Změněno: 16. 11. 2014 14:11.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206125/cs -
PRAVDA, Lukáš, Karel BERKA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Pavel BANÁŠ, Laskowski ROMAN A, Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA. Anatomy of Enzyme Channels. BMC Bioinformatics. England: BioMed Central Ltd, 2014, roč. 15, november, s. "nestránkováno", 8 s. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12859-014-0379-x.URL
RIV/00216224:14310/14:00077325 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Banáš, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Roman A, Laskowski (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: CATALYTIC SITE ATLAS; ACTIVE-SITE; ION CHANNELS; BIOMACROMOLECULAR CHANNELS; SUBSTRATE PREFERENCES; CYTOCHROMES P450; LIGAND-BINDING; ACCESS TUNNELS; PROTEIN; RESIDUES
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Ing. Andrea Mikešková, učo 137293. Změněno: 28. 4. 2015 09:04.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206148/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Stanislav GEIDL, David SEHNAL, Lukáš PRAVDA, Zdeněk JURKA, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. Atomic charge based descriptors and their applications in QSAR. In 20th EuroQSAR - Understanding Chemical-Biological Interactions, St. Petersburg, Russia. 2014.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 13. 9. 2014 15:31.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1197412/cs -
JAISWAL, Deepti, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. Consistency of sugar structures and their annotation in the PDB. In 13th European Conference on Computational Biology, Strasbourg, France. 2014.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 16. 11. 2014 12:48.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206151/cs -
GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PETRUSEK, Crina-Maria IONESCU, David SEHNAL a Jaroslav KOČA. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of pKa prediction? In 20th EuroQSAR - Understanding Chemical-Biological Interactions, St. Petersburg, Russia. 2014.
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 13. 9. 2014 15:41.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1197413/cs -
GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PETRUSEK, David SEHNAL a Jaroslav KOČA. Jaký vliv na přesnost QSPR modelů má metodika přípravy 3D struktury? Případová studie pro predikci pKa. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2014. ISBN 978-80-7080-883-2.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 8. 7. 2014 11:32.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188322/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Deepti JAISWAL, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. Ligand structures in the Protein Data Bank – can we trust them? In 10th International Conference on Chemical Structures and 10th German Conference on Chemoinformatics, Noordwijkerhout, The Netherlands. 2014.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435. Změněno: 16. 11. 2014 17:34.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206124/cs -
PRAVDA, Lukáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Karel BERKA, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA. MOLE: Pokročilý nástroj pro vyhledávání a charakterizaci tunelů. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2014. ISBN 978-80-7080-883-2.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 16. 11. 2014 12:38.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206127/cs -
PRAVDA, Lukáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. MotiveQuery: Language and Web Service for Fast Identification of Protein Structural Motifs in the Entire Protein Data Bank. In 10th International Conference on Chemical Structures and 10th German Conference on Chemoinformatics, Noordwijkerhout, The Netherlands. 2014.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 16. 11. 2014 12:38.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206123/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Deepti JAISWAL, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford University Press, 2014, roč. 42, W1, s. "W227"-"W233", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gku426.URL
RIV/00216224:14740/14:00075598 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: PROTEIN DATA-BANK; CRYSTAL-STRUCTURES; CRYSTALLOGRAPHY; INFORMATION; REFINEMENT; BIOLOGY; ARCHIVE; SERVER
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 25. 11. 2014 10:48.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1184600/cs -
MotiveValidator: software for validation of ligand and residue structures in biomolecular complexes (software)SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Deepti JAISWAL, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. MotiveValidator: software for validation of ligand and residue structures in biomolecular complexes. 2014.URL
RIV/00216224:14740/14:00077886 Software. Biochemie. angličtina. Česká republika.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: PROTEIN DATA-BANK; CRYSTAL-STRUCTURES; CRYSTALLOGRAPHY; INFORMATION; REFINEMENT; BIOLOGY; ARCHIVE; SERVER
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 10. 4. 2015 10:50.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1214255/cs -
RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. NEEMP – Tool for parameterization of empirical charge calculation method EEM. In Chemoinformatics Strasbourg Summer School 2014. 2014.
