Výpis publikací

POKLUDOVÁ, Jana; Petr LAPČÍK; Iva STANICZKOVÁ ZAMBO; Jiří KOHOUTEK; Danica ZAPLETALOVÁ; Peter MÚDRY; Dagmar ADÁMKOVÁ; Jakub ČERVINKA; Tomáš LOJA; Matej LEXA; Jan VERNER; Jan ŠMARDA; Pavel BOUCHAL; Lucia KNOPFOVÁ a Petr BENEŠ. Creatine kinase B, a downstream effector of c-Myb, controls migration of osteosarcoma cells via regulation of N-cadherin. Cancer Cell International. BIOMED CENTRAL LTD, 2026, roč. 26, č. 1, s. 1-14. ISSN 1475-2867. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12935-025-04087-0.

ŠIMONÍK, Jan; Petr LAPČÍK; Pavla BOUCHALOVÁ a Pavel BOUCHAL. Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry in Tumor Classification and Cancer Biomarker Research. Mass Spectrometry Reviews. Wiley, 2026, 33 s. ISSN 0277-7037. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/mas.70014.

MASAŘ, Matěj; Lenka JURASOVÁ; Pavel BOUCHAL; Martin MANDL a Jiří KUČERA. Aerobic ferric iron reduction by sulfur-oxidizing Acidithiobacillus thiooxidans. In XXIV setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2025. ISBN 978-80-280-0783-6.

JANÁČOVÁ, Lucia; Petr LAPČÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Michaela ŠTENCKOVÁ; David POTĚŠIL; Petr MÜLLER; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Catechol-O-methyltransferase detoxifies catechol estrogens but also plays a pro-metastatic role in triple negative breast cancer cells. In In Book of Abstract of European Proteomics Association (EuPA) conference, Saint Malo, France, June 16-20, 2025. 2025.

POKLUDOVÁ, Jana; Petr LAPČÍK; Pavel BOUCHAL; Karel SOUČEK; Lucia KNOPFOVÁ a Petr BENEŠ. Cell adhesion and EMT markers as downstream effectors of CKB signaling in metastatic process. In 7th Annual meeting EuSARC. 2025.

BOUCHAL, Pavel. DIA-MS and targeted proteomics workshop. 2025.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Lucia JANÁČOVÁ; Alice HLOBILKOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; Alexandr POPRACH; Milan HORA; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. DIA-MS identified transmembrane glycoprotein GPNMB as a candidate predictive biomarker and potentially a therapeutic target in metastatic renal cell carcinoma. In In book of abstracts of Conference of the European Proteomics Association 2025, Saint-Malo June 16-20, 2025. 2025.

SVOJANOVSKÝ, Vilém; Jakub MÁČALA; Antonin HLAVACEK; Ales CERMAK; Jaromír STRÁNÍK; Pavel BOUCHAL; Ivana MAŠLAŇOVÁ; Petr SKLÁDAL; Zdeněk FARKA a Jan PREISLER. Digital Immunoassay for Biomarker Detection Based on Single-Particle Laser Ablation ICP MS. ANALYTICAL CHEMISTRY. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2025, roč. 97, č. 26, s. 13832-13839. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.analchem.5c00641.

LAPČÍK, Petr; R. Greg STACEY; David POTĚŠIL; Petr KULHÁNEK; Leonard J. FOSTER a Pavel BOUCHAL. Global Interactome Mapping Reveals Protumorigenic Interactions of NF-κB in Breast Cancer. In In Book of Abstracts of Czech Annual Cancer Research Meeting, Olomouc. 24.-26.11.2025, p. 41-42. 2025. 2025.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; Kateřina JURÁSKOVÁ; Ingrid KOVÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Integrated multiomics classification of triple negative breast cancer. In In Book of Abstract of 11. Informal Proteomic Meeting and 13. Annual Conference of Czech Society for Mass Spectrometry. České Budějovice, 19.-21.11.2025. 2025. ISBN 978-80-907478-5-2.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; Kateřina JURÁSKOVÁ; David POTĚŠIL; Miloš HOLÁNEK; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Integrated proteogenomic analysis identifies synuclein gamma as a key target of the mesenchymal stem-like subtype of triple negative breast cancer. In In book of abstracts of 13th Conference of Czech Mass Spectrometry together with 11th Informal proteomic meeting, 19-21 2025, České Budějovice. 2025.

BOUCHAL, Pavel. Klasifikace solidních nádorů a biomarkerový výzkum na bázi proteomiky s datově nezávislým sběrem dat. In Hmotnostní spektrometrie v personalizované a precizní medicíně. Praha 4.12.2025. 2025.

LAPČÍK, Petr; Miguel COSENZA-CONTRERAS; Veronika MIKULÍKOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; Lenka ČÁPKOVÁ; David POTĚŠIL; Petr MÜLLER; Pavel FABIAN; Oliver SCHILLING a Pavel BOUCHAL. LC-MS/MS-based terminomics unravels carboxypeptidase B1 role in luminal A breast tumor progression. In In Book of Abstracts of 19th Central and Eastern European Proteomic Conference (CEEPC), Budapest, Hungary. 14.10.-17.10.2025, p. 63. 2025. 2025.

LAPČÍK, Petr; Miguel COSENZA-CONTRERAS; Veronika MIKULÍKOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; Lenka ČÁPKOVÁ; David POTĚŠIL; Petr MÜLLER; Pavel FABIAN; Oliver SCHILLING a Pavel BOUCHAL. LC-MS/MS-based terminomics unravels role of carboxypeptidase B1 in luminal A breast cancer. In In Book of Abstracts of 11th Informal Proteomic Meeting, České Budějovice. 19.-21.11.2025, p. 52. 2025. 2025.

POKLUDOVÁ, Jana; Petr LAPČÍK; Pavel BOUCHAL; Lucia KNOPFOVÁ a Petr BENEŠ. Proteomic analysis reveals the role of creatine kinase B in regulating cell migration in osteosarcoma. In XXIV. Interdisciplinary meeting of young life scientists. 2025.

KUČERA, Jiří; Klemens KREMSER; Pavel BOUCHAL; David POTĚŠIL; Tomáš VACULOVIČ; Dalibor VŠIANSKÝ; Georg M. GUEBITZ a Martin MANDL. Proteomic Insights into the Adaptation of Acidithiobacillus ferridurans to Municipal Solid Waste Incineration Residues for Enhanced Bioleaching Efficiency. Journal of Proteome Research. American Chemical Society, 2025, roč. 24, č. 5, s. 2243-2255. ISSN 1535-3893. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.4c00527.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; Kateřina JURÁSKOVÁ; Ingrid KOVÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Lucia JANÁČOVÁ; Miloš HOLÁNEK; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Proteomics-driven multi-omics classification of triple negative breast cancer. In In Book of Abstracts of PhD Conference 2025, Brno, Česká republika 29.5. 2025, P16. 2025.

LAPČÍK, Petr; Klára SYNKOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; David POTĚŠIL; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. A hybrid DDA/DIA-PASEF based assay library for a deep proteotyping of triple-negative breast cancer. Scientific Data. Nature Portfolio, 2024, roč. 11, č. 1, s. 794-800. ISSN 2052-4463. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41597-024-03632-2.

LAPČÍK, Petr; Klára SYNKOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; David POTĚŠIL; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. A hybrid DDA/DIA-PASEF based assay library for a deep proteotyping of triple-negative breast cancer. In In Book of Abstracts of 23rd Human Proteome Organization World Congress, Dresden, Germany 20.10.-24.10.2024, p. 1275. 2024.

