Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. Brain MRI Screening Tool with Federated Learning
      STOKLASA, Roman, Ioannis STATHOPOULOS, Efstratios KARAVASILIS, Efstathios EFSTATHOPOULOS, Marek DOSTÁL, Miloš KEŘKOVSKÝ, Michal KOZUBEK a Luigi SERIO. Brain MRI Screening Tool with Federated Learning. Online. In 2024 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Athens, Greece: IEEE, 2024, s. 1-5. ISBN 979-8-3503-1333-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI56570.2024.10635396.
      RIV: Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Stoklasa, Roman (703 Slovensko, garant, domácí) -- Dostál, Marek (203 Česká republika) -- Keřkovský, Miloš (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: MRI; brain; tumor; screening; FL; federated; learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Roman Stoklasa, Ph.D., učo 139873. Změněno: 12. 9. 2024 15:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2412317/cs
    2. Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores
      LUX, Filip a Petr MATULA. Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores. In Athens, Greece, IEEE 21th International Symposium on Biomedical Imaging. Athens: IEEE 21th International Symposium on Biomedical Imaging, 2024, s. 1-5. ISBN 979-8-3503-1334-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI56570.2024.10635857.
      Název anglicky: Cell Tracking based on Integer Linear Programming and Probability Scores
      angličtina. Spojené státy.
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Filip Lux, učo 456519. Změněno: 5. 9. 2024 09:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2385779/cs
    3. COMPYDA: An online tool for verifying the similarity of image datasets
      NEČASOVÁ, Tereza, Daniel MÚČKA a David SVOBODA. COMPYDA: An online tool for verifying the similarity of image datasets. Online. In 21st IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. IEEE, 2024, 4 s.
      angličtina. Řecko.
      Klíčová slova anglicky: Web-service; Statistics; Data validation; Image descriptors; Privacy; Augmented data
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: RNDr. Tereza Nečasová, učo 390898. Změněno: 28. 2. 2024 23:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2372158/cs
    4. Generative modeling of living cells with SO(3)-equivariant implicit neural representations
      WIESNER, David, Julian SUK, Sven DUMMER, Tereza NEČASOVÁ, Ulman VLADIMÍR, David SVOBODA a Jelmer WOLTERINK. Generative modeling of living cells with SO(3)-equivariant implicit neural representations. Medical Image Analysis. Netherlands: Elsevier, 2024, roč. 2024, č. 91, s. 102991-103008. ISSN 1361-8415. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.media.2023.102991.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Suk, Julian (528 Nizozemské království) -- Dummer, Sven (528 Nizozemské království) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Vladimír, Ulman (203 Česká republika) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Wolterink, Jelmer (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: cell shape modeling; neural networks; implicit neural representations; signed distance function; generative model; interpolation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. David Wiesner, Ph.D., učo 255597. Změněno: 30. 4. 2024 14:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2324238/cs
    5. Gravitational Cell Detection and Tracking in Fluorescence Microscopy Data
      EFTIMIU, Nikomidisz Jorgosz a Michal KOZUBEK. Gravitational Cell Detection and Tracking in Fluorescence Microscopy Data. Online. In IEEE. 24 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI). Athens, Greece: IEEE, 2024, 5 s. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI56570.2024.10635151.
      Full article on IEEE Xplore
      Název anglicky: Gravitational cell detection and tracking in fluorescence microscopy data
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: Image analysis, cell detection, cell tracking, Cell Tracking Challenge
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Nikomidisz Jorgosz Eftimiu, M.Sc., učo 540988. Změněno: 4. 9. 2024 18:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2369426/cs
    6. MAPHIS-Measuring arthropod phenotypes using hierarchical image segmentations
      MRÁZ, Radoslav, Karel ŠTĚPKA, Matěj PEKÁR, Petr MATULA a Stanislav PEKÁR. MAPHIS-Measuring arthropod phenotypes using hierarchical image segmentations. Methods in Ecology and Evolution. HOBOKEN: WILEY, 2024, roč. 15, č. 1, s. 36-42. ISSN 2041-210X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/2041-210X.14250.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mráz, Radoslav (703 Slovensko, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Pekár, Matěj (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Pekár, Stanislav (703 Slovensko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: arachnids; arthropods; convolutional neural networks; hierarchical segmentation; image analysis; insects; machine vision; morphological traits
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 29. 2. 2024 10:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2338797/cs

    2023

    1. Segmentation and Tracking of Mammary Epithelial Organoids in Brightfield Microscopy
      HRADECKÁ, Lucia, David WIESNER, Jakub SUMBAL, Zuzana SUMBALOVÁ KOLEDOVÁ a Martin MAŠKA. Segmentation and Tracking of Mammary Epithelial Organoids in Brightfield Microscopy. IEEE Transactions on Medical Imaging. 2023, roč. 42, č. 1, s. 281-290. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2022.3210714.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130029 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Hradecká, Lucia (703 Slovensko, domácí) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Sumbal, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Sumbalová Koledová, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: organoid segmentation; organoid tracking; brightfield microscopy; deep learning; image synthesis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 22:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2220797/cs
    2. The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking
      MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, Pablo DELGADO-RODRIGUEZ, Estibaliz GÓMEZ-DE-MARISCAL, Tereza NEČASOVÁ, Fidel A Guerrero PEÑA, Tsang Ing REN, Elliot M MEYEROWITZ, Tim SCHERR, Katharina LÖFFLER, Ralf MIKUT, Tianqi GUO, Yin WANG, Jan P ALLEBACH, Rina BAO, Noor M AL-SHAKARJI, Gani RAHMON, Imad Eddine TOUBAL, Kannappan PALANIAPPAN, Filip LUX, Petr MATULA, Ko SUGAWARA, Klas E G MAGNUSSON, Layton AHO, Andrew R COHEN, Assaf ARBELLE, Tal BEN-HAIM, Tammy Riklin RAVIV, Fabian ISENSEE, Paul F JÄGER, Klaus H MAIER-HEIN, Yanming ZHU, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Erik MEIJERING, Alexandre CUNHA, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. The Cell Tracking Challenge: 10 years of objective benchmarking. Nature Methods. 2023, roč. 20, č. 7, s. 1010-1020. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41592-023-01879-y.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130820 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Delgado-Rodriguez, Pablo (724 Španělsko) -- Gómez-de-Mariscal, Estibaliz (724 Španělsko) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Peña, Fidel A Guerrero (76 Brazílie) -- Ren, Tsang Ing (840 Spojené státy) -- Meyerowitz, Elliot M (840 Spojené státy) -- Scherr, Tim (276 Německo) -- Löffler, Katharina (276 Německo) -- Mikut, Ralf (276 Německo) -- Guo, Tianqi (840 Spojené státy) -- Wang, Yin (840 Spojené státy) -- Allebach, Jan P (840 Spojené státy) -- Bao, Rina (840 Spojené státy) -- Al-Shakarji, Noor M (840 Spojené státy) -- Rahmon, Gani (840 Spojené státy) -- Toubal, Imad Eddine (840 Spojené státy) -- Palaniappan, Kannappan (840 Spojené státy) -- Lux, Filip (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Sugawara, Ko (250 Francie) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Aho, Layton (840 Spojené státy) -- Cohen, Andrew R (840 Spojené státy) -- Arbelle, Assaf (376 Izrael) -- Ben-Haim, Tal (376 Izrael) -- Raviv, Tammy Riklin (376 Izrael) -- Isensee, Fabian (276 Německo) -- Jäger, Paul F (276 Německo) -- Maier-Hein, Klaus H (276 Německo) -- Zhu, Yanming (36 Austrálie) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Urbiola, Ainhoa (724 Španělsko) -- Meijering, Erik (36 Austrálie) -- Cunha, Alexandre (840 Spojené státy) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: cell segmentation;cell tracking;benchmarking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 8. 4. 2024 15:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2285029/cs

    2022

    1. Biomedical Image Synthesis and Simulation - Methods and Applications
      BURGOS, Ninon a David SVOBODA. Biomedical Image Synthesis and Simulation - Methods and Applications. 1st ed. Elsevier, 2022, 674 s. ISBN 978-0-12-824349-7.
      URL
      angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: image synthesis; medical imaging; simulations; biomedical; deep learning
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 3. 2023 15:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1874331/cs
    2. Federated learning enables big data for rare cancer boundary detection
      PATI, Sarthak, Ujjwal BAID, Brandon EDWARDS, Micah SHELLER, Shih-Han WANG, G Anthony REINA, Patrick FOLEY, Alexey GRUZDEV, Deepthi KARKADA, Christos DAVATZIKOS, Chiharu SAKO, Satyam GHODASARA, Michel BILELLO, Suyash MOHAN, Philipp VOLLMUTH, Gianluca BRUGNARA, Chandrakanth J PREETHA, Felix SAHM, Klaus MAIER-HEIN, Maximilian ZENK, Martin BENDSZUS, Wolfgang WICK, Evan CALABRESE, Jeffrey RUDIE, Javier VILLANUEVA-MEYER, Soonmee CHA, Madhura INGALHALIKAR, Manali JADHAV, Umang PANDEY, Jitender SAINI, John GARRETT, Matthew LARSON, Robert JERAJ, Stuart CURRIE, Russell FROOD, Kavi FATANIA, Raymond Y HUANG, Ken CHANG, Carmen Balaña QUINTERO, Jaume CAPELLADES, Josep PUIG, Johannes TRENKLER, Josef PICHLER, Georg NECKER, Andreas HAUNSCHMIDT, Stephan MECKEL, Gaurav SHUKLA, Spencer LIEM, Gregory S ALEXANDER, Joseph LOMBARDO, Joshua D PALMER, Adam E FLANDERS, Adam P DICKER, Haris I SAIR, Craig K JONES, Archana VENKATARAMAN, Meirui JIANG, Tiffany Y SO, Cheng CHEN, Pheng Ann HENG, Qi DOU, Michal KOZUBEK, Filip LUX, Jan MICHÁLEK, Petr MATULA, Miloš KEŘKOVSKÝ, Tereza KOPŘIVOVÁ, Marek DOSTÁL, Václav VYBÍHAL, Michael A VOGELBAUM, J Ross MITCHELL, Joaquim FARINHAS, Joseph A MALDJIAN, Chandan Ganesh Bangalore YOGANANDA, Marco C PINHO, Divya REDDY, James HOLCOMB, Benjamin C WAGNER, Benjamin M ELLINGSON, Timothy F CLOUGHESY, Catalina RAYMOND, Talia OUGHOURLIAN, Akifumi HAGIWARA, Chencai WANG, Minh-Son TO, Sargam BHARDWAJ, Chee CHONG, Marc AGZARIAN, Alexandre Xavier FALCÃO, Samuel B MARTINS, Bernardo C A TEIXEIRA, Flávia SPRENGER, David MENOTTI, Diego R LUCIO, Pamela LAMONTAGNE, Daniel MARCUS, Benedikt WIESTLER, Florian KOFLER, Ivan EZHOV, Marie METZ, Rajan JAIN, Matthew LEE, Yvonne W LUI, Richard MCKINLEY, Johannes SLOTBOOM, Piotr RADOJEWSKI, Raphael MEIER, Roland WIEST, Derrick MURCIA, Eric FU, Rourke HAAS, John THOMPSON, David Ryan ORMOND, Chaitra BADVE, Andrew E SLOAN, Vachan VADMAL, Kristin WAITE, Rivka R COLEN, Linmin PEI, Murat AK, Ashok SRINIVASAN, J Rajiv BAPURAJ, Arvind RAO, Nicholas WANG, Ota YOSHIAKI, Toshio MORITANI, Sevcan TURK, Joonsang LEE, Snehal PRABHUDESAI, Fanny MORÓN, Jacob MANDEL, Konstantinos KAMNITSAS, Ben GLOCKER, Luke V M DIXON, Matthew WILLIAMS, Peter ZAMPAKIS, Vasileios PANAGIOTOPOULOS, Panagiotis TSIGANOS, Sotiris ALEXIOU, Ilias HALIASSOS, Evangelia I ZACHARAKI, Konstantinos MOUSTAKAS, Christina KALOGEROPOULOU, Dimitrios M KARDAMAKIS, Yoon Seong CHOI, Seung-Koo LEE, Jong Hee CHANG, Sung Soo AHN, Bing LUO, Laila POISSON, Ning WEN, Pallavi TIWARI, Ruchika VERMA, Rohan BAREJA, Ipsa YADAV, Jonathan CHEN, Neeraj KUMAR, Marion SMITS, Sebastian R VAN DER VOORT, Ahmed ALAFANDI, Fatih INCEKARA, Maarten M J WIJNENGA, Georgios KAPSAS, Renske GAHRMANN, Joost W SCHOUTEN, Hendrikus J DUBBINK, Arnaud J P E VINCENT, Martin J VAN DEN BENT, Pim J FRENCH, Stefan KLEIN, Yading YUAN, Sonam SHARMA, Tzu-Chi TSENG, Saba ADABI, Simone P NICLOU, Olivier KEUNEN, Ann-Christin HAU, Martin VALLIÈRES, David FORTIN, Martin LEPAGE, Bennett LANDMAN, Karthik RAMADASS, Kaiwen XU, Silky CHOTAI, Lola B CHAMBLESS, Akshitkumar MISTRY, Reid C THOMPSON, Yuriy GUSEV, Krithika BHUVANESHWAR, Anousheh SAYAH, Camelia BENCHEQROUN, Anas BELOUALI, Subha MADHAVAN, Thomas C BOOTH, Alysha CHELLIAH, Marc MODAT, Haris SHUAIB, Carmen DRAGOS, Aly ABAYAZEED, Kenneth KOLODZIEJ, Michael HILL, Ahmed ABBASSY, Shady GAMAL, Mahmoud MEKHAIMAR, Mohamed QAYATI, Mauricio REYES, Ji Eun PARK, Jihye YUN, Ho Sung KIM, Abhishek MAHAJAN, Mark MUZI, Sean BENSON, Regina G H BEETS-TAN, Jonas TEUWEN, Alejandro HERRERA-TRUJILLO, Maria TRUJILLO, William ESCOBAR, Ana ABELLO, Jose BERNAL, Jhon GÓMEZ, Joseph CHOI, Stephen BAEK, Yusung KIM, Heba ISMAEL, Bryan ALLEN, John M BUATTI, Aikaterini KOTROTSOU, Hongwei LI, Tobias WEISS, Michael WELLER, Andrea BINK, Bertrand POUYMAYOU, Hassan F SHAYKH, Joel SALTZ, Prateek PRASANNA, Sampurna SHRESTHA, Kartik M MANI, David PAYNE, Tahsin KURC, Enrique PELAEZ, Heydy FRANCO-MALDONADO, Francis LOAYZA, Sebastian QUEVEDO, Pamela GUEVARA, Esteban TORCHE, Cristobal MENDOZA, Vera FRANCO, Elvis RÍOS, Eduardo LÓPEZ, Sergio A VELASTIN, Godwin OGBOLE, Mayowa SONEYE, Dotun OYEKUNLE, Olubunmi ODAFE-OYIBOTHA, Babatunde OSOBU, Mustapha SHU'AIBU, Adeleye DORCAS, Farouk DAKO, Amber L SIMPSON, Mohammad HAMGHALAM, Jacob J PEOPLES, Ricky HU, Anh TRAN, Danielle CUTLER, Fabio Y MORAES, Michael A BOSS, James GIMPEL, Deepak Kattil VEETTIL, Kendall SCHMIDT, Brian BIALECKI, Sailaja MARELLA, Cynthia PRICE, Lisa CIMINO, Charles APGAR, Prashant SHAH, Bjoern MENZE, Jill S BARNHOLTZ-SLOAN, Jason MARTIN a Spyridon BAKAS. Federated learning enables big data for rare cancer boundary detection. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2022, roč. 13, č. 7346, s. 1-17. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-022-33407-5.
      URL
      Název anglicky: Federated learning enables big data for rare cancer boundary detection
      RIV/00216224:14330/22:00129718 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Lux, Filip (203 Česká republika, domácí) -- Michálek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Keřkovský, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Kopřivová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Dostál, Marek (203 Česká republika, domácí) -- Vybíhal, Václav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical engineering; CNS cancer; Computer science; Medical imaging; Medical research
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 18. 8. 2023 07:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2240109/cs
    3. Implicit Neural Representations for Generative Modeling of Living Cell Shapes
      WIESNER, David, Julian SUK, Sven DUMMER, David SVOBODA a Jelmer WOLTERINK. Implicit Neural Representations for Generative Modeling of Living Cell Shapes. Online. In Linwei Wang, Qi Dou, P. Thomas Fletcher, Stefanie Speidel, Shuo Li. International Conference on Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention. Switzerland: Springer Nature Switzerland, 2022, s. 58-67. ISBN 978-3-031-16439-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-16440-8_6.
      URL
      Název česky: Implicitní neurální reprezentace pro generativní modelování tvaru živých buněk
      RIV/00216224:14330/22:00125774 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Suk, Julian (528 Nizozemské království) -- Dummer, Sven (528 Nizozemské království) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell shape modeling; neural networks; implicit neural representations; signed distance function; generative model; interpolation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 10:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1851540/cs
    4. Review of cell image synthesis for image processing
      ULMAN, Vladimír a David WIESNER. Review of cell image synthesis for image processing. In Ninon Burgos, David Svoboda. Biomedical Image Synthesis and Simulation - Methods and Applications. 1st ed. Neuveden: Elsevier, 2022, s. 447-489. The MICCAI Society book Series. ISBN 978-0-12-824349-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-824349-7.00028-1.
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00126356 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image synthesis; Deep learning; Cell segmentation; Ground-truth data; Biomedical application
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 6. 2. 2023 22:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883441/cs
    5. Validation and evaluation metrics for medical and biomedical image synthesis
      NEČASOVÁ, Tereza, Ninon BURGOS a David SVOBODA. Validation and evaluation metrics for medical and biomedical image synthesis. In Ninon Burgos, David Svoboda. Biomedical Image Synthesis and Simulation - Methods and Applications. 1st ed. Neuveden: Elsevier, 2022, s. 573-600. The MICCAI Society book Series. ISBN 978-0-12-824349-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-824349-7.00032-3.
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00126257 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Nečasová, Tereza (203 Česká republika, garant, domácí) -- Burgos, Ninon (250 Francie) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image synthesis; Image simulation; Similarity;Distance metrics;Image datasets
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 11:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1874640/cs

    2021

    1. The Wavelet-Based Denoising Of Images in Fiji, With Example Applications in Structured Illumination Microscopy
      ČAPEK, Martin, Michaela BLAŽÍKOVÁ, Ivan NOVOTNÝ, Helena CHMELOVÁ, David SVOBODA, Barbora RADOCHOVÁ, Jiří JANÁČEK a Ondrej HORVÁTH. The Wavelet-Based Denoising Of Images in Fiji, With Example Applications in Structured Illumination Microscopy. Image Analysis & Stereology. International Society for Stereology & Image Analysis, 2021, roč. 40, č. 1, s. 3-16. ISSN 1580-3139. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5566/ias.2432.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00121362 Článek v odborném periodiku. angličtina. Slovinsko.
      Čapek, Martin (203 Česká republika) -- Blažíková, Michaela (203 Česká republika) -- Novotný, Ivan (203 Česká republika) -- Chmelová, Helena (203 Česká republika) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Radochová, Barbora (203 Česká republika) -- Janáček, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: discrete wavelet transform; Fiji plugin; image filtration; structured illumination microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 10. 6. 2021 22:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1758062/cs
    2. Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes
      MELNIKOVA, Aleksandra a Petr MATULA. Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes. Online. In The IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Nice: IEEE, 2021, s. 204-207. ISBN 978-1-6654-1246-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI48211.2021.9433867.
      Název anglicky: Topology Preserving Segmentation Fusion for Cells with Complex Shapes
      RIV/00216224:14330/21:00118940 Stať ve sborníku. angličtina.
      Melnikova, Aleksandra (643 Rusko, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Segmentation fusion; Reference annotation; Cell annotation; Shape
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 16. 5. 2022 14:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1762543/cs
    3. Transfer Learning in Optical Microscopy
      KOZLOVSKÝ, Martin, David WIESNER a David SVOBODA. Transfer Learning in Optical Microscopy. Online. In Svoboda D., Burgos N., Wolterink J., Zhao C. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. LNCS 12965. Neuveden: Springer, 2021, s. 77-86. ISBN 978-3-030-87591-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-87592-3_8.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00122077 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Kozlovský, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fluorescence microscopy; Phase-contrast microscopy; GAN; Image synthesis; Machine learning
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2024 16:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1785739/cs

