Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. SCHÄFER, Marco, Nicolas BRICH, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Philipp THIEL, Barbora KOZLÍKOVÁ a Michael KRONE. InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE Computer Society, 2024, roč. 30, č. 4, s. 1984-1997. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2023.3337642.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Schäfer, Marco (276 Německo) -- Brich, Nicolas (276 Německo) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Thiel, Philipp (276 Německo) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Krone, Michael (276 Německo, garant)
      Klíčová slova anglicky: proteins; drugs; visualization; data visualization; three-dimensional displays; receptor (biochemistry); carbon
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 14. 3. 2024 13:55.

    2023

    1. LANG, Matěj, Clemens STROBEL, Felix WECKESSER, Danielle Kathryn LANGLOIS, Enkelejda KASNECI, Barbora KOZLÍKOVÁ a Michael KRONE. A multimodal smartwatch-based interaction concept for immersive environments. Computers & Graphics. Oxford: Elsevier, 2023, roč. 117, December, s. 85-95. ISSN 0097-8493. doi:10.1016/j.cag.2023.10.010.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Lang, Matěj (203 Česká republika, garant, domácí) -- Langlois, Danielle Kathryn (840 Spojené státy, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Smartwatch;AR user interaction;Gesture interface;Input device;User experience;Cross-device interaction
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 7. 2. 2024 07:51.
    2. POKOJNÁ, Hana, Barbora KOZLÍKOVÁ, Drew BERRY, Simone KRIGLSTEIN a Katarína FURMANOVÁ. Seeing the unseen: Comparison study of representation approaches for biochemical processes in education. PLoS ONE. 2023, roč. 18, č. 11, s. "e0293592", 27 s. ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0293592.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Estonsko.
      Pokojná, Hana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Kriglstein, Simone (40 Rakousko, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biochemical processes;abstraction;education;comparative study

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 7. 2. 2024 07:51.
    3. ULBRICH, Pavol, Manuela WALDNER, Katarína FURMANOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan BYŠKA. sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, 2023, roč. 29, č. 1, s. 581-590. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2022.3209411.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, garant, domácí) -- Waldner, Manuela (40 Rakousko) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Molecular dynamics;structure;node-based visualization;progressive analytics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 7. 2. 2024 07:53.
    4. KUŤÁK, David, Pere-Pau VÁZQUEZ, Tobias ISENBERG, Michael KRONE, Marc BAADEN, Jan BYŠKA, Barbora KOZLÍKOVÁ a Haichao MIAO. State of the Art of Molecular Visualization in Immersive Virtual Environments. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2023, roč. 42, č. 6, s. "e14738", 29 s. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.14738.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Kuťák, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: virtual environments;visualization;scientific visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 7. 2. 2024 07:50.
    5. HORÁK, Jiří, Katarína FURMANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Tomáš BRÁZDIL, Petr HOLUB, Martin KAČENGA, Matej GALLO, Rudolf NENUTIL, Jan BYŠKA a Vít RUSŇÁK. xOpat: eXplainable Open Pathology Analysis Tool. COMPUTER GRAPHICS FORUM. England: Wiley, 2023, roč. 42, č. 3, s. 63-73. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.14812.
      URL
      Název anglicky: xOpat: eXplainable Open Pathology Analysis Tool
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Horák, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Holub, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kačenga, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Gallo, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Nenutil, Rudolf (203 Česká republika) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Rusňák, Vít (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Medical Imaging; Scientific Visualization; Open Pathology; Toolkit; artificial intelligence; Visual Analysis; AI explainability; GPU Rendering;
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: doc. RNDr. Tomáš Brázdil, Ph.D., učo 4074. Změněno: 6. 2. 2024 21:04.

    2022

    1. PLANAS IGLESIAS, Joan, Filip OPÁLENÝ, Pavol ULBRICH, Jan ŠTOURAČ, Zainab Kemi SANUSI, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Andrea SMITH, Jan BYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, W1, s. "W465"-"W473", 9 s. ISSN 0305-1048. doi:10.1093/nar/gkac249.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126367 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Opálený, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Sanusi, Zainab Kemi (566 Nigérie, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Smith, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: EVOLUTION; DESIGN; SIMULATIONS; PREDICTION; MODEL
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:43.
    2. PLANAS IGLESIAS, Joan, Filip OPÁLENÝ, Pavol ULBRICH, Jan ŠTOURAČ, Zainab Kemi SANUSI, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, A. SCHENKMAYEROVÁ, Jan BYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. Nástroj LoopGrafter. 2022.
      URL
      Název anglicky: LoopGrafter software tool
      RIV/00216224:14310/22:00129627 Projekty výzkumu a vývoje. čeština. Česká republika.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Opálený, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Sanusi, Zainab Kemi (566 Nigérie, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Schenkmayerová, A. (703 Slovensko) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: EVOLUTION; DESIGN; SIMULATIONS; PREDICTION; MODEL

      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 5. 4. 2023 12:34.
    3. KUŤÁK, David, Matias Nicolás SELZER, Jan BYŠKA, María Luján GANUZA, Ivan BARIŠIĆ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Haichao MIAO. Vivern – A Virtual Environment for Multiscale Visualization and Modeling of DNA Nanostructures. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 2022, roč. 28, č. 12, s. 4825-4838. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2021.3106328.
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00124972 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kuťák, David (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Virtual reality; abstraction; DNA origami; nanostructures; visualization; focus+context; interaction; in silico modeling; nanotechnology; multiscale; magic scale lens
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 3. 2023 17:03.

    2021

    1. DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 11:11.
    2. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Michael KRONE, Kay NIESELT, Renata RAIDOU a Noeska SMIT. Foreword: Special section on the Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine (EG VCBM) 2020. Elsevier ScienceDirect, 2021. doi:10.1016/j.cag.2021.08.004.
      angličtina. Nizozemské království.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 6. 9. 2021 13:00.
    3. KOUŘIL, David, Tobias ISENBERG, Barbora KOZLÍKOVÁ, Miriah MEYER, Eduard GROELLER a Ivan VIOLA. HyperLabels: Browsing of Dense and Hierarchical Molecular 3D Models. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 2021, roč. 27, č. 8, s. 3493-3504. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2020.2975583.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00118725 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kouřil, David (203 Česká republika, garant) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Scientific visualization;navigation;3D molecular data;multi-scale data;hierarchical data;HyperLabels
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 13. 7. 2021 10:07.
    4. SABANDO, María Virginia, Pavol ULBRICH, Matías SELZER, Jan BYŠKA, Jan MIČAN, Ignacio PONZONI, Axel J. SOTO, María Luján GANUZA a Barbora KOZLÍKOVÁ. ChemVA: Interactive Visual Analysis of Chemical Compound Similarity in Virtual Screening. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE, 2021, roč. 27, č. 2, s. 891-901. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2020.3030438.
      URL
      Název anglicky: ChemVA: Interactive Visual Analysis of Chemical Compound Similarity in Virtual Screening
      RIV/00216224:14330/21:00118764 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Sabando, María Virginia (32 Argentina) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Selzer, Matías (32 Argentina) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Ponzoni, Ignacio (32 Argentina) -- Soto, Axel J. (32 Argentina) -- Ganuza, María Luján (32 Argentina) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Virtual screening;visual analysis;dimensionality reduction;coordinated views;cheminformatics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 24. 7. 2023 09:26.
    5. HERMOSILLA CASAJÚS, Pedro, Marco SCHÄFER, Matěj LANG, Gloria FACKELMANN, Pere-Pau VÁZQUEZ ALCOCER, Barbora KOZLÍKOVÁ, Michael KRONE, Tobias RITSCHEL a Timo ROPINSKI. Intrinsic-Extrinsic Convolution and Pooling for Learning on 3D Protein Structures. In International Conference on Learning Representations (ICLR). 2021.
      URL
      Název anglicky: Intrinsic-Extrinsic Convolution and Pooling for Learning on 3D Protein Structures
      RIV/00216224:14330/21:00118838 Prezentace na konferencích. angličtina. Spojené státy.
      Hermosilla Casajús, Pedro (724 Španělsko) -- Schäfer, Marco (276 Německo) -- Lang, Matěj (203 Česká republika, domácí) -- Fackelmann, Gloria (276 Německo) -- Vázquez Alcocer, Pere-Pau (724 Španělsko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Krone, Michael (276 Německo) -- Ritschel, Tobias (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: classification; bioinformatics
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 25. 4. 2022 23:09.
    6. ZÁKOPČANOVÁ, Kristína, Marko ŘEHÁČEK, Jozef BÁTRNA, Daniel PLAKINGER, Sergej STOPPEL a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visilant: Visual Support for the Exploration and Analytical Process Tracking in Criminal Investigations. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE, 2021, roč. 27, č. 2, s. 881-890. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2020.3030356.
      URL
      Název anglicky: Visilant: Visual Support for the Exploration and Analytical Process Tracking in Criminal Investigations
      RIV/00216224:14330/21:00120051 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Zákopčanová, Kristína (203 Česká republika, domácí) -- Řeháček, Marko (703 Slovensko, domácí) -- Bátrna, Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Plakinger, Daniel (703 Slovensko, domácí) -- Stoppel, Sergej (276 Německo) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Criminal investigation;visualization;network;exploration;interaction;tracking;diagram
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2022 08:30.
    7. BRŮŽA, Vojtěch, Jan BYŠKA, Jan MIČAN a Barbora KOZLÍKOVÁ. VRdeo: Creating engaging educational material for asynchronous student-teacher exchange using virtual reality. COMPUTERS & GRAPHICS-UK. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2021, roč. 98, August 2021, s. 280-292. ISSN 0097-8493. doi:10.1016/j.cag.2021.06.009.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00122288 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Brůža, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Virtual reality; Video authoring; Educational material
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 24. 7. 2023 09:24.