LAPČÍK, Petr; Jan ŠIMONÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; David POTĚŠIL; Lucia JANÁČOVÁ; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Breast cancer subclassification based on proteomics/proteogenomics for targeted therapy. In In Book of Abstracts of 19th Czech Annual Cancer Research Meeting, November 18-20, 2024, p. 22-23. 2024.

ŘÍHOVÁ, Kamila; Petr LAPČÍK; Barbora VESELÁ; Lucia KNOPFOVÁ; David POTĚŠIL; Jana POKLUDOVÁ; Jan ŠMARDA; Eva MATALOVÁ; Pavel BOUCHAL a Petr BENEŠ. Caspase-9 Is a Positive Regulator of Osteoblastic Cell Migration Identified by diaPASEF Proteomics. Journal of Proteome Research. American Chemical Society, 2024, roč. 23, č. 8, s. 2999-3011. ISSN 1535-3893. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.3c00641.

LAPČÍK, Petr; Damián LIPTÁK; David POTĚŠIL; Zbyněk ZDRÁHAL a Pavel BOUCHAL. Comparison of phosphopeptide enrichment and LC-MS/MS acquisition methods to study cancer phosphoproteome. In In Book of Abstracts of 23rd Human Proteome Organization World Congress, Dresden, Germany 20.10.-24.10.2024, P-I-0026. 2024.

LAPČÍK, Petr; Petr ŠULC; Lucia JANÁČOVÁ; Kateřina JÍLKOVÁ; David POTĚŠIL; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Desmocollin-1 is associated with pro-metastatic phenotype of luminal A breast cancer cells and is modulated by parthenolide. In In Book of Abstracts of 10th Informal Proteomic Meeting, Olomouc 28.-29.11.2024, Josef Chmelik Prize. 2024.

LAPČÍK, Petr; R. Greg STACEY; David POTĚŠIL; Petr KULHÁNEK; Leonard J. FOSTER a Pavel BOUCHAL. Global interactome mapping reveals pro-tumorigenic interactions of NF-κB in breast cancer. Molecular and Cellular Proteomics. Elsevier, 2024, roč. 23, č. 4, s. 1-20. ISSN 1535-9484. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.mcpro.2024.100744.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Vojtěch BYSTRÝ; Jiří NAVRÁTIL; Boris TICHÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted therapy. In n Book of Abstracts of PhD Conference 2024, Brno, Česká republika 30.5. 2024, P7. 2024.

KUČERA, Jiří; Lenka JURASOVÁ; Pavel BOUCHAL a Martin MANDL. Proteomic Insights into Ferric Iron Reduction in Sulfur-Oxidizing Acidithiobacillus thiooxidans. In Metallurgy and Materials Society of CIM (eds). Proceedings of the 63rd Conference of Metallurgists, COM 2024. Switzerland: Springer Nature, 2024, s. 1073–1077, 1725 s. ISBN 978-3-031-67397-9. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/978-3-031-67398-6_179.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Lucia JANÁČOVÁ; Alice HLOBILKOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; Alexandr POPRACH; Hora MILAN; Fiala ONDŘEJ a Pavel BOUCHAL. Transmembrane glycoprotein GPNMB is a candidate predictive biomarker and potentially a therapeutic target in metastatic renal cell carcinoma. In In Book of Abstracts of 23rd Human Proteome Organization World Congress, Dresden, Germany 20.10.-24.10.2024, P-II-0679, 2024. 2024.

LAPČÍK, Petr; Jan ŠIMONÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Kateřina JURÁSKOVÁ; David POTĚŠIL; Lucia JANÁČOVÁ; Boris TICHÝ; Vojtěch BYSTRÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Understanding breast cancer biology via proteomics, proteogenomics and interactomics to identify novel therapy targets. In In Book of Abstracts of 10. Informal Proteomic Meeting, November 28-29, 2024, Olomouc, p. 17. 2024.

ŘÍHOVÁ, Kamila; Lucia KNOPFOVÁ; Jana POKLUDOVÁ; Petr LAPČÍK; Barbora VESELÁ; Pavel BOUCHAL; Eva MATALOVÁ a Petr BENEŠ. Caspase-9 as a regulator of cell migration: Proteomic and functional analysis. In EACR Congress: Innovative Cancer Science. 2023. ISSN 1574-7891.

JANÁČOVÁ, Lucia; Michaela ŠTENCKOVÁ; Petr LAPČÍK; Šárka HRACHOVINOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; David POTĚŠIL; Roman HRSTKA; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Catechol-O-methyl transferase suppresses cell invasion and interplays with MET signaling in estrogen dependent breast cancer. Scientific Reports. Nature Research, 2023, roč. 13, č. 1, s. 1-14. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41598-023-28078-1.

LAPČÍK, Petr; Petr ŠULC; Lucia JANÁČOVÁ; Kateřina JÍLKOVÁ; David POTĚŠIL; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Desmocollin-1 is associated with pro-metastatic phenotype of luminal A breast cancer cells and is modulated by parthenolide. Cellular & Molecular Biology Letters. BMC, 2023, roč. 28, č. 1, s. 1-25. ISSN 1425-8153. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s11658-023-00481-6.

LAPČÍK, Petr; Barbora VESELÁ; David POTĚŠIL; Kateřina DADÁKOVÁ; Martina ZAPLETALOVÁ; Petr BENEŠ; Pavel BOUCHAL a Eva MATALOVÁ. DiaPASEF proteotype analysis indicates changes in cell growth and metabolic switch induced by caspase-9 inhibition in chondrogenic cells. Proteomics. Wiley, 2023, roč. 23, č. 11, s. 1-14. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pmic.202200408.

LAPČÍK, Petr; Greg R. STACEY; David POTĚŠIL; Leonard J. FOSTER a Pavel BOUCHAL. Global Interactome Mapping Reveals Pro-tumorigenic Interactions of NF-κB in Breast Cancer. In In Book of Abstracts of 22nd Human Proteome Organization World Congress, Busan, Korea 17.9.-21.9.2023, PP01.50. 2023.

LAPČÍK, Petr; Klára SYNKOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; David POTĚŠIL; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Library-based vs. library-free: a comprehensive DDA/diaPASEF hybrid assay library from triple-negative breast tumors for quantitative DIA data extraction in Spectronaut and DIA-NN. In In Book of Abstracts of 9th Informal Proteomic Meeting, Mělník 30.11.-1.12.2023, M05. 2023.

BOUCHALOVÁ, Pavla; Jan ŠIMONÍK; Petr LAPČÍK; Lucia JANÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Alice HLOBILKOVÁ; Vlad POPOVICI; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Next generation proteomics identifies a potential protein marker of poor response to tyrosine kinase inhibitors in metastatic renal cell carcinoma. In Abstract Book of EACR Conference: Cellular Bases for Patient Response to Cancer Therapies, Lyon, Francie 14.-16.11.2023, P12. 2023.

HRACHOVINOVÁ, Šárka; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Kateřina JURÁSKOVÁ; Vojtěch BYSTRÝ; Boris TICHÝ; Rudolf NENUTIL; Roman HRSTKA a Pavel BOUCHAL. Proteogenomic Classification of Triple-Negative Breast Cancer for Prognosis and Targeted Therapy. In Abstract Book of Doctoral conference 2023, Brno, CZ, 1.6.2023. 2023.

ŠIMONÍK, Jan; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Vlad POPOVICI; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of localized and metastatic renal cell carcinoma for prognosis and therapy response. In Abstract Book of BSRP - EuPA Annual Scientific Meeting, Newcastle upon Tyne, UK, 17.-20.7.2023. 2023.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Richard ŠTEFANÍK; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Vlad POPOVICI; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of metastatic and localized renal cell carcinomas for prognosis and therapy response. In Abstract Book of XVIII. Czech Annual Cancer Research Meeting, Olomouc, CZ, 20.-22.11.2023. 2023. ISBN 978-80-908348-2-8.