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 3. 9. 2014 09:12.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1196535/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Deepti JAISWAL, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. ValidatorDB: database of validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. 2014.URL
RIV/00216224:14740/14:00077887 Software. Biochemie. angličtina. Česká republika.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: PROTEIN DATA-BANK; CRYSTAL-STRUCTURES; CRYSTALLOGRAPHY; INFORMATION; REFINEMENT; BIOLOGY; ARCHIVE; SERVER
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 8. 7. 2015 13:56.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1214256/cs -
GEIDL, Stanislav, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Purbaj PANT a Jaroslav KOČA. Web server for the rapid calculation of empirical atomic charges with QM accuracy. In 10th International Conference on Chemical Structures and the 10th German Conference on Chemoinformatics. 2014.
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 19:01.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188331/cs -
RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Advanced implementation of atomic charge calculation with electronegativity equalization. In SVOČ 2013 v Opavě. 2013.
Informatika. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: Electronegativity equalization method; EEM; empirical charges; QM charges; parameterization; parallelization; optimization
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 11. 1. 2016 10:31.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139062/cs -
BOUCHAL, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš RAČEK, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK a Jaroslav KOČA. Empirical charges for chemoinformatics applications. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. 2013. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P60.URL
Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 11. 1. 2016 10:29.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188329/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Karel BERKA, Lukáš PRAVDA, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Pavel BANÁŠ, Crina-Maria IONESCU, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA. MOLE 2.0: advanced approach for analysis of biomacromolecular channels. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2013, roč. 5, č. 39, s. "nestránkováno", 13 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-5-39.URL
RIV/00216224:14740/13:00066334 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Veronika (203 Česká republika) -- Banáš, Pavel (203 Česká republika) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Channels; Tunnels; Pores; Protein structures; Cytochrome P450; CAM; BM3
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 28. 1. 2017 19:32.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1122673/cs -
PRAVDA, Lukáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Karel BERKA, Michal OTYEPKA a Jaroslav KOČA. MOLE 2.0: Improved Approach for Analysis of Biomacromolecular Channels and Pores. In 21st Annual International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology and 12th European Conference on Computational Biology, Berlin, Germany. 2013.
Druh účasti: aktivní účast
Mezinárodní význam: ano
Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 15. 11. 2014 22:34.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206122/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Ondřej SKŘEHOTA, Tomáš BOUCHAL, David SEHNAL, Ruben A. ABAGYAN a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values from EEM atomic charges. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, 2013, roč. 5, č. 18, s. "nestránkováno", 15 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-5-18.URL
RIV/00216224:14310/13:00068473 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Skřehota, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben A. (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Dissociation constant; Quantitative structure-property relationship; QSPR; Partial atomic charges; Electronegativity equalization method; EEM; Quantum mechanics; QM
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 18:59.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1110036/cs -
GEIDL, Stanislav, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. QM quality atomic charges for proteins. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. 2013. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P61.URL
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 8. 7. 2014 12:12.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188328/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Rapid Calculation of Accurate Atomic Charges for Proteins via the Electronegativity Equalization Method. Journal of Chemichal Information a Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2013, roč. 53, č. 10, s. 2548-2558. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/ci400448n.URL
RIV/00216224:14740/13:00074747 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: MOLECULAR ELECTROSTATIC POTENTIALS; PREDICTING PK(A) VALUES; DYNAMICS SIMULATIONS; POPULATION ANALYSIS; ORGANIC-MOLECULES; DIPOLE-MOMENTS; METHOD EEM; BASIS-SET; VALIDATION; SCHEMES
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 28. 1. 2017 19:35.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1122680/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Zuzana KLÍMOVÁ, David SEHNAL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. BH3-ONLY PROTEINS - FROM STRUCTURE TO FUNCTION. In XXIII. biochemický sjezd České společnosti pro biochemii a molekulární biologii a Slovenské spoločnosti pre biochémiu a molekulárnu biológiu. 2012.