    2020

    1. REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Martin DRAŠAR, Jarešová MIROSLAVA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Kristína ZÁKOPČANOVÁ, Pavel ZEZULA, Katarína FURMANOVÁ, Marko ŘEHÁČEK, Jozef BÁTRNA a Daniel PLAKINGER. ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant. 2020.
      ANALYZA – Vizualizační komponenta – Visilant
      Název anglicky: ANALYZA – Visualization Component – Visilant
      RIV/00216224:14610/20:00114825 Software. čeština. Česká republika.
      Rebok, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Batko, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Drašar, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Zákopčanová, Kristína (203 Česká republika, domácí) -- Zezula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Řeháček, Marko (703 Slovensko, domácí) -- Bátrna, Jozef (703 Slovensko, domácí) -- Plakinger, Daniel (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: visualization; ANALYZA; Visilant

      Změnil: RNDr. Tomáš Rebok, Ph.D., učo 39685. Změněno: 29. 4. 2021 14:17.
    2. REBOK, Tomáš, Michal BATKO, Milan ČERMÁK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vladimír MÍČ, Filip NÁLEPA, David NOVÁK, Daniel TOVARŇÁK, Pavel ZEZULA, Jakub PESCHEL, Kasanič DENIS, Denisa ŠRÁMKOVÁ, Erik HRICIŠÁK, Vladimír LAZÁRIK a Kristián GUTIČ. ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém. 2020.
      ANALYZA – Výpočetní a orchestrační subsystém
      Název anglicky: ANALYZA – Computation and Orchestration Subsystem
      RIV/00216224:14610/20:00114824 Software. čeština. Česká republika.
      Rebok, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Batko, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Čermák, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Míč, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Nálepa, Filip (203 Česká republika) -- Novák, David (203 Česká republika) -- Tovarňák, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Zezula, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Peschel, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Denis, Kasanič (703 Slovensko) -- Šrámková, Denisa (203 Česká republika, domácí) -- Hricišák, Erik (703 Slovensko, domácí) -- Lazárik, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Gutič, Kristián (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: orchestrator; ANALYZA

      Změnil: RNDr. Vladimír Míč, Ph.D., učo 359890. Změněno: 11. 3. 2021 03:09.
    3. BEYER, Johanna, Charles HANSEN, Mario HLAWITSCHKA, Ingrid HOTZ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Gerik SCHEUERMANN, Markus STOMMEL, Marc STREIT, Johannes WASCHKE, Thomas WISCHGOLL a Yong WAN. Case Studies for Working with Domain Experts. In Min Chen, Helwig Hauser, Penny Rheingans, Gerik Scheuermann. Foundations of Data Visualization. Switzerland: Springer, 2020. s. 255-278. ISBN 978-3-030-34443-6. doi:10.1007/978-3-030-34444-3_13.
      Název anglicky: Case Studies for Working with Domain Experts
      RIV/00216224:14330/20:00116271 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Švýcarsko.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: data visualization;technology;algorithm;empirical methods
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 18. 8. 2023 07:53.
    4. FURMANOVÁ, Katarína, Ondřej VÁVRA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Vojtěch VONÁSEK, David BEDNÁŘ a Jan BYŠKA. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2020, roč. 39, č. 6, s. 452-464. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.14048.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114201 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: visual analysis; molecular docking; trajectory; ligand
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:54.
    5. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Bernhard PREIM, Katja BUHLER a Renata RAIDOU. Foreword: Special Section on the Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine (EG VCBM) 2019. Elsevier ScienceDirect, 2020. doi:10.1016/j.cag.2020.08.009.
      angličtina. Nizozemské království.
      Klíčová slova anglicky: Biology;medicine;visual computing;visualization;visual analytics;computer graphics;image processing;computer vision;human computer interfaces
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 12. 5. 2021 16:39.
    6. FURMANOVÁ, Katarína, Adam JURČÍK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Helwig HAUSER a Jan BYŠKA. Multiscale Visual Drilldown for the Analysis of Large Ensembles of Multi-Body Protein Complexes. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE, 2020, roč. 26, č. 1, s. 843-852. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2019.2934333.
      URL
      Název anglicky: Multiscale Visual Drilldown for the Analysis of Large Ensembles of Multi-Body Protein Complexes
      RIV/00216224:14330/20:00113971 Článek v odborném periodiku. angličtina. Kanada.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Molecular Visualization; Data Filtering; Coordinated and Multiple Views
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 07:54.
    7. ORÉMUŠ, Zoltán, Kahin AKRAM HASSAN, Jiří CHMELÍK, Michaela KŇAŽKOVÁ, Jan BYŠKA, Renata Georgia RAIDOU a Barbora KOZLÍKOVÁ. PINGU: Principles of Interactive Navigation for Geospatial Understanding. In IEEE. 2020 IEEE Pacific Visualization Symposium (PacificVis). Tianjin, China: IEEE PacificVis 2020, 2020. s. 216-225. ISBN 978-1-7281-5697-2. doi:10.1109/PacificVis48177.2020.7567.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00115194 Stať ve sborníku. angličtina. Čína.
      Orémuš, Zoltán (703 Slovensko, domácí) -- Chmelík, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kňažková, Michaela (703 Slovensko, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: geospatial visualization; linked views
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 5. 2021 06:26.
    8. VONÁSEK, Vojtěch, Robert PĚNIČKA a Barbora KOZLÍKOVÁ. Searching Multiple Approximate Solutions in Configuration Space to Guide Sampling-Based Motion Planning. Journal of Intelligent & Robotic Systems. Springer Nature B. V., 2020, roč. 100, 3-4, s. 1527-1543. ISSN 0921-0296. doi:10.1007/s10846-020-01247-4.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00116340 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika, garant) -- Pěnička, Robert (203 Česká republika) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: motion planning;rapidly-exploring random tree

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 10. 5. 2021 05:54.
    9. REINA, Guido, Hank CHILDS, Krešimir MATKOVIĆ, Katja BÜHLER, Manuela WALDNER, David PUGMIRE, Barbora KOZLÍKOVÁ, Timo ROPINSKI, Patric LJUNG, Takayuki ITOH, Eduard GRÖLLER a Michael KRONE. The moving target of visualization software for an increasingly complex world. Computers & Graphics. Netherlands: Elsevier Science Direct, 2020, roč. 87, April, s. 12-29. ISSN 0097-8493. doi:10.1016/j.cag.2020.01.005.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114027 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Reina, Guido (garant) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Software Engineering;Visualization;Visualization Community;Visualization Research;Visualization Software
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 12:22.
    10. BYŠKA, Jan, Adam JURČÍK, Katarína FURMANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan PALEČEK. Visual Analysis of Protein–Protein Interaction Docking Models Using COZOID Tool. In Stefan Canzar, Francisca Rojas Ringeling. Protein-Protein Interaction Networks. 1. vyd. New York, NY: Humana Press Inc, 2020. s. 81-94. Methods in Molecular Biology, vol. 2074. ISBN 978-1-4939-9872-2. doi:10.1007/978-1-4939-9873-9_7.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00115070 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Paleček, Jan (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Protein–protein interactions;Contact zone;Contact residue;Multiple sequence alignment;Conservation rate;Protein docking;COZOID tool;Visual selection
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 15. 12. 2020 08:44.