ŠIMONÍK, Jan; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of renal cell carcinoma for prognosis and therapy response. In Doctoral conference 2023, MUNI, Department of Biochemistry. 2023.

BOUCHAL, Pavel; Jan ŠIMONÍK; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH a Ondřej FIALA. Proteotypová klasifikace renálního karcinomu. In Sborník abstrakt (Klinická onkologie, ročník 36, Supplementum I), XLVII. Brněnské onkologické dny, Brno, CZ, 1.-3.11.2023, XXXI/81. 2023.

ŠIMONÍK, Jan; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Lucia JANÁČOVÁ; Alice HLOBILKOVÁ; Vlad POPOVICI; Alexandr POPRACH; Milan HORA; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Transmembrane glycoprotein GPNMB is a potential marker of poor response of metastatic renal cell carcinoma to tyrosine kinase receptor inhibitor treatment. In 9th Informal Proteomic Meeting November 30 – December 1, Mělník, Masaryk Cultural House. 2023.

MIKEŠ, Vladimír; Pavel BOUCHAL a Zdeněk FARKA. Úlohy z biochemie. 2. vydání. Brno: Masarykova univerzita, 2023, 62 s.

LAPČÍK, Petr; Lucia JANÁČOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. A large-scale assay library for targeted protein quantification in renal cell carcinoma tissues. Proteomics. Weinheim: Wiley-VCH GmbH, 2022, roč. 22, č. 7, s. "e2100228", 7 s. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pmic.202100228.

BOUCHALOVÁ, Pavla a Pavel BOUCHAL. Current methods for studying metastatic potential of tumor cells. Cancer Cell International. BMC, 2022, roč. 22, č. 1, s. 1-22. ISSN 1475-2867. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/s12935-022-02801-w.

BOUCHAL, Pavel. DIA data analysis workshop. 2022.

ŠIMONÍK, Jan; Petr LAPČÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. DIA-MS identifies proteins associated with a poor response of metastatic renal cell carcinoma to tyrosine kinase inhibitor treatment. In In Book of Abstracts of 14th European Summer School, Brixen, Italy 31.7.-6.8. 2022, p.46. 2022.

LAPČÍK, Petr; Greg STACEY; David POTĚŠIL; Leonard FOSTER a Pavel BOUCHAL. Global SEC-PCP-SILAC mapping reveals protein complexes mediating NF-κB activation in breast cancer. In In Book of Abstracts of 16th Central- and Eastern European Proteomic Conference, Praha 29.9.-1.10.2022, ThO-02. 2022.

BOUCHALOVÁ, Pavla; Lucia SOMMEROVÁ; David POTĚŠIL; Andrea MARTIŠOVÁ; Petr LAPČÍK; Veronika BRYCHTOVÁ; Alexander SCHERL; Petr VOŇKA; Joan PLANAS IGLESIAS; Eric CHEVET; Pavel BOUCHAL a Roman HRSTKA. Characterization of the AGR2 Interactome Uncovers New Players of Protein Disulfide Isomerase Network in Cancer Cells. Molecular & Cellular Proteomics. American Society for Biochemistry and Molecular Biology, 2022, roč. 21, č. 2, s. 1-19. ISSN 1535-9484. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.mcpro.2021.100188.

BOUCHALOVÁ, Pavla; Jan ŠIMONÍK; David POTĚŠIL; Petr LAPČÍK; Ján PODHOREC; Lucia JANÁČOVÁ; Milan HORA; Alice HLOBILKOVÁ; Alexandr POPRACH; Vlad POPOVICI; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteiny odpovědné za špatnou terapeutickou odpověď metastatických nádorů ledvin na léčbu tyrosinkinasovými inhibitory. In Sborník abstrakt, přednášek a posterů, XXV. Biologické dny, Brno 5.- 6.9.2022, p. 40. 2022. ISSN 1805-9619.

ŠIMONÍK, Jan; Richard ŠTEFANÍK; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotype classification of renal cell carcinoma for prognosis and therapy response. In In Book of Abstracts of 16the Central- and Eastern European Proteomic Conference, Praha 29.9.-1.10.2022, FrO-16. 2022.

LAPČÍK, Petr; Lucia JANÁČOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. A large-scale assay library for targeted protein quantification in renal cell carcinoma tissues. In 20th Human Proteome Organization World Congress, HUPO Reconnect 2021, Online, 15.11.-19.11.2021, in Book of Abstracts, p. 184. 2021.

BOUCHALOVÁ, Pavla; Jindřich BERÁNEK; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Ondřej FIALA; Alexandr POPRACH a Pavel BOUCHAL. DIA-MS Identifies and Validates Transgelin as Protein Contributing to a Poor Response of Metastatic Renal Cell Carcinoma to Sunitinib Treatment. In HUPO Reconnect 2021. 2021.

LAPČÍK, Petr; Kateřina JÍLKOVÁ; David POTĚŠIL; Lucia JANÁČOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; Roman HRSTKA; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Knihovna cílených hmotnostně-spektrometrických assays pro proteotypovou klasifikaci trojitě negativních nádorů prsu získaná pomocí timsTOF Pro. In 7. Neformální proteomické setkání, Hradec Králové, 25.11.-26.11.2021, in Book of Abstracts, p. 24. 2021.

LAPČÍK, Petr; Pavla BOUCHALOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Milan HORA; Alexandr POPRACH; Ondřej FIALA a Pavel BOUCHAL. Proteotypová analýza renálního karcinomu ve vztahu k prognóze a terapeutické odpovědi. In 7. Neformální proteomické setkání, 25.-26.11.2021, Hradec Králové, In Book of Abstracts, p. 24. 2021.

JANÁČOVÁ, Lucia; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Vendula PÁRALOVÁ; Anna POSPÍŠILOVÁ; Ján PODHOREC; Ebhardt HOLGER ALEXANDER; Roman HRSTKA; Rudolf NENUTIL; Aebersold RUEDI a Pavel BOUCHAL. SWATH-MS identifikácia stathminu ako potenciálneho markeru nádorov endometria u pacientok liečených tamoxifenom analýzou FFPE tkanív. In Neformální proteomické setkání, 25.-26.11.2021, in Book of Abstracts, p. 17. 2021. 2021.

BOUCHALOVÁ, Pavla; Jindřich BERÁNEK; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Alexandr POPRACH a Pavel BOUCHAL. Transgelin Contributes to a Poor Response of Metastatic Renal Cell Carcinoma to Sunitinib Treatment. Biomedicines. Basel: MDPI, 2021, roč. 9, č. 9, s. 1145-1163. ISSN 2227-9059. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/biomedicines9091145.

JANÁČOVÁ, Lucia; Jakub FAKTOR; Petr LAPČÍK; Lenka ČÁPKOVÁ; Anna POSPÍŠILOVÁ a Pavel BOUCHAL. Tumor suppressor role of catechol O-methyl transferase in estrogen receptor positive breast cancer through inhibition of cell invasion via MET signaling. In XXVI. Annual Congress of Czech and Slovak Societies for Biochemistry and Molecular Biology with cooperation of Austrian and German Biochemical Section, 29.8.-1.9.2021, in Book of Abstracts, p. 43. 2021. 2021. ISBN 978-80-907779-1-0.