Klíčová slova anglicky: apoptosis, BH3 domain
Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 12. 4. 2024 14:18.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/992730/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jochen HM PREHN, Heinrich J HUBER a Jaroslav KOČA. Charge Profile Analysis Reveals That Activation of Pro-apoptotic Regulators Bax and Bak Relies on Charge Transfer Mediated Allosteric Regulation. PLoS Computational Biology. San Francisco: PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2012, roč. 8, č. 6, s. "nestránkováno", 11 s. ISSN 1553-7358. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002565.URL
RIV/00216224:14740/12:00057573 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Prehn, Jochen HM (276 Německo) -- Huber, Heinrich J (40 Rakousko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: apoptosis; Bax; Bak; atomic charge; allostery
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 6. 4. 2013 21:05.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/991215/cs -
BERKA, Karel, Ondřej HANÁK, David SEHNAL, Pavel BANÁŠ, Veronika NAVRÁTILOVÁ, Deepti JAISWAL, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jaroslav KOČA a Michal OTYEPKA. MOLEonline 2.0: Interactive Web-based Analysis of Biomacromolecular Channels. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford Press, 2012, roč. 40, W1, s. "W222"–"W227", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gks363.URL
RIV/00216224:14740/12:00057571 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
Berka, Karel (203 Česká republika, garant) -- Hanák, Ondřej (203 Česká republika) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Banáš, Pavel (203 Česká republika) -- Navrátilová, Veronika (203 Česká republika) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika)
Klíčová slova anglicky: CYTOCHROMES P450; PROTEIN STRUCTURES; NUCLEIC-ACIDS; SUBSTRATE PREFERENCES; POTASSIUM CHANNEL; PHOTOSYSTEM-II; ACTIVE-SITES; IDENTIFICATION; TUNNELS; MACROMOLECULES
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 6. 4. 2013 21:14.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/991130/cs -
GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU, Ondřej SKŘEHOTA, Tomáš BOUCHAL, Michal KUDERA, David SEHNAL, Abagyan RUBEN a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values of substituted phenols by QSPR models which employ EEM atomic charges. In 3rd Strasbourg Summer School in Chemoinformatics. 2012.
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 19:01.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188330/cs -
GEIDL, Stanislav, Roman BERÁNEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. Predikce pKa pro nově navržené molekuly léků. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. 2012. ISBN 978-80-7080-818-4.
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 8. 7. 2014 11:32.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188321/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Protein Politics: How Neutral is Neutral? In X Girona Seminar on Theoretical and Computational Chemistry for the Modeling of Biochemical Systems From Theory to Applications. 2012.
Klíčová slova anglicky: proteins, atomic charges
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D., učo 336141. Změněno: 18. 9. 2012 16:03.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/992733/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Quantum Mechanical Evaluation of Charge Transfer inside Proteins. In 3rd Strasbourg Summer School in Chemoinformatics. 2012.
Klíčová slova anglicky: proteins, charge transfer, quantum mechanics
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D., učo 336141. Změněno: 18. 9. 2012 16:12.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/992734/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Heinrich J HUBER a Jaroslav KOČA. ROLE OF CHARGE TRANSFER IN THE ACTIVATION OF PRO-APOPTOTIC REGULATORS BAX AND BAK. In XXIII. biochemický sjezd České společnosti pro biochemii a molekulární biologii a Slovenské spoločnosti pre biochémiu a molekulárnu biológiu. 2012.
Klíčová slova anglicky: apoptosis, allostery, charge transfer
Změnila: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D., učo 336141. Změněno: 18. 9. 2012 15:32.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/992728/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Heinrich J. HUBER, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder: An improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Journal of Chemical Information and Modeling. 2012, roč. 52, č. 2, s. 343–359. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/ci200444d.
RIV/00216224:14310/12:00057316 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Huber, Heinrich J. (40 Rakousko) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: protein structural motifs; superimposition; comparison; lectins; apoptosis
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 18:56.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/976927/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, David SEHNAL, Lukáš PRAVDA, Jan OPPELT, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. Comparison of protein structural motifs – challenges and algorithms. Improved approach and case studies. In 9th International Conference on Chemical Structures, Noordwijkerhout, The Netherlands. 2011.