    2020

    1. BIAFLOWS: A Collaborative Framework to Reproducibly Deploy and Benchmark Bioimage Analysis Workflows
      RUBENS, Ulysse, Romain MORMONT, Lassi PAAVOLAINEN, Volker BÄCKER, Benjamin PAVIE, Leandro A. SCHOLZ, Gino MICHIELS, Martin MAŠKA, Devrim ÜNAY, Graeme BALL, Renaud HOYOUX, Rémy VANDAELE, Ofra GOLANI, Stefan G. STANCIU, Natasa SLADOJE, Perrine PAUL-GILLOTEAUX, Raphaël MARÉE a Sébastien TOSI. BIAFLOWS: A Collaborative Framework to Reproducibly Deploy and Benchmark Bioimage Analysis Workflows. Patterns. Cell Press, 2020, roč. 1, č. 3, s. 1-10. ISSN 2666-3899. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.patter.2020.100040.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00115769 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Rubens, Ulysse (56 Belgie) -- Mormont, Romain (56 Belgie) -- Paavolainen, Lassi (246 Finsko) -- Bäcker, Volker (250 Francie) -- Pavie, Benjamin (56 Belgie) -- Scholz, Leandro A. (76 Brazílie) -- Michiels, Gino (56 Belgie) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ünay, Devrim (792 Turecko) -- Ball, Graeme (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Hoyoux, Renaud (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Vandaele, Rémy (56 Belgie) -- Golani, Ofra (376 Izrael) -- Stanciu, Stefan G. (642 Rumunsko) -- Sladoje, Natasa (752 Švédsko) -- Paul-Gilloteaux, Perrine (250 Francie) -- Marée, Raphaël (56 Belgie) -- Tosi, Sébastien (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: image analysis; software benchmarking; deployment; reproducibility; bioimaging; deep learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 5. 2021 05:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1661361/cs
    2. BIAS: Transparent reporting of biomedical image analysis challenges
      MAIER-HEIN, Lena, Annika REINKE, Michal KOZUBEK, Anne L. MARTEL, Tal ARBEL, Matthias EISENMANN, Allan HANBURY, Pierre JANNIN, Henning MÜLLER, Sinan ONOGUR, Julio SAEZ-RODRIGUEZ, Bram VAN GINNEKEN, Annette KOPP-SCHNEIDER a Bennett A. LANDMAN. BIAS: Transparent reporting of biomedical image analysis challenges. Medical Image Analysis. Elsevier, 2020, roč. 66, č. 101796, s. 1-7. ISSN 1361-8415. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.media.2020.101796.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00116355 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Maier-Hein, Lena (276 Německo) -- Reinke, Annika (276 Německo) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Martel, Anne L. (124 Kanada) -- Arbel, Tal (124 Kanada) -- Eisenmann, Matthias (276 Německo) -- Hanbury, Allan (40 Rakousko) -- Jannin, Pierre (250 Francie) -- Müller, Henning (756 Švýcarsko) -- Onogur, Sinan (276 Německo) -- Saez-Rodriguez, Julio (276 Německo) -- van Ginneken, Bram (528 Nizozemské království) -- Kopp-Schneider, Annette (276 Německo) -- Landman, Bennett A. (840 Spojené státy)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical challenges;Good scientific practice;Biomedical image analysis;Guideline
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 12:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1677718/cs
    3. Condensed U-Net (CU-Net): An Improved U-Net Architecture for Cell Segmentation Powered by 4x4 Max-Pooling Layers
      AKBAS, Cem Emre a Michal KOZUBEK. Condensed U-Net (CU-Net): An Improved U-Net Architecture for Cell Segmentation Powered by 4x4 Max-Pooling Layers. Online. In IEEE 17th International Symposium on Biomedical Imaging. Iowa: IEEE, 2020, s. 446-450. ISBN 978-1-5386-9330-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI45749.2020.9098351.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00115503 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Akbas, Cem Emre (792 Turecko, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical Image Segmentation; Convolutional Neural Networks; Deep Learning; Feature Learning; Max Pooling
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 10. 5. 2021 05:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1644098/cs
    4. Image-based Simulations of Tubular Network Formation
      SVOBODA, David a Tereza NEČASOVÁ. Image-based Simulations of Tubular Network Formation. Online. In 17th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Neuveden: IEEE, 2020, s. 1608-1612. ISBN 978-1-5386-9330-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI45749.2020.9098736.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114090 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Light Microscopy; Confocal Microscopy; Fluorescence Microscopy; Cells & molecules; Image synthesis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 12:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1643137/cs
    5. Lactic Acidosis Interferes With Toxicity of Perifosine to Colorectal Cancer Spheroids: Multimodal Imaging Analysis
      PAVLATOVSKÁ, Barbora, Markéta MACHÁLKOVÁ, Petra BRISUDOVÁ, Adam PRUŠKA, Karel ŠTĚPKA, Jan MICHÁLEK, Tereza NEČASOVÁ, Petr BENEŠ, Jan ŠMARDA, Jan PREISLER, Michal KOZUBEK a Jarmila NAVRÁTILOVÁ. Lactic Acidosis Interferes With Toxicity of Perifosine to Colorectal Cancer Spheroids: Multimodal Imaging Analysis. Frontiers in Oncology. Lausanne: Frontiers Media S.A., 2020, roč. 10, December, s. 1-18. ISSN 2234-943X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fonc.2020.581365.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117367 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Pavlatovská, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Machálková, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Brisudová, Petra (703 Slovensko, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Michálek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Šmarda, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Preisler, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Jarmila (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: perifosine; Akt kinase; tumor environment; lactic acidosis; alkalization; signal co-registration; mass spectrometry imaging; colorectal cancer
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 14. 1. 2021 13:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1709996/cs
    6. When Deep Learning Meets Cell Image Synthesis
      KOZUBEK, Michal. When Deep Learning Meets Cell Image Synthesis. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2020, roč. 97, č. 3, s. 222-225. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.23957.
      URL
      angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: cell image synthesis; deep learning; style transfer; generative adversarial networks
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1633798/cs

    2019

    1. A Behavioral Assay to Study Effects of Retinoid Pharmacology on Nervous System Development in a Marine Annelid
      HANDBERG-THORSAGER, Mette, Vladimír ULMAN, Pavel TOMANČÁK, D. ARENDT a M. SCHUBERT. A Behavioral Assay to Study Effects of Retinoid Pharmacology on Nervous System Development in a Marine Annelid. In Swapan K. Ray. Retinoid and Rexinoid Signaling. Springer, 2019, s. 193-207. ISBN 978-1-4939-9584-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-9585-1_14.
      angličtina. Německo.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 24. 10. 2020 23:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686859/cs
    2. Automatic Fusion of Segmentation and Tracking Labels
      AKBAŞ, Cem Emre, Vladimír ULMAN, Martin MAŠKA, Florian JUG a Michal KOZUBEK. Automatic Fusion of Segmentation and Tracking Labels. In Laura Leal-Taixé, Stefan Roth. Computer Vision – ECCV 2018 Workshops. LNCS 11134. Switzerland: Springer Nature, 2019, s. 446-454. ISBN 978-3-030-11023-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-11024-6_34.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107241 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Akbaş, Cem Emre (792 Turecko, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Jug, Florian (276 Německo) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Label fusion; Image annotation; Segmentation labels; Tracking labels
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2020 00:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1490221/cs
    3. CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging
      WIESNER, David, David SVOBODA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. CytoPacq: A web-interface for simulating multi-dimensional cell imaging. Bioinformatics. Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 21, s. 4531-4533. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz417.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107401 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Mathematical modeling; Benchmarking; Cell imaging; Web services
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1530976/cs
    4. Deep-Learning-Based Segmentation of Small Extracellular Vesicles in Transmission Electron Microscopy Images
      GÓMEZ-DE-MARISCAL, Estibaliz, Martin MAŠKA, Anna KOTRBOVÁ, Vendula POSPÍCHALOVÁ, Pavel MATULA a Arrate MUÑOZ-BARRUTIA. Deep-Learning-Based Segmentation of Small Extracellular Vesicles in Transmission Electron Microscopy Images. Scientific Reports. 2019, roč. 9, č. 13211, s. 1-10. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41598-019-49431-3.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107638 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Gómez-de-Mariscal, Estibaliz (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kotrbová, Anna (203 Česká republika, domácí) -- Pospíchalová, Vendula (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: image segmentation;deep learning;smal extracellular vesicles;transmission electron microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 12:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1557819/cs
    5. DIC Image Segmentation of Dense Cell Populations by Combining Deep Learning and Watershed
      LUX, Filip a Petr MATULA. DIC Image Segmentation of Dense Cell Populations by Combining Deep Learning and Watershed. Online. In IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging. Venice, Italy, Italy: IEEE 16th International Symposium on Biomedical Imaging, 2019, s. 236-239. ISBN 978-1-5386-3641-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2019.8759594.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107237 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Lux, Filip (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image Segmentation; Differential Interface Contrast; Convolutional Neural Networks; Watershed
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2020 16:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1488155/cs
    6. Drug Penetration Analysis in 3D Cell Cultures Using Fiducial-Based Semiautomatic Coregistration of MALDI MSI and Immunofluorescence Images
      MACHÁLKOVÁ, Markéta, Barbora PAVLATOVSKÁ, Jan MICHÁLEK, Adam PRUŠKA, Karel ŠTĚPKA, Tereza NEČASOVÁ, Katarzyna Anna RADASZKIEWICZ, Michal KOZUBEK, Jan ŠMARDA, Jan PREISLER a Jarmila NAVRÁTILOVÁ. Drug Penetration Analysis in 3D Cell Cultures Using Fiducial-Based Semiautomatic Coregistration of MALDI MSI and Immunofluorescence Images. Analytical Chemistry. American Chemical Society, 2019, roč. 91, č. 21, s. 13475-13484. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.9b02462.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00111447 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Machálková, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Pavlatovská, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Michálek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Pruška, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Radaszkiewicz, Katarzyna Anna (616 Polsko, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Šmarda, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Preisler, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Jarmila (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MALDI MSI; LSCM; IHC; multimodal imaging; spheroids; coregistration; image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Jan Preisler, Ph.D., učo 45329. Změněno: 16. 4. 2020 11:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1583136/cs
    7. Fast and accurate compensation of signal offset for T2 mapping
      MICHÁLEK, Jan, Pavla HANZLÍKOVÁ, Tuan TRINH a Dalibor PACÍK. Fast and accurate compensation of signal offset for T2 mapping. Magnetic Resonance Materials in Physics, Biology and Medicine. Springer International Publishing, 2019, roč. 32, č. 4, s. 423-436. ISSN 0968-5243. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10334-019-00737-3.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00109168 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Michálek, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hanzlíková, Pavla (203 Česká republika) -- Trinh, Tuan (203 Česká republika, domácí) -- Pacík, Dalibor (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Algorithms; Least-squares analysis; Software
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 15. 4. 2020 13:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1498876/cs
    8. On Generative Modeling of Cell Shape Using 3D GANs
      WIESNER, David, Tereza NEČASOVÁ a David SVOBODA. On Generative Modeling of Cell Shape Using 3D GANs. Online. In Ricci Elisa, Rota Buló Samuel, Snoek Cees, Lanz Oswald, Messelodi Stefano, Sebe Nicu. Image Analysis and Processing – ICIAP 2019. LNCS 11752. Trento: Springer, 2019, s. 672-682. ISBN 978-3-030-30644-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-30645-8_61.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107522 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Wiesner, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image-based Simulations; 3D GAN; Training Stability; Microscopy Data; Digital Cell Shape
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. David Wiesner, Ph.D., učo 255597. Změněno: 11. 1. 2023 14:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1546941/cs
    9. Quantitative Assessment of Anti-Cancer Drug Efficacy From Coregistered Mass Spectrometry and Fluorescence Microscopy Images of Multicellular Tumor Spheroids
      MICHÁLEK, Jan, Karel ŠTĚPKA, Michal KOZUBEK, Jarmila NAVRÁTILOVÁ, Barbora PAVLATOVSKÁ, Markéta MACHÁLKOVÁ, Jan PREISLER a Adam PRUŠKA. Quantitative Assessment of Anti-Cancer Drug Efficacy From Coregistered Mass Spectrometry and Fluorescence Microscopy Images of Multicellular Tumor Spheroids. Microscopy and Microanalysis. Cambridge University Press, 2019, roč. 25, č. 6, s. 1311-1322. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927619014983.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00110913 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Michálek, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Navrátilová, Jarmila (203 Česká republika, domácí) -- Pavlatovská, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Machálková, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Preisler, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Pruška, Adam (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: confocal microscopy; image registration; MALDI MS; mass spectrometry imaging; peeling
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 15. 1. 2021 08:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1567999/cs
    10. TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images
      KOTRBOVÁ, Anna, Karel ŠTĚPKA, Martin MAŠKA, Juraj PÁLENIK, Ladislav ILKOVICS, Dobromila KLEMOVÁ, Marek KRAVEC, František HUBATKA, Zankruti DAVE, Aleš HAMPL, Vítězslav BRYJA, Pavel MATULA a Vendula POSPÍCHALOVÁ. TEM ExosomeAnalyzer: a computer-assisted software tool for quantitative evaluation of extracellular vesicles in transmission electron microscopy images. Journal of Extracellular Vesicles. Taylor and Francis Ltd., 2019, roč. 8, č. 1, s. 1-13. ISSN 2001-3078. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/20013078.2018.1560808.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00107476 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kotrbová, Anna (203 Česká republika, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Pálenik, Juraj (703 Slovensko, domácí) -- Ilkovics, Ladislav (203 Česká republika, domácí) -- Klemová, Dobromila (203 Česká republika, domácí) -- Kravec, Marek (703 Slovensko, domácí) -- Hubatka, František (203 Česká republika) -- Dave, Zankruti (356 Indie, domácí) -- Hampl, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Bryja, Vítězslav (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Pospíchalová, Vendula (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Exosome; cryo-electron microscopy; extracellular vesicles; image analysis; morphological seeded watershed; negative staining; segmentation; semi-automatic detection; size distribution profile; transmission electron microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1542776/cs
    11. The Effect of Uncoated SPIONs on hiPSC-Differentiated Endothelial Cells
      ŠALINGOVÁ, Barbara, Pavel ŠIMARA, Pavel MATULA, Lenka ZAJÍČKOVÁ, Petr SYNEK, Ondřej JAŠEK, Lenka VEVERKOVÁ, Miroslava SEDLÁČKOVÁ, Zuzana NICHTOVA a Irena KOUTNÁ. The Effect of Uncoated SPIONs on hiPSC-Differentiated Endothelial Cells. International Journal of Molecular Sciences. BASEL: Molecular Diversity Preservation International, 2019, roč. 20, č. 14, s. 1-16. ISSN 1422-0067. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/ijms20143536.
      URL
      RIV/00216224:14110/19:00108522 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Šalingová, Barbara (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Zajíčková, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Synek, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Jašek, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Veverková, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Sedláčková, Miroslava (203 Česká republika, domácí) -- Nichtova, Zuzana (703 Slovensko) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: superparamagnetic iron-oxide nanoparticles; human induced pluripotent stem cell-derived endothelial cells; reprogramming; differentiation; mature endothelial cells
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 11. 10. 2022 12:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1568956/cs
    12. Toward Robust Fully 3D Filopodium Segmentation and Tracking in Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      MAŠKA, Martin, Tereza NEČASOVÁ, David WIESNER, Dmitry SOROKIN, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN a David SVOBODA. Toward Robust Fully 3D Filopodium Segmentation and Tracking in Time-Lapse Fluorescence Microscopy. Online. In 26th IEEE International Conference on Image Processing. Taipei: IEEE, 2019, s. 819-823. ISBN 978-1-5386-6249-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2019.8803721.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107396 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Wiesner, David (203 Česká republika, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Benchmark dataset; synthetic image data; filopodium segmentation; filopodium tracking
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2020 16:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1530536/cs
    13. Visual and Quantitative Comparison of Real and Simulated Biomedical Image Data
      NEČASOVÁ, Tereza a David SVOBODA. Visual and Quantitative Comparison of Real and Simulated Biomedical Image Data. In Laura Leal-Taixé, Stefan Roth. Computer Vision – ECCV 2018 Workshops. LNCS 11134. Munich, Germany: Springer, 2019, s. 385-394. ISBN 978-3-030-11023-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-11024-6_28.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107168 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Feature comparison; Validation of simulation; Statistical evaluation; Similarity visualisation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1427778/cs
    14. 3-D Quantification of Filopodia in Motile Cancer Cells
      CASTILLA, Carlos, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Erik MEIJERING a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. 3-D Quantification of Filopodia in Motile Cancer Cells. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE, 2019, roč. 38, č. 3, s. 862-872. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2018.2873842.
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00107178 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Castilla, Carlos (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Filopodium segmentation and tracking;actin cytoskeleton;confocal microscopy;3D skeletonization;Chan-Vese model;convolutional neural network;deep learning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 12. 4. 2020 08:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1442158/cs

    2018

    1. FiloGen: A Model-Based Generator of Synthetic 3-D Time-Lapse Sequences of Single Motile Cells with Growing and Branching Filopodia
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Tereza NEČASOVÁ, Katsiarina MORGAENKO, Lívia EISELLEOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Martin MAŠKA. FiloGen: A Model-Based Generator of Synthetic 3-D Time-Lapse Sequences of Single Motile Cells with Growing and Branching Filopodia. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE, 2018, roč. 37, č. 12, s. 2630-2641. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2018.2845884.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101012 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Morgaenko, Katsiarina (112 Bělorusko, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: simulation;3D time-lapse sequence;synthetic cell;cell deformation;filopodium evolution
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1420978/cs
    2. How to Exploit Weaknesses in Biomedical Challenge Design and Organization
      REINKE, Annika, Matthias EISENMANN, Sinan ONOGUR, Marko STANKOVIC, Patrick SCHOLZ, Peter M FULL, Hrvoje BOGUNOVIC, Bennett A LANDMAN, Oskar MAIER, Bjoern MENZE, Gregory C SHARP, Korsuk SIRINUKUNWATTANA, Stefanie SPEIDEL, Fons VAN DER SOMMEN, Guoyan ZHENG, Henning MÜLLER, Michal KOZUBEK, Tal ARBEL, Andrew P BRADLEY, Pierre JANNIN, Annette KOPP-SCHNEIDER a Lena MAIER-HEIN. How to Exploit Weaknesses in Biomedical Challenge Design and Organization. In Alejandro F. Frangi, Julia A. Schnabel, Christos Davatzikos, Carlos Alberola-López, Gabor Fichtinger. Medical Image Computing and Computer Assisted Intervention – MICCAI 2018. LNCS 11073. Cham (Switzerland): Springer, 2018, s. 388-395. ISBN 978-3-030-00936-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00937-3_45.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00104381 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biomedical image analysis; benchmarking
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2020 20:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1464318/cs
    3. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Multiple Mutually Interacting Motile Cells with Filopodia
      PETERLÍK, Igor, David SVOBODA, Vladimír ULMAN, Dmitry SOROKIN a Martin MAŠKA. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Multiple Mutually Interacting Motile Cells with Filopodia. Online. In Simulation and Synthesis in Medical Imaging. Cham: Springer, 2018, s. 71-79. ISBN 978-3-030-00535-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8_8.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101086 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; 3D time-lapse sequence; Cell deformation; Cell interaction; Filopodia
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 9. 8. 2019 13:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1424876/cs
    4. Non-rigid Contour-Based Registration of Cell Nuclei in 2-D Live Cell Microscopy Images Using a Dynamic Elasticity Model
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Marco TEKTONIDIS, Karl ROHR a Pavel MATULA. Non-rigid Contour-Based Registration of Cell Nuclei in 2-D Live Cell Microscopy Images Using a Dynamic Elasticity Model. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE, 2018, roč. 37, č. 1, s. 173-184. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2017.2734169.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00100697 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Tektonidis, Marco (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Elasticity; Deformable models; Mathematical model; Microscopy; Dynamics; Image sequences; Image registration; Biomedical image analysis; microscopy; image sequence analysis; registration; elasticity; contour-based registration
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1367390/cs
    5. Replication of ribosomal DNA in Arabidopsis occurs both inside and outside the nucleolus during S phase progression
      DVOŘÁČKOVÁ, Martina, B. RAPOSO, Petr MATULA, J. FUCHS, V. SCHUBERT, Vratislav PEŠKA, B. DESVOYES, C. GUTIERREZ a Jiří FAJKUS. Replication of ribosomal DNA in Arabidopsis occurs both inside and outside the nucleolus during S phase progression. Journal of Cell Science. Cambridge: Company of Biologists Ltd., 2018, roč. 131, č. 2, s. nestránkováno, 12 s. ISSN 0021-9533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1242/jcs.202416.
      URL
      RIV/00216224:14740/18:00100849 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Dvořáčková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Raposo, B. (724 Španělsko) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Fuchs, J. (276 Německo) -- Schubert, V. (276 Německo) -- Peška, Vratislav (203 Česká republika, domácí) -- Desvoyes, B. (724 Španělsko) -- Gutierrez, C. (724 Španělsko) -- Fajkus, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: A. thaliana rDNA; Replication; Nucleolus; Flow cytometry; Structured illumination microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 19. 3. 2019 09:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1410141/cs
    6. Reprogramming of Adult Peripheral Blood Cells into Human Induced Pluripotent Stem Cells as a Safe and Accessible Source of Endothelial Cells.
      ŠIMARA, Pavel, Lenka TESAŘOVÁ, Daniela ŘEHÁKOVÁ, Šimon FARKAŠ, Barbara ŠALINGOVÁ, Kateřina KUTÁLKOVÁ, Eva VAVREČKOVÁ, Pavel MATULA, Petr MATULA, Lenka VEVERKOVÁ a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Reprogramming of Adult Peripheral Blood Cells into Human Induced Pluripotent Stem Cells as a Safe and Accessible Source of Endothelial Cells. Stem Cells and Development. Mary Ann Liebert, Inc. publishers, 2018, roč. 27, č. 1, s. 10-22. ISSN 1547-3287. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/scd.2017.0132.
      URL
      Název anglicky: Reprogramming of Adult Peripheral Blood Cells into Human Induced Pluripotent Stem Cells as a Safe and Accessible Source of Endothelial Cells.
      RIV/00216224:14330/18:00100772 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Řeháková, Daniela (203 Česká republika, domácí) -- Farkaš, Šimon (703 Slovensko, domácí) -- Šalingová, Barbara (703 Slovensko, domácí) -- Kutálková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Vavrečková, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Veverková, Lenka (203 Česká republika) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: induced pluripotent stem cells; endothelial differentiation; peripheral blood mononuclear cells
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 16:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401784/cs
    7. Segmentation of Actin-Stained 3D Fluorescent Cells with Filopodial Protrusions using Convolutional Neural Networks
      CASTILLA, Carlos, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Erik MEIJERING a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. Segmentation of Actin-Stained 3D Fluorescent Cells with Filopodial Protrusions using Convolutional Neural Networks. Online. In 15th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Washington: IEEE, 2018, s. 413-417. ISBN 978-1-5386-3636-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2018.8363605.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00100837 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Castilla, Carlos (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Cell segmentation; Convolutional Neural Networks; Chan-Vese model; Filopodia
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1409298/cs
    8. Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model
      SVOBODA, David, Tereza NEČASOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ a Pavel ŠIMARA. Tubular Network Formation Process Using 3D Cellular Potts Model. In Gooya A., Goksel O., Oguz I., Burgos N. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. LNCS 11037. Neuveden: Springer, 2018, s. 90-99. ISBN 978-3-030-00535-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-00536-8_10.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101094 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nečasová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D cellular Potts model; Virtual cell; Volumetric image data; Network formation; Fractal dimension; Lacunarity
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1426797/cs
    9. Why rankings of biomedical image analysis competitions should be interpreted with care
      MAIER-HEIN, Lena, Matthias EISENMANN, Annika REINKE, Sinan ONOGUR, Marko STANKOVIC, Patrick SCHOLZ, Tal ARBEL, Hrvoje BOGUNOVIC, Andrew BRADLEY, Aaron CARASS, Carolin FELDMANN, Alejandro FRANGI, Peter FULL, Bram VAN GINNEKEN, Allan HANBURY, Katrin HONAUER, Michal KOZUBEK, Bennett LANDMAN, Keno MÄRZ, Oskar MAIER, Klaus MAIER-HEIN, Bjoern MENZE, Henning MÜLLER, Peter NEHER, Wiro NIESSEN, Nasir RAJPOOT, Gregory SHARP, Korsuk SIRINUKUNWATTANA, Stefanie SPEIDEL, Christian STOCK, Danail STOYANOV, Abdel Aziz TAHA, Fons VAN DER SOMMEN, Ching-Wei WANG, Marc-André WEBER, Guoyan ZHENG, Pierre JANNIN a Annette KOPP-SCHNEIDER. Why rankings of biomedical image analysis competitions should be interpreted with care. Nature Communications. Nature Publishing Group, 2018, roč. 9, č. 5217, s. 1-13. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-018-07619-7.
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00101338 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biomedical image analysis; benchmarking; challenge
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 12. 2018 08:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1466456/cs