    2019

    1. BYŠKA, Jan, Thomas TRAUTNER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Manuela WALDNER. Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2019, roč. 38, č. 3, s. 441-453. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.13701.
      URL
      Název anglicky: Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization
      RIV/00216224:14330/19:00107361 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Byška, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Trautner, Thomas (40 Rakousko) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Waldner, Manuela (40 Rakousko)
      Klíčová slova anglicky: Molecular Visualization;Design Studies;Focus + Context Techniques
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:49.
    2. VONÁSEK, Vojtěch, Robert PĚNIČKA a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computing multiple guiding paths for sampling-based motion planning. In ICAR - 19th International Conference on Advanced Robotics. Proceedings of the 19th International Conference on Advanced Robotics, ICAR 2019. Belo Horizonte, Brazil: Neuveden, 2019. s. 374-381. ISBN 978-1-72812-467-4. doi:10.1109/ICAR46387.2019.8981589.
      Název anglicky: Computing multiple guiding paths for sampling-based motion planning
      RIV/00216224:14330/19:00107686 Stať ve sborníku. angličtina.
      Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika, garant) -- Pěnička, Robert (203 Česká republika) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: path planning;sampling;configuration space;robotics
      Druh sborníku: postkonferenční sborník

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 14. 4. 2020 17:20.
    3. FURMANOVÁ, Katarína, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vojtěch VONÁSEK a Jan BYŠKA. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Data. In Kozlíková, Barbora and Linsen, Lars and Vázquez, Pere-Pau and Lawonn, Kai and Raidou, Renata Georgia. Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Brno: The Eurographics Association, 2019. s. 113-122. ISBN 978-3-03868-081-9. doi:10.2312/vcbm.20191238.
      Název anglicky: DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Data
      RIV/00216224:14330/19:00107523 Stať ve sborníku. angličtina.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;docking;visualization;interaction
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 14:24.
    4. KOUŘIL, David, Ladislav ČMOLÍK, Barbora KOZLÍKOVÁ, Hsiang-Yun WU, Graham JOHNSON, David S. GOODSELL, Arthur OLSON, Eduard M. GROELLER a Ivan VIOLA. Labels on Levels: Labeling of Multi-Scale Multi-Instance and Crowded 3D Biological Environments. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 2019, roč. 25, č. 1, s. 977-986. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2018.2864491.
      URL
      Název anglicky: Labels on Levels: Labeling of Multi-Scale Multi-Instance and Crowded 3D Biological Environments
      RIV/00216224:14330/19:00108862 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kouřil, David (203 Česká republika) -- Čmolík, Ladislav (203 Česká republika) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Johnson, Graham (840 Spojené státy) -- Goodsell, David S. (840 Spojené státy) -- Olson, Arthur (840 Spojené státy) -- Groeller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Viola, Ivan (703 Slovensko, garant)
      Klíčová slova anglicky: labeling;multi-scale;multi-scale;molecular visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 4. 2020 23:04.
    5. MIAO, Haichao, Tobias KLEIN, David KOUŘIL, Peter MINDEK, Karsten SCHATZ, Eduard M. GRÖLLER, Barbora KOZLÍKOVÁ, Tobias ISENBERG a Ivan VIOLA. Multiscale Molecular Visualization. Journal of Molecular Biology. 2019, roč. 431, č. 6, s. 1049-1070. ISSN 0022-2836. doi:10.1016/j.jmb.2018.09.004.
      URL
      Název anglicky: Multiscale Molecular Visualization
      RIV/00216224:14330/19:00107174 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Miao, Haichao (40 Rakousko) -- Klein, Tobias (276 Německo) -- Kouřil, David (203 Česká republika) -- Mindek, Peter (703 Slovensko) -- Schatz, Karsten (276 Německo) -- Gröller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Isenberg, Tobias (276 Německo) -- Viola, Ivan (703 Slovensko, garant)
      Klíčová slova anglicky: molecular visualization;molecular dynamics;modelitics;DNA nanotechnology;visual abstraction
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 17:14.
    6. VONÁSEK, Vojtěch, Adam JURČÍK, Katarína FURMANOVÁ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Sampling-based Motion Planning for Tracking Evolution of Dynamic Tunnels in Molecular Dynamics Simulations. Journal of Intelligent & Robotic Systems. 2019, roč. 93, 3-4, s. 763-785. ISSN 0921-0296. doi:10.1007/s10846-018-0877-6.
      URL
      Název anglicky: Sampling-based Motion Planning for Tracking Evolution of Dynamic Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
      RIV/00216224:14330/19:00107165 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika, garant) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Sampling-based motion planning;Rapidly exploring random tree;Protein tunnel detection
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 17:20.
    7. JURČÍK, Adam, Katarína FURMANOVÁ, Jan BYŠKA, Vojtěch VONÁSEK, Ondřej VÁVRA, Pavol ULBRICH, Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visual Analysis of Ligand Trajectories in Molecular Dynamics. In IEEE Pacific Visualization Symposium 2019. Bangkok, Thailand: IEEE, 2019. s. 212-221. ISBN 978-1-5386-9226-4. doi:10.1109/PacificVis.2019.00032.
      RIV/00216224:14330/19:00107231 Stať ve sborníku. angličtina. Thajsko.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: trajectory;ligand;protein;molecular dynamics;visualization;visual analysis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:32.
    8. DURAN, David, Pedro HERMOSILLA, Timo ROPINSKI, Barbora KOZLÍKOVÁ, Álvar VINACUA a Pere-Pau VAZQUEZ. Visualization of Large Molecular Trajectories. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 2019, roč. 25, č. 1, s. 987-996. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2018.2864851.
      URL
      Název anglicky: Visualization of Large Molecular Trajectories
      RIV/00216224:14330/19:00107176 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Duran, David (724 Španělsko) -- Hermosilla, Pedro (724 Španělsko) -- Ropinski, Timo (276 Německo) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Vinacua, Álvar (724 Španělsko) -- Vazquez, Pere-Pau (724 Španělsko, garant)
      Klíčová slova anglicky: Trajectory;Proteins;Three-dimensional displays;Computational modeling;Visualization;Data models;Inspection
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:28.