Název anglicky: Comparison of protein structural motifs – challenges and algorithms. Improved approach and case studies
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 21:35.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932288/cs -
RYŠKA, Jan, Sushil Kumar MISHRA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Docking study of matrix metalloproteinase inhibitors. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady, Czech Republic. 2011.
Název anglicky: Docking study of matrix metalloproteinase inhibitors
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 21:02.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932287/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Ondřej SKŘEHOTA a Jaroslav KOČA. Fast methods of atomic charge calculation: the Electronegativity Equalization Method for proteins. In 9th International Conference on Chemical Structures, Noordwijkerhout, The Netherlands. 2011.
Název anglicky: Fast methods of atomic charge calculation: the Electronegativity Equalization Method for proteins
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 21:42.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932289/cs -
GEIDL, Stanislav, Roman BERÁNEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš BOUCHAL, Miroslav BRUMOVSKÝ, Michal KUDERA, Ondřej SKŘEHOTA a Jaroslav KOČA. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of QSPR models? In 7th German Conference on Chemoinformatics. 2011.
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 24. 12. 2011 01:23.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963799/cs -
GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Ondřej SKŘEHOTA, Michal KUDERA, Crina-Maria IONESCU, David SEHNAL, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values of substituted phenols from atomic charges. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady, Czech Republic. 2011.
Název anglicky: Predicting pKa values of substituted phenols from atomic charges.
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 20:30.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932285/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Ondřej SKŘEHOTA, Michal KUDERA, David SEHNAL, Tomáš BOUCHAL, Ruben A. ABAGYAN, Heinrich J. HUBER a Jaroslav KOČA. Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: Comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes. Journal of Chemical Information and Modeling. 2011, roč. 51, č. 8, s. 1795-1806. ISSN 1549-9596.
RIV/00216224:14310/11:00049975 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Skřehota, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Kudera, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben A. (840 Spojené státy) -- Huber, Heinrich J. (40 Rakousko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
Klíčová slova anglicky: pka; pka prediction; charge; QSPR; population analysis; quantum meechanics
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 28. 1. 2017 18:43.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/950090/cs -
SKŘEHOTA, Ondřej, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Žídek JAN a Jaroslav KOČA. QSPR Designer – Employ your own descriptors in the automated QSAR modeling process. In 7th German Conference on Chemoinformatics. 2011.
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 24. 12. 2011 01:52.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963802/cs -
SKŘEHOTA, Ondřej, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Michal KUDERA, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. QSPR modeling – algorithms, challenges and IT solutions. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady, Czech Republic. 2011.
Název anglicky: QSPR modeling – algorithms, challenges and IT solutions
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 20:57.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932286/cs -
JAISWAL, Deepti, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU, David SEHNAL a Jaroslav KOČA. Searching for tunnels of proteins - comparison of approaches and available software tools. In 7th German Conference on Chemoinformatics. 2011.
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 24. 12. 2011 01:30.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963800/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Heinrich J. HUBER, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder – an improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Case studies on biologically important motifs. In 7th German Conference on Chemoinformatics. 2011.
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 24. 12. 2011 01:36.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963801/cs -
SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Heinrich J. HUBER, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder – an improved software superimposing multiple protein structural motifs and its applications. In XV. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. 2011. ISBN 978-80-210-5594-0.
Biochemie. angličtina. Česká republika.