    2017

    1. An objective comparison of cell-tracking algorithms
      ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1141-1152. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473.
      URL
      Název česky: Objektivní porovnání algoritmů pro sledování buněk
      Název anglicky: An objective comparison of cell-tracking algorithms
      RIV/00216224:14330/17:00095272 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Ronneberger, Olaf (276 Německo) -- Haubold, Carsten (276 Německo) -- Harder, Nathalie (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Radojevic, Miroslav (528 Nizozemské království) -- Smal, Ihor (528 Nizozemské království) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Jaldén, Joakim (752 Švédsko) -- Blau, Helen M (752 Švédsko) -- Dzyubachyk, Oleh (528 Nizozemské království) -- Lelieveldt, Boudewijn (528 Nizozemské království) -- Xiao, Pengdong (156 Čína) -- Li, Yuexiang (156 Čína) -- Cho, Siu-Yeung (156 Čína) -- Dufour, Alexandre C (250 Francie) -- Olivo-Marin, Jean-Christophe (250 Francie) -- Reyes-Aldasoro, Constantino C (724 Španělsko) -- Solis-Lemus, Jose A (724 Španělsko) -- Bensch, Robert (276 Německo) -- Brox, Thomas (276 Německo) -- Stegmaier, Johannes (276 Německo) -- Mikut, Ralf (276 Německo) -- Wolf, Steffen (276 Německo) -- Hamprecht, Fred A (276 Německo) -- Esteves, Tiago (620 Portugalsko) -- Quelhas, Pedro (620 Portugalsko) -- Demirel, Ömer (756 Švýcarsko) -- Malmström, Lars (752 Švédsko) -- Jug, Florian (276 Německo) -- Tomancak, Pavel (276 Německo) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Cell migration; Image processing
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399989/cs
    2. Correlation-based 2D Registration Method for Single Particle Cryo-EM Images
      ANOSHINA, Nadezhda A., Andrey S. KRYLOV a Dmitry SOROKIN. Correlation-based 2D Registration Method for Single Particle Cryo-EM Images. Online. In Seventh International Conference on Image Processing Theory, Tools and Applications (IPTA), 2017. Montreal: IEEE, 2017, s. 1-6. ISBN 978-1-5386-1842-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/IPTA.2017.8310125.
      RIV/00216224:14330/17:00102166 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Anoshina, Nadezhda A. (643 Rusko) -- Krylov, Andrey S. (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Image registration; cryo-electron microscopy; cryo-EM particle alignment
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2019 06:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1401861/cs
    3. DNA double-strand breaks in human induced pluripotent stem cell reprogramming and long-term in vitro culturing
      ŠIMARA, Pavel, Lenka TESAŘOVÁ, Daniela ŘEHÁKOVÁ, Pavel MATULA, Stanislav STEJSKAL, Aleš HAMPL a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. DNA double-strand breaks in human induced pluripotent stem cell reprogramming and long-term in vitro culturing. Stem Cell Research & Therapy. Springer Nature, 2017, roč. 8, č. 73, s. 1-13. ISSN 1757-6512. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13287-017-0522-5.
      URL
      Název anglicky: DNA double-strand breaks in human induced pluripotent stem cell reprogramming and long-term in vitro culturing
      RIV/00216224:14330/17:00094705 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Německo.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Řeháková, Daniela (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Hampl, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Human induced pluripotent stem cells; DNA double-strand breaks; gammaH2AX; 53BP1; Long-term in vitro culture; DNA repair
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1377715/cs
    4. FTutor: An Interactive Guide to the Fundamentals of Frequency Analysis
      SEČKÁŘ, Petr a David SVOBODA. FTutor: An Interactive Guide to the Fundamentals of Frequency Analysis. Computer Applications in Engineering Education. Wiley, 2017, roč. 25, č. 3, s. 508-520. ISSN 1061-3773. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cae.21817.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00096147 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Sečkář, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fourier transform; Computer-assisted education; Portability; Usability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:33.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1372324/cs
    5. Hematopoietic developmental potential of human pluripotent stem cell lines is accompanied by the morphology of embryoid bodies and the expression of endodermal and hematopoietic markers
      TESAŘOVÁ, Lenka, Pavel ŠIMARA, Stanislav STEJSKAL a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Hematopoietic developmental potential of human pluripotent stem cell lines is accompanied by the morphology of embryoid bodies and the expression of endodermal and hematopoietic markers. Cellular Reprogramming. 2017, roč. 19, č. 4, s. 270-284. ISSN 2152-4971. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1089/cell.2016.0042.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00094855 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: pluripotent stem cells; hematopoietic differentiation; embryoid bodies; cytokines; hematopoietic stem cells
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 27. 1. 2021 11:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1386060/cs
    6. Characterization of three-dimensional cancer cell migration in mixed collagen-Matrigel scaffolds using microfluidics and image analysis
      ANGUIANO, María, Carlos CASTILLA, Martin MAŠKA, Cristina EDERRA, Rafael PELÁEZ, Xabier MORALES, Gorka MUÑOZ-ARRIETA, Maite MUJIKA, Michal KOZUBEK, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Ana ROUZAUT, Sergio ARANA, José Manuel GARCIA-AZNAR a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. Characterization of three-dimensional cancer cell migration in mixed collagen-Matrigel scaffolds using microfluidics and image analysis. PLoS ONE. 2017, roč. 12, č. 2, s. 1-24. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0171417.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00094626 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Maďarsko.
      Anguiano, María (724 Španělsko) -- Castilla, Carlos (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Peláez, Rafael (724 Španělsko) -- Morales, Xabier (724 Španělsko) -- Muñoz-Arrieta, Gorka (724 Španělsko) -- Mujika, Maite (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Rouzaut, Ana (724 Španělsko) -- Arana, Sergio (724 Španělsko) -- Garcia-Aznar, José Manuel (724 Španělsko) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: cancer; cell migration; basement membrane; cancer invasion; hydrogel; Matrigel; microfluidic devices; cell tracking; mechanobiology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 12:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1371657/cs
    7. Image-based surrogate biomarkers for molecular subtypes of colorectal cancer
      POPOVICI, Vlad, Eva BUDINSKÁ, Ladislav DUŠEK, Michal KOZUBEK a Fred BOSMAN. Image-based surrogate biomarkers for molecular subtypes of colorectal cancer. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 33, č. 13, s. 2002-2009. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btx027.
      Název anglicky: Image-based surrogate biomarkers for molecular subtypes of colorectal cancer
      RIV/00216224:14310/17:00097868 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Popovici, Vlad (642 Rumunsko, garant, domácí) -- Budinská, Eva (703 Slovensko, domácí) -- Dušek, Ladislav (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Bosman, Fred (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: digital pathology; bioinformatics; molecular subtypes
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 5. 4. 2018 11:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392199/cs
    8. MitoGen: A Framework for Generating 3D Synthetic Time-Lapse Sequences of Cell Populations in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. MitoGen: A Framework for Generating 3D Synthetic Time-Lapse Sequences of Cell Populations in Fluorescence Microscopy. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 2017, roč. 36, č. 1, s. 310-321. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2016.2606545.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00094555 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Molecular and cellular imaging; Microscopy; Cell; Image synthesis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 11:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1354015/cs
    9. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia
      SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN, David SVOBODA a Martin MAŠKA. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia. Online. In 14th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Melbourne: IEEE, 2017, s. 822-826. ISBN 978-1-5090-1172-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2017.7950644.
      URL
      Název anglicky: Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia
      RIV/00216224:14330/17:00094698 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; 3D time-lapse sequence; synthetic cell; cell deformation; filopodium evolution
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2018 11:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1376851/cs
    10. Multimodal Simulations in Live Cell Imaging
      SVOBODA, David a Michal KOZUBEK. Multimodal Simulations in Live Cell Imaging. In Tsaftaris S., Gooya A., Frangi A., Prince J. Simulation and Synthesis in Medical Imaging. LNCS 10557. Neuveden: Springer, 2017, s. 89-98. ISBN 978-3-319-68126-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-68127-6_10.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095035 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Kanada.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Cellular Potts model; Volumetric image data; Multimodal simulation Cell imaging
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2018 10:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1391582/cs
    11. Particle Tracking Accuracy Measurement Based on Comparison of Linear Oriented Forests
      MAŠKA, Martin a Pavel MATULA. Particle Tracking Accuracy Measurement Based on Comparison of Linear Oriented Forests. Online. In 16th IEEE International Conference on Computer Vision Workshops. Venice: IEEE, 2017, s. 11-17. ISBN 978-1-5386-1034-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICCVW.2017.8.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095219 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: particle tracking;linear oriented forest;performance evaluation
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1397242/cs

    2016

    1. Advanced Image Acquisition and Analytical Techniques for Studies of Living Cells and Tissue Sections
      FRANEK, Michal, Jana SUCHÁNKOVÁ, Petra ŘEZNÍČKOVÁ-PODLOUČKOVÁ, Jana KREJČÍ, Soňa LEGARTOVÁ, Stanislav KOZUBEK, J VEČEŘA, Dmitry SOROKIN a Eva BÁRTOVÁ. Advanced Image Acquisition and Analytical Techniques for Studies of Living Cells and Tissue Sections. Microscopy and Microanalysis. Saarbrücken: Cambridge University Press, 2016, roč. 22, č. 2, s. 326-341. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927616000052.
      URL
      angličtina.
      Klíčová slova anglicky: Live-cell studies; microscopy; fluorescent proteins; chromatin; tissue sections
      Změnila: Mgr. Jana Suchánková, Ph.D., učo 323947. Změněno: 27. 7. 2016 15:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350497/cs
    2. Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy
      ŠTĚPKA, Karel, Martin MAŠKA, Jakub Jozef PÁLENIK, Vendula POSPÍCHALOVÁ, Anna KOTRBOVÁ, Ladislav ILKOVICS, Dobromila KLEMOVÁ, Aleš HAMPL, Vítězslav BRYJA a Pavel MATULA. Automatic Detection and Segmentation of Exosomes in Transmission Electron Microscopy. In Gang Hua, Hervé Jégou. Computer Vision -- ECCV 2016 Workshops: Amsterdam, The Netherlands, October 8-10 and 15-16, 2016, Proceedings, Part I. Cham, Switzerland: Springer International Publishing, 2016, s. 318-325. ISBN 978-3-319-46603-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23.
      http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46604-0_23
      RIV/00216224:14330/16:00091584 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Pálenik, Jakub Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Pospíchalová, Vendula (203 Česká republika, domácí) -- Kotrbová, Anna (203 Česká republika) -- Ilkovics, Ladislav (203 Česká republika, domácí) -- Klemová, Dobromila (203 Česká republika, domácí) -- Hampl, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Bryja, Vítězslav (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Exosome; Detection; Segmentation; Transmission electron microscopy; Image processing
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 7. 4. 2017 17:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1359762/cs
    3. Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints
      KONDRAT'EV, Alexandr a Dmitry SOROKIN. Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints. Online. In IEEE 23rd International Conference on Pattern Recognition (ICPR). Not specified: IEEE, 2016, s. 326-331. ISBN 978-1-5090-4846-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICPR.2016.7899655.
      Název anglicky: Automatic Detection of Laser-Induced Structures in Live Cell Fluorescent Microscopy Images Using Snakes with Geometric Constraints
      RIV/00216224:14330/16:00088097 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kondrat'ev, Alexandr (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biological image and signal analysis; Biologically motivated vision; Segmentation features and descriptors
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 8. 2024 17:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352254/cs
    4. DNA double strand breaks detection in pluripotent stem cells with regard to cell cycle stages
      ŠIMARA, Pavel, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Daniela ŘEHÁKOVÁ a Pavel MATULA. DNA double strand breaks detection in pluripotent stem cells with regard to cell cycle stages. In ISSCR 2016 Annual Meeting. 2016.
      Poster abstract book ISSCR 2016
      Název anglicky: DNA double strand breaks detection in pluripotent stem cells with regard to cell cycle stages
      RIV/00216224:14330/16:00088039 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Řeháková, Daniela (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: hiPSC - reprogramming - genomic stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 09:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350040/cs
    5. Challenges and Benchmarks in Bioimage Analysis
      KOZUBEK, Michal. Challenges and Benchmarks in Bioimage Analysis. Online. In DeVos WH, Munck S, Timmermans JP. Focus on Bio-Image Informatics. Berlin: Springer, 2016, s. 231-262. Advances in Anatomy, Embryology and Cell Biology 219. ISBN 978-3-319-28547-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-28549-8_9.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00087744 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. Informatika. angličtina. Německo.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: bioimaging; image analysis; benchmark; challenge
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 13:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1318626/cs
    6. Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells
      LEGARTOVÁ, Soňa, Petra ŘEZNÍČKOVÁ-PODLOUČKOVÁ, Barbora MALYŠKOVÁ, Thomas KÜNTZIGER, Philippe COLLAS, Dušan CMARKO, Ivan RAŠKA, Dmitry SOROKIN, Stanislav KOZUBEK a Eva BÁRTOVÁ. Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells. Journal of Cellular Biochemistry [IF=2.778 (1990)]. Wiley-Liss, 2016, roč. 117, č. 11, s. 2583-2596. ISSN 0730-2312. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/jcb.25551.
      Název anglicky: Localized Movement and Levels of 53BP1 Protein Are Changed by gamma-irradiation in PML Deficient Cells
      RIV/00216224:14330/16:00087865 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Řezníčková-Podloučková, Petra (203 Česká republika) -- Malyšková, Barbora (203 Česká republika) -- Küntziger, Thomas (578 Norsko) -- Collas, Philippe (578 Norsko) -- Cmarko, Dušan (203 Česká republika) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA REPAIR; 53BP1 PROTEIN; PML BODIES; HISTONE MODIFICATIONS; MICROSCOPY; PHOTOBLEACHING
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1340931/cs
    7. RNA-dependent disassembly of nuclear bodies
      MUSINOVA, Yana R., Olga M. LISITSYNA, Dmitry SOROKIN, Eugene A. ARIFULIN, Tatiana A. SMIRNOVA, Roman A. ZINOVKIN, Daria M. POTASHNIKOVA, Yegor S. VASSETZKY a Eugene V. SHEVAL. RNA-dependent disassembly of nuclear bodies. Journal of Cell Science. The Company of Biologists Ltd., 2016, roč. 129, č. 24, s. 4509-4520. ISSN 0021-9533. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1242/jcs.189142.
      Název anglicky: RNA-dependent disassembly of nuclear bodies
      RIV/00216224:14330/16:00087720 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Musinova, Yana R. (643 Rusko) -- Lisitsyna, Olga M. (643 Rusko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Arifulin, Eugene A. (643 Rusko) -- Smirnova, Tatiana A. (643 Rusko) -- Zinovkin, Roman A. (643 Rusko) -- Potashnikova, Daria M. (643 Rusko) -- Vassetzky, Yegor S. (643 Rusko) -- Sheval, Eugene V. (643 Rusko)
      Klíčová slova anglicky: Nuclear bodies; Nucleolus; Interphase prenucleolar body; pre-rRNA; B23; NPM1; Self-organization
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1232676/cs
    8. Texture Analysis of 3D Fluorescence Microscopy Images Using RSurf 3D Features
      STOKLASA, Roman a Tomáš MAJTNER. Texture Analysis of 3D Fluorescence Microscopy Images Using RSurf 3D Features. Online. In International Symposium on Biomedical Imaging (ISBI'16). Los Alamitos, California: IEEE Computer Society, 2016, s. 1212-1216. ISBN 978-1-4799-2350-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2016.7493484.
      RIV/00216224:14330/16:00087753 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Stoklasa, Roman (703 Slovensko, garant, domácí) -- Majtner, Tomáš (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: RSurf features;HeLa cell images;object recognition;classification;fluorescence microscopy
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1322011/cs
    9. The Aberrant DNA Methylation Profile of Human Induced Pluripotent Stem Cells Is Connected to the Reprogramming Process and Is Normalized During In Vitro Culture
      TESAŘOVÁ, Lenka, Pavel ŠIMARA, Stanislav STEJSKAL a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. The Aberrant DNA Methylation Profile of Human Induced Pluripotent Stem Cells Is Connected to the Reprogramming Process and Is Normalized During In Vitro Culture. PLOS ONE. Public Library of Science, 2016, roč. 11, č. 6, s. nestránkováno, 16 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0157974.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00088006 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: pluripotent stem cells; DNA methylation; MethylScreen technology; CpG islands; pluripotency and differentiation markers
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 8. 2. 2021 15:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348695/cs
    10. The role of the endoplasmic reticulum stress in stemness, pluripotency and development
      KRATOCHVÍLOVÁ, Kateřina, Lukáš MORÁŇ, Stanislava PAĎOUROVÁ, Stanislav STEJSKAL, Lenka TESAŘOVÁ, Pavel ŠIMARA, Aleš HAMPL, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ a Petr VAŇHARA. The role of the endoplasmic reticulum stress in stemness, pluripotency and development. European Journal of Cell Biology. Jena: Elsevier GMBH, 2016, roč. 95, 3-5, s. 115-123. ISSN 0171-9335. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ejcb.2016.02.002.
      URL
      RIV/00216224:14110/16:00088011 Článek v odborném periodiku. Morfologické obory a cytologie. angličtina. Německo.
      Kratochvílová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Moráň, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Paďourová, Stanislava (703 Slovensko, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Hampl, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, domácí) -- Vaňhara, Petr (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Endoplasmic reticulum stress; Unfolded protein response; Embryonic stem cells; Pluripotency; Development
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 8. 2. 2021 14:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348828/cs
    11. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Peter KOVÁČ, Barbara ŠALINGOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ a Petr MATULA. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model. In 2016 IEEE International Conference on Image Processing. Piscataway, NJ, USA: IEEE Signal Processing Society, 2016, s. 3180-3183. ISBN 978-1-4673-9961-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2016.7532946.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00087993 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Kováč, Peter (703 Slovensko, domácí) -- Šalingová, Barbara (703 Slovensko, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Synthetic image formation; Vascular network; Cellular Potts model; Angiogenesis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019. Změněno: 12. 2. 2018 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348198/cs
    12. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry
      ULMAN, Vladimír, David SVOBODA, Matti NYKTER, Michal KOZUBEK a Pekka RUUSUVUORI. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2016, roč. 89A, č. 12, s. 1057-1072. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.23031.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00088328 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Nykter, Matti (246 Finsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ruusuvuori, Pekka (246 Finsko)
      Klíčová slova anglicky: cell imaging; virtual imaging; simulation; digital cell; cell model; digital phantom; ground truth; validation; image cytometry
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 11. 10. 2021 12:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360376/cs