    2018

    1. JURČÍK, Adam, David BEDNÁŘ, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, Katarína FURMANOVÁ, Lukáš DANIEL, Piia Pauliina KOKKONEN, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Jan ŠTOURAČ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. Bioinformatics. 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/bty386.
      URL
      Název anglicky: CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories
      RIV/00216224:14330/18:00100952 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Manak, Martin (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;tunnel;software;visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:34.
    2. BREZOVSKÝ, Jan, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Analysis of Protein Tunnels and Channels. In Bornscheuer U., Höhne M. Protein Engineering. Methods in Molecular Biology. New York, NY: Humana Press, 2018. s. 25-42. 1685. ISBN 978-1-4939-7364-4. doi:10.1007/978-1-4939-7366-8_3.
      RIV/00216224:14310/18:00102092 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. Průmyslová chemie a chemické inženýrství. angličtina. Spojené státy.
      Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Binding;Protein;Tunnel;Channel;Gate;Rational design;Software;CAVER;Transport
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 10. 2021 13:30.
    3. FURMANOVÁ, Katarína, Jan BYŠKA, Eduard M. GRÖLLER, Ivan VIOLA, Jan PALEČEK a Barbora KOZLÍKOVÁ. COZOID: COntact ZOne IDentifier for visual analysis of protein-protein interactions. BMC Bioinformatics. 2018, roč. 19, APR, s. 1-17. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/s12859-018-2113-6.
      RIV/00216224:14330/18:00102549 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika) -- Gröller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Paleček, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Contact zone;Protein-protein interaction;Visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 8. 2019 12:58.
    4. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Jiří CHMELÍK, Radek OŠLEJŠEK a Jan BYŠKA. EuroVis 2018 - 20th EG/VGTC Conference on Visualization. 2018.
      The objective of EuroVis is to foster greater exchange between visualization researchers and practitioners, and to draw more researchers and industry partners in Europe to enter this rapidly growing area of research.
      Název anglicky: EuroVis 2018 - 20th EG/VGTC Conference on Visualization
      RIV/00216224:14330/18:00106778 Uspořádání konference. angličtina. Česká republika.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Chmelík, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Ošlejšek, Radek (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Visualization Taxonomies and Models;Non-Spatial Data;Large Data Visualization;Spatial Data in Visualization;Visualization Techniques;Visual Analytics;Visual Data Mining and Knowledge Discovery;Interaction;Evaluation and User Studies
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 16. 4. 2019 11:19.
    5. KLEIN, Tobias, Ludovic AUTIN, Barbora KOZLÍKOVÁ, David S. GOODSELL, Arthur OLSON, Eduard M. GRÖLLER a Ivan VIOLA. Instant Construction and Visualization of Crowded Biological Environments. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. 2018, roč. 24, č. 1, s. 862-872. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2017.2744258.
      RIV/00216224:14330/18:00102034 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Klein, Tobias (276 Německo, garant) -- Autin, Ludovic (250 Francie) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Goodsell, David S. (840 Spojené státy) -- Olson, Arthur (840 Spojené státy) -- Gröller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Viola, Ivan (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: Interactive modeling;population;biological data;interactive visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 3. 5. 2019 14:54.

    2017

    1. FURMANOVÁ, Katarína, Petra URBANOVÁ a Barbora KOZLÍKOVÁ. AnthroVis: Visual Analysis of 3D Mesh Ensembles for Forensic Anthropology. In Vítezslav Beran, Pavel Zemcík, Ivan Viola, Jirí Bittner, Jaroslav Rozman. Proceedings of the 33rd Spring Conference on Computer Graphics. Brno, Czech Republic: ACM, 2017. s. 171-179. ISBN 978-1-4503-5107-2. doi:10.1145/3154353.3154363.
      Název anglicky: AnthroVis: Visual Analysis of 3D Mesh Ensembles for Forensic Anthropology
      RIV/00216224:14330/17:00097006 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Urbanová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D mesh comparison; heat plot; cross-cut; forensic anthropology;
      Druh sborníku: postkonferenční sborník

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 3. 2021 14:57.
    2. KOCINCOVÁ, Lucia, Miroslava JAREŠOVÁ, Jan BYŠKA, Julius PARULEK, Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Comparative Visualization of Protein Secondary Structures. BMC Bioinformatics. BioMed Central, 2017, roč. 18, č. 23, s. 1-12. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/s12859-016-1449-z.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095870 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kocincová, Lucia (703 Slovensko, domácí) -- Jarešová, Miroslava (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Hauser, Helwig (40 Rakousko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: comparative visualization;protein;secondary structure

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 6. 2022 11:49.
    3. BREZOVSKÝ, Jan, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Analysis of Protein Tunnels and Channels. In Editors: Bornscheuer, Uwe T., Höhne, Matthias. PROTEIN ENGINEERING. METHODS AND PROTOCOLS. New York: Springer, 2017. s. 25-42. ISBN 978-1-4939-7366-8.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00106494 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Binding; Protein; Tunnel; Channel; Gate; Rational design; Software; CAVER; Transport

      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 5. 3. 2019 11:21.
    4. CHALÁS, Igor, Petra URBANOVÁ, Vojtěch JUŘÍK, Zuzana FERKOVÁ, Marie JANDOVÁ, Jiří SOCHOR a Barbora KOZLÍKOVÁ. Generating various composite human faces from real 3D facial images. The Visual Computer. Springer-Verlag, 2017, roč. 33, č. 4, s. 443-458. ISSN 0178-2789. doi:10.1007/s00371-016-1277-1.
      URL
      Název anglicky: Generating various composite human faces from real 3D facial images
      RIV/00216224:14330/17:00095856 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Německo.
      Chalás, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Urbanová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Juřík, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Ferková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Jandová, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Facial composite; 3D face model;Face perception; Crowd simulation; Morphological modification
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:30.
    5. FURMANOVÁ, Katarína, Miroslava JAREŠOVÁ, Jan BYŠKA, Adam JURČÍK, Julius PARULEK, Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Interactive Exploration of Ligand Transportation through Protein Tunnels. BMC Bioinformatics. BioMed Central, 2017, roč. 18, č. 22, s. 1-16. ISSN 1471-2105. doi:10.1186/s12859-016-1448-0.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095871 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Jarešová, Miroslava (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Hauser, Helwig (40 Rakousko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ligand transportation;protein;visualization;visual analysis

      Změnil: RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879. Změněno: 26. 10. 2020 18:11.
    6. MALZAHN, Jan, Barbora KOZLÍKOVÁ a Timo ROPINSKI. Protein Tunnel Reprojection for Physico-Chemical Property Analysis. In S. Bruckner, A. Hennemuth, and B. Kainz. Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Bremen, Germany: Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, 2017. s. nestránkováno, 10 s. ISBN 978-3-03868-036-9.
      RIV/00216224:14330/17:00097511 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina.
      Malzahn, Jan (276 Německo) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Ropinski, Timo (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: Protein;tunnel;projection;visualization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 26. 4. 2018 12:50.
    7. VONÁSEK, Vojtěch a Barbora KOZLÍKOVÁ. Tunnel detection in protein structures using sampling-based motion planning. In Krzysztof Kozłowski. Robot Motion and Control (RoMoCo), 2017 11th International Workshop on. Wasowo, Poland: IEEE, 2017. s. 185-192. ISBN 978-1-5386-3926-9. doi:10.1109/RoMoCo.2017.8003911.
      RIV/00216224:14330/17:00097512 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika, garant) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Protein;tunnel;motion planning;molecular dynamics
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:40.
    8. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Michael KRONE, Martin FALK, Norbert LINDOW, Marc BAADEN, Daniel BAUM, Ivan VIOLA, Julius PARULEK a Hans-Christian HEGE. Visualization of Biomolecular Structures: State of the Art Revisited. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2017, roč. 36, č. 8, s. 178-204. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.13072.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095927 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Krone, Michael (276 Německo) -- Falk, Martin (276 Německo) -- Lindow, Norbert (276 Německo) -- Baaden, Marc (250 Francie) -- Baum, Daniel (276 Německo) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Hege, Hans-Christian (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: molecular visualization;taxonomy;bioinformatics visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:31.
    9. VAD, Viktor, Jan BYŠKA, Adam JURČÍK, Ivan VIOLA, Eduard M. GRÖLLER, Helwig HAUSER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics. In S. Bruckner, A. Hennemuth, and B. Kainz. Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Bremen, Germany: Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, 2017. s. 33-42. ISBN 978-3-03868-036-9.
      RIV/00216224:14330/17:00094923 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina.
      Vad, Viktor (348 Maďarsko) -- Byška, Jan (203 Česká republika) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Gröller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Hauser, Helwig (40 Rakousko) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Protein;water molecule;trajectory;visualization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 26. 4. 2018 12:43.