KUČERA, Jiří; Jan LOCHMAN; Pavel BOUCHAL; Eva PAKOSTOVA; Kamil MIKULÁŠEK; Sabrina HEDRICH; Oldřich JANICZEK; Martin MANDL a D. Barrie JOHNSON. A Model of Aerobic and Anaerobic Metabolism of Hydrogen in the Extremophile Acidithiobacillus ferrooxidans. Frontiers in Microbiology. Lausanne: Frontiers Media SA, 2020, roč. 11, November 2020, s. 610836-610849. ISSN 1664-302X. Dostupné z: https://doi.org/10.3389/fmicb.2020.610836.

LAPČÍK, Petr; Petr ŠULC; Jakub FAKTOR; Lucia JANÁČOVÁ; Kateřina JÍLKOVÁ; David POTĚŠIL; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Desmocollin-1 plays a role in breast cancer cell migration, invasion and metastasis and is modulated by parthenolide. In 19th Human Proteome Organization World Congress, HUPO Connect 2020, Online, 19..10-22.10.2020, in Book of Abstracts, p. 56. 2020.

LAPČÍK, Petr; Anna POSPÍŠILOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; Peter GRELL; Pavel FABIAN a Pavel BOUCHAL. How Different Are the Molecular Mechanisms of Nodal and Distant Metastasis in Luminal A Breast Cancer? Cancers. Basel: MDPI, 2020, roč. 12, č. 9, s. 1-26. ISSN 2072-6694. Dostupné z: https://doi.org/10.3390/cancers12092638.

BOUCHAL, Pavel; Juraj LENČO; Petr NOVÁK a Marek VRBACKÝ. Neformální proteomický webinář. 2020.

JANÁČOVÁ, Lucia; Petr LAPČÍK; Anna POSPÍŠILOVÁ; David POTĚŠIL; Jan PŘIBYL; Roman HRSTKA; Eva BUDINSKÁ; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Rola katechol-O-metyltransferázy u estrogén-receptor pozitívnych nádorov prsníka. In Neformální proteomický webinář, 27.11.2020, in Book of Abstracts, p. 9. 2020. 2020.

FARKA, Zdeněk; Matthias Jürgen MICKERT; Zuzana MIKUŠOVÁ; Antonín HLAVÁČEK; Pavla BOUCHALOVÁ; Wenshu XU; Pavel BOUCHAL; Petr SKLÁDAL a Hans-Heiner GORRIS. Surface design of photon-upconversion nanoparticles for high-contrast immunocytochemistry. Nanoscale. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2020, roč. 12, č. 15, s. 8303-8313. ISSN 2040-3364. Dostupné z: https://doi.org/10.1039/C9NR10568A.

JANÁČOVÁ, Lucia; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Vendula PÁRALOVÁ; Anna POSPÍŠILOVÁ; Jan PODHOREC; Holger Alexander EBHARDT; Roman HRSTKA; Rudolf NENUTIL; Ruedi AEBERSOLD a Pavel BOUCHAL. SWATH-MS Analysis of FFPE Tissues Identifies Stathmin as a Potential Marker of Endometrial Cancer in Patients Exposed to Tamoxifen. Journal of Proteome Research. Washington, USA: AMER CHEMICAL SOC, 2020, roč. 19, č. 7, s. 2617-2630. ISSN 1535-3893. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/acs.jproteome.0c00064.

BOUCHALOVÁ, Pavla; Jindřich BERÁNEK; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Alexandr POPRACH a Pavel BOUCHAL. Transgelin contributes to a poor response of metastatic renal cell carcinoma to sunitinib treatment. In In Book of Abstract of: 19th Human Proteome Organization World Congress, HUPO Connect 2020, October 19-22, 2020, p. 45. 2020.

BOUCHAL, Pavel; Pavla BOUCHALOVÁ; Jindřich BERÁNEK; Petr LAPČÍK; David POTĚŠIL; Ján PODHOREC; Ondřej FIALA a Alexandr POPRACH. Transgelin negativně přispívá k léčebné odpovědi pacientů s metastatickým reálním karcinomem léčených tyrosinkinasovými inhibitory. In Book of Abstract of: Neformální proteomický webinář. 27.11.2020, str. 10. 2020.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Petr LAPČÍK; Pavla BOUCHALOVÁ a Pavel BOUCHAL. Transgelin Silencing Induces Different Processes in Different Breast Cancer Cell Lines. Proteomics. Hoboken: Wiley, 2020, roč. 20, č. 7, s. 1-8. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pmic.201900383.

BOUCHAL, Pavel; Olga T. SCHUBERT; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Hana IMRICHOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Vendula PÁRALOVÁ; Roman HRSTKA; Yansheng S. LIU; Holger A. EBHARDT; Eva BUDINSKÁ; Rudolf NENUTIL a Ruedi AEBERSOLD. Breast Cancer Classification Based on Proteotypes Obtained by SWATH Mass Spectrometry. Cell Reports. CAMBRIDGE: Cell Press, 2019, roč. 28, č. 3, s. "832"-"843.e7", 20 s. ISSN 2211-1247. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.06.046.

BOUCHAL, Pavel; Petr LAPČÍK; Jakub FAKTOR a David POTĚŠIL. DDA, DIA, či directDIA: závisle, s knihovnou či bez? Praktické porovnání přístupů pro různé typy proteomických experimentů. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 35. 2019.

LAPČÍK, Petr; David POTĚŠIL a Pavel BOUCHAL. Globální analýza NF-κB proteinových komplexů v modelu luminálních A nádorů prsu pomocí SEC-LC-MS/MS. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 36. 2019.

FAKTOR, Jakub; Lucia KNOPFOVÁ; Vendula PÁRALOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr BENEŠ a Pavel BOUCHAL. Mass spectrometry identification and validation of cell surfaceome associated with breast cancer cell migration and metastasis. In Keystone Symposia: Proteomics and its Application to Translational and Precision Medicine. Stockholm, Sweden, 7.-11.4.2019, in Book of Poster Abstracts, poster 1043. 2019.

LAPČÍK, Petr; Petr ŠULC; Lenka ČÁPKOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. On the molecular role of desmocollin-­1 in lymph node metastasis of luminal A breast cancer. In 13th European Summer School on Advanced Proteomics. 28.7.-3.8.2019, Brixen, Italy, in Book of Abstracts, p. 30. 2019.

KUČERA, Jiří; Pavel BOUCHAL; Oldřich JANICZEK a Martin MANDL. Proteomic response to hydrogen peroxide-induced oxidative stress in pyrite-grown Acidithiobacillus ferrooxidans. In 23rd International Biohydrometallurgy Symposium. 2019.

FAKTOR, Jakub; Lucia KNOPFOVÁ; Petr LAPČÍK; Lucia JANÁČOVÁ; Vendula PÁRALOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr MÜLLER; Petr BENEŠ a Pavel BOUCHAL. Proteomics Identification and Validation of Desmocollin-1 and Catechol-O-Methyltransferase as Proteins Associated with Breast Cancer Cell Migration and Metastasis. Proteomics. HOBOKEN, USA: Wiley, 2019, roč. 19, 21-22, s. 1-11. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pmic.201900073.

JANÁČOVÁ, Lucia; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Anna POSPÍŠILOVÁ; Ján PODHOREC; H. Alexander EBHARDT; Roman HRSTKA; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. SWATH-MS identifikácia calcyphosinu a stathminu-1 ako markerov agresivity nádorov endometria s odlišnou špecifitou. In 6. Neformální proteomické setkání, Olomouc, 29.11.-30.11.2019, in Book of Abstracts, p. 20. 2019.