    2015

    1. Automated Cell Segmentation in Phase-Contrast Images based on Classification and Region Growing
      STOKLASA, Roman, Lukáš BÁLEK, Pavel KREJČÍ a Petr MATULA. Automated Cell Segmentation in Phase-Contrast Images based on Classification and Region Growing. In Proceedings of 2015 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, 2015. Neuveden: Engineering in Medicine and Biology Society, 2015, s. 1447-1451. ISBN 978-1-4799-2374-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2015.7164149.
      URL
      Název anglicky: Automated Cell Segmentation in Phase-Contrast Images based on Classification and Region Growing
      RIV/00216224:14330/15:00082559 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Stoklasa, Roman (703 Slovensko, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: phase-contrast microscopy; segmentation; classification; superpixel; cells
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 6. 2020 10:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1230987/cs
    2. Cell cycle-dependent changes in H3K56ac in human cells.
      STEJSKAL, Stanislav, Karel ŠTĚPKA, Lenka TESAŘOVÁ, Karel STEJSKAL, Martina MATĚJKOVÁ, Pavel ŠIMARA, Zbyněk ZDRÁHAL a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Cell cycle-dependent changes in H3K56ac in human cells. Cell Cycle. Philadelphia: Taylor&Francis Inc, 2015, roč. 14, č. 24, s. 3851-3863. ISSN 1538-4101. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/15384101.2015.1106760.
      Full Text
      RIV/00216224:14330/15:00081398 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Štěpka, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Matějková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Cell cycle; Chromatin; DNA replication; H3K56ac; Mammalian cells; Nucleosome
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 16. 12. 2019 16:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1322928/cs
    3. Cell tracking accuracy measurement based on comparison of acyclic oriented graphs
      MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Dmitry SOROKIN, Petr MATULA, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO a Michal KOZUBEK. Cell tracking accuracy measurement based on comparison of acyclic oriented graphs. PLoS ONE. 2015, roč. 10, č. 12, s. "e0144959", 19 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0144959.
      URL
      RIV/00216224:14330/15:00080576 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Matula, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell tracking; acyclic graph; measure;
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 4. 2018 14:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139063/cs
    4. GPU Implementation of Linear Morphological Openings with Arbitrary Angle
      KARAS, Pavel, Vincent MORARD, Jan BARTOVSKÝ, Thierry GRANDPIERRE, Eva DOKLÁDALOVÁ, Petr MATULA a Petr DOKLÁDAL. GPU Implementation of Linear Morphological Openings with Arbitrary Angle. Journal of Real-Time Image Processing. Springer-Verlag, 2015, roč. 10, č. 1, s. 27-41. ISSN 1861-8200. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11554-012-0248-7.
      URL
      Název česky: Implementace lineárních, libovolně orientovaných morfologických otevření na GPU
      RIV/00216224:14330/15:00080555 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Německo.
      Karas, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Morard, Vincent (250 Francie) -- Bartovský, Jan (203 Česká republika) -- Grandpierre, Thierry (250 Francie) -- Dokládalová, Eva (250 Francie) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Dokládal, Petr (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: gpu; morphology; opening; closing; linear; real-time
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 1. 2019 14:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/964786/cs
    5. Characterization of the Role of Collagen Network Structure and Composition in Cancer Cell Migration
      ANGUIANO, María, Carlos CASTILLA, Martin MAŠKA, Cristina EDERRA, Javier FERNÁNDEZ-MARQUÉS, Rafael PELÁEZ, Ana ROUZAUT, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. Characterization of the Role of Collagen Network Structure and Composition in Cancer Cell Migration. Online. In 37th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Milano: IEEE, 2015, s. 8139-8142. ISBN 978-1-4244-9271-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/EMBC.2015.7320283.
      URL
      RIV/00216224:14330/15:00080823 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Anguiano, María (724 Španělsko) -- Castilla, Carlos (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Fernández-Marqués, Javier (724 Španělsko) -- Peláez, Rafael (724 Španělsko) -- Rouzaut, Ana (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: collagen network geometry; confocal reflection microscopy; Matrigel; steerable filtering; pore size; cell migration
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 14:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300413/cs
    6. Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle
      SOROKIN, Dmitry, Lenka STIXOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Jana SUCHÁNKOVÁ, Pavel ŠIMARA, Stanislav KOZUBEK, Pavel MATULA, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Ivan RAŠKA a Eva BÁRTOVÁ. Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle. Nucleus. 2015, roč. 6, č. 4, s. 301-313. ISSN 1949-1034. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/19491034.2015.1075111.
      Název anglicky: Localized movement and morphology of UBF1-positive nucleolar regions are changed by gamma-irradiation in G2 phase of the cell cycle
      RIV/00216224:14330/15:00080738 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Stixová, Lenka (203 Česká republika) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA damage; live cells; nucleolus; uncleoli tracking; UBF1
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 13:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1232675/cs
    7. Next Step Toward the Automation of Screening for Cervical Cancer
      SVOBODA, David. Next Step Toward the Automation of Screening for Cervical Cancer. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2015, roč. 87a, č. 3, s. 195-196. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.22564.
      URL
      Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: bright-field optical microscopy; simulations; Pap-smear specimen; benchmark datasets
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2016 06:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1228858/cs
    8. On Proper Simulation of Chromatin Structure in Static Images As Well As in Time-Lapse Sequences in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN a Igor PETERLÍK. On Proper Simulation of Chromatin Structure in Static Images As Well As in Time-Lapse Sequences in Fluorescence Microscopy. In Proceedings of 2015 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Stoughton (WI, USA): Engineering in Medicine and Biology Society, 2015, s. 712-716. ISBN 978-1-4799-2374-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2015.7163972.
      RIV/00216224:14330/15:00080650 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Peterlík, Igor (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Synthetic cell; Chromatin structure; Nucleus deformation; Linear elasticity; FEM
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 16. 7. 2019 11:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1218636/cs
    9. Performance and Sensitivity Evaluation of 3-D Spot Detection Methods in Confocal Microscopy
      ŠTĚPKA, Karel, Pavel MATULA, Petr MATULA, Stefan WOERZ, Karl ROHR a Michal KOZUBEK. Performance and Sensitivity Evaluation of 3-D Spot Detection Methods in Confocal Microscopy. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2015, roč. 87A, č. 8, s. 759-772. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.22692.
      URL
      RIV/00216224:14330/15:00080577 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Štěpka, Karel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Woerz, Stefan (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: fluorescence microscopy; 3D imaging; diffraction-limited spot detection; parameter sensitivity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 9. 2. 2022 09:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139067/cs
    10. Quantification of the 3D Collagen Network Geometry in Confocal Reflection Microscopy
      MAŠKA, Martin, Cristina EDERRA, Javier FERNÁNDEZ-MARQUÉS, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. Quantification of the 3D Collagen Network Geometry in Confocal Reflection Microscopy. Online. In 22nd IEEE International Conference on Image Processing. Québec City: IEEE, 2015, s. 1791-1794. ISBN 978-1-4799-8339-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2015.7351109.
      URL
      RIV/00216224:14330/15:00080822 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Fernández-Marqués, Javier (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: collagen network geometry;confocal reflection microscopy;Matrigel;steerable filtering;pore size
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 26. 5. 2016 00:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300411/cs
    11. The effect of reprogramming method, source cell type and long-term cell culture on genomic stability of human induced pluripotent stem cells
      ŠIMARA, Pavel, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Stanislav STEJSKAL a Lenka TESAŘOVÁ. The effect of reprogramming method, source cell type and long-term cell culture on genomic stability of human induced pluripotent stem cells. In ISSCR 2015 Annual Meeting. 2015.
      Poster abstract book ISSCR 2015
      Název anglicky: The effect of reprogramming method, source cell type and long-term cell culture on genomic stability of human induced pluripotent stem cells
      RIV/00216224:14330/15:00080889 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Švédsko.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: hiPSC - reprogramming - genomic stability
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1305881/cs
    12. Toward a Morphodynamic Model of the Cell
      ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Carlos, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING a Michal KOZUBEK. Toward a Morphodynamic Model of the Cell. IEEE Signal Processing Magazine. New York: IEEE, 2015, roč. 32, č. 1, s. 20-29. ISSN 1053-5888. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/MSP.2014.2358263.
      Název česky: Na cestě k morfo-dynamickému modelu buňky
      RIV/00216224:14330/15:00080606 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell model; image segmentation; cell tracking; cell synthesis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2016 06:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1204565/cs
    13. TRAgen: A Tool for Generation of Synthetic Time-Lapse Image Sequences of Living Cells
      ULMAN, Vladimír, Zoltán ORÉMUŠ a David SVOBODA. TRAgen: A Tool for Generation of Synthetic Time-Lapse Image Sequences of Living Cells. In Vittorio Murino, Enrico Puppo, Gianni Vernazza. Proceedings of 18th International Conference on Image Analysis and Processing. Heidelberg, Německo: Springer International Publishing, 2015, s. 623-634. ISBN 978-3-319-23230-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23231-7_56.
      Název česky: TRAgen: nástroj pro generování syntetických časosběrných obrazových sekvencí živých buněk
      RIV/00216224:14330/15:00080843 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Orémuš, Zoltán (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical images; Simulations; Evaluation; Cell Tracking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 7. 4. 2017 16:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300779/cs
    14. 2D/3D Gabor Features and 2D/3D MPEG-7 EHD Features (software)
      MAJTNER, Tomáš a David SVOBODA. 2D/3D Gabor Features and 2D/3D MPEG-7 EHD Features. 2015.
      http://cbia.fi.muni.cz/projects/2d/3d-gabor--2d/3d-mpeg-7-ehd-features.html
      RIV/00216224:14330/15:00081208 Software. Počítačový hardware a software. angličtina. Česká republika.
      Majtner, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image descriptor; Pattern recognition; Gabor features; MPEG-7 Edge Histogram Descriptor;
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Ing. Bc. Tomáš Majtner, Ph.D., učo 172786. Změněno: 19. 11. 2015 11:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1317735/cs

    2014

    1. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms
      MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, roč. 30, č. 11, s. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073448 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Ederra, Cristina (724 Španělsko) -- Urbiola, Ainhoa (724 Španělsko) -- España, Tomás (724 Španělsko) -- Venkatesan, Subramanian (356 Indie) -- Balak, Deepak M W (356 Indie) -- Karas, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bolcková, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Štreitová, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Carthel, Craig (840 Spojené státy) -- Coraluppi, Stefano (840 Spojené státy) -- Harder, Nathalie (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Jaldén, Joakim (752 Švédsko) -- Blau, Helen M (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Dzyubachyk, Oleh (804 Ukrajina) -- Křížek, Pavel (203 Česká republika) -- Hagen, Guy M (528 Nizozemské království) -- Pastor-Escuredo, David (724 Španělsko) -- Jimenez-Carretero, Daniel (724 Španělsko) -- Ledesma-Carbayo, Maria J (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solorzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: cell tracking; fluorescence microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 4. 2018 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139064/cs
    2. A performance evaluation of statistical tests for edge detection in textured images
      WILLIAMS, Ian, Nicholas BOWRING a David SVOBODA. A performance evaluation of statistical tests for edge detection in textured images. Computer Vision and Image Understanding. Elsevier, 2014, roč. 122, May 2014, s. 115-130. ISSN 1077-3142. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.cviu.2014.02.009.
      RIV/00216224:14330/14:00075212 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Nizozemské království.
      Williams, Ian (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Bowring, Nicholas (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Edge detection; Statistical tests; Textured images; Histological images; Performance measures
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 03:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1173216/cs
    3. An induced pluripotent stem cell model of hypoplastic left heart syndrome (HLHS) reveals multiple expression and functional differences in HLHS derived cardiac myocytes
      JIANG, Yan, Saba HABIBOLLAH, Katarzyna TILGNER, Joseph COLLIN, Tomáš BÁRTA, Jumana Yousuf AL-AAMA, Lenka TESAŘOVÁ, Rafiqul HUSSAIN, Andrew TRAFFORD, Graham KIRKWOOD, Evelyne SERNAGOR, Cyril ELEFTHERIOU, Stefan PRZYBORSKI, Miodrag STOJKOVIC, Majlinda LAKO, Bernard KEAVNEY a Lyle ARMSTRONG. An induced pluripotent stem cell model of hypoplastic left heart syndrome (HLHS) reveals multiple expression and functional differences in HLHS derived cardiac myocytes. Stem cells translational medicine. 2014, roč. 3, č. 4, s. 416-423. ISSN 2157-6564. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5966/sctm.2013-0105.
      RIV/00216224:14330/14:00074816 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Jiang, Yan (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Habibollah, Saba (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Tilgner, Katarzyna (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Collin, Joseph (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Bárta, Tomáš (203 Česká republika) -- Al-Aama, Jumana Yousuf (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hussain, Rafiqul (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Trafford, Andrew (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Kirkwood, Graham (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Sernagor, Evelyne (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Eleftheriou, Cyril (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Przyborski, Stefan (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Stojkovic, Miodrag (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Lako, Majlinda (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Keavney, Bernard (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Armstrong, Lyle (826 Velká Británie a Severní Irsko)
      Klíčová slova anglicky: Hypoplastic left heart syndrome; induced pluripotent stem cells; cardiac myocytes; cardiac development; pluripotent stem cell differentiation
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 2. 3. 2018 10:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1129955/cs
    4. Coilin is rapidly recruited to UVA-induced DNA lesions and gamma-radiation affects localized movement of Cajal bodies
      BÁRTOVÁ, Eva, Veronika FOLTÁNKOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Dmitry SOROKIN, Jana SUCHÁNKOVÁ a Stanislav KOZUBEK. Coilin is rapidly recruited to UVA-induced DNA lesions and gamma-radiation affects localized movement of Cajal bodies. Nucleus. Landes Bioscience, 2014, roč. 5, č. 3, s. 269-277. ISSN 1949-1034. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4161/nucl.29229.
      RIV/00216224:14330/14:00073626 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Foltánková, Veronika (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA repair; chromatin; nucleus; nucleolus; Cajal bodies; coilin
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 03:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1182653/cs
    5. Comparison of 3D Texture-based Image Descriptors in Fluorescence Microscopy
      MAJTNER, Tomáš a David SVOBODA. Comparison of 3D Texture-based Image Descriptors in Fluorescence Microscopy. In Reneta P. Barneva, Valentin E. Brimkov, Josef Šlapal. 16th International Workshop on Combinatorial Image Analysis (IWCIA) 2014. Switzerland: Springer International Publishing, 2014, s. 186-195. ISBN 978-3-319-07147-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-07148-0_17.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073552 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Švýcarsko.
      Majtner, Tomáš (703 Slovensko, garant, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D images; Texture descriptors; Fluorescence microscopy; Local Binary Patterns
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Ing. Bc. Tomáš Majtner, Ph.D., učo 172786. Změněno: 9. 1. 2015 15:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1173483/cs
    6. Driven hematopoietic differentiation of embryonic stem cells: Epigenetic perspectives
      TESAŘOVÁ, Lenka, Stanislav STEJSKAL a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Driven hematopoietic differentiation of embryonic stem cells: Epigenetic perspectives. CURRENT PHARMACEUTICAL DESIGN. SHARJAH: BENTHAM SCIENCE PUBL LTD, 2014, roč. 20, č. 11, s. 1674-1686. ISSN 1381-6128. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.2174/13816128113199990524.
      RIV/00216224:14330/14:00073400 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené arabské emiráty.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: epigenetic; stem cells; pluripotency; cell differentiation; hematopoietic development
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 2. 3. 2018 10:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1095798/cs
    7. Efficient k-NN based HEp-2 cells classifier
      STOKLASA, Roman, Tomáš MAJTNER a David SVOBODA. Efficient k-NN based HEp-2 cells classifier. PATTERN RECOGNITION. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2014, roč. 47, č. 7, s. 2409-2418. ISSN 0031-3203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.patcog.2013.09.021.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073423 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Stoklasa, Roman (703 Slovensko, garant, domácí) -- Majtner, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HEp-2 cells; Classifier; Image descriptor; Classification; Nearest neighbours; IIF; Indirect Immunofluorescence
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 21:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1129437/cs
    8. From Endothelial Progenitor Cells to Tissue Engineering: How Far Have We Come?
      ŠALINGOVÁ, Barbara, Martina MADARÁSOVÁ, Stanislav STEJSKAL, Lenka TESAŘOVÁ, Pavel ŠIMARA a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. From Endothelial Progenitor Cells to Tissue Engineering: How Far Have We Come? Journal of Stem Cell Research & Therapy. 5716 Corsa Ave, Los Angeles, USA: OMICS group, 2014, roč. 4, č. 3, s. 185-195. ISSN 2157-7633. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4172/2157-7633.1000185.
      Journal of Stem Cell Research and Therapy
      Název česky: Od endoteliálních progenitorových buněk po tkáňové inženýrství: Jak daleko jsme došli
      Název anglicky: From Endothelial Progenitor Cells to Tissue Engineering: How Far Have We Come?
      RIV/00216224:14330/14:00073592 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Šalingová, Barbara (703 Slovensko, domácí) -- Madarásová, Martina (703 Slovensko, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: EPC; In vitro vascularization; Small-diameter vessels
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1180362/cs
    9. Generation of Human Induced Pluripotent Stem Cells Using Genome Integrating or Non-integrating Methods
      ŠIMARA, Pavel, Lenka TESAŘOVÁ, Stanislava PAĎOUROVÁ a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Generation of Human Induced Pluripotent Stem Cells Using Genome Integrating or Non-integrating Methods. Folia Biologica. Praha: Univerzita Karlova, 2014, roč. 60, S1, s. 85-89. ISSN 0015-5500.
      RIV/00216224:14330/14:00074034 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Paďourová, Stanislava (703 Slovensko, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: hiPSCs; lentivirus; Sendai virus; episomal reprogramming
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1204941/cs
    10. Haematopoietic developmental potential of human pluripotent stem cell lines
      TESAŘOVÁ, Lenka, Pavel ŠIMARA, Stanislav STEJSKAL a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Haematopoietic developmental potential of human pluripotent stem cell lines. Folia biologica. Praha: Univerzita Karlova, 2014, roč. 60, č. 1, s. 90-94. ISSN 0015-5500.
      RIV/00216224:14330/14:00073970 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: human pluripotent stem cells; hematopoietic development; embryoid bodies; CD34+ cells
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1202839/cs
    11. HP1B-dependent recruitment of UBF1 to irradiated chromatin occurs simultaneously with CPDs
      STIXOVÁ, Lenka, Petra SEHNALOVÁ, Soňa LEGARTOVÁ, Jana SUCHÁNKOVÁ, Tereza HRUŠKOVÁ, Stanislav KOZUBEK, Dmitry SOROKIN, Pavel MATULA, Ivan RAŠKA, Aleš KOVAŘÍK, Jaroslav FULNEČEK a Eva BÁRTOVÁ. HP1B-dependent recruitment of UBF1 to irradiated chromatin occurs simultaneously with CPDs. Epigenetics & Chromatin. BioMed Central, 2014, roč. 7, č. 39, s. 1-17. ISSN 1756-8935. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1756-8935-7-39.
      Název anglicky: HP1B-dependent recruitment of UBF1 to 3 irradiated chromatin occurs simultaneously with 4 CPDs
      RIV/00216224:14330/14:00074061 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Stixová, Lenka (203 Česká republika) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Hrušková, Tereza (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Raška, Ivan (203 Česká republika) -- Kovařík, Aleš (203 Česká republika) -- Fulneček, Jaroslav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA-damage response; DNA repair; Irradiation; Live-cell studies; Nucleolus; UBF1
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 28. 4. 2015 13:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1205176/cs
    12. Image Analysis of Gene Locus Positions within Chromosome Territories in Human Lymphocytes
      ŠTĚPKA, Karel a Martin FALK. Image Analysis of Gene Locus Positions within Chromosome Territories in Human Lymphocytes. In Petr Hliněný, Zdeněk Dvořák, Jiří Jaroš, Jan Kofroň, Jan Kořenek, Petr Matula, Karel Pala. Mathematical and Engineering Methods in Computer Science : Volume 8934 of the series Lecture Notes in Computer Science. Neuveden: Springer International Publishing, 2014, s. 125-134. ISBN 978-3-319-14895-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-14896-0_11.
      URL
      Název česky: Analýza obrazu genových lokusů v chromozomových teritoriích lidských lymfocytů
      RIV/00216224:14330/14:00082098 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina.
      Štěpka, Karel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Falk, Martin (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: image analysis;fluorescence confocal microscopy;gene locus detection;chromosome territory
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 2. 5. 2016 05:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1196984/cs
    13. Intravenous insulin therapy during lung resection does not affect lung function or surfactant proteins
      RUČKA, Zdeněk, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Stanislav STEJSKAL, Pavel ŠIMARA, Petr VAŇHARA, Jan DOLEŽEL, Václav ZVONÍČEK, Oldřich COUFAL a Ivan ČAPOV. Intravenous insulin therapy during lung resection does not affect lung function or surfactant proteins. BMC Pulmonary Medicine. London, United Kingdom: BIOMED CENTRAL LTD, 2014, roč. 14, č. 1, s. 155-163. ISSN 1471-2466. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1471-2466-14-155.
      RIV/00216224:14330/14:00073971 Článek v odborném periodiku. Pneumologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Ručka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Vaňhara, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Doležel, Jan (203 Česká republika) -- Zvoníček, Václav (203 Česká republika) -- Coufal, Oldřich (203 Česká republika) -- Čapov, Ivan (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: surfactant proteins; insulin therapy
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 04:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1202841/cs
    14. NON-RIGID CONTOUR-BASED TEMPORAL REGISTRATION OF 2D CELL NUCLEI IMAGES USING THE NAVIER EQUATION
      SOROKIN, Dmitry, Marco TEKTONIDIS, Karl ROHR a Pavel MATULA. NON-RIGID CONTOUR-BASED TEMPORAL REGISTRATION OF 2D CELL NUCLEI IMAGES USING THE NAVIER EQUATION. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging: Nano to Macro. Beijing: IEEE, 2014, s. 746-749. ISBN 978-1-4673-1959-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2014.6867978.
      RIV/00216224:14330/14:00073449 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Tektonidis, Marco (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biomedical image analysis; Image sequence analysis; Contour-based registration
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 2. 2018 06:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1139066/cs
    15. Objective Comparison of Particle Tracking Methods
      CHENOUARD, Nicolas, Ihor SMAL, Fabrice DE CHAUMONT, Martin MAŠKA, Ivo F SBALZARINI, Yuanhao GONG, Janick CARDINALE, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Mark WINTER, Andrew R COHEN, William J GODINEZ, Karl ROHR, Yannis KALAIDZIDIS, Liang LIANG, James DUNCAN, Hongying SHEN, Yingke XU, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Perrine PAUL-GILLOTEAUX, Philippe ROUDOT, Charles KERVRANN, François WAHARTE, Jean-Yves TINEVEZ, Spencer L SHORTE, Joost WILLEMSE, Katherine CELLER, Gilles P VAN WEZEL, Han-Wei DAN, Yuh-Show TSAI, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Jean-Christophe OLIVO-MARIN a Erik MEIJERING. Objective Comparison of Particle Tracking Methods. Nature Methods. 2014, roč. 11, č. 3, s. 281-289. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.2808.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00074917 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Chenouard, Nicolas (250 Francie) -- Smal, Ihor (804 Ukrajina) -- de Chaumont, Fabrice (250 Francie) -- Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sbalzarini, Ivo F (756 Švýcarsko) -- Gong, Yuanhao (156 Čína) -- Cardinale, Janick (756 Švýcarsko) -- Carthel, Craig (840 Spojené státy) -- Coraluppi, Stefano (840 Spojené státy) -- Winter, Mark (840 Spojené státy) -- Cohen, Andrew R (840 Spojené státy) -- Godinez, William J (276 Německo) -- Rohr, Karl (276 Německo) -- Kalaidzidis, Yannis (300 Řecko) -- Liang, Liang (156 Čína) -- Duncan, James (840 Spojené státy) -- Shen, Hongying (156 Čína) -- Xu, Yingke (156 Čína) -- Magnusson, Klas E G (752 Švédsko) -- Jaldén, Joakim (752 Švédsko) -- Blau, Helen M (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Paul-Gilloteaux, Perrine (250 Francie) -- Roudot, Philippe (250 Francie) -- Kervrann, Charles (250 Francie) -- Waharte, François (250 Francie) -- Tinevez, Jean-Yves (250 Francie) -- Shorte, Spencer L (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Willemse, Joost (528 Nizozemské království) -- Celler, Katherine (124 Kanada) -- van Wezel, Gilles P (528 Nizozemské království) -- Dan, Han-Wei (158 Tchaj-wan) -- Tsai, Yuh-Show (158 Tchaj-wan) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko) -- Olivo-Marin, Jean-Christophe (250 Francie) -- Meijering, Erik (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: Particle tracking;performance comparison;fluorescence microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 21:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1160075/cs
    16. On Proper Simulation of Phenomena Influencing Image Formation in Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Luděk MATYSKA, Martin MAŠKA, Ján BELLA a Stanislav STEJSKAL. On Proper Simulation of Phenomena Influencing Image Formation in Fluorescence Microscopy. In 2014 IEEE International Conference on Image Processing. Neuveden: IEEE Signal Processing Society, 2014, s. 3944-3948. ISBN 978-1-4799-5750-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2014.7025801.
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00073637 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bella, Ján (703 Slovensko, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Biomedical imaging; Fluorescence microscopy; Photobleaching; Uneven illumination
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 3. 5. 2016 10:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1183286/cs
    17. PRMT1 arginine methyltransferase accumulates in cytoplasmic bodies that respond to selective inhibition and DNA damage
      SUCHÁNKOVÁ, Jana, Soňa LEGARTOVÁ, Petra SEHNALOVÁ, Stanislav KOZUBEK, Sergio VALENTE, Donatella LABELLA, Antonello MAI, Carmen ECKERICH, Frank O. FACKELMAYER, Dmitry SOROKIN a Eva BÁRTOVÁ. PRMT1 arginine methyltransferase accumulates in cytoplasmic bodies that respond to selective inhibition and DNA damage. European Journal of Histochemistry. Pavia, Italy: PAGEPress, 2014, roč. 58, č. 2, s. 139-151. ISSN 1121-760X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4081/ejh.2014.2389.
      RIV/00216224:14330/14:00073586 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Itálie.
      Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Legartová, Soňa (703 Slovensko) -- Sehnalová, Petra (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Valente, Sergio (380 Itálie) -- Labella, Donatella (380 Itálie) -- Mai, Antonello (380 Itálie) -- Eckerich, Carmen (300 Řecko) -- Fackelmayer, Frank O. (300 Řecko) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Epigenetics; PRMTs; epi-drugs; arginine methylation; DNA repair
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 9. 9. 2019 12:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1179522/cs
    18. RSurf - the Efficient Texture-Based Descriptor for Fluorescence Microscopy Images of HEp-2 Cells
      MAJTNER, Tomáš, Roman STOKLASA a David SVOBODA. RSurf - the Efficient Texture-Based Descriptor for Fluorescence Microscopy Images of HEp-2 Cells. In 22nd International Conference on Pattern Recognition. Los Alamitos, California: IEEE Computer Society, 2014, s. 1194-1199. ISBN 978-1-4799-5208-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICPR.2014.215.
      RIV/00216224:14330/14:00073550 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Majtner, Tomáš (703 Slovensko, garant, domácí) -- Stoklasa, Roman (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: texture descriptor;rsurf;hep-2
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Ing. Bc. Tomáš Majtner, Ph.D., učo 172786. Změněno: 9. 1. 2015 15:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1173479/cs
    19. RSurf Texture Descriptor (software)
      MAJTNER, Tomáš, Roman STOKLASA a David SVOBODA. RSurf Texture Descriptor. 2014.
      http://cbia.fi.muni.cz/projects/rsurf-texture-descriptor.html
      Název česky: Popisovač textúry RSurf
      RIV/00216224:14330/14:00074012 Software. Počítačový hardware a software. angličtina. Česká republika.
      Majtner, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Stoklasa, Roman (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image descriptor; Pattern recognition; RSurf; HEp-2 cells;
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Ing. Bc. Tomáš Majtner, Ph.D., učo 172786. Změněno: 29. 10. 2014 13:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1204273/cs
    20. Texture Analysis Using 3D Gabor Features and 3D MPEG-7 Edge Histogram Descriptor in Fluorescence Microscopy
      MAJTNER, Tomáš a David SVOBODA. Texture Analysis Using 3D Gabor Features and 3D MPEG-7 Edge Histogram Descriptor in Fluorescence Microscopy. Online. In 4th International Conference on 3D Imaging (IC3D). Los Alamitos, California: IEEE Computer Society, 2014, s. 1-7. ISBN 978-1-4799-8023-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/IC3D.2014.7032576.
      RIV/00216224:14330/14:00074031 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Majtner, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D images; Edge Histogram Descriptor; Gabor filters; fluorescence microscopy
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Ing. Bc. Tomáš Majtner, Ph.D., učo 172786. Změněno: 6. 3. 2015 15:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1204559/cs
    21. Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation
      SOROKIN, Dmitry, Jana SUCHÁNKOVÁ, Eva BÁRTOVÁ a Pavel MATULA. Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation. Folia biologica. Univerzita Karlova, 2014, roč. 60, (Suppl 1), s. 45-49. ISSN 0015-5500.
      Název anglicky: Visualizing Stable Features in Live Cell Nucleus for Evaluation of the Cell Global Motion Compensation
      RIV/00216224:14330/14:00073848 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Sorokin, Dmitry (643 Rusko, garant, domácí) -- Suchánková, Jana (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell global motion compensation; UV laser bleaching image registration; stable features; algorithm evaluation
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 04:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1197310/cs