    2016

    1. JURČÍK, Adam, Julius PARULEK, Jiří SOCHOR a Barbora KOZLÍKOVÁ. Accelerated Visualization of Transparent Molecular Surfaces in Molecular Dynamics. In IEEE Pacific Visualization Symposium 2016. Taipei, Taiwan: IEEE, 2016. s. 112-119. ISBN 978-1-5090-1451-4. doi:10.1109/PACIFICVIS.2016.7465258.
      RIV/00216224:14330/16:00089793 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Tchaj-wan.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Computational Geometry and Object Modeling;Boundary representations; Three-Dimensional Graphics and Realism;Visible line/surface algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 5. 2020 15:20.
    2. BYŠKA, Jan, Mathieu Le MUZIC, Eduard GRÖLLER, Ivan VIOLA a Barbora KOZLÍKOVÁ. AnimoAminoMiner: Exploration of Protein Tunnels and their Properties in Molecular Dynamics. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE, 2016, roč. 22, č. 1, s. 747-756. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2015.2467434.
      RIV/00216224:14330/16:00089099 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Muzic, Mathieu Le (250 Francie) -- Gröller, Eduard (40 Rakousko) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;aggregation;interaction;molecular dynamics;tunnel
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 2. 5. 2016 06:31.
    3. VONÁSEK, Vojtěch a Barbora KOZLÍKOVÁ. Application of Sampling-based Path Planning for Tunnel Detection in Dynamic Protein Structures. In MMAR: 21st International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics. Poland: IEEE, 2016. s. 1010-1015. ISBN 978-1-5090-1866-6. doi:10.1109/MMAR.2016.7575276.
      RIV/00216224:14330/16:00090604 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Polsko.
      Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika, garant) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;ligand;path planning;tunnel
      Druh sborníku: postkonferenční sborník

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:40.
    4. PAVELKA, Antonín, Eva ŠEBESTOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Jiří SOCHOR a Jiří DAMBORSKÝ. CAVER: Algorithms for Analyzing Dynamics of Tunnels in Macromolecules. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. IEEE Computer Society, 2016, roč. 13, č. 3, s. 505 - 517. ISSN 1545-5963. doi:10.1109/TCBB.2015.2459680.
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00089113 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Pavelka, Antonín (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: tunnel; pore; channel; pathway; macromolecule; molecular dynamics; CAVER; Voronoi diagram; Delaunay triangulation; average link hierarchical clustering
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:44.
    5. PALEČEK, Jan, Stephan GRUBER, Lucie VONDROVÁ, Marek ADAMUS, Kateřina ZÁBRADY, Lenka JURČIŠINOVÁ, Saskia N van der CRABBEN, Marije P HENNUS, Grant MCGREGOR, Deborah I RITTER, Alan R LEHMANN, Antony W OLIVER, Barbora KOZLÍKOVÁ, Sharon E PLON, Johanne M MURRAY a Gijs van HAAFTEN. Evolution and functions of SMC complexes: new SMC5/6 insights. In Central European Genome Stability and Damage Meeting. 2016.
      Název anglicky: Evolution and functions of SMC complexes: new SMC5/6 insights

      Druh účasti: vyžádaná přednáška

      Změnil: doc. Mgr. Jan Paleček, Dr. rer. nat., učo 38623. Změněno: 9. 8. 2017 16:40.
    6. VONDROVÁ, Lucie, Matej FABIŠIK, Matej NOCIAR, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan PALEČEK. Mapping of Smc6-Nse3 and Smc6-Nse4 interactions within the S.pombe Smc5/6 complex. In Integrative modelling of biomolecular interactions. 2016.

      Mezinárodní význam: ano

      Změnila: Mgr. Lucie Vondrová, Ph.D., učo 269401. Změněno: 19. 9. 2016 14:22.
    7. KOLESÁR, Ivan, Jan BYŠKA, Julius PARULEK, Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Unfolding and Interactive Exploration of Protein Tunnels and their Dynamics. In Stefan Bruckner and Bernhard Preim and Anna Vilanova and Helwig Hauser and Anja Hennemuth and Arvid Lundervold. EG VCBM 2016 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Bergen: The Eurographics Association, 2016. s. nestránkováno, 10 s. ISBN 978-3-03868-010-9. doi:10.2312/vcbm.20161265.
      RIV/00216224:14330/16:00090614 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Kolesár, Ivan (703 Slovensko, garant) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Hauser, Helwig (40 Rakousko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;tunnel;unfolding;comparison
      Druh sborníku: postkonferenční sborník

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 8. 2019 12:03.
    8. KRONE, Michael, Barbora KOZLÍKOVÁ, Norbert LINDOW, Marc BAADEN, Daniel BAUM, Julius PARULEK, Hans-Christian HEGE a Ivan VIOLA. Visual Analysis of Biomolecular Cavities: State of the Art. Computer Graphics Forum. The Eurographics Association and John Wiley & Sons Ltd., 2016, roč. 35, č. 3, s. 527-551. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.12928.
      Název anglicky: Visual Analysis of Biomolecular Cavities: State of the Art
      RIV/00216224:14330/16:00090248 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Krone, Michael (276 Německo) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Lindow, Norbert (276 Německo) -- Baaden, Marc (250 Francie) -- Baum, Daniel (276 Německo) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Hege, Hans-Christian (276 Německo) -- Viola, Ivan (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: biomolecules;visualization;visual analysis;cavity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:56.
    9. JUŘÍK, Vojtěch, Čeněk ŠAŠINKA, Kateřina ŠPRIŇAROVÁ, Lukáš HERMAN, Zbyněk ŠTĚRBA, Zdeněk STACHOŇ, Jiří CHMELÍK a Barbora KOZLÍKOVÁ. Vliv formy 3D zobrazení geografické informace na její kognitivní zpracování. In Farkaš, Igor; Takáč, Martin; Rybár, Ján; Kelemen, Jozef. Kognicia a umelý život XV, 2015. Bratislava: Univerzita Komenského v Bratislave, 2016. s. 61-66. ISBN 978-80-223-3875-2.
      URL
      Název česky: Vliv formy 3D zobrazení geografické informace na její kognitivní zpracování
      Název anglicky: Effect of 3D geovisualization on the cognitive processing of the information
      RIV/00216224:14210/16:00089073 Stať ve sborníku. Psychologie. čeština. Slovensko.
      Juřík, Vojtěch (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šašinka, Čeněk (203 Česká republika, domácí) -- Špriňarová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Herman, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Štěrba, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Stachoň, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Chmelík, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D geovisualizations; human error; immersion;
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: Mgr. Vojtěch Juřík, Ph.D., učo 372092. Změněno: 10. 4. 2017 23:19.
    10. SOCHOR, Jiří a Barbora KOZLÍKOVÁ. Výzkum alternativního řešení ovládacího panelu pro monitorovací systémy sítě pomocí infografiky. Brno: Invea/Flowmon Networks, a.s., 2016. 10 s.
      Název česky: Výzkum alternativního řešení ovládacího panelu pro monitorovací systémy sítě pomocí infografiky
      Název anglicky: Optional Solution of Control Pannel for Network Visualization Monitor with Infographics
      RIV/00216224:14330/16:00094158 Výzkumná zpráva. Informatika. čeština. Česká republika.
      Sochor, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: graph visualization - data network flow - dashboard

      Změnil: prof. Ing. Jiří Sochor, CSc., učo 2446. Změněno: 19. 4. 2017 09:55.