LAPČÍK, Petr; Petr ŠULC; Lenka ČÁPKOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; Kateřina JÍLKOVÁ; David POTĚŠIL; Pavla BOUCHALOVÁ; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. The mechanisms of pro-metastatic role of desmocollin-1 in luminal breast cancer. In XX. setkání biochemiků a molekulárních biologů, 12.-13.11.2019, in Book of Abstracts, p. 38. 2019.

JANÁČOVÁ, Lucia; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Lucia KNOPFOVÁ; Petr BENEŠ; Pavel FABIAN a Pavel BOUCHAL. Catechol-O-methyltransferase: a dual-role player in different breast cancer subtypes? In 25th Biennial Congress of the European Asociation for Cancer Research (EACR25), 30.6.-3.7.2019, Amsterdam, The Netherlands, in ESMO Open 2018;3(Suppl 2):A1–A463, p. A115. 2018. ISSN 2059-7029.

KNÍŽEK, Jiří; Lubomír PAVLIŠKA; Václav PROCHÁZKA; Adéla VRTKOVÁ; Ladislav BERÁNEK; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Martin KUBA. Computation of Identification of a Gnostical Regression Model, Robust to Both Input and Output Disturbances with the Help of Parallel Computing–Basic Version. International Journal of Mathematics and Computation™. CESER, 2018, roč. 29, č. 2, s. 29-58. ISSN 0974-5718.

JANÁČOVÁ, Lucia; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Lucia KNOPFOVÁ; Petr BENEŠ; Pavel FABIAN a Pavel BOUCHAL. Dual role of catechol-O-methyltransferase in the context of breast cancer heterogeneity. In Summer School in Translational Cancer Research (EACR/DFKZ), 8.-12.10.2018, Albufeira, Portugal. 2018.

BOUCHAL, Pavel. Kvantifikace na bázi DIA/SWATH. In 19. škola hmotnostní spektrometrie, Špindlerův mlýn, 10.-14.9.2018. 2018. ISBN 978-80-88195-07-8.

MARYÁŠ, Josef; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Petr MÜLLER; Petr SKLÁDAL a Pavel BOUCHAL. Pull-down Assay on Streptavidin Beads and Surface Plasmon Resonance Chips for SWATH-MS-based Interactomics. CANCER GENOMICS & PROTEOMICS. ATHENS: INT INST ANTICANCER RESEARCH, 2018, roč. 15, č. 5, s. 395-404. ISSN 1109-6535. Dostupné z: https://doi.org/10.21873/cgp.20098.

BOUCHAL, Pavel. SWATH-MS jako nástroj pro klasifikaci solidních nádorů. In Setkání uživatelů hmotnostní spektrometrie SCIEX. 2018.

PROCHÁZKOVÁ, Iva; Juraj LENČO a Pavel BOUCHAL. Targeted Proteomics Driven Verification of Biomarker Candidates Associated with Breast Cancer Aggressiveness. In Minnie M. Sarwal and Tara K. Sigdel. Tissue Proteomics. New York: Humana Press, 2018, s. 177-184. Methods in Molecular Biology 1788. ISBN 978-1-4939-7852-6. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/7651_2017_111.

BOUCHAL, Pavel; Olga T SCHUBERT; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Hana IMRICHOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Yansheng LIU; H Alexander EBHARDT; Eva BUDINSKÁ; Rudolf NENUTIL a Ruedi AEBERSOLD. Breast cancer classification based on proteotypes obtained by SWATH-MS. In 16th Human Proteome Organisation World Congress. 2017.

FAKTOR, Jakub; Rita SUCHÁ; Vendula PÁRALOVÁ; Yansheng LIU a Pavel BOUCHAL. Comparison of targeted proteomics approaches for detecting and quantifying proteins derived from human cancer tissues. Proteomics. HOBOKEN, USA: Wiley, 2017, roč. 17, č. 5, s. nestránkováno, 6 s. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pmic.201600323.

KNÍŽEK, Jiří; Ladislav BERÁNEK; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL; Martin KUBA; Lubomír PAVLIŠKA a Václav PROCHÁZKA. Computation of Kovanic's Expectedness Distributions with the Help of Parallel Computing - Basic Version (with Special References of Health and Environment). INTERNATIONAL JOURNAL OF ECOLOGICAL ECONOMICS & STATISTICS. UTTARAKHAND: CENTRE ENVIRONMENT SOCIAL & ECONOMIC RESEARCH PUBL-CESER, 2017, roč. 38, č. 1, s. 96-119. ISSN 0973-1385.

FAKTOR, Jakub; Lucia KNOPFOVÁ; Michaela GALOCZOVÁ; Lucia JANÁČOVÁ; David POTĚŠIL; Petr BENEŠ a Pavel BOUCHAL. Identifikácia potenciálne prometastatických cieľov lokalizovaných na povrchu buniek mamárneho karcinómu. In 5. Neformální proteomické setkání. 2017.

BOUCHAL, Pavel; Olga T SCHUBERT; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Hana IMRICHOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Yansheng LIU; H Alexander EBHARDT; Eva BUDINSKÁ; Rudolf NENUTIL a Ruedi AEBERSOLD. Klasifikace nádorů prsu na základě proteotypů získaných metodou SWATH-MS. 2017.

MARYÁŠ, Josef; Michal MASAŘÍK a Pavel BOUCHAL. PDZ and LIM domain protein 2 (PDLIM2) is connected to epithelial-to-mesenchymal transition in breast cancer. In 1st Joint EACR-MRS Conference Seed and Soil: In Vivo Models of Metastasis. November 27-29, 2017, Berlin, Germany - Clinical and Experimental Metastasis, vol. 34, No. 8, Springer, 2018, 497-497. 2017. ISSN 0262-0898.

HRSTKA, Roman; Ján PODHOREC; Rudolf NENUTIL; Lucia SOMMEROVÁ; Joanna Agnieszka OBACZ; Michal ĎURECH; Jakub FAKTOR; Pavel BOUCHAL; Hana SKOUPILOVÁ a Bořivoj VOJTĚŠEK. Tamoxifen-Dependent Induction of AGR2 Is Associated with Increased Aggressiveness of Endometrial Cancer Cells. Cancer Investigation. Marcel Dekker, 2017, roč. 35, č. 5, s. 313-324. ISSN 0735-7907. Dostupné z: https://doi.org/10.1080/07357907.2017.1309546.

PROCHÁZKOVÁ, Iva; Juraj LENČO; Alena FUČÍKOVÁ; Jiří DRESLER; Lenka ČÁPKOVÁ; Roman HRSTKA; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Targeted proteomics driven verification of biomarker candidates associated with breast cancer aggressiveness. Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics. AMSTERDAM: Elsevier Science, 2017, roč. 1865, č. 5, s. 488-498. ISSN 1570-9639. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2017.02.012.

KUČERA, Jiří; Pavel BOUCHAL; Oldřich JANICZEK a Martin MANDL. Využití komparativní proteomiky při studiu adaptace chemolitotrofních acidofilních bakterií na změny vnějšího prostředí. In 5. Neformální proteomické setkání. 2017.

BOUCHAL, Pavel; Pavel ŘEHULKA; Jiří PETRÁK a Marek ŠEBELA. 5. Neformální proteomické setkání. 2017.

GALOCZOVÁ, Michaela; Josef MARYÁŠ; Petra KOVAŘÍKOVÁ; Lenka ČÁPKOVÁ; Jakub FAKTOR a Pavel BOUCHAL. A new panel of proteins associated with metastasis in low-grade breast cancer: a role in cell migration and invasiveness. In Goodbye Flat Biology: Models, Mechanisms and Microenvironment, Berlin, Germany, 2.- 5. 10. 2016. 2016.