    2013

    1. Algorithms for Efficient Computation of Convolution
      KARAS, Pavel a David SVOBODA. Algorithms for Efficient Computation of Convolution. In Design and Architectures for Digital Signal Processing. 1st ed. Rijeka (CRO): InTech, 2013, s. 179-208. ISBN 978-953-51-0874-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5772/3456.
      URL
      Název česky: Algoritmy pro efektivní výpočet konvoluce
      RIV/00216224:14330/13:00065930 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. Informatika. angličtina. Chorvatsko.
      Karas, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: convolution; algorithms; FFT; separable convolution; recursive filters; parallelization; decomposition
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2014 11:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/992722/cs
    2. Apoptosis in chronic myeloid leukemia cells transiently treated with imatinib or dasatinib is caused by residual BCR-ABL kinase inhibition.
      ŠIMARA, Pavel, Stanislav STEJSKAL, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, David POTĚŠIL, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL a Jiří MAYER. Apoptosis in chronic myeloid leukemia cells transiently treated with imatinib or dasatinib is caused by residual BCR-ABL kinase inhibition. American Journal of Hematology. NJ 07030-577 United States: John Wiley & Sons, 2013, roč. 88, č. 5, s. 385-393. ISSN 0361-8609. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/ajh.23419.
      PubMed
      RIV/00216224:14330/13:00066079 Článek v odborném periodiku. Onkologie a hematologie. angličtina. Spojené státy.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, domácí) -- Potěšil, David (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Mayer, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Chronic Myeloid Leukemia; Imatinib; Dasatinib
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 29. 3. 2019 14:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1094552/cs
    3. Automated Cell Counting in Bürker Chamber
      ŠTĚPKA, Karel. Automated Cell Counting in Bürker Chamber. In J.-K. Kamarainen and M. Koskela. 18th Scandinavian Conference on Image Analysis, SCIA 2013. Espoo (Finland): Springer, 2013, s. 236-245. ISBN 978-3-642-38885-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-38886-6_23.
      URL
      Název česky: Automatické počítání buněk v Bürkerově komůrce
      RIV/00216224:14330/13:00068072 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Finsko.
      Štěpka, Karel (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell counting; image analysis; hemocytometer
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Karel Štěpka, Ph.D., učo 172454. Změněno: 3. 4. 2014 14:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1095819/cs
    4. Automatic Quantification of Filopodia-Based Cell Migration
      MAŠKA, Martin, Xabier MORALES, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Ana ROUZAUT a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. Automatic Quantification of Filopodia-Based Cell Migration. Online. In 10th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. San Francisco: IEEE, 2013, s. 668-671. ISBN 978-1-4673-6454-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2013.6556563.
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00068040 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Morales, Xabier (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Rouzaut, Ana (724 Španělsko) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Filopodium segmentation;fluorescence microscopy;steerable filtering;geodesic distance
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2014 18:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1094756/cs
    5. Deconvolution of huge 3-D images: Parallelization strategies on a multi-GPU system
      KARAS, Pavel, Michal KUDERJAVÝ a David SVOBODA. Deconvolution of huge 3-D images: Parallelization strategies on a multi-GPU system. In Kołodziej, Joanna and Martino, Beniamino and Talia, Domenico and Xiong, Kaiqi. Algorithms and Architectures for Parallel Processing. Neuveden: Springer International Publishing, 2013, s. 279-290. ISBN 978-3-319-03858-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-03859-9_24.
      URL
      Název česky: Dekonvoluce velkých 3-D obrazů: Strategie pro paralelizaci na multi-GPU systému
      Název anglicky: Deconvolution of huge 3-D images: Parallelization strategies on a multi-GPU system
      RIV/00216224:14330/13:00066399 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Itálie.
      Karas, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kuderjavý, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: deconvolution; gpu; multi-gpu; parallelization; implementation; algorithm; em-mle; richardson-lucy; ictm; wiener
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Karas, Ph.D., učo 106808. Změněno: 29. 12. 2013 12:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1124393/cs
    6. Differential effects of insulin and dexamethasone on pulmonary surfactant-associated genes and proteins in A549 and H441 cells and lung tissue
      RUČKA, Zdeněk, Petr VAŇHARA, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Stanislav STEJSKAL, Pavel ŠIMARA, Jan DOLEŽEL, Václav ZVONÍČEK, Oldřich COUFAL a Ivan ČAPOV. Differential effects of insulin and dexamethasone on pulmonary surfactant-associated genes and proteins in A549 and H441 cells and lung tissue. INTERNATIONAL JOURNAL OF MOLECULAR MEDICINE. UNITED STATES: SPANDIDOS PUBL LTD, 2013, roč. 32, č. 1, s. 211-218. ISSN 1107-3756. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3892/ijmm.2013.1363.
      PubMed
      RIV/00216224:14330/13:00066090 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Ručka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Vaňhara, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Doležel, Jan (203 Česká republika) -- Zvoníček, Václav (203 Česká republika) -- Coufal, Oldřich (203 Česká republika) -- Čapov, Ivan (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: insulin; dexamethasone; surfactant; lung carcinoma; A549; H441
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1102512/cs
    7. Hybrid detectors improved time-lapse confocal microscopy of PML and 53BP1 nuclear body co-localization in DNA lesions
      FOLTÁNKOVÁ, Veronika, Pavel MATULA, Dmitry SOROKIN, Stanislav KOZUBEK a Eva BÁRTOVÁ. Hybrid detectors improved time-lapse confocal microscopy of PML and 53BP1 nuclear body co-localization in DNA lesions. Microscopy and Microanalysis. Saarbrücken: Cambridge University Press, 2013, Volume 19, Issue 2, s. 360-369. ISSN 1431-9276. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1017/S1431927612014353.
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00065961 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Německo.
      Foltánková, Veronika (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sorokin, Dmitry (643 Rusko, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: DNA damage;chromatin; 53BP1; PML bodies; hybrid detectors; confocal microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2014 08:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1076529/cs
    8. On generating benchmark datasets for evaluation of segmentation and tracking algorithms in fluorescence microscopy
      SVOBODA, David. On generating benchmark datasets for evaluation of segmentation and tracking algorithms in fluorescence microscopy. In SPlab workshop. 2013.
      RIV/00216224:14330/13:00066770 Vyžádané přednášky. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Česká republika.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: simulation; benchmark datasets; image processing; fluorescence microscopy
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 22. 1. 2014 13:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1160205/cs
    9. Pluripotent stem cells and gene therapy
      ŠIMARA, Pavel, Jason MOTL a Dan KAUFMAN. Pluripotent stem cells and gene therapy. Translational Research. 2013, roč. 161, č. 4, s. 284-292. ISSN 1931-5244. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.trsl.2013.01.001.
      PubMed
      RIV/00216224:14330/13:00068030 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Motl, Jason (840 Spojené státy) -- Kaufman, Dan (840 Spojené státy)
      Klíčová slova anglicky: pluripotent stem cells; gene therapy
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1094550/cs
    10. Segmentation and Shape Tracking of Whole Fluorescent Cells Based on the Chan-Vese Model
      MAŠKA, Martin, Ondřej DANĚK, Saray GARASA, Ana ROUZAUT, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. Segmentation and Shape Tracking of Whole Fluorescent Cells Based on the Chan-Vese Model. IEEE Transactions on Medical Imaging. 2013, roč. 32, č. 6, s. 995-1006. ISSN 0278-0062. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2013.2243463.
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00081861 Článek v odborném periodiku. Morfologické obory a cytologie. angličtina. Spojené státy.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Daněk, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Garasa, Saray (724 Španělsko) -- Rouzaut, Ana (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: Cell tracking;Chan–Vese model;fluorescence microscopy;graph cut optimization;level set framework
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 4. 2018 14:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1094754/cs
    11. Towards a Realistic Distribution of Cells in Synthetically Generated 3D Cell Populations
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. Towards a Realistic Distribution of Cells in Synthetically Generated 3D Cell Populations. In Alfredo Petrosino. 17th International Conference on Image Analysis and Processing - ICIAP 2013. LNCS 8157, Part II. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2013, s. 429-438. ISBN 978-3-642-41183-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-41184-7_44.
      RIV/00216224:14330/13:00066208 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Itálie.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cell populations; simulation; cross-correlation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 12. 9. 2014 13:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1112258/cs