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 14. 1. 2012 00:24.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963803/cs -
OPPELT, Jan, Boris TICHÝ, Marek MRÁZ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Zpracování dat z vysoce výkonných sekvenátorů. In Studentská vědecká konference PřF OU. 2011. ISBN 978-80-7368-908-7.Sborník abstraktů
Název česky: Zpracování dat z vysoce výkonných sekvenátorů
Název anglicky: Data processing of high-throughput sequencers
čeština. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: high-throughput sequencing, RNA-Seq, gene expression, microRNA, B cell
Druh účasti: aktivní účast
Změnil: Mgr. Jan Oppelt, Ph.D., učo 323639. Změněno: 2. 7. 2014 15:36.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/975398/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jakub VANĚK a Jaroslav KOČA. Fast methods of atomic charge calculation: parameterization of EEM for applicability to metal containing proteins. In 8th Discussions in Structural Molecular Biology. 2010.URL
Název česky: Rychlé metody výpočtu atomových nábojů: Parametrizace EEM pro aplikaci na metaloproteiny
Název anglicky: Fast methods of atomic charge calculation: parameterization of EEM for applicability to metal containing proteins
Biochemie. angličtina. obsah je utajovanou skutečností.
Klíčová slova anglicky: partial charge, EEM, parameterization
Změnila: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D., učo 336141. Změněno: 20. 10. 2010 18:40.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/892318/cs -
IONESCU, Crina-Maria, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš RADĚJ, Ondřej SKŘEHOTA a Jaroslav KOČA. Fast methods of atomic charge calculation: parameterization of EEM for applicability to proteins. In 8th European Conference on Computational Chemistry. 2010.
Název česky: Rychlé metody výpočtů nábojů: parametrizace EEM pro uplatnění na proteiny
Název anglicky: Fast methods of atomic charge calculation: parameterization of EEM for applicability to proteins
Biochemie. angličtina.
Klíčová slova anglicky: atomic charge; EEM; parameterization
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D., učo 336141. Změněno: 20. 10. 2010 15:49.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/898029/cs -
SKŘEHOTA, Ondřej, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Michal KUDERA, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. QSPR Designer - a program to design and evaluate QSPR models. Case study on pKa prediction. In 6th German Conference on Chemoinformatics. 2010.URL
Informatika. angličtina.
Klíčová slova anglicky: QSPR, model design, descriptors, pKa, atomic charges, phenols
Mezinárodní význam: ano
Změnila: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D., učo 336141. Změněno: 20. 10. 2010 18:39.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/903471/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, David SEHNAL, Lukáš PRAVDA, Jan OPPELT a Jaroslav KOČA. SiteBinder – software tool for superimposing multiple structural motives. In 8th Discussions in Structural Molecular Biology. Nove Hrady, 2010.URL
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 1. 11. 2010 11:09.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/905261/cs -
NOVOTNÁ JIROUŠKOVÁ, Zuzana, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jakub VANĚK a Jaroslav KOČA. Electronegativity Equalization Method - Fast Method For Charge Calculation. In Materials Structure, vol. 16, no. 1 (2009). 2009. ISSN 1211-5894.
Název anglicky: Electronegativity Equalization Method - Fast Method For Charge Calculation
Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
Klíčová slova anglicky: electronegativity equalizatiom method charge calculation
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 10. 4. 2010 11:06.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/857707/cs -
JIROUŠKOVÁ, Zuzana, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Jakub VANĚK a Jaroslav KOČA. Software news and updates: Electronegativity equalization method: Parameterization and validation for organic molecules using the Merz-Kollman-Singh charge distribution scheme. Journal of Computational Chemistry. New York: John Wiley & Sons, 2008, roč. 2009, č. 30, s. 1174-1178. ISSN 0192-8651.
Název česky: Software news and updates electronegativity equalization method: Parameterization and validation for organic molecules using the Merz-Kollman-Singh charge distribution scheme
Název anglicky: Software news and updates electronegativity equalization method: Parameterization and validation for organic molecules using the Merz-Kollman-Singh charge distribution scheme
RIV/00216224:14310/08:00026923 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
Jiroušková, Zuzana (203 Česká republika) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika) -- Vaněk, Jakub (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant)
Klíčová slova anglicky: electronegativity equalization method (EEM); EEM parameterization; charge distribution calculation
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Mgr. Zuzana Novotná Jiroušková, Ph.D., učo 60782. Změněno: 17. 3. 2010 12:42.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/797546/cs -
CASEY, Fergal P., Norman E DAVEY, Ivan BARAN, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Denis C SHIELDS. Web server to identify similarity of amino acid motifs to compounds (SAAMCO). Journal of Chemical Information and Modeling. 2008, roč. 48, č. 7, s. 1524–1529. ISSN 1549-9596.