BOUCHAL, Pavel; Josef MARYÁŠ; Michaela GALOCZOVÁ; Jakub FAKTOR; Monika DVOŘÁKOVÁ; Roumeliotis THEODOROS; Karolína ZOUFALOVÁ; Lenka ČÁPKOVÁ; Hana IMRICHOVÁ; Eva BUDINSKÁ; Spiros D. GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. A novel panel of proteins associated with lymph node metastasis in low-grade breast cancer. In Annual Swiss Proteomics Meeting, Brig, Switzerland, 21.-22.4.2016. 2016.

BOUCHAL, Pavel; Josef MARYÁŠ; Lenka ČÁPKOVÁ; Jakub FAKTOR a Rudolf NENUTIL. Analysis of functional network in metastatic early breast cancer using SWATH proteomics. In Cancer Research UK Symposium: Proteomics Applications in Onclology. Cambridge, UK, 7.-9.11.2016. 2016.

BOUCHAL, Pavel; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Eva BUDINSKÁ a Rudolf NENUTIL. Aplikace SWATH-MS v nádorovém výzkumu. In Setkání uživatelů hmotnostní spektrometrie SCIEX, Praha, 14.6.2016. 2016.

FAKTOR, Jakub; Rita SUCHÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; Vendula PERNIKÁŘOVÁ a Pavel BOUCHAL. Cielené proteomické prístupy pre analýzu ľudského nádorového tkaniva. In Klinická onkologie "XL brněnské onkologické dny a XXX. konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky". 2016. ISSN 1802-5307.

FAKTOR, Jakub; Rita SUCHÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; Juraj LENČO; Vendula PÁRALOVÁ a Pavel BOUCHAL. Comparison of targeted proteomics approaches for quantifying breast cancer associated proteins. In 10th Central and Eastern European Proteomics Conference. 2016. ISBN 978-963-7067-33-4.

GALOCZOVÁ, Michaela; Josef MARYÁŠ; Jakub FAKTOR a Pavel BOUCHAL. Duální role proteinu PDLIM2 ve vývoji nádoru prsu. In Klinická onkologie "XL brněnské onkologické dny a XXX. konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky". 2016. ISSN 1802-5307.

PAVLIŠKA, Lubomír; Jiří KNÍŽEK; Václav PROCHÁZKA; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Ladislav BERÁNEK. Gnostical “t-tests” - Promising Evaluation Method of Some Medicine and Biological Data. International Journal of Ecological Economics and Statistics. UTTARAKHAND: CENTRE ENVIRONMENT SOCIAL & ECONOMIC RESEARCH PUBL-CESER, 2016, roč. 37, č. 1, s. 80-94. ISSN 0973-1385.

BOUCHAL, Pavel; Karolína ZOUFALOVÁ; Josef MARYÁŠ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Spiros D. GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Is blocking of NF-kB activation in metastatic early breast cancer an effective therapeutic approach? In European NF-kappaB Subunit Workshop. 3.-5.10.2016, Dassia, Greece. 2016.

KNÍŽEK, Jiří; Pavel BOUCHAL; Vendula PÁRALOVÁ; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL; Ladislav BERÁNEK a Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of LC-MS Profiles. International Journal of Engineering and Future Technology. 2016, roč. 2, č. 1, s. 45-54. ISSN 2455-6432.

KNÍŽEK, Jiří; Jiří ŠINDELÁŘ; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL; Ladislav BERÁNEK a Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of Spectral Courses Alias Marker Statistics. Int J Stat Econ. 2016, roč. 17, č. 1, s. 50-72. ISSN 0975-556X.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Jarmila SOBOTKOVÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; Juraj LENČO; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Transgelin is upregulated in stromal cells of lymph node positive breast cancer. Journal of Proteomics. Amsterdam: ELSEVIER SCIENCE BV, 2016, roč. 132, January, s. 103-111. ISSN 1874-3919. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2015.11.025.

FAKTOR, Jakub; Rita SUCHÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Advantages and drawbacks of SRM, pseudo-SRM and SWATH targeted proteomics modes in cancer research. In 6th RECAMO joint meeting. 2015. ISBN 978-80-86793-37-5.

SKLÁDAL, Petr; Jan PŘIBYL; Veronika HORÁČKOVÁ; Martin PEŠL; Pavel BOUCHAL; Patrik GEREG; Martin JAKUBEC; Zdeněk FARKA a David KOVÁŘ. AFM for characterization of biomolecules, affinity complexes and cells. In SPM workshop 2015. 2015.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Zbyněk BORTLÍČEK; Ivana IHNATOVÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; JTC HO; Josef MARYÁŠ; Hana IMRICHOVÁ; Eva BUDINSKÁ; Rostislav VYZULA; Spiros D, GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Combined proteomics and transcriptomics identifies carboxypeptidase B1 and NF-kappa B associated proteins as putative biomarkers of metastasis in low grade breast cancer. In European Cancer Congress 2015, Vienna, Austria, 25.-29.9.2015 - European Journal of Cancer, Vol. 51, S3. Oxford: Elsevier Science Inc., 2015. s. S24-S25, 2 s. 2015. ISSN 0959-8049.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Zbyněk BORTLÍČEK; Ivana IHNATOVÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; JTC HO; Josef MARYÁŠ; Hana IMRICHOVÁ; Eva BUDINSKÁ; Rostislav VYZULA; SD GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Combined Proteomics and Transcriptomics Identifies Carboxypeptidase B1 and Nuclear Factor kappa B (NF-kappa B) Associated Proteins as Putative Biomarkers of Metastasis in Low Grade Breast Cancer. MOLECULAR & CELLULAR PROTEOMICS. BETHESDA: AMER SOC BIOCHEMISTRY MOLECULAR BIOLOGY INC, 2015, roč. 14, č. 7, s. 1814-1830. ISSN 1535-9476. Dostupné z: https://doi.org/10.1074/mcp.M114.041335.

MARYÁŠ, Josef; Monika DVOŘÁKOVÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Funkční charakterizace potenciálně pro-metastatických proteinů u nádorů prsu. In XXXIX. Brněnské onkologické dny a XXIX. konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky. 2015.

KNÍŽEK, Jiří; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Ladislav BERÁNEK. Gnostical p-Value and Gnostical Power of Test – Promising Evaluation Method of Some Medicine and Biological Data. International Journal of Ecological Economics and Statistics. 2015, roč. 36, č. 3, s. 49-67. ISSN 0973-1385.

MARYÁŠ, Josef; Monika DVOŘÁKOVÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Investigation of pro-metastatic role of PDLIM2 protein in breast cancer using functional proteomics. In 9th European Summer School ADVANCED PROTEOMICS. 2015.

MARYÁŠ, Josef; Monika DVOŘÁKOVÁ; Iva PROCHÁZKOVÁ; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Investigation of the role of PDLIM2 in breast cancer metastasis. In 6th RECAMO joint meeting. 2015.

BOUCHAL, Pavel; Josef MARYÁŠ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Jakub FAKTOR; Iva PROCHÁZKOVÁ; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. “OMICS” přístupy ve vyhledávání metastatických biomarkerů u nádorů prsu. In XXXIX. Brněnské onkologické dny a XXIX. konference pro nelékařské zdravotnické pracovníky, Brno, 8.-10.4.2015. 2015. ISSN 0862-495X.

MARYÁŠ, Josef a Pavel BOUCHAL. PDLIM2 a jeho role v onkogenezi - Tumor supresor nebo onkoprotein? Klinická onkologie. Ambit Media a.s., 2015, roč. 28, 2S, s. "2S40"-"2S46", 7 s. ISSN 0862-495X. Dostupné z: https://doi.org/10.14735/amko20152S40.