    2012

    1. Apoptosis in Chronic Myeloid Leukemia Cells Transiently Treated with Imatinib or Dasatinib Is Caused by Residual BCR-ABL Kinase Inhibition
      ŠIMARA, Pavel, Stanislav STEJSKAL, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, David POTĚŠIL, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL a Jiří MAYER. Apoptosis in Chronic Myeloid Leukemia Cells Transiently Treated with Imatinib or Dasatinib Is Caused by Residual BCR-ABL Kinase Inhibition. In 54th ASH Annual Meeting and Exposition. 2012. ISSN 1528-0020.
      ASH Abstracts, Blood, November 16, 2012, Volume 120, Issue 21
      Název anglicky: Apoptosis in Chronic Myeloid Leukemia Cells Transiently Treated with Imatinib or Dasatinib Is Caused by Residual BCR-ABL Kinase Inhibition
      RIV/00216224:14330/12:00057983 Konferenční abstrakt. Onkologie a hematologie. angličtina. Spojené státy.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Potěšil, David (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Zdráhal, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Mayer, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Chronic Myeloid Leukemia; Imatinib; Dasatinib
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 1. 2013 11:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1079654/cs
    2. BCR-ABL activity measured by 50% inhibitory concentration for imatinib, p-CrkL/CrkL ratio or p-CrkL ratio in CD34+ cells of patients with chronic myeloid leukemia does not predict treatment response.
      ŠIMARA, Pavel, Martina PETERKOVÁ, Stanislav STEJSKAL, Michaela POTĚŠILOVÁ, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Zdeněk RÁČIL, Filip RÁZGA, Tomáš JURČEK, Dana DVOŘÁKOVÁ a Jiří MAYER. BCR-ABL activity measured by 50% inhibitory concentration for imatinib, p-CrkL/CrkL ratio or p-CrkL ratio in CD34+ cells of patients with chronic myeloid leukemia does not predict treatment response. Leukemia & lymphoma. England: Informa Healthcare, 2012, roč. 53, č. 8, s. 1627-1629. ISSN 1042-8194. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3109/10428194.2012.656104.
      URL
      RIV/00216224:14330/12:00059688 Článek v odborném periodiku. Onkologie a hematologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Peterková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ráčil, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Rázga, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Jurček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Dvořáková, Dana (203 Česká republika, domácí) -- Mayer, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: p-CrkL; chronic myeloid leukemia; imatinib
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/979222/cs
    3. Endonuclease G interacts with histone H2B and DNA topoisomerase II alpha during apoptosis
      VAŘECHA, Miroslav, Michaela POTĚŠILOVÁ, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Endonuclease G interacts with histone H2B and DNA topoisomerase II alpha during apoptosis. Mol Cell Biochem. 2012, roč. 363, 1-2, s. 301-307. ISSN 0300-8177. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s11010-011-1182-x.
      URL
      Název česky: Endonukleáza G interaguje s histonem H2B a DNA topoizomerázou II alfa během apoptózy
      RIV/00216224:14330/12:00059138 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Německo.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: endonuclease G; DNA topoisomerase II alpha; histone H2B; FRET; apoptosis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 10. 4. 2013 16:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/959855/cs
    4. Extension of Tamura Texture Features for 3D Fluorescence Microscopy
      MAJTNER, Tomáš a David SVOBODA. Extension of Tamura Texture Features for 3D Fluorescence Microscopy. In 2012 Second Joint 3DIM/3DPVT Conference: 3D Imaging, Modeling, Processing, Visualization & Transmission. Los Alamitos, CA, USA: IEEE Computer Society, 2012, s. 301-307. ISBN 978-0-7695-4873-9.
      RIV/00216224:14330/12:00057527 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Švýcarsko.
      Majtner, Tomáš (703 Slovensko, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image descriptors; Tamura features; 3D
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Ing. Bc. Tomáš Majtner, Ph.D., učo 172786. Změněno: 21. 1. 2013 09:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/989710/cs
    5. Fast Tracking of Fluorescent Cells Based on the Chan-Vese Model
      MAŠKA, Martin, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. Fast Tracking of Fluorescent Cells Based on the Chan-Vese Model. Online. In 9th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Barcelona: IEEE, 2012, s. 1316–1319. ISBN 978-1-4577-1857-1.
      URL
      Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: Cell tracking;Chan-Vese model;fluorescence microscopy;level set framework
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1094752/cs
    6. Flow Cytometry Analysis of Intracelular Protein
      KRONTORÁD KOUTNÁ, Irena, Pavel ŠIMARA, Petra ONDRÁČKOVÁ a Lenka TESAŘOVÁ. Flow Cytometry Analysis of Intracelular Protein. Online. In Ingrid Schmid, University of California, Los Angeles. Flow Cytometry , Recent Perspectives. Rijeka, Croatia: InTech, 2012, s. 421-438. Open science/open minds. ISBN 978-953-51-0626-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5772/38400.
      URL
      Název anglicky: Flow cytometrická analýza intracelulárních proteinů
      RIV/00216224:14330/12:00064251 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Chorvatsko.
      Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Ondráčková, Petra (203 Česká republika) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Flow cytometry Intracelular proteins
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1090252/cs
    7. Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      SVOBODA, David a Vladimír ULMAN. Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In Campilho, Aurélio; Kamel, Mohamed. Proceedings of 9th International Conference on Image Analysis and Recognition. LNCS 7325, Part II. Heidelberg: Springer-Verlag, 2012, s. 473-482. ISBN 978-3-642-31297-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-31298-4_56.
      RIV/00216224:14330/12:00057285 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Portugalsko.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation; Optical flow; 3D image sequences; Fluorescence optical microscopy
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 23. 4. 2013 10:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/974481/cs
    8. GPU Optimization of Convolution for Large 3-D Real Images
      KARAS, Pavel, David SVOBODA a Pavel ZEMČÍK. GPU Optimization of Convolution for Large 3-D Real Images. In Blanc-Talon, Jacques and Philips, Wilfried and Popescu, Dan and Scheunders, Paul and Zemcík, Pavel. Proceedings of the International Conference on Advanced Concepts for Intelligent Vision Systems (ACIVS’12). Neuveden: Springer Berlin / Heidelberg, 2012, s. 59-71. ISBN 978-3-642-33139-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-33140-4_6.
      URL
      RIV/00216224:14330/12:00057444 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Karas, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Zemčík, Pavel (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: gpu; convolution; 3-D; image processing
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Karas, Ph.D., učo 106808. Změněno: 2. 4. 2013 15:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/984851/cs
    9. Relative expression of gammadelta T-cell receptor gene families detected by RT–PCR and capillary electrophoresis
      TESAŘOVÁ, Lenka, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Magdaléna DVOŘÁKOVÁ a Martin KLABUSAY. Relative expression of gammadelta T-cell receptor gene families detected by RT–PCR and capillary electrophoresis. International Journal of immunogenetics. Blackwell Publishing Ltd, 2012, roč. 39, č. 5, s. 381-388. ISSN 1744-3121. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/j.1744-313X.2012.01114.x.
      URL
      Název česky: relativní exprese gamadelta TCR genových rodin detekována pomocí RT-PCR a kapilární elektroforézy
      RIV/00216224:14330/12:00059919 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Dvořáková, Magdaléna (203 Česká republika, domácí) -- Klabusay, Martin (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Reverse transcription PCR; Capillary electrophoresis; gammadelta T cell; TCR; Vgamma and Vdelta gene families
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 2. 3. 2018 10:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/981977/cs
    10. Smooth Chan-Vese Segmentation via Graph Cuts
      DANĚK, Ondřej, Pavel MATULA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. Smooth Chan-Vese Segmentation via Graph Cuts. Pattern recognition letters : an official publication of the International Association for Pattern Recognition. Amsterdam: Elsevier, 2012, roč. 33, č. 10, s. 1405-1410. ISSN 0167-8655. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.patrec.2012.03.013.
      URL
      Název česky: Hladká Chan-Vese segmentace pomocí grafových řezů
      RIV/00216224:14330/12:00057198 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Nizozemské království.
      Daněk, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image segmentation; graph cut framework; Chan-Vese model; boundary smoothness; memory consumption
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 22. 4. 2013 05:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/948670/cs

    2011

    1. A Simple Topology Preserving Max-Flow Algorithm for Graph Cut Based Image Segmentation
      DANĚK, Ondřej a Martin MAŠKA. A Simple Topology Preserving Max-Flow Algorithm for Graph Cut Based Image Segmentation. Online. In Sixth Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (Selected Papers). Saarbrücken, Warden: Schloss Dagstuhl Publishing, 2011, s. 19-25. ISBN 978-3-939897-22-4.
      URL
      Název česky: Jednoduchý topologii zachovávající algoritmus pro segmentaci obrazu pomocí grafových řezů
      RIV/00216224:14330/11:00051805 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Daněk, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: maximum flow algorithm; topology preserving; image segmentation; graph cuts
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 5. 9. 2013 15:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/923361/cs
    2. Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering
      ULMAN, Vladimír. Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering. EURASIP Journal on Advances in Signal Processing. NEW YORK (USA): HINDAWI PUBLISHING CORPORATION, 2011, roč. 2011, ID 234090, s. 1-9. ISSN 1687-6172. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1155/2011/234090.
      doprovodná webová stránka
      Název česky: Ošetření okrajových podmínek u Young-Van Vlietových rekurzivních zero-mean Gáborových filtrech
      RIV/00216224:14330/11:00051514 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: recursive spatial filtering; Gaussian filtering; Gabor filtering; IIR; digital filters
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 20. 4. 2012 09:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/906989/cs
    3. Convolution of Large 3D Images on GPU and its Decomposition
      KARAS, Pavel a David SVOBODA. Convolution of Large 3D Images on GPU and its Decomposition. EURASIP Journal on Advances in Signal Processing. NEW YORK (USA): HINDAWI PUBLISHING CORPORATION, 2011, roč. 2011, č. 120, s. 1-12. ISSN 1687-6172. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1687-6180-2011-120.
      URL
      Název česky: Konvoluce velkých 3D obrazů na GPU a její dekompozice
      RIV/00216224:14330/11:00053127 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Karas, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: convolution; decomposition; fft; gpu; dif; 3D
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Karas, Ph.D., učo 106808. Změněno: 16. 5. 2012 13:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/950226/cs
    4. Efficient Computation of Convolution of Huge Images
      SVOBODA, David. Efficient Computation of Convolution of Huge Images. In Giuseppe Maino; Gian Luca Foresti. Image Analysis and Processing - ICIAP 2011. LNCS 6978, Part I. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2011, s. 453-462. ISBN 978-3-642-24084-3.
      RIV/00216224:14330/11:00052768 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Itálie.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Convolution; Fast Fourier Transform; Divide-et-Impera
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Svoboda, Ph.D., učo 2824. Změněno: 10. 8. 2016 11:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/946653/cs
    5. Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis
      ULMAN, Vladimír. Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis. Brno: Masarykova Univerzita, 2011, 210 s.
      webové stránky CBIA -- laboratoře, ve které práce vznikla
      Název česky: Rychlé anisotropní filtrování a nástroj na měření výkonnosti pro optický tok v~analýze biomedicínského obrazu
      RIV/00216224:14330/11:00052079 Účelové publikace. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: anisotropic spatial filtering optical flow ground-truth optical flow biomedical image processing
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 5. 12. 2011 11:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/933249/cs
    6. Fast Tracking Algorithm of GFP-Transfected Living Cells Based on the Chan-Vese Model
      MAŠKA, Martin, Pavel MATULA, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA a Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO. Fast Tracking Algorithm of GFP-Transfected Living Cells Based on the Chan-Vese Model. 2011.
      Název česky: Rychlý algoritmus na sledování pohybu živých buněk transfekovaných pomocí GFP založený na Chan-Vese modelu
      RIV/00216224:14330/11:00051908 Konferenční abstrakt. Informatika. angličtina. Německo.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: object tracking; Chan-Vese model; level set framework; coherence-enhancing diffusion
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 4. 2011 10:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/927289/cs
    7. Generation of 3D Digital Phantoms of Colon Tissue
      SVOBODA, David, Ondřej HOMOLA a Stanislav STEJSKAL. Generation of 3D Digital Phantoms of Colon Tissue. In M. Kamel and A. Campilho. Proceedings of 8th International Conference on Image Analysis and Recognition. LNCS 6754, Part II. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2011, s. 31-39. ISBN 978-3-642-21595-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-21596-4_4.
      RIV/00216224:14330/11:00067276 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Kanada.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Homola, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Digital phantom; Colon tissue; Simulation; Haralick texture features
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2014 04:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/936280/cs
    8. Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy
      BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK. Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2011, roč. 242, č. 3, s. 279-289. ISSN 0022-2720. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2818.2010.03465.x.
      RIV/00216224:14330/11:00051479 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Brázdilová, Silvie Luisa (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Automated microscopy; fluorescence microscopy; autofocusing; multimodal content function; image acquisition; information content analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 10. 3. 2018 16:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/901497/cs
    9. Micro axial tomography: A miniaturized, versatile stage device to overcome resolution anisotropy in fluorescence light microscopy
      STAIER, Florian, Heinz EIPEL, Petr MATULA, Alexei V EVSIKOV, Michal KOZUBEK, Christoph CREMER a Michael HAUSMANN. Micro axial tomography: A miniaturized, versatile stage device to overcome resolution anisotropy in fluorescence light microscopy. Rev. Sci. Instrum. USA: American Institute of Physica, 2011, roč. 82, č. 9, s. "093701-1"-"093701-8", 8 s. ISSN 0034-6748.
      RIV/00216224:14330/11:00053149 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Staier, Florian (276 Německo) -- Eipel, Heinz (276 Německo) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Evsikov, Alexei V (643 Rusko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Cremer, Christoph (276 Německo) -- Hausmann, Michael (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: fluorescence; glass fibres; image reconstruction; image resolution; optical microscopes; optical microscopy; optical tomography; stepping motors
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019. Změněno: 12. 2. 2018 15:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/950311/cs
    10. Multiple myeloma patients at peripheral blood stem cell harvest: restricted usage of TCR beta variable families
      TESAŘOVÁ, Lenka, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Zdeněk KOŘÍSTEK a Martin KLABUSAY. Multiple myeloma patients at peripheral blood stem cell harvest: restricted usage of TCR beta variable families. Clinical Immunology. Elsevier, 2011, roč. 138, č. 1, s. 67-76. ISSN 1521-6616. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.clim.2010.09.007.
      Název česky: Pacienti s mnohočetným myelomem v okamžiku sběru kmenových buněk z periferní krve: omezené využití TCR beta variabilních rodin
      RIV/00216224:14330/11:00051519 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kořístek, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Klabusay, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: T-cell receptor; Beta variable families; Multiple myeloma; Reverse transcription polymerase chain reaction; Capillary electrophoresis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 2. 3. 2018 10:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/907729/cs
    11. Proliferation and differentiation potential of CD133+ and CD34+ populations from the bone marrow and mobilized peripheral blood
      KRONTORÁD KOUTNÁ, Irena, Martina PETERKOVÁ, Pavel ŠIMARA, Stanislav STEJSKAL, Lenka TESAŘOVÁ a Michal KOZUBEK. Proliferation and differentiation potential of CD133+ and CD34+ populations from the bone marrow and mobilized peripheral blood. Annals of hematology. Germany: Springer, 2011, roč. 90, (2), s. 127-137. ISSN 0939-5555.
      Název česky: Proliferační a diferenciační potenciál CD133+ a CD34+ buněčných populací kostní dřeně a periferní mobilizované krve
      RIV/00216224:14330/11:00051523 Článek v odborném periodiku. Onkologie a hematologie. angličtina. Německo.
      Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Peterková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CD34; CD133; HSC; transplantation; VEGFR
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D., učo 18705. Změněno: 13. 4. 2011 12:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/907888/cs
    12. The MEK inhibitor PD184352 enhances BMS-214662-induced apoptosis in CD34+ CML stem/progenitor cells
      PELLICANO, Francesca, Pavel ŠIMARA, Amy SINCLAIR, Gudmundur Vignir HELGASON, Mhairi COPLAND, Steven GRANT a Tessa HOLYOAKE. The MEK inhibitor PD184352 enhances BMS-214662-induced apoptosis in CD34+ CML stem/progenitor cells. Leukemia. London: Nature Publishing Group, 2011, roč. 25, č. 7, s. 1159-1167. ISSN 0887-6924. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/leu.2011.67.
      URL
      RIV/00216224:14330/11:00067303 Článek v odborném periodiku. Onkologie a hematologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Pellicano, Francesca (380 Itálie) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sinclair, Amy (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Helgason, Gudmundur Vignir (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Copland, Mhairi (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Grant, Steven (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Holyoake, Tessa (826 Velká Británie a Severní Irsko)
      Klíčová slova anglicky: CML; BMS-214662; MEK inhibitor; PD184352; HSC; TKI
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/949250/cs
    13. Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy
      ULMAN, Vladimír a David SVOBODA. Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In 11th European Light Microscopy Initiative (ELMI) meeting. 2011.
      Odkaz na prezentovaný nástroj.
      Název česky: Nástroj pro generování umělých obrazových souborů z oblasti fluoroscenční mikroskopie
      RIV/00216224:14330/11:00052527 Konferenční abstrakt. Informatika. angličtina. Řecko.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Simulation Optical Flow 3D Image Sequences Fluorescence Optical Microscopy
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 13. 6. 2012 08:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/942757/cs

    2010

    1. A Fast Level Set-Like Algorithm for Region-Based Active Contours
      MAŠKA, Martin, Pavel MATULA, Ondřej DANĚK a Michal KOZUBEK. A Fast Level Set-Like Algorithm for Region-Based Active Contours. Online. In 6th International Symposium on Visual Computing. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2010, s. 387-396. ISBN 978-3-642-17276-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-17277-9_40.
      URL
      Název česky: Rychlý Level Set algoritmus pro aktivní kontury založené na regionech
      RIV/00216224:14330/10:00067193 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Daněk, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: implicit active contours; Chan-Vese model; fast level set-like algorithm
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/891650/cs
    2. A Simple Topology Preserving Max-Flow Algorithm for Graph Cut Based Image Segmentation
      DANĚK, Ondřej a Martin MAŠKA. A Simple Topology Preserving Max-Flow Algorithm for Graph Cut Based Image Segmentation. In 6th Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Brno: NOVPRESS, 2010, s. 45-52. ISBN 978-80-87342-10-7.
      Název česky: Jednoduchý topologii zachovávající algoritmus pro segmentaci obrazu pomocí grafových řezů
      RIV/00216224:14330/10:00044732 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Daněk, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: maximum flow algorithm; topology preserving; image segmentation; graph cuts
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/897337/cs
    3. Application of reverse transcription PCR and capillary electrophoresis in the analysis of T-cell receptor beta variable repertoire
      TESAŘOVÁ, Lenka, Martina PETERKOVÁ, Stanislav STEJSKAL, Michaela POTĚŠILOVÁ a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Application of reverse transcription PCR and capillary electrophoresis in the analysis of T-cell receptor beta variable repertoire. In Advances in Molecular and Cancer Biology, 2010. Brno, Česká republika: muni PRESS, 2010, s. 46-51. ISBN 978-80-210-5312-0.
      Název česky: Aplikace RT-PCR a kapilární elektroforézy při analýze TCR beta variabilního repertoáru
      RIV/00216224:14330/10:00045361 Stať ve sborníku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Peterková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Reverse transcription polymerase chain reaction; Capillary electrophoresis; T-cell receptor; Beta variable families
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 8. 4. 2014 07:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/907739/cs
    4. Dexamethasone and Insulin Affecting SFTPA1 and SFTPA2 mRNA Levels
      RUČKA, Zdeněk, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Stanislav STEJSKAL, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Petr VAŇHARA a Jan DOLEŽEL. Dexamethasone and Insulin Affecting SFTPA1 and SFTPA2 mRNA Levels. In Advances in Molecular and Cancer Biology, 2010. Brno, Česká republika: muni PRESS, 2010, s. 36-38. ISBN 978-80-210-5312-0.
      RIV/00216224:14330/10:00045383 Stať ve sborníku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Ručka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vaňhara, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Doležel, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Lung surfactant; Insulin; Dexamethasone
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 31. 10. 2011 09:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/907864/cs
    5. Filtering with Anisotropic 3D Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D Convolutions without Interpolation
      ULMAN, Vladimír. Filtering with Anisotropic 3D Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D Convolutions without Interpolation. In Proceedings of the Seventh IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications. Calgary: ACTA Press, 2010, s. 33-42. ISBN 978-0-88986-823-6.
      související webová prezentace
      Název česky: Filtrování bankou anisotropních 3D~Gáborových filtrů pomocí 1D~konvolucí bez interpolací
      RIV/00216224:14330/10:00042890 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Kanada.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Gabor filtering bank filtering filter design
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 8. 4. 2013 10:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/855575/cs
    6. Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images
      ULMAN, Vladimír. Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images. In Proceedings of the 7th International Conference on Image Analysis and Recognition, ICIAR 2010. Povoa de Varzim (Portugal): Springer, 2010, s. 263-273. ISBN 978-3-642-13771-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-13772-3_27.
      URL
      Název česky: Vylepšení přesnosti optického toku na základě původní Heegerovy metody na biomedicínských obrazech
      RIV/00216224:14330/10:00067184 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: energy-based optical flow image processing
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 30. 4. 2014 04:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/885864/cs
    7. Simultaneous Tracking of Multiple Objects Using Fast Level Set-Like Algorithm
      MAŠKA, Martin, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Simultaneous Tracking of Multiple Objects Using Fast Level Set-Like Algorithm. In 6th Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. Brno: NOVPRESS, 2010, s. 117-125. ISBN 978-80-87342-10-7.
      Název česky: Souběžné sledování pohybu více objektů pomocí rychlého Level Set algoritmu
      RIV/00216224:14330/10:00044731 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: level set framework; topology preservation; object tracking; contour evolution
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/897313/cs
    8. The role of chromatin condensation during granulopoiesis in the regulation of gene cluster expression
      STEJSKAL, Stanislav, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ, Pavel MATULA, Zdeněk RUČKA, Ondřej DANĚK, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. The role of chromatin condensation during granulopoiesis in the regulation of gene cluster expression. Epigenetics. USA: Landes Bioscience, 2010, roč. 5, č. 8, s. 759-767. ISSN 1559-2294. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4161/epi.5.8.13183.
      URL
      Název česky: Role chromatinové kondenzace v regulaci genových lokusů během granulopoézy
      RIV/00216224:14330/10:00044622 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Ručka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Daněk, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Granulocytes; Immunohistochemistry; RNA polymerase II; Image analysis; Cell differentiation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 13. 4. 2012 00:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/895719/cs
    9. Time lapse living cells microscopy for studying CML: Preparation of Abl1- and Bcr/Abl - fluorescent protein vectors using Gateway technology
      POTĚŠILOVÁ, Michaela, Miroslav VAŘECHA, Lenka TESAŘOVÁ a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Time lapse living cells microscopy for studying CML: Preparation of Abl1- and Bcr/Abl - fluorescent protein vectors using Gateway technology. In Advances in Molecular and Cancer Biology, 2010. Brno: muni PRESS, 2010, s. 31-35. ISBN 978-80-210-5312-0.
      RIV/00216224:14330/10:00045378 Stať ve sborníku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Potěšilová, Michaela (203 Česká republika) -- Vařecha, Miroslav (203 Česká republika) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika) -- Krontorád Koutná, Irena (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: Gateway cloning ABL1 BCR/ABL expression vectors
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Potěšilová, učo 106117. Změněno: 16. 11. 2010 14:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/907855/cs