RIV/00216224:14310/08:00056467 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
Casey, Fergal P. (372 Irsko) -- Davey, Norman E (372 Irsko) -- Baran, Ivan (703 Slovensko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Shields, Denis C (372 Irsko)
Klíčová slova anglicky: amino acid motifs; proteins; similarity; web server; chemopeptidomics
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 27. 3. 2012 03:50.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/976956/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Ivan BRADÁČ, Martin PLCHÚT, Michal ŠKRDLA, Michael WACENOVSKY, Helmuth MAHR, Georg MAYER, Herbert TANNER, Hermann BRUGGER, Josef WITHALM, Peter LEDERER, Heinrich HUBER, Gerhard GIERLINGER, Ronald GRAF, Hakim TAFER, Ivo HOFACKER, Peter SCHUSTER a Martin POLCIK. www.rnaworkbench.com: A new program for analyzing RNA interference. Computer Methods and Programs in Biomedicine. ELSEVIER, 2008, roč. 90, č. 1, s. 89-94. ISSN 0169-2607.
RIV/00216224:14310/08:00051393 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Irsko.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bradáč, Ivan (203 Česká republika) -- Plchút, Martin (203 Česká republika) -- Škrdla, Michal (203 Česká republika) -- Wacenovsky, Michael (40 Rakousko) -- Mahr, Helmuth (40 Rakousko) -- Mayer, Georg (40 Rakousko) -- Tanner, Herbert (40 Rakousko) -- Brugger, Hermann (40 Rakousko) -- Withalm, Josef (40 Rakousko) -- Lederer, Peter (40 Rakousko) -- Huber, Heinrich (40 Rakousko) -- Gierlinger, Gerhard (40 Rakousko) -- Graf, Ronald (40 Rakousko) -- Tafer, Hakim (40 Rakousko) -- Hofacker, Ivo (40 Rakousko) -- Schuster, Peter (40 Rakousko) -- Polcik, Martin (203 Česká republika)
Klíčová slova anglicky: RNA interference; siRNA design; mRNA secondary structures; siRNA sequence rules
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 27. 3. 2012 03:54.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/888527/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Zuzana JIROUŠKOVÁ, Jakub VANĚK, Šimon SUCHOMEL a Jaroslav KOČA. Electronegativity Equalization Method: Parameterization and Validation for Large Sets of Organic, Organohalogene and Organometal Molecule. International Journal of Molecular Sciences. Basel, Switzerland: MDPI Center, 2007, roč. 2007, č. 8, s. 572-582. ISSN 1422-0067.URL
Název česky: Electronegativity Equalization Method: Parameterization and Validation for Large Sets of Organic, Organohalogene and Organometal Molecule
RIV/00216224:14310/07:00022795 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Jiroušková, Zuzana (203 Česká republika, domácí) -- Vaněk, Jakub (203 Česká republika) -- Suchomel, Šimon (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
Klíčová slova anglicky: Charge Distribution; Electronegativity Equalization Method; Parameterization; Organohalogenes; Organometals
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 1. 2019 13:45.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/726962/cs -
BARAN, Ivan, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Laavanya PARTHASARATHI, Šimon SUCHOMEL, Fergal CASEY a Denis C. SHIELDS. Identification of potential small molecule peptidomimetics similar to motifs in proteins. Journal of Chemical Information and Modeling. 2007, roč. 47, č. 2, s. 464-474. ISSN 1549-9596.