PERNIKÁŘOVÁ, Vendula; Vojtěch SEDLÁČEK; David POTĚŠIL; Iva PROCHÁZKOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL; Pavel BOUCHAL a Igor KUČERA. Proteome-wide dataset generated by iTRAQ-3DLCMS/MS technique for studying the role of FerB protein in oxidative stress in Paracoccus denitrificans. Data in Brief. Amsterdam: Elsevier, 2015, roč. 4, September, s. 390-394. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.dib.2015.06.015.

PERNIKÁŘOVÁ, Vendula; Vojtěch SEDLÁČEK; David POTĚŠIL; Iva PROCHÁZKOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL; Pavel BOUCHAL a Igor KUČERA. Proteomic responses to a methyl viologen-induced oxidative stress in the wild type and FerB mutant strains of Paracoccus denitrificans. Journal of Proteomics. Amsterdam: ELSEVIER SCIENCE BV, 2015, roč. 125, July, s. 68-75. ISSN 1874-3919. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.jprot.2015.05.002.

FAKTOR, Jakub; Lucia KNOPFOVÁ; David POTĚŠIL; Petr BENEŠ; Jan ŠMARDA; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Proteomická analýza potencionálnych prometastatických cieľov odvodených z porovnania bunečných línií s rôznym migračným potenciálom. In XXXIX. brněnské onkologické dny. 2015. ISSN 0862-495X.

BOUCHAL, Pavel. Proteomika v molekulární medicíně. In Ondřej Slabý. Molekulární medicína. Praha: Galén, 2015, s. 148-155. Sv. 1/1. ISBN 978-80-7492-121-6.

PERNIKÁŘOVÁ, Vendula a Pavel BOUCHAL. Targeted proteomics of solid cancers: from quantification of known biomarkers towards reading the digital proteome maps. Expert Review of Proteomics. 2015, roč. 12, č. 6, s. 651-667. ISSN 1478-9450. Dostupné z: https://doi.org/10.1586/14789450.2015.1094381.

BOUCHAL, Pavel; Josef MARYÁŠ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Jenny HO; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Hana IMRICHOVÁ; Eva BUDINSKÁ; S D GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Vyhledávání a validace potenciálních biomarkerů metastazování u nádorů prsu typu luminal A. In Neformální proteomické setkání. 2015.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Zbyněk BORTLÍČEK; Ivana IHNATOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Eva BUDINSKÁ; Spiros D. GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. A novel panel of proteins correlating with lymph node metastasis of low-grade breast cancer as identified by combined proteomics and transcriptomics approach. 2014.

FAKTOR, Jakub; Lucia KNOPFOVÁ; David POTĚŠIL; Petr BENEŠ; Jan ŠMARDA a Pavel BOUCHAL. Analysis of potential prometastatic targets derived from proteomic comparison of MDA-MB-231 breast cancer cell lines with different migration capability. In 8th Summer Course for Mass Spectrometry in Biotechnology and Medicine. 2014.

KNÍŽEK, Jiří; Ladislav BERÁNEK; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Pavel TOMŠÍK. Dependences´ tests with respect to the total vertical physical scale. International Journal of Mathematics and Computation. 2014, roč. 24, č. 3, s. 25-32. ISSN 0974-5718.

KOVAŘÍKOVÁ, Petra; Eva MICHALOVÁ; Lucia KNOPFOVÁ a Pavel BOUCHAL. Metody studia buněčné migrace a invazivity nádorových buněk. Klinická onkologie. Brno: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2014, roč. 27, č. 1, s. 22-27. ISSN 0862-495X.

KNOPFOVÁ, Lucia; Pavel BOUCHAL a Jan ŠMARDA. Možnosti studia transendoteliální migrace in vitro. Klinická onkologie. Ambit Media a.s., 2014, roč. 27, č. 1, s. 28-33. ISSN 0862-495X.

FAKTOR, Jakub; Eva MICHALOVÁ a Pavel BOUCHAL. p- SRM, SWATH a HRM – cílené proteomické přístupy na hmotnostním spektrometru TripleTOF 5600+ a jejich aplikace v onkologickém výzkumu. Klinická onkologie. Brno: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2014, roč. 27, č. 1, s. 110-115. ISSN 0862-495X.

BOUCHAL, Pavel; Jakub FAKTOR; Josef MARYÁŠ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Vendula PERNIKÁŘOVÁ; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Proteomické přístupy ve vyhledávání biomarkerů a molekulární klasifikaci nádorů prsu. In XXI. Biologické dny, Brno, 4.-5.9.2014. 2014. ISBN 978-80-260-6793-1.

BOUCHAL, Pavel. Proteomické přístupy ve vyhledávání metastatických biomarkerů a v molekulární klasifikaci nádorů prsu. In Letní škola RECAMO, Moravec. 2014.

FAKTOR, Jakub; Lucia KNOPFOVÁ; David POTĚŠIL; Petr BENEŠ; Jan ŠMARDA a Pavel BOUCHAL. Proteomics analysis of cell surface proteins associated with migration of MDA-MB-231 breast cancer cells. In 5th RECAMO joint meeting – Through cancer research towards applied molecular oncology. 2014. ISBN 978-80-86793-33-7.

MARYÁŠ, Josef; Jakub FAKTOR; Monika DVOŘÁKOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Peter GRELL a Pavel BOUCHAL. Proteomics in investigation of cancer metastasis: Functional and clinical consequences and methodological challenges. Proteomics. Wiley VCH, 2014, roč. 14, 4-5, s. 426-440. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pmic.201300264.

KNÍŽEK, Jiří; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL; Ladislav BERÁNEK; Martin KUBA a Pavel TOMŠÍK. Regression Algorithm for Identification of Biomarker Areas in SELDI-TOF Mass Spectra. International Journal of Imaging and Robotics. 2014, roč. 13, č. 2, s. 40-57. ISSN 2231-525X.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Transgelin function in metastatic behavior of breast cancer cells. In 5th RECAMO joint meeting. 2014. ISBN 978-80-86793-33-7.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Rudolf NENUTIL a Pavel BOUCHAL. Transgelins, cytoskeletal proteins implicated in different aspects of cancer development. Expert Review of Proteomics. 2014, roč. 11, č. 2, s. 149-165. ISSN 1478-9450. Dostupné z: https://doi.org/10.1586/14789450.2014.860358.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; David POTĚŠIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Úloha transgelinu v migraci a apoptóze buněk. In XXI. Biologické dny, Brno, 4.-5.9.2014. 2014. ISBN 978-80-260-6793-1.

PROCHÁZKOVÁ, Iva; Juraj LENČO; Alena FUČÍKOVÁ; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Verification of proteins associated with estrogen receptor, tumor grade and lymph node status in breast cancer using targeted proteomics. In 5th RECAMO joint meeting. 2014. ISBN 978-80-86793-33-7.

BOUCHAL, Pavel; Jakub FAKTOR; Josef MARYÁŠ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Lucia KNOPFOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Eva BUDINSKÁ; Spiros D. GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. A novel panel of proteins correlating with lymph node metastasis of low-grade breast cancer: Towards functional characterization and clinical validation. 2013.

FAKTOR, Jakub; David POTĚŠIL; Lucia KNOPFOVÁ; Jan ŠMARDA; Petr BENEŠ a Pavel BOUCHAL. Analysis of cell surface proteome of two variants of MDA-MB 231 breast cancer cells with different migration properties. In 7th European Summer School Advanced Proteomics. 2013.