    2009

    1. A Fast Level Set-Like Algorithm with Topology Preserving Constraint
      MAŠKA, Martin a Pavel MATULA. A Fast Level Set-Like Algorithm with Topology Preserving Constraint. Online. In 13th International Conference on Computer Analysis of Images and Patterns. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2009, s. 930-938. ISBN 978-3-642-03766-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-03767-2_113.
      URL
      Název česky: Rychlý Level Set algoritmus zachovávající topologii rozhraní
      RIV/00216224:14330/09:00067104 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: level set framework; topology preservation; contour evolution; image segmentation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/794793/cs
    2. A Two-Phase Segmentation of Cell Nuclei Using Fast Level Set-Like Algorithms
      MAŠKA, Martin, Ondřej DANĚK, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Ignacio FERNÁNDEZ GARCÍA. A Two-Phase Segmentation of Cell Nuclei Using Fast Level Set-Like Algorithms. Online. In 16th Scandinavian Conference on Image Analysis. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2009, s. 390-399. ISBN 978-3-642-02229-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-02230-2_40.
      URL
      Název česky: Dvoukroková segmentace buněčných jader pomocí rychlých Level Set algoritmů
      RIV/00216224:14330/09:00067108 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Daněk, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Fernández García, Ignacio (724 Španělsko)
      Klíčová slova anglicky: nucleus segmentation; touching nuclei; level set framework; contour evolution; topology preservation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/799428/cs
    3. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy
      MATULA, Pavel, Martin MAŠKA, Ondřej DANĚK, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Acquiarium: Free Software for the Acquisition and Analysis of 3D Images of Cells in Fluorescence Microscopy. Online. In IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Boston: IEEE, 2009, s. 1138-1141. ISBN 978-1-4244-3932-4.
      URL
      Název česky: Acquiarium: Volný software na snímání a analýzy 3D obrazů buněk ve fluorescenční mikroskopii
      RIV/00216224:14330/09:00035583 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Spojené státy.
      Matula, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Daněk, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: free software; fluorescence microscopy; image acqusition; 3D image analysis; image cytometry
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/833229/cs
    4. Combination of mRNA and protein microarray analysis in complex cell profiling
      ŠIMARA, Pavel, Irena KOUTNÁ, Stanislav STEJSKAL, Petr KRONTORÁD, Zdeněk RUČKA, Martina PETERKOVÁ a Michal KOZUBEK. Combination of mRNA and protein microarray analysis in complex cell profiling. Neoplasma. Bratislava, Slovensko: AEPress, s.r.o., 2009, roč. 2/2009, č. 56, s. 141-149. ISSN 0028-2685.
      Odborný vědecký článek
      Název česky: Kombinace mRNA a proteinové microarray analýzy v komplexním profilování buněk
      Název anglicky: Combination of mRNA and protein microarray analysis in complex cell profiling
      RIV/00216224:14330/09:00034277 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Krontorád, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Ručka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Peterková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: microarray; cell profiling; protein expression; mRNA expression; HL-60
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 09:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/798695/cs
    5. Generation of Digital Phantoms of Cell Nuclei and Simulation of Image Formation in 3D Image Cytometry
      SVOBODA, David, Michal KOZUBEK a Stanislav STEJSKAL. Generation of Digital Phantoms of Cell Nuclei and Simulation of Image Formation in 3D Image Cytometry. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, Inc., 2009, roč. 75A, č. 6, s. 494-509. ISSN 1552-4922. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.20714.
      Název česky: Generování digitálních fantomů buněčných jader a simulace tvorby obrazu v 3D obrazové cytometrii
      RIV/00216224:14330/09:00034932 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Svoboda, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: digital phantom; synthetic image; procedural texture; point spread function; fluorescence optical microscope; 3D image cytometry
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 19. 12. 2016 17:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/818483/cs
    6. Information Content Analysis in Automated Microscopy Imaging using an Adaptive Autofocus Algorithm for Multimodal Functions
      BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK. Information Content Analysis in Automated Microscopy Imaging using an Adaptive Autofocus Algorithm for Multimodal Functions. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2009, roč. 236, č. 3, s. 194-202. ISSN 0022-2720. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2818.2009.03280.x.
      Název česky: Analýza informačního obsahu v automatizované mikroskopii pomocí adaptivního samozaostřovacího algoritmu pro multimodální fuknce
      RIV/00216224:14330/09:00035554 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Brázdilová, Silvie Luisa (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: automated microscopy; information content analysis; autofocusing; normalized variance
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 10. 3. 2018 16:43.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/832398/cs
    7. Insulin Decreases Transcription of Three Proteins Associated with Lung Surfactant
      RUČKA, Zdeněk, Petr VAŇHARA, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Stanislav STEJSKAL, Jan DOLEŽEL a Irena KOUTNÁ. Insulin Decreases Transcription of Three Proteins Associated with Lung Surfactant. 2009. vyd. Posters@Technologynetworks.net, 2009. The Online Journal of Scientific Posters.
      URL
      Název česky: Inzulín snižuje transkripci třech proteinů asociovaných s plicním surfaktantem
      Název anglicky: Insulin Decreases Transcription of Three Proteins Associated with Lung Surfactant
      RIV/00216224:14330/09:00036671 Audiovizuální tvorba. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Německo.
      Ručka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Vaňhara, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Doležel, Jan (203 Česká republika) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: insulin surfactant PCR
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 31. 10. 2011 09:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/846823/cs
    8. Microarray analysis using limited amount of cells
      PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Michal KOZUBEK, Viera HRABČÁKOVÁ, Martin KLABUSAY, Michael DOUBEK a Jiří MAYER. Microarray analysis using limited amount of cells. Folia Biologica (Praha). 2009, roč. 2009, č. 55, s. 53-60. ISSN 0015-5500.
      Název česky: Microarray analýza u limitujícího množství buněk
      RIV/00216224:14330/09:00034548 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Peterková, Martina (203 Česká republika) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Hrabčáková, Viera (203 Česká republika) -- Klabusay, Martin (203 Česká republika) -- Doubek, Michael (203 Česká republika) -- Mayer, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 08:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/808351/cs
    9. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins
      VAŘECHA, Miroslav, Michal ZIMMERMANN, Jana AMRICHOVÁ, Vladimír ULMAN, Pavel MATULA a Michal KOZUBEK. Prediction of localization and interactions of apoptotic proteins. Journal of Biomedical Science. BioMed website: BioMed Central, London, England, 2009, roč. 16, č. 59, s. 1-14. ISSN 1021-7770.
      Název česky: Predikce lokalizace a interakcí apoptotických proteinů
      RIV/00216224:14330/09:00029126 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: AIF;apoptosis-inducing factor;AMID;AIF-homologous mitochondrion-associated inducer of death;endonuclease G;heat shock protein;DNA topoisomerase II;CPS-6;CED-3 protease suppressor;WAH-1
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 7. 1. 2012 18:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/795881/cs
    10. Representation of T-cell receptor V beta families detected by reverse transcription PCR and capillary electrophoresis
      TESAŘOVÁ, Lenka, Irena KOUTNÁ, Martina PETERKOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Magdaléna DVOŘÁKOVÁ a Stanislav STEJSKAL. Representation of T-cell receptor V beta families detected by reverse transcription PCR and capillary electrophoresis. In Experimental Hematology, Volume 37, Number 9. University of Nevada, USA: Elsevier, 2009, s. 72. ISSN 0301-472X.
      Název česky: Zastoupení V beta rodin T-buněčného receptoru detekované pomocí zpětné PCR a kapilární elektroforézy
      RIV/00216224:14330/09:00036623 Stať ve sborníku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Tesařová, Lenka (203 Česká republika) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant) -- Peterková, Martina (203 Česká republika) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika) -- Dvořáková, Magdaléna (203 Česká republika) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: T cells - V beta gene families - reverse transcription PCR - capillary electrophoresis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Lenka Tesařová, Ph.D., učo 78340. Změněno: 16. 9. 2009 15:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/845818/cs
    11. Segmentation of Touching Cell Nuclei using a Two-Stage Graph Cut Model
      DANĚK, Ondřej, Pavel MATULA, Carlos ORTIZ-DE-SOLÓRZANO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Martin MAŠKA a Michal KOZUBEK. Segmentation of Touching Cell Nuclei using a Two-Stage Graph Cut Model. In 16th Scandinavian Conference on Image Analysis. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2009, s. 410-419. ISBN 978-3-642-02229-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-02230-2_42.
      URL
      Název česky: Segmentace dotýkajících se buněčných jader pomocí dvou fázové metody založené na hledání minimálního řezu v grafu
      RIV/00216224:14330/09:00067107 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Daněk, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Ortiz-de-Solórzano, Carlos (724 Španělsko) -- Muñoz-Barrutia, Arrate (724 Španělsko) -- Maška, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image segmentation; cell nuclei cluster separation; graph cuts; energy minimization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/798739/cs
    12. The in vitro proliferation potential and proportion of CD133+ versus CD34+ hematopoietic stem cells
      PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Pavel ŠIMARA, Stanislav STEJSKAL a Lenka TESAŘOVÁ. The in vitro proliferation potential and proportion of CD133+ versus CD34+ hematopoietic stem cells. In Experimental Hematology, Volume 37, Number 9. University of Nevada, USA: Elsevier, 2009, s. 35-36. ISSN 0301-472X.
      Název česky: In vitro proliferační potenciál CD133+ versus CD34+ hematopoetických kmenových buněk
      RIV/00216224:14330/09:00036621 Stať ve sborníku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Peterková, Martina (203 Česká republika, domácí) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šimara, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Stejskal, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CD133 positive - CD34 positive - HSC
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Pavel Šimara, Ph.D., učo 67594. Změněno: 2. 3. 2018 10:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/845799/cs

    2008

    1. Arbitrarily-Oriented Anisotropic 3D Gaussian Filtering Computed with 1D Convolutions without Interpolation
      ULMAN, Vladimír. Arbitrarily-Oriented Anisotropic 3D Gaussian Filtering Computed with 1D Convolutions without Interpolation. In Proceedings of 8th WSEAS International Conference on Signal Processing, Computational Geometry and Artificial Vision. Ateny: WSEAS, 2008, s. 56-62. ISBN 978-960-6766-95-4.
      Název česky: Obecně orientované anisotropní 3D Gausovské fitrování počítáno pomocí 1D konvolucí bez interpolací
      RIV/00216224:14330/08:00026077 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Řecko.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: Gaussian separability spatial image filtering
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 12. 6. 2009 08:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/769189/cs
    2. cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations
      PETERKOVÁ, Martina, Irena KOUTNÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Michaela POTĚŠILOVÁ, Zdeněk RUČKA, Viera HRABČÁKOVÁ a Martin KLABUSAY. cDNA Microarray: Gene Expression Profiling of Small Cell Populations. 2008.
      Název česky: cDNA Microarray: Expresní profilování malých buněčných pupulací
      RIV/00216224:14330/08:00027029 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Rakousko.
      Peterková, Martina (203 Česká republika) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, garant) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika) -- Potěšilová, Michaela (203 Česká republika) -- Ručka, Zdeněk (203 Česká republika) -- Hrabčáková, Viera (703 Slovensko) -- Klabusay, Martin (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: cDNA microarray; RNA isolation; RNA amplifiacation; CD34+ cells
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Martina Peterková, učo 63637. Změněno: 18. 12. 2008 13:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/799913/cs

    2007

    1. A Comparison of Fast Level Set-Like Algorithms for Image Segmentation in Fluorescence Microscopy
      MAŠKA, Martin, Jan HUBENÝ, David SVOBODA a Michal KOZUBEK. A Comparison of Fast Level Set-Like Algorithms for Image Segmentation in Fluorescence Microscopy. Online. In 3rd International Symposium on Visual Computing. Berlin, Heidelberg: Spinger-Verlag, 2007, s. 571-581. ISBN 978-3-540-76855-5.
      URL
      Název česky: Porovnání rychlých aproximací Level Set metody pro segmentaci obrazu ve fluorescenční mikroskopii
      RIV/00216224:14330/07:00022769 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Maška, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hubený, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image segmentation; level set method; active contours
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734. Změněno: 13. 12. 2015 02:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/726645/cs
    2. Bioinformatic and image analyses of the cellular localization of the apoptotic proteins endonuclease G, AIF, and AMID during apoptosis in human cells
      VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Vladimír ULMAN, Emilie LUKÁŠOVÁ a Michal KOZUBEK. Bioinformatic and image analyses of the cellular localization of the apoptotic proteins endonuclease G, AIF, and AMID during apoptosis in human cells. Apoptosis. USA: Springer Science, 2007, roč. 12, č. 7, s. 1155-1171. ISSN 1360-8185.
      Název česky: Bioinformatická a obrazová analýza buněčné lokalizace apoptotických proteinů endonukleázy G, AIF a AMIDu během apoptózy v lidských buňkách
      RIV/00216224:14330/07:00020060 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Vařecha, Miroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Zimmermann, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: apoptosis-inducing factor; endonuclease G; AIF-homologous mitochondrion-associated inducer of death; living cells; colocalization image analysis; analysis of amino acid sequence
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 20. 6. 2012 09:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/704400/cs
    3. Distinct patterns of histone methylation and acetylation in human interphase nuclei
      SKALNÍKOVÁ, Magdalena, Eva BÁRTOVÁ, Vladimír ULMAN, Petr MATULA, David SVOBODA, Andrea HARNIČAROVÁ, Michal KOZUBEK a Stanislav KOZUBEK. Distinct patterns of histone methylation and acetylation in human interphase nuclei. Physiological Research. Prague: Czech Academy of Sciences, 2007, roč. 56, č. 6, s. 797-806. ISSN 0862-8408.
      Název česky: Rozdílné paterny metylace a acetylace histonů v lidských interfázních jádrech
      RIV/00216224:14330/07:00020185 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Svoboda, David (203 Česká republika, domácí) -- Harničarová, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Histone methylation; acetylation; X chromosome; centromere; image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 20. 6. 2012 09:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/714237/cs
    4. Estimating Large Local Motion in Live-Cell Imaging Using Variational Optical Flow
      HUBENÝ, Jan, Vladimír ULMAN a Pavel MATULA. Estimating Large Local Motion in Live-Cell Imaging Using Variational Optical Flow. In VISAPP 2007 Second International Conference On Computer Vision Theory And Applications, Proceedings. Portugal: INSTICC PRESS, 2007, s. 542-548. ISBN 978-972-8865-74-0.
      Název česky: Odhadování velkých lokálních pohybů v in-vivo obrazových sekvencích pomocí variačních metod optického toku
      RIV/00216224:14330/07:00020059 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Španělsko.
      Hubený, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Ulman, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: live-cell imaging motion tracking 3D imaging variational optical flow
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 20. 6. 2012 09:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/704397/cs
    5. Expression Profiling of CD34+ of Peripheral Blood of Patients with Lymphoma During ex vivo Granulocytic Differentiation
      KOUTNÁ, Irena, Lenka TESAŘOVÁ, Martin KLABUSAY, Petr KROTORÁD, Michal STREHOVSKÝ, Martina PETERKOVÁ a Viera HRABČÁKOVÁ. Expression Profiling of CD34+ of Peripheral Blood of Patients with Lymphoma During ex vivo Granulocytic Differentiation. 2007.
      URL
      Název česky: Expresní profilování CD34+ buněk z periferní krve pacientů s lymfomem během granulocytické diferenciace ex vivo
      RIV/00216224:14330/07:00023259 Audiovizuální tvorba. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Koutná, Irena (203 Česká republika, garant) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika) -- Klabusay, Martin (203 Česká republika) -- Krotorád, Petr (203 Česká republika) -- Strehovský, Michal (703 Slovensko) -- Peterková, Martina (203 Česká republika) -- Hrabčáková, Viera (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: CD34+; cDNA microarrays; lymphoma
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D., učo 18705. Změněno: 9. 1. 2008 16:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/747873/cs
    6. New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways
      KOUTNÁ, Irena, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Eva BÁRTOVÁ, Michal KOZUBEK a Stanislav KOZUBEK. New insights into gene positional clustering and its properties supported by large-scale analysis of various differentiation pathways. Genomics. United States: Elsevier Science Inc, 2007, roč. 89, č. 1, s. 81-88. ISSN 0888-7543.
      Název česky: Nové poznatky v oblasti pozičního klastrování genů získané globální analýzou diferenciačních drah
      RIV/00216224:14330/07:00019031 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Koutná, Irena (203 Česká republika, garant) -- Krontorád, Petr (203 Česká republika) -- Svoboda, Zbyněk (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Gene clustering; Differentiation; Microarrays; HL-60; K-562
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D., učo 18705. Změněno: 8. 2. 2008 10:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/705063/cs
    7. On Generating Ground-truth Time-lapse Image Sequences and Flow Fields
      ULMAN, Vladimír a Jan HUBENÝ. On Generating Ground-truth Time-lapse Image Sequences and Flow Fields. In Proceedings of the Fourth International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics. RA-1. Angers: INSTICC, 2007, s. 234-239. ISBN 978-972-8865-83-2.
      Název česky: O generování spolehlivých obrazových sekvencí a jejich optických toků
      RIV/00216224:14330/07:00021980 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Francie.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant) -- Hubený, Jan (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: optical flow evaluation ground-truth flow field image formation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 12. 6. 2009 08:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/715064/cs
    8. Pseudo-real Image Sequence Generator for Optical Flow Computations
      ULMAN, Vladimír a Jan HUBENÝ. Pseudo-real Image Sequence Generator for Optical Flow Computations. In Proceedings of 15th Scandinavian Conference on Image Analysis. LNCS 4522. Heidelberg: Springer, 2007, s. 976-985. ISBN 978-3-540-73039-2.
      Název česky: Generátor pseudo-reálných obrazů pro výpočet optického toku
      RIV/00216224:14330/07:00021798 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Dánsko.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hubený, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: optical flow ground-truth flow field fluorescent microscopy image formation
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 2. 7. 2011 05:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/706331/cs