    2015

    1. CHALÁS, Igor, Petra URBANOVÁ, Mikoláš JURDA, Zuzana FERKOVÁ, Katarína FURMANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. FIDENTIS Analyst 1.3.2. 2015.
      URL
      Název anglicky: FIDENTIS Analyst 1.3.2
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: RNDr. Igor Chalás, učo 172798. Změněno: 1. 9. 2017 20:42.
    2. CHALÁS, Igor, Zuzana FERKOVÁ, Katarína FURMANOVÁ, Jiří SOCHOR a Barbora KOZLÍKOVÁ. Generation of variable human faces from 3D scan dataset. In In Proceedings of the 7th International Conference on Games and Virtual Worlds for Serious Applications. Skovde, Sweden: IEEE Computer Society, 2015. s. 38-45. ISBN 978-1-4799-8102-1. doi:10.1109/VS-GAMES.2015.7295777.
      Název anglicky: Generation of variable human faces from 3D scan dataset
      RIV/00216224:14330/15:00083735 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Švédsko.
      Chalás, Igor (703 Slovensko, garant, domácí) -- Ferková, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: facial composite; 3D face model; personal identification; crowd simulation; gaming
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Igor Chalás, učo 172798. Změněno: 1. 9. 2017 20:58.
    3. URBANOVÁ, Petra, Igor CHALÁS a Barbora KOZLÍKOVÁ. How accurate is 3D facial morphology for personal identication? In Proceedings of the 67th AnnualcScientic Meeting of the American Academy of Forensic Sciences. 2015.
      URL
      Název anglicky: How accurate is 3D facial morphologyfor personal identication?
      RIV/00216224:14310/15:00083733 Konferenční abstrakt. Archeologie, antropologie, etnologie. angličtina. Spojené státy.
      Urbanová, Petra (203 Česká republika, garant, domácí) -- Chalás, Igor (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Facial Comparison; 3D Surface Data; 3D Database
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Petra Urbanová, Ph.D., učo 21708. Změněno: 8. 3. 2018 10:00.
    4. ŠPRIŇAROVÁ, Kateřina, Vojtěch JUŘÍK, Čeněk ŠAŠINKA, Lukáš HERMAN, Zbyněk ŠTĚRBA, Zdeněk STACHOŇ, Jiří CHMELÍK a Barbora KOZLÍKOVÁ. Human-computer Interaction in Real 3D and Pseudo-3D Cartographic Visualization: A Comparative Study. In Claudia Robbi Sluter, Carla Bernadete Madureira Cruz, Paulo Márcio Leal de Menezes. Cartography - Maps Connecting the World: 27th International Cartographic Conference 2015 - ICC2015. 1st. ed. Švýcarsko: Springer International Publishing, 2015. s. 59-73. ISBN 978-3-319-17737-3. doi:10.1007/978-3-319-17738-0_5.
      publikace na stránkách vydavatele
      Název anglicky: Human-computer Interaction in Real 3D and Pseudo-3D Cartographic Visualization: A Comparative Study
      RIV/00216224:14310/15:00082977 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. Zemský magnetismus, geodesie, geografie. angličtina. Švýcarsko.
      Špriňarová, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Juřík, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Šašinka, Čeněk (203 Česká republika, domácí) -- Herman, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Štěrba, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Stachoň, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Chmelík, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: real 3D; pseudo-3D visualization; situation awareness; embodied cognition; experiment
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Lukáš Herman, Ph.D., učo 222752. Změněno: 13. 3. 2018 10:07.
    5. BYŠKA, Jan, Adam JURČÍK, Eduard M. GRÖLLER, Ivan VIOLA a Barbora KOZLÍKOVÁ. MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2015, roč. 34, č. 3, s. 1-10. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.12612.
      Název anglicky: MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids
      RIV/00216224:14330/15:00083057 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Gröller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;tunnel;heat map;molecular dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 2. 5. 2016 06:09.
    6. HUMPOLÍČEK, Pavel, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří CHMELÍK. NEWRON – terapeutický software k volnému využití. In PsychoLogOn. Brno: Psychologický ústav Filozofické fakulty Masarykovy univerzity, 2015. s. 23-27. ISSN 1805-7160.
      URL URL
      Název anglicky: NEWRON – therapeutic software for free use
      RIV/00216224:14210/15:00082315 Popularizační texty a aktivity. Psychologie. čeština. Česká republika.
      Humpolíček, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Chmelík, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autism; mental illnes; disorder; therapy; online; software
      Mezinárodní význam: ano

      Změnila: Mgr. Vendula Hromádková, učo 108933. Změněno: 28. 2. 2016 14:42.
    7. HUMPOLÍČEK, Pavel, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří CHMELÍK. NEWRON – Therapeutic Software for Free usage. Annales psychologici. Brno: Masarykova univerzita, 2015, roč. 2 (16), č. 1, s. 20-27. ISSN 2336-4939.
      Digitální knihovna FF MU
      RIV/00216224:14210/15:00086386 Článek v odborném periodiku. Psychologie. angličtina. Česká republika.
      Humpolíček, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Chmelík, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Therapy; computer-based-intervention; autistic spectrum disorder; ADHD; human-computer interaction; play-therapy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: Mgr. Vojtěch Juřík, Ph.D., učo 372092. Změněno: 15. 2. 2020 15:00.
    8. BYŠKA, Jan, Ivana KOLINGEROVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Path-planning algorithm for transportation of molecules through protein tunnel bottlenecks. In Joaquim Jorge, Luis Paulo Santos, Roman Ďurikovič. 31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics. Bratislava, Slovakia: ACM, 2015. s. 81-88. ISBN 978-1-4503-3693-2. doi:10.1145/2788539.2788550.
      Název anglicky: Path-planning algorithm for transportation of molecules through protein tunnel bottlenecks
      RIV/00216224:14330/15:00080779 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Slovensko.
      Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kolingerová, Ivana (203 Česká republika) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Path planning;protein;tunnel;approximation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 1. 4. 2021 12:09.
    9. JURČÍK, Adam, Jan BYŠKA, Jiří SOCHOR a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins. In Joaquim Jorge, Luis Paulo Santos, Roman Ďurikovič. 31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics. Bratislava, Slovakia: ACM, 2015. s. 65-72. ISBN 978-1-4503-3693-2. doi:10.1145/2788539.2788548.
      Název anglicky: Visibility-Based Approach to Surface Detection of Tunnels in Proteins
      RIV/00216224:14330/15:00080777 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Slovensko.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;tunnel;Voronoi diagram;visibility;space rasterization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 1. 4. 2021 12:11.
    10. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Michael KRONE, Norbert LINDOW, Martin FALK, Marc BAADEN, Daniel BAUM, Ivan VIOLA, Julius PARULEK a Hans-Christian HEGE. Visualization of Biomolecular Structures: State of the Art. In R. Borgo and F. Ganovelli and I. Viola. Eurographics Conference on Visualization (EuroVis) - STARs. Neuveden: The Eurographics Association, 2015. s. 61-81. ISBN 978-3-905674-99-6. doi:10.2312/eurovisstar.20151112.
      RIV/00216224:14330/15:00083058 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Krone, Michael (276 Německo) -- Lindow, Norbert (276 Německo) -- Falk, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Baaden, Marc (250 Francie) -- Baum, Daniel (276 Německo) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Hege, Hans-Christian (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: biomolecule;visualization;surface;molecular dynamics;reactions;level of detail
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 1. 4. 2021 16:12.
    11. KOZLÍKOVÁ, Barbora a Jiří SOCHOR. Vývoj nových léčiv v počítači. Vesmír. Vesmír s.r.o., 2015, roč. 2015, č. 9, s. 504-506. ISSN 0042-4544.
      Název česky: Vývoj nových léčiv v počítači
      Název anglicky: Designing new drugs in computer
      Počítačový hardware a software. čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: protein; active site; tunnel; CAVER

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 4. 5. 2016 13:12.

    2014

    1. KOZLÍKOVÁ, Barbora. Aktuální stav v oblasti analýzy a vizualizace proteinových struktur. In přednáška na Katedře informatiky a výpočetní techniky ZČU Plzeň. 2014.
      Název česky: Aktuální stav v oblasti analýzy a vizualizace proteinových struktur
      Název anglicky: Current state in analysis and visualization of protein structures
      RIV/00216224:14330/14:00073657 Vyžádané přednášky. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein analysis; visualization
      Druh účasti: vyžádaná přednáška

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 2. 6. 2014 10:44.
    2. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MAŇÁK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. Caver Analyst 1.0. 2014.
      URL
      Název anglicky: Caver Analyst 1.0
      RIV/00216224:14330/14:00074483 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika) -- Maňák, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Bezděka, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika) -- Kotry, Matúš (703 Slovensko, domácí) -- Gora, Artur Wiktor (616 Polsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Software; interactive visualization; tunnels; channels; cavities; protein structures.