RIV/00216224:14310/07:00050756 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
Baran, Ivan (703 Slovensko) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Parthasarathi, Laavanya (372 Irsko) -- Suchomel, Šimon (203 Česká republika, domácí) -- Casey, Fergal (372 Irsko) -- Shields, Denis C. (372 Irsko)
Klíčová slova anglicky: chemopeptidomics; protein structural motifs; similarity; drug molecules
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: Ing. Andrea Mikešková, učo 137293. Změněno: 27. 3. 2012 09:49.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/716068/cs -
BRADÁČ, Ivan, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Michael WACENOVSKY, Michal ŠKRDLA, Martin PLCHÚT a Martin POLČÍK. siRNA selection criteria – statistical analyses of applicability and significance. Biochemical and Biophysical Research Communications. 2007, roč. 359, č. 1, s. 83-87. ISSN 0006-291X.
RIV/00216224:14310/07:00051392 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
Bradáč, Ivan (203 Česká republika) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Wacenovsky, Michael (40 Rakousko) -- Škrdla, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Plchút, Martin (203 Česká republika) -- Polčík, Martin (203 Česká republika)
Klíčová slova anglicky: RNAi; mRNA; siRNA selection criteria; Target Patterns; mRNA secondary structure; RISC enzyme
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 27. 3. 2012 03:49.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/888526/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka. Design krátkých interferujících RNA pro umlčení genů. In Bioinformatika III. 2006.URL
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 26. 1. 2007 19:44.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/710558/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka. Life science in practical life. In Gate2Biotech. 2006.URL
Název česky: Life science v praktickém životě
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 26. 1. 2007 19:57.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/710559/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka a Jaroslav KOČA. Optimized and parallelized implementation of the electronegativity equalization method and the atom-bond electronegativity equalization method. J Comput Chem. 2006, roč. 27, č. 3, s. 396-405. ISSN 0192-8651.
Název česky: Implementace, optimalizace a paralelizace metod EEM a ABEEM
RIV/00216224:14310/06:00015735 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant)
Klíčová slova anglicky: charge distribution; electronegativity equalization method; atom-bond electronegativity equalization method; optimization; parallelization; parallel virtual machine
Mezinárodní význam: ano
Recenzováno: ano
Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 14. 2. 2007 15:18.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/638165/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Ivan BARAN a Šimon SUCHOMEL. Vyhledávání biologicky významných motivů v molekulách léků. In Fobia 2006. Telč, 2006.URL
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 29. 8. 2006 11:02.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/693875/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Ivan BARAN a Denis SHIELDS. Computerised identification of unidentified similarities between known protein motifs and known drugs. In MGMS International Meeting. 2005.URL
Název česky: Identifikace podobností meze biologicky významnými motivy v proteinech a molekulami léků
Klíčová slova anglicky: drugs; proteins; motifs; ELM; similarity
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 8. 11. 2005 11:35.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/586724/cs -
Complexity and Convergence of Electrostatic and van der Waals Energies within PME and Cutoff MethodsSVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Jaroslav KOČA a Chang-Guo ZHAN. Complexity and Convergence of Electrostatic and van der Waals Energies within PME and Cutoff Methods. International Journal of Molecular Sciences. Basel, Switzerland: MDPI Center, 2004, roč. 2004, č. 5, s. 154-173. ISSN 1422-0067.URL
Název česky: Složitost a konvergence výpočtu energie elektrostatických a van der Waalsovských interakcí prostřednictvím PME a cutoff metod
RIV/00216224:14330/04:00011109 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Česká republika.
Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant) -- Zhan, Chang-Guo (840 Spojené státy)
Klíčová slova anglicky: Van der Waals energy; electrostatic energy; convergence of energy; PME
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 29. 8. 2006 10:42.Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/571621/cs -
SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka a Jaroslav KOČA. Electronegativity equalization method and atom-bond electronegativity equalization method - implementation, optimization, paralellization and application. In Modeling Interactions in Biomolecules, Workshop. Nove Hrady : Praha, 2003.URL
Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 29. 8. 2006 10:43.
Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/586742/cs
2024
2023
2022
2021
2020
2019
2018
2017
2016
2015
2014
2013
2012
2011
2010
2009
2008
2007
2006
2005
2004
2003
Zobrazeno: 19. 9. 2024 02:15