    2006

    1. Automated analysis of multi-dimensional biomedical image data acquired using optical microscopy
      KOZUBEK, Michal. Automated analysis of multi-dimensional biomedical image data acquired using optical microscopy. Ed. R. Lechnerová, I. Saxl, V. Beneš. In Proceedings of the 6th International Conference on Stereology, Spatial Statistics and Stochastic Geometry. Prague: Union of Czech Mathematicians and Physicists, 2006, s. 465-476. ISBN 80-7015-037-8.
      Název česky: Automatická analýza vícerozměrných biomedicínských obrazových dat získaných pomocí optické mikroskopie
      RIV/00216224:14330/06:00018293 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Česká republika.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: image analysis; biomedical applications; multidimensional data; human genome; optical microscopy; automation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 09:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/708749/cs
    2. Automatic Detection of Histones on Chromosome X in Images of Cell Nuclei
      ULMAN, Vladimír. Automatic Detection of Histones on Chromosome X in Images of Cell Nuclei. Clinician and Technology (Lékař a technika). Praha: Czech Medical Association J.E.Purkyne, 2006, roč. 36, č. 2, s. 160-164. ISSN 0301-5491.
      Název česky: Automatická detekce histonů u chromosomu X v obrazech buněčného jádra
      RIV/00216224:14330/06:00015770 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: image registration; voxel-based registration; top-hat filtering; image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 2. 6. 2010 16:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/639606/cs
    3. Comparative transcriptome maps: a new approach to the diagnosis of colorectal carcinoma patients using cDNA microarrays
      JANSOVÁ, Eva, Irena KOUTNÁ, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Silvie KŘIVÁNKOVÁ, Jan ŽALOUDÍK, Michal KOZUBEK a Stanislav KOZUBEK. Comparative transcriptome maps: a new approach to the diagnosis of colorectal carcinoma patients using cDNA microarrays. Clinical Genetics. Denmark: Blackwell Munksgaard, 2006, roč. 69, č. 3, s. 218-227. ISSN 0009-9163.
      Název česky: Srovnávací transkripční mapy: nový přístup v diagnostice pacientů s kolorektálním karcinomem pomocí cDNA microarrays
      Název anglicky: Comparative transcriptome maps: a new approach to the diagnosis of colorectal carcinoma patients using cDNA microarrays
      RIV/00216224:14330/06:00015299 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Dánsko.
      Jansová, Eva (203 Česká republika, garant) -- Koutná, Irena (203 Česká republika) -- Krontorád, Petr (203 Česká republika) -- Svoboda, Zbyněk (203 Česká republika) -- Křivánková, Silvie (203 Česká republika) -- Žaloudík, Jan (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: colorectal carcinoma; cDNA microarrays; transcriptome map; functional clustering; expression profiles
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 09:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/622604/cs
    4. Evaluation of CD34+ - and Lin- -selected cells from peripheral blood stem cell grafts of patients with lymphoma during differentiation in culture ex vivo using a cDNA microarray technique
      KOUTNÁ, Irena, Martin KLABUSAY, Viera HRABČÁKOVÁ, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Michal KOZUBEK a Jiří MAYER. Evaluation of CD34+ - and Lin- -selected cells from peripheral blood stem cell grafts of patients with lymphoma during differentiation in culture ex vivo using a cDNA microarray technique. Experimental hematology. Netherlands: Elsevier Science Inc, 2006, roč. 34, č. 7, s. 832-840, 10 s. ISSN 0301-472X.
      Název česky: Analýza CD34+ a Lin- kmenových buněk z periferních krve pacientů s lymfomem během ex vivo diferenciace v kultuře pomocí techniky DNA microarray
      RIV/00216224:14330/06:00016104 Článek v odborném periodiku. Onkologie a hematologie. angličtina. Nizozemské království.
      Koutná, Irena (203 Česká republika, garant) -- Klabusay, Martin (203 Česká republika) -- Hrabčáková, Viera (703 Slovensko) -- Krontorád, Petr (203 Česká republika) -- Svoboda, Zbyněk (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Mayer, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Hematopoietic stem cells; hematopoietic transplantation; cytokines; ex vivo expansion; immunomagnetic separation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D., učo 18705. Změněno: 12. 12. 2006 10:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/705058/cs
    5. Fast Point-Based 3D Alignment of Live Cells
      MATULA, Petr, Pavel MATULA, Michal KOZUBEK a Vladimír DVOŘÁK. Fast Point-Based 3D Alignment of Live Cells. IEEE Transactions on Image Processing. 2006, roč. 15, č. 8, s. 2388-2396. ISSN 1057-7149.
      Název česky: Rychlé lícování 3D obrazů živých buněk založené na bodech
      RIV/00216224:14330/06:00015279 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Matula, Petr (203 Česká republika, garant) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Dvořák, Vladimír (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Live cell imaging; point pattern matching; 3D image registration
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 18. 1. 2007 18:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/581001/cs
    6. Improved 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes Based on Nonlinear Diffusion Filtering
      HUBENÝ, Jan, Pavel MATULA, Petr MATULA a Michal KOZUBEK. Improved 3D Reconstruction of Interphase Chromosomes Based on Nonlinear Diffusion Filtering. In Proceedings of PDE-Based Image Processing and Related Inverse Problems. Berlin: Springer-Verlag, 2006, s. 163-173, 10 s. ISBN 3-540-33266-9.
      Název česky: Vylepšení 3D rekonstrukce chromosomů v interfázi založené na nelineárním difúzním filtrování
      RIV/00216224:14330/06:00015590 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Hubený, Jan (203 Česká republika, garant) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Nonlinear diffusion filtering; PDE based image processing; interphase chromosomes; biomedical application
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927. Změněno: 18. 3. 2008 01:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/622564/cs
    7. Localization of genetic elements of intact and derivative chromosome 11 and 22 territories in nuclei of Ewing sarcoma cells
      TASLEROVÁ, Renata, Stanislav KOZUBEK, Eva BÁRTOVÁ, Pavla GAJDUŠKOVÁ, Roman KODET a Michal KOZUBEK. Localization of genetic elements of intact and derivative chromosome 11 and 22 territories in nuclei of Ewing sarcoma cells. Journal of Structural Biology. San Diego,USA: Academic Press, 2006, roč. 155, č. 3, s. 493-504. ISSN 1047-8477.
      RIV/00216224:14330/06:00040618 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Taslerová, Renata (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika, garant) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Gajdušková, Pavla (203 Česká republika) -- Kodet, Roman (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: HIGH-RESOLUTION CYTOMETRY; HUMAN LEUKEMIC-CELLS; HUMAN-LYMPHOCYTES; EXCHANGE ABERRATIONS; SPATIAL-ORGANIZATION; INTERPHASE NUCLEUS; BCR GENES; DOMAINS; CYCLE; TOPOGRAPHY
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 30. 10. 2010 11:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/904676/cs
    8. Transcription density map as a new tool for evaluation of various expression profiles: Ex vivo differentiation of CD34+ cells
      KOUTNÁ, Irena, Petr KRONTORÁD, Lenka TESAŘOVÁ, Martin KLABUSAY, Viera HRABČÁKOVÁ a Michal KOZUBEK. Transcription density map as a new tool for evaluation of various expression profiles: Ex vivo differentiation of CD34+ cells. In ISREC Conference on Cancer Research. 2006.
      Název česky: Hustotní transkripční mapy jako nový nástroj pro porovnávání expresních profilů; Ex vivo diferenciace CD34+ buněk
      RIV/00216224:14330/06:00040704 Konferenční abstrakt. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Švýcarsko.
      Koutná, Irena (203 Česká republika, garant) -- Krontorád, Petr (203 Česká republika) -- Tesařová, Lenka (203 Česká republika) -- Klabusay, Martin (203 Česká republika) -- Hrabčáková, Viera (703 Slovensko) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: microarrays; gene expression
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Irena Koutná, Ph.D., učo 18705. Změněno: 7. 6. 2010 11:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/708362/cs

    2005

    1. Analysis of biomedical image data acquired using optical microscopy
      KOZUBEK, Michal, Pavel MATULA, Petr MATULA a David SVOBODA. Analysis of biomedical image data acquired using optical microscopy. In Prague Post Genome Technology Workshop. Prague, Czech Republic: Czech Pattern Recognition Society, 2005, s. 24-27. ISBN 80-01-03239-6.
      Název česky: Analýza biomedicínských dat pořízených na optickém mikroskopu
      RIV/00216224:14330/05:00012538 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Česká republika.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Svoboda, David (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: optical microscope; image analysis; image reconstruction; image registration
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 09:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/573496/cs
    2. cDNA Microarray Technology as a Tool for Better Understanding of Progress of Malignant Diseases
      KOUTNÁ, Irena, Eva JANSOVÁ, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Michal KOZUBEK a Stanislav KOZUBEK. cDNA Microarray Technology as a Tool for Better Understanding of Progress of Malignant Diseases. In Prague Post Genome Technology Workshop. Prague, Czech Republic: Czech Pattern Recognition Society, 2005, s. 69-72. ISBN 80-01-03239-6.
      Název česky: cDNA microarray technologie jako nástroj k lepšímu pochopení progrese maligních onemocnění
      RIV/00216224:14330/05:00013836 Stať ve sborníku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Česká republika.
      Koutná, Irena (203 Česká republika) -- Jansová, Eva (203 Česká republika) -- Krontorád, Petr (203 Česká republika) -- Svoboda, Zbyněk (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: microarray
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 09:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/573507/cs
    3. Mosaicking of High-resolution Biomedical Images Acquired from Wide-field Optical Microscope
      ULMAN, Vladimír. Mosaicking of High-resolution Biomedical Images Acquired from Wide-field Optical Microscope. In Proceedings of the 3rd European Medical and Biological Engineering Conference EMBEC'05. Praha: IFMBE Proceedings Series, vol. 11, 2005, s. 1-5. ISSN 1727-1983.
      Název česky: Skládání biomedicínských obrazů o velmi vysokém rozlišení pořízených na optickém mikroskopu
      RIV/00216224:14330/05:00014518 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Ulman, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: image processing; image registration; graph representation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D., učo 4203. Změněno: 2. 7. 2011 05:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/608804/cs

    2004

    1. Automated acquisition and processing of multidimensional image data in confocal in vivo microscopy
      KOZUBEK, Michal, Petr MATULA, Pavel MATULA a Stanislav KOZUBEK. Automated acquisition and processing of multidimensional image data in confocal in vivo microscopy. Microscopy research and technique. USA: Wiley-Liss, 2004, roč. 64, č. 2, s. 164-175. ISSN 1059-910X.
      Název česky: Automatické snímání a zpracování multidimenzionálních obrazových dat v konfokální in vivo mikroskopii
      RIV/00216224:14330/04:00009712 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: automated microscopy; confocal microscopy; in vivo imaging; Nipkow disk
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019. Změněno: 6. 5. 2009 12:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/564368/cs
    2. Automated confocal microscopy: The way of achieving both quality and quantity in 3D image cytometry
      KOZUBEK, Michal, Petr MATULA a Pavel MATULA. Automated confocal microscopy: The way of achieving both quality and quantity in 3D image cytometry. In International Symposium on Biomedical Imaging. Arlington, USA: IEEE, 2004, s. 69-72. ISBN 0-7803-8389-3.
      Název česky: Automatizovaná konfokální mikroskopie: Způsob dosažení jak kvality tak kvantity v 3D obrazové cytometrii
      RIV/00216224:14330/04:00009713 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: image cytometry; confocal microscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 15:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/564376/cs

    2003

    1. Arrangement of chromosome 11 and 22 territories, EWSR1 and FLI-1 genes, and other genetic elements of these chromosomes in human lymphocytes and Ewing sarcoma cells
      TASLEROVÁ, Renata, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Pavla JIRSOVÁ, Eva BÁRTOVÁ a Michal KOZUBEK. Arrangement of chromosome 11 and 22 territories, EWSR1 and FLI-1 genes, and other genetic elements of these chromosomes in human lymphocytes and Ewing sarcoma cells. Human Genetics. 2003, roč. 112, č. 2, s. 143-155. ISSN 0340-6717.
      RIV/00216224:14330/03:00007922 Článek v odborném periodiku. Onkologie a hematologie. angličtina. Německo.
      Taslerová, Renata (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Jirsová, Pavla (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: human genome structure; interphase cell nuclei
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 15:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/406051/cs
    2. Nuclear and territorial topography of chromosome telomeres in human lymphocytes
      AMRICHOVÁ, Jana, Emilie LUKÁŠOVÁ, Stanislav KOZUBEK a Michal KOZUBEK. Nuclear and territorial topography of chromosome telomeres in human lymphocytes. Experimental Cell Research. Elsevier Science, USA, 2003, roč. 289, č. 1, s. 11-26. ISSN 0014-4827.
      URL
      Název anglicky: Nuclear and territorial topography of chromosome telomeres in human lymphocytes
      RIV/00216224:14330/03:00008551 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Spojené státy.
      Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: nuclear architecture; telomere; centromere; chromosome territory; chromatin structure; interphase chromosome; human lymphocytes; telomere association; telomere tethering
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 08:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/485603/cs
    3. Precise 3D image alignment in micro-axial tomography
      MATULA, Petr, Michal KOZUBEK, Florian STAIER a Michael HAUSMANN. Precise 3D image alignment in micro-axial tomography. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2003, roč. 209, č. 2, s. 126-142. ISSN 0022-2720.
      RIV/00216224:14330/03:00008544 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Matula, Petr (203 Česká republika, garant) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Staier, Florian (276 Německo) -- Hausmann, Michael (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: assignment; image fusion; image registration; Kuhn-Munkres algorithm; micro-axial tomography; resolution improvement
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019. Změněno: 6. 5. 2009 10:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/484897/cs

    2002

    1. Automated micro axial tomography of cell nuclei after specific labelling by fluorescence in situ hybridisation
      KOZUBEK, Michal, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Petr MATULA, Eva BÁRTOVÁ, Joachim RAUCH, Friedrich NEUHAUS, Heinz EIPEL a Michael HAUSMANN. Automated micro axial tomography of cell nuclei after specific labelling by fluorescence in situ hybridisation. Micron. Amsterdam: Elsevier, 2002, roč. 33, č. 7, s. 655-665. ISSN 0968-4328.
      RIV/00216224:14330/02:00006215 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Nizozemské království.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant) -- Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Matula, Petr (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Rauch, Joachim (276 Německo) -- Neuhaus, Friedrich (276 Německo) -- Eipel, Heinz (276 Německo) -- Hausmann, Michael (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: micro axial tomography; automated microscopy; high-resolution cytometry; FISH imaging; interphase cell nuclei
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019. Změněno: 6. 5. 2009 10:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/404450/cs
    2. 3D Structure of the human genome: Order in randomness
      KOZUBEK, Stanislav, Emilie LUKÁŠOVÁ, Pavla JIRSOVÁ, Irena KOUTNÁ, Michal KOZUBEK, Alena GAŇOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Martin FALK a Renata TASLEROVÁ. 3D Structure of the human genome: Order in randomness. Chromosoma. Berlin: Springer-Verlag, 2002, roč. 111, č. 5, s. 321-331. ISSN 0009-5915.
      RIV/00216224:14330/02:00006554 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Německo.
      Kozubek, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Jirsová, Pavla (203 Česká republika) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, domácí) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Gaňová, Alena (203 Česká republika, domácí) -- Bártová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Falk, Martin (203 Česká republika) -- Taslerová, Renata (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: human genome structure; interphase cell nuclei
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Martin Falk, Ph.D., učo 9835. Změněno: 24. 8. 2012 12:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/406042/cs

    2001

    1. Combined confocal and wide-field high-resolution cytometry of FISH-stained cells
      KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Pavel MATULA, Petr MATULA, Pavla JIRSOVÁ, Alena GAŇOVÁ a Irena KOUTNÁ. Combined confocal and wide-field high-resolution cytometry of FISH-stained cells. Cytometry. New York: International Society for Analytical Cyt, 2001, roč. 45, č. 1, s. 1-12. ISSN 0196-4763.
      URL
      RIV/00216224:14330/01:00004339 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Skalníková, Magdalena (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Jirsová, Pavla (203 Česká republika, domácí) -- Gaňová, Alena (203 Česká republika, domácí) -- Koutná, Irena (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: high-resolution cytometry; fluorescence in situ hybridization; interphase nuclei; fluorescence microscopy; automated microscopy; image analysis; 3-D analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 29. 1. 2021 18:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/366392/cs
    2. Theoretical versus experimental resolution in optical microscopy
      KOZUBEK, Michal. Theoretical versus experimental resolution in optical microscopy. Microscopy research and technique. USA: Wiley-Liss, 2001, roč. 53, č. 2, s. 157-166. ISSN 1059-910X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/jemt.1080.
      URL
      RIV/00216224:14330/01:00004204 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: resolution; confocal microscopy; wide-field microscopy; image processing; fluorescent bead
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 29. 1. 2021 18:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/362371/cs

    2000

    1. An efficient algorithm for measurement and correction of chromatic aberrations in fluorescence microscopy
      KOZUBEK, Michal a Petr MATULA. An efficient algorithm for measurement and correction of chromatic aberrations in fluorescence microscopy. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, 2000, roč. 200, č. 3, s. 206-217. ISSN 0022-2720.
      URL
      RIV/00216224:14330/00:00002780 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika, garant, domácí) -- Matula, Petr (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: chromatic aberration; fluorescence microscopy; fluorescent bead; image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 29. 1. 2021 18:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/346313/cs
    2. Spatial arrangement of genes, centromeres and chromosomes in human blood cell nuclei and its changes during the cell cycle, differentiation and after irradiation
      SKALNÍKOVÁ, Magdalena, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Pavla JIRSOVÁ, Alena CAFOURKOVÁ, Irena KOUTNÁ a Michal KOZUBEK. Spatial arrangement of genes, centromeres and chromosomes in human blood cell nuclei and its changes during the cell cycle, differentiation and after irradiation. Chromosome Research. Dordrecht: Kluwer Academic, 2000, roč. 8, č. 6, s. 487-499. ISSN 0967-3849.
      abstract
      RIV/00216224:14330/00:00002779 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Nizozemské království.
      Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Jirsová, Pavla (203 Česká republika) -- Cafourková, Alena (203 Česká republika) -- Koutná, Irena (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: cell cycle; chromosomes; differentiation; image analysis; nuclear structure
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/346312/cs
    3. Topography of genetic loci in tissue samples: towards new diagnostic tool using interphase FISH and high-resolution image analysis techniques
      KOUTNÁ, Irena, Stanislav KOZUBEK, Jan ŽALOUDÍK, Michal KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Pavel MATULA, Eva BÁRTOVÁ, Magdalena SKALNÍKOVÁ, Alena CAFOURKOVÁ a Pavla JIRSOVÁ. Topography of genetic loci in tissue samples: towards new diagnostic tool using interphase FISH and high-resolution image analysis techniques. Analytical Cellular Pathology. Amsterdam: IOS Press, 2000, roč. 20, č. 4, s. 173-185. ISSN 0921-8912.
      abstract
      RIV/00216224:14330/00:00002781 Článek v odborném periodiku. Genetika a molekulární biologie. angličtina. Nizozemské království.
      Koutná, Irena (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Žaloudík, Jan (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Matula, Pavel (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Cafourková, Alena (203 Česká republika) -- Jirsová, Pavla (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: FISH; high-resolution image analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/346315/cs

    1999

    1. Advances in computer analysis of radiation-induced changes in human genome
      KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Leonard RÝZNAR, Andrea LIŠKOVÁ, Jana AMRICHOVÁ a Gerda HORNECK. Advances in computer analysis of radiation-induced changes in human genome. edited by C.Baumstark-Khan, S.Kozubek, G.Horneck. In Fundamentals for the assesment of risks from environmental radiation. Dordrecht: Kluwer Academic Publishers, 1999, s. 243-248. ISBN 0-7923-5667-5.
      RIV/00216224:14330/99:00001462 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Nizozemské království.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika)
      Změnil: Ing. Libor Holuša, CSc., učo 83458. Změněno: 8. 7. 2003 09:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/223633/cs
    2. High-resolution cytometry of FISH dots in interphase cell nuclei
      KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Andrea MAREČKOVÁ, Eva BÁRTOVÁ, Magdalena SKALNÍKOVÁ a Adriana JERGOVÁ. High-resolution cytometry of FISH dots in interphase cell nuclei. Cytometry. New York: International Society for Analytical Cyt, 1999, roč. 36, č. 4, s. 279-293. ISSN 0196-4763.
      RIV/00216224:14330/99:00001446 Článek v odborném periodiku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Bártová, Eva (203 Česká republika) -- Skalníková, Magdalena (203 Česká republika) -- Jergová, Adriana (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: fluorescence in situ hybridization; interphase nuclei; fluorescence microscopy; automated microscopy; image analysis; 3-D analysis; high-resolution cytometry
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/223212/cs

    1998

    1. Semi-automated FISH-stained interphase nuclei analysis in human genome studies
      KOZUBEK, Michal, Stanislav KOZUBEK, Emilie LUKÁŠOVÁ, Jana AMRICHOVÁ, Leonard RÝZNAR a Andrea LIŠKOVÁ. Semi-automated FISH-stained interphase nuclei analysis in human genome studies. edited by J.Slavík. In Fluorescence Microscopy and Fluorescent Probes. vol.2. New York: Plenum, 1998, s. 173-179. ISBN 0-306-46021-1.
      RIV/00216224:14330/98:00001507 Stať ve sborníku. Využití počítačů, robotika a její aplikace. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Amrichová, Jana (203 Česká republika) -- Lišková, Andrea (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: image analysis; automated microscopy; fluorescence in situ hybridization; interphase nuclei
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224633/cs

    1997

    1. Distribution of ABL and BCR genes in cell nuclei of normal and irradiated lymphocytes
      KOZUBEK, Stanislav, Emilie LUKÁŠOVÁ, Leonard RÝZNAR, Michal KOZUBEK, Raisa GOVORUN, Evgenij KRASAVIN a Gerda HORNECK. Distribution of ABL and BCR genes in cell nuclei of normal and irradiated lymphocytes. Blood. 1997, roč. 89, č. 12, s. 4537-4545. ISSN 0006-4971.
      RIV/00216224:14330/97:00001510 Článek v odborném periodiku. Biofyzika. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: nuclear topography; ABL; BCR
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224656/cs
    2. Localisation and distance between ABL and BCR genes in interphase nuclei of bone marrow cells of control donors and patients with chronic myeloid leukemia
      LUKÁŠOVÁ, Emilie, Stanislav KOZUBEK, Michal KOZUBEK, Jana KJERONSKÁ, Leonard RÝZNAR, Jana HORÁKOVÁ, Eva KRAHULCOVÁ a Gerda HORNECK. Localisation and distance between ABL and BCR genes in interphase nuclei of bone marrow cells of control donors and patients with chronic myeloid leukemia. Human Genetics. 1997, roč. 100, 5/6, s. 525-535. ISSN 0340-6717.
      RIV/00216224:14330/97:00001513 Článek v odborném periodiku. Onkologie a hematologie. angličtina. Německo.
      Lukášová, Emilie (203 Česká republika) -- Kozubek, Stanislav (203 Česká republika) -- Kozubek, Michal (203 Česká republika) -- Krahulcová, Eva (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: nuclear topography; ABL; BCR; interphase nuclei; bone marrow; CML
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224672/cs
    3. Optical transfer functions of 4Pi confocal microscopes : theory and experiment
      SCHRADER, Martin, Michal KOZUBEK, Stefan HELL a Tony WILSON. Optical transfer functions of 4Pi confocal microscopes : theory and experiment. Optics Letters. 1997, roč. 22, č. 7, s. 436-438. ISSN 0146-9592.
      RIV/00216224:14330/97:00001526 Článek v odborném periodiku. Optika, masery a lasery. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: confocal microscopy; 4Pi; OTF
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224817/cs

    1996

    1. Confocal microscopy by aperture correlation
      WILSON, Tony, Rimas JUŠKAITIS, Mark NEIL a Michal KOZUBEK. Confocal microscopy by aperture correlation. Optics Letters. 1996, roč. 21, č. 23, s. 1879-1881. ISSN 0146-9592.
      RIV/00216224:14330/96:00001524 Článek v odborném periodiku. Optika, masery a lasery. angličtina. Spojené státy.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: confocal microscopy; SCAM
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224812/cs
    2. Efficient real-time confocal microscopy with white light sources
      JUŠKAITIS, Rimas, Tony WILSON, Mark NEIL a Michal KOZUBEK. Efficient real-time confocal microscopy with white light sources. Nature. 1996, roč. 383, č. 6603, s. 804-806. ISSN 0028-0836.
      RIV/00216224:14330/96:00001521 Článek v odborném periodiku. Optika, masery a lasery. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kozubek, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: confocal microscopy; SCAM
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Michal Kozubek, Ph.D., učo 3740. Změněno: 7. 5. 2010 17:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/224771/cs
Zobrazeno: 19. 9. 2024 14:35