      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 13. 1. 2022 11:14.
    3. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures. Bioinformatics. Oxford University Press, 2014, roč. 30, č. 18, s. 2684-2685. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btu364.
      Název česky: CAVER Analyst 1.0: Grafický nástroj pro interaktivní vizualizaci a analýzu tunelů a kanálů v proteinech
      Název anglicky: CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures
      RIV/00216224:14330/14:00073649 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Manak, Martin (203 Česká republika) -- Bezděka, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kotry, Matúš (703 Slovensko, domácí) -- Gora, Artur Wiktor (616 Polsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein; visualization; tunnel; cavity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: prof. Ing. Jiří Sochor, CSc., učo 2446. Změněno: 21. 6. 2015 20:05.
    4. PITNER, Tomáš, Renate MOTSCHNIG, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jaroslav ŠKRABÁLEK, Lucie PEKÁRKOVÁ, Jiří KOLÁŘ, Martin NOVÁK, Nino TOMASCHEK, Edith HAMMER, David HASELBERGER, Christina BÖHM a Bernhard STANDL. Constructive Communication in International Teams: An Experience-Based Guide. 1. vyd. Münster: WAXMANN Verlag GmbH, 2014. 248 s. ISBN 978-3-8309-3025-9.
      URL for the book at Amazon
      Název anglicky: Constructive Communication in International Teams: An Experience-Based Guide
      RIV/00216224:14330/14:00075249 Odborná kniha. Informatika. angličtina. Německo.
      Pitner, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Motschnig, Renate (40 Rakousko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Škrabálek, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Pekárková, Lucie (203 Česká republika, domácí) -- Kolář, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Novák, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Tomaschek, Nino (40 Rakousko) -- Hammer, Edith (40 Rakousko) -- Haselberger, David (40 Rakousko) -- Böhm, Christina (40 Rakousko) -- Standl, Bernhard (40 Rakousko)
      Klíčová slova anglicky: icom communication context ICT humanization project management
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: RNDr. Jaroslav Škrabálek, MBA, učo 120773. Změněno: 29. 3. 2014 10:15.
    5. STRNAD, Ondřej, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Detection of Intramolecular Tunnels Connecting Sequence of Sites in Protein Structures. In Julio Saez-Rodriguez. Advances in Intelligent Systems and Computing. Switzerland: Springer International Publishing, 2014. s. 73-80. ISBN 978-3-319-07580-8. doi:10.1007/978-3-319-07581-5_9.
      Název anglicky: Detection of Intramolecular Tunnels Connecting Sequence of Sites in Protein Structures
      RIV/00216224:14330/14:00074781 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Švýcarsko.
      Strnad, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein structure; tunnel; intramolecular tunnel; active site
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 11:45.
    6. CHALÁS, Igor, Petra URBANOVÁ, Zuzana KOTULANOVÁ, Marie JANDOVÁ, Miroslav KRÁLÍK, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Forensic 3D facial identication software (FIDENTIS). In Proceedings of the 20th World Meeting of the International Association of Forensic Sciences,. 2014.
      RIV/00216224:14330/14:00082105 Konferenční abstrakt. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Chalás, Igor (703 Slovensko, garant, domácí) -- Urbanová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Kotulanová, Zuzana (203 Česká republika, domácí) -- Jandová, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Králík, Miroslav (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: forensic facial analysis; software tool; 3d face database
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Igor Chalás, učo 172798. Změněno: 30. 11. 2015 09:55.
    7. STRNAD, Ondřej, Vilém ŠUSTR, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Geometrical Detection of Pathways in Protein Structures Leading Among More Binding Sites. In Hesham H. Ali. BIOTECHNO 2014 : The Sixth International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies. Chamonix/France: IARIA XPS Press, 2014. s. 93-98. ISBN 978-1-61208-335-3.
      Název anglicky: Geometrical Detection of Pathways in Protein Structures Leading Among More Binding Sites
      RIV/00216224:14330/14:00074865 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Francie.
      Strnad, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein; ribosome; tunnel; channel; active site; binding site; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 27. 8. 2014 08:34.
    8. NEWRON 0.97 (software)
      CHMELÍK, Jiří, Barbora KOZLÍKOVÁ, Pavel HUMPOLÍČEK, Milan DOLEŽAL, Antonín HOJNÝ, Miroslava JAREŠOVÁ, Ján BELLA, Michal HROŠ, Pavol ULBRICH, Helena LUKÁŠOVÁ a Tomáš POUZAR. NEWRON 0.97. 2014.
      URL
      Název česky: NEWRON 0.97
      Název anglicky: NEWRON 0.97
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: PhDr. Pavel Humpolíček, Ph.D., učo 11191. Změněno: 28. 1. 2015 18:35.
    9. HERMAN, Lukáš, Zdeněk STACHOŇ, Zbyněk ŠTĚRBA, Čeněk ŠAŠINKA, Kateřina ŠPRIŇAROVÁ, Vojtěch JUŘÍK, Jiří CHMELÍK, Barbora KOZLÍKOVÁ a Rastislav TISOVČÍK. Role uživatelského rozhraní při práci s 3D prostorovými daty. In Sborník abstraktù příspěvků ze semináře Geomatika v projektech 2014. 2014. ISBN 978-80-263-0796-9.
      Webové stránky konference
      Název česky: Role uživatelského rozhraní při práci s 3D prostorovými daty
      Název anglicky: Role of the User Interface during 3D Spatial Data Manipulation
      Zemský magnetismus, geodesie, geografie. čeština. Česká republika.
      Změnil: RNDr. Lukáš Herman, Ph.D., učo 222752. Změněno: 14. 9. 2017 10:03.
    10. CHALÁS, Igor, Zuzana FERKOVÁ, Petra URBANOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Zuzana KOTULANOVÁ a Jiří SOCHOR. Surface-based visualization on human face variation. In Ivan Viola, Katja Buhler, Timo Ropinski. Poster Session Presented at the Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. 1st. Postfach, Germany: Eurographics Association, 2014. ISBN 978-3-905674-62-0.
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: human face; morphological variation;computer-aided comparison
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Igor Chalás, učo 172798. Změněno: 30. 11. 2015 10:00.
    11. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Adam JURČÍK, Jan BYŠKA, Ondřej STRNAD a Jiří SOCHOR. Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations. In Dieter W. Fellner, Werner Hansmann, Werner Purgathofer, Francois Sillion. EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Postfach, Germany: Eurographics Association, 2014. s. 97-106. ISBN 978-3-905674-62-0.
      Název česky: Vizualizace pohybu tunelů v tunelech v rámci molekulové dynamiky
      Název anglicky: Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
      RIV/00216224:14330/14:00076224 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein; visualization; tunnel; animation; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: prof. Ing. Jiří Sochor, CSc., učo 2446. Změněno: 2. 4. 2015 15:23.

    2013

    1. STRNAD, Ondřej, Barbora KOZLÍKOVÁ, Vilém ŠUSTR a Jiří SOCHOR. Real-time Visualization and Exploration of Protein Empty Space with Varying Parameters. International Journal on Advances in Life Sciences. 2013, year 2013, vol. 5, no. 3 & 4, s. 160-170. ISSN 1942-2660.
      Název anglicky: Real-time Visualization and Exploration of Protein Empty Space with Varying Parameters
      RIV/00216224:14330/13:00066457 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Nizozemské království.
      Strnad, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein; empty space; void; visualization; real-time; cavity; volume; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D., učo 139568. Změněno: 2. 1. 2014 22:53.
    2. STRNAD, Ondřej, Vilém ŠUSTR, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Real-time visualization of protein empty space with varying parameters. In Hesham H. Ali, University of Nebraska at Omaha, USA. Proceedings of Biotechno. Lisbon/Portugal: IARIA XPS Press, 2013. s. 65-70. ISBN 978-1-61208-260-8.
      RIV/00216224:14330/13:00065959 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Strnad, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein; empty space; void; visualization; real-time; cavity
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D., učo 139568. Změněno: 27. 11. 2013 21:14.
    3. CHALÁS, Igor, Zuzana KOTULANOVÁ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Využití 3D záznamu lidského obličeje pro výuku somatoskopických znaků. In Sborník příspěvků Mezinárodní Masarykovy konference pro doktorandy a mladé vědecké pracovníky 2013. 4. vyd. Hradec Králové: Magnaminitas, 2013. s. 3975-3981. ISBN 978-80-87952-00-9.
      URL
      Název česky: Využití 3D záznamu lidského obličeje pro výuku somatoskopických znaků
      Název anglicky: Using 3D Facial Capture for Teaching of Somatoscopis Features
      RIV/00216224:14330/13:00070346 Stať ve sborníku. Informatika. slovenština. Česká republika.
      Chalás, Igor (703 Slovensko, garant, domácí) -- Kotulanová, Zuzana (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: 3D capture; human face; somatoscopy; electronic catalog; education; 3D print
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Igor Chalás, učo 172798. Změněno: 19. 11. 2014 16:28.

    2012

    1. CHOVANCOVÁ, Eva, Antonín PAVELKA, Petr BENEŠ, Ondřej STRNAD, Jan BREZOVSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Artur Wiktor GORA, Vilém ŠUSTR, Martin KLVAŇA, Petr MEDEK, Lada BIEDERMANNOVÁ, Jiří SOCHOR a Jiří DAMBORSKÝ. CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures. PLoS Computational Biology. 2012, roč. 8, č. 10, s. "nestránkováno", 12 s. ISSN 1553-7358. doi:10.1371/journal.pcbi.1002708.
      URL
      Název česky: CAVER 3.0: nástroj pro analýzu transportních cest v dynamických proteinových strukturách
      Název anglicky: CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures
      RIV/00216224:14310/12:00057117 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Chovancová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Gora, Artur Wiktor (616 Polsko, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Klvaňa, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Medek, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Biedermannová, Lada (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: software tool; tunnel; channel; structural analysis; protein design; drug design; CAVER; dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Ing. Andrea Mikešková, učo 137293. Změněno: 12. 4. 2013 13:20.

    2011

    1. CAVER 3.0 (software)
      CHOVANCOVÁ, Eva, Antonín PAVELKA, Petr BENEŠ, Ondřej STRNAD, Jan BREZOVSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Artur Wiktor GORA, Vilém ŠUSTR, Martin KLVAŇA, Petr MEDEK, Lada BIEDERMANNOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER 3.0. 2011.
      Název česky: CAVER 3.0
      Název anglicky: CAVER 3.0
      RIV/00216224:14310/11:00050643 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Chovancová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Gora, Artur Wiktor (616 Polsko, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Klvaňa, Martin (203 Česká republika) -- Medek, Petr (203 Česká republika) -- Biedermannová, Lada (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: software; Tunnels; channels

      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 10. 4. 2012 08:30.
    2. CHOVANCOVÁ, Eva, Petr BENEŠ, Antonín PAVELKA, Petr MEDEK, Jan BREZOVSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Martin KLVAŇA, Vilém ŠUSTR, Lada BIEDERMANNOVÁ, Ondřej STRNAD, Artur Wiktor GORA, Jiří SOCHOR a Jiří DAMBORSKÝ. CAVER 3.0: A Tool For Efficient Analysis Of Tunnels In Dynamic Protein Structures. In 3Dsig 2011, Structural Bioinformatics and Computational Biophysics, Vienna. 2011.
      RIV/00216224:14310/11:00049454 Prezentace na konferencích. Informatika. angličtina. Rakousko.
      Chovancová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Medek, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Klvaňa, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Biedermannová, Lada (203 Česká republika) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Gora, Artur Wiktor (616 Polsko, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CAVER 3.0; Proteins Structure
      Druh účasti: aktivní účast

      Změnila: Mgr. Eva Šebestová, Ph.D., učo 40707. Změněno: 2. 12. 2011 19:37.
    3. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Igor ALEKSANDROWICZ a Jiří SOCHOR. Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels. In IADIS Press. The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011. Neuveden: IADIS Press, 2011. s. 99-106. ISBN 978-972-8939-48-9.
      Název česky: Počítání a vizualizace povrchu proteinů a jejich tunelů
      Název anglicky: Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels
      RIV/00216224:14330/11:00049922 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Itálie.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Aleksandrowicz, Igor (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: surface; protein; channel; visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 31. 10. 2011 12:44.
    4. KOZLÍKOVÁ, Barbora. Visualization Techniques for Static and Dynamic Protein Molecules and Their Channels. 2011.
      Název česky: Vizualizační techniky pro statické a dynamické molekuly proteinů a jejich tunelů
      Název anglicky: Visualization Techniques for Static and Dynamic Protein Molecules and Their Channels

      Klíčová slova anglicky: Protein; visualization; channel; surface; cavity; secondary structures; dynamics; CAVER Viewer
      Mezinárodní význam: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 22. 11. 2011 13:32.

    2010

    1. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Jiří SOCHOR, Tibor SZABÓ a Matúš ZAMBORSKÝ. CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins. In The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2010. Neuveden: IADIS Press, 2010. 8 s. ISBN 978-972-8939-22-9.
      RIV/00216224:14330/10:00044485 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika) -- Szabó, Tibor (703 Slovensko) -- Zamborský, Matúš (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: CAVER; CAVER Viewer; visualization; protein; channel; molecular dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 18. 8. 2010 16:49.
    2. CAVER 2.1 (software)
      BENEŠ, Petr, Barbora KOZLÍKOVÁ, Ondřej STRNAD, Vilém ŠUSTR, Eva CHOVANCOVÁ, Antonín PAVELKA, Jan BREZOVSKÝ, Tibor SZABÓ, Matúš ZAMBORSKÝ, Jiří SOCHOR, Jiří DAMBORSKÝ a Lada BIEDERMANNOVÁ. CAVER 2.1. 2010.
      URL
      Název česky: CAVER 2.1
      Název anglicky: CAVER 2.1
      RIV/00216224:14330/10:00040637 Software. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Chovancová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Szabó, Tibor (703 Slovensko) -- Zamborský, Matúš (703 Slovensko) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Biedermannová, Lada (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: channel analysis visualization
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D., učo 139568. Změněno: 31. 10. 2011 12:47.

    2009

    1. ZAMBORSKÝ, Matúš, Tibor SZABÓ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Dynamic visualization of protein secondary structures. In Proceedings of the 13th Central European Seminar on Computer Graphics (CESCG 2009). Vienna: Vienna University of Technology, Insitute of Computer Graphics and Algorithms, 2009. s. 147-152. ISBN 978-3-9502533-1-3.
      Název česky: Dynamická vizualizace sekundárních struktur v proteinech
      Název anglicky: Dynamic visualization of protein secondary structures
      RIV/00216224:14330/09:00029831 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Zamborský, Matúš (703 Slovensko) -- Szabó, Tibor (703 Slovensko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: protein;dynamic visualization;secondary structures
      Druh sborníku: postkonferenční sborník

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 30. 3. 2010 12:47.

    2008

    1. CAVER 2.0 (software)
      MEDEK, Petr, Petr BENEŠ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Eva CHOVANCOVÁ, Antonín PAVELKA, Tibor SZABÓ, Matúš ZAMBORSKÝ, Filip ANDRES, Martin KLVAŇA, Jan BREZOVSKÝ, Jiří SOCHOR a Jiří DAMBORSKÝ. CAVER 2.0. 2008.
      URL URL URL
      Název česky: CAVER 2.0
      Název anglicky: CAVER 2.0
      RIV/00216224:14310/08:00024501 Software. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Medek, Petr (203 Česká republika) -- Beneš, Petr (203 Česká republika) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika) -- Chovancová, Eva (203 Česká republika) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika) -- Szabó, Tibor (703 Slovensko) -- Zamborský, Matúš (703 Slovensko) -- Andres, Filip (203 Česká republika, garant) -- Klvaňa, Martin (203 Česká republika) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: tunnel calculation
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 2. 7. 2009 11:27.

    2007

    1. KOZLÍKOVÁ, Barbora, Filip ANDRES a Jiří SOCHOR. Visualization of Tunnels in Protein Molecules. In Computer graphics, virtual reality, visualisation and interaction in Africa AFRIGRAPH '07. October 2007. Grahamstown, South Africa: ACM, 2007. s. 111-118. ISBN 978-1-59593-906-7.
      URL
      Název česky: Vizualizace tunelů v molekulách proteinů
      Název anglicky: Visualization of Tunnels in Protein Molecules
      RIV/00216224:14330/07:00020597 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Jižní Afrika.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant) -- Andres, Filip (203 Česká republika) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: protein; tunnel; visualization; tetrahedrization; Loop subdivision
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 19. 11. 2007 15:43.
Zobrazeno: 19. 3. 2024 03:35