STRUHÁROVÁ, Iva; Juraj LENCO; Alena FUČÍKOVA; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Biomarker verification in breast cancer using targeted proteomics method selected reaction monitoring. In 4th RECAMO joint meeting. 2013. ISBN 978-80-86793-28-3.

KNÍŽEK, Jiří; Ladislav BERÁNEK; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Pavel TOMŠÍK. Extended paired dependences´ test. International Journal of Applied Mathematics and Statistics. 2013, roč. 37, č. 7, s. 1-17. ISSN 0973-1377.

KUČERA, Jiří; Pavel BOUCHAL; Jan LOCHMAN; David POTĚŠIL; Oldřich JANICZEK; Zbyněk ZDRÁHAL a Martin MANDL. Ferrous iron oxidation by sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans and analysis of the process at the levels of transcription and protein synthesis. Antonie van Leeuwenhoek International Journal of General and Molecular Microbiology. Dordrecht: Springer, 2013, roč. 103, č. 4, s. 905-919. ISSN 0003-6072. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s10482-012-9872-2.

KNÍŽEK, Jiří; Ladislav BERÁNEK; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Pavel TOMŠÍK. Gnostic Solution of the Marker Statistics’ Problem with Occurrence of Tested Phenomena’s Outlying Behavior. International Journal of Ecological Economics and Statistics. 2013, roč. 29, č. 2, s. 34-60. ISSN 0973-7537.

KNÍŽEK, Jiří; Ladislav BERÁNEK; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Pavel TOMŠÍK. Identification of Markers from a Set of Spectral Courses. WSEAS TRANSACTIONS on BIOLOGY and BIOMEDICINE. 2013, roč. 1, č. 10, s. 35-40. ISSN 1109-9518.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Alexander SCHERL; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Intact protein profiling in breast cancer biomarker discovery: Protein identification issue and the solutions based on 3D protein separation, bottom-up and top-down mass spectrometry. Proteomics. Weinheim: Wiley-VCH, 2013, roč. 13, č. 7, s. 1053-1058. ISSN 1615-9853. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/pmic.201200121.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; David POTĚŠIL; Juraj LENČO; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Multiple roles of cytoskeletal proteins transgelins in breast cancer development and metastasis. In 4th RECAMO joint meeting. Brno, 30.9.-3.10.2013. 2013. ISBN 978-80-86793-28-3.

BOUCHAL, Pavel; Jakub FAKTOR; Josef MARYÁŠ; Iva PROCHÁZKOVÁ a Monika DVOŘÁKOVÁ. Proteomické aplikace a experimenty v onkologickém výzkumu. 2013.

FAKTOR, Jakub; Lucia KNOPFOVÁ; David POTĚŠIL; Petr BENEŠ; Jan ŠMARDA a Pavel BOUCHAL. Proteomics analysis of cell surface proteins associated with migration of MDAMB-231 breast cancer cells. In IntegRECAMO Summer school 2013 "Methods of basic and translational cancer reasearch". 2013.

PROCHÁZKOVÁ, Iva; Juraj LENČO; Alena FUČÍKOVÁ; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Quantification of pro-tumorigenic proteins in breast cancer by targeted proteomics. In IntegRECAMO Summer school 2013 "Methods of basic and translational cancer reasearch". 2013.

KNÍŽEK, Jiří; Ladislav BERÁNEK; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Pavel TOMŠÍK. Summary of Algorithmic Fragments For Statistical Identification of Markers From a Set of Spectral Courses. Clinician and Technology. 2013, roč. 43, č. 3, s. 30-35. ISSN 0301-5491.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Pavel BOUCHAL; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. What is the role of actin cytoskeleton and its associated proteins transgelins in breast cancer? In IntegRECAMO Summer school 2013 "Metody základního a aplikovaného výzkumu v onkologii". 2013.

HLAVÁČEK, Antonín; Pavel BOUCHAL a Petr SKLÁDAL. Biotinylation of quantum dots for application in fluoroimmunoassays with biotin-avidin amplification. Microchimica Acta. Wien: Springer-Verlag, 2012, roč. 176, 3-4, s. 287-293. ISSN 0026-3672. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s00604-011-0729-6.

FAKTOR, Jakub; Monika DVOŘÁKOVÁ; Josef MARYÁŠ; Iva STRUHÁROVÁ a Pavel BOUCHAL. Identification and characterization of pro-metastatic targets, pathways and molecular complexes using a toolbox of proteomic technologies. Klinická onkologie. Praha: Česká lékařská společnost J.E.Purkyně, 2012, roč. 25, Suppl. 2, s. 2S70-2S77, 8 s. ISSN 0862-495X.

BOUCHALOVÁ, Pavla; Pavel BOUCHAL; Alexander SCHERL; David POTĚŠIL; Lenka HERNYCHOVÁ; Bořivoj VOJTĚŠEK a Roman HRSTKA. Identification of AGR2 partners using mass spectrometry with label-free quantification. In 3rd RECAMO joint meeting: Role of p53, MDM2, AGR2/3 and ubiquitin/chaperone systems in tumour biology. 2012.

KUČERA, Jiří; Pavel BOUCHAL; Hana ČERNÁ; David POTĚŠIL; Oldřich JANICZEK; Zbyněk ZDRÁHAL a Martin MANDL. Kinetics of anaerobic elemental sulfur oxidation by ferric iron in Acidithiobacillus ferrooxidans and protein identification by comparative 2-DE-MS/MS. ANTONIE VAN LEEUWENHOEK INTERNATIONAL JOURNAL OF GENERAL AND MOLECULAR MICROBIOLOGY. DORDRECHT (NETHERLANDS): Springer, 2012, roč. 101, č. 3, s. 561-573. ISSN 0003-6072. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s10482-011-9670-2.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Zbyněk BORTLÍČEK; Ivana IHNATOVÁ; Jenny HO; Iva STRUHÁROVÁ; Eva BUDINSKÁ; Rostislav VYZULA; Spiros D. GARBIS; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Molecular players in lymph node metastasis of low grade breast cancer: From proteomics-based target discovery to functional characterization. 2012.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Iva STRUHÁROVÁ; Eva BUDINSKÁ; Zbyněk BORTLÍČEK; Juraj LENČO; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Molekulární mechanismy metastazování u low-grade karcinomů prsu: Od proteomického profilování k funkční charakterizaci. In XXIII. Biochemický sjezd. Brno, 26.-29.8. 2012. p. 86. 2012.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Spiros D. GARBIS; Alexander SCHERL; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Protein identification in biomarker discovery studies based on profiling of intact proteins: Why the challenge? Lesson gained from breast cancer tissues. In 60th Conference on Mass Spectrometry and Allied Topics. 2012.

KNÍŽEK, Jiří; Jan ŠINDELÁŘ; Pavel BOUCHAL; Bořivoj VOJTĚŠEK; Rudolf NENUTIL a Ladislav BERÁNEK. The Marker Statistics’ Problem with Occurrence of Tested Phenomena's Outlying Behavior. International Journal of Statistics and Economics. 2012, roč. 9, A12, s. 83-89. ISSN 0975-556X.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Pavel BOUCHAL; Petr MÜLLER; Alexander SCHERL; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Transgelin, a protein associated with lymph node metastasis in breast cancer. 2012.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Pavel BOUCHAL; Petr MÜLLER; Alexander SCHERL; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Transgelin, an actin associated protein implicated in breast cancer. 2012.

STRUHÁROVÁ, Iva; Juraj LENČO; Alena FUČÍKOVÁ; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Validation of prometastatic proteins in low-grade breast cancer by targeted mass spectrometry approach based on selected reaction monitoring. 2012.

STRUHÁROVÁ, Iva; Juraj LENČO; Alena FUČÍKOVÁ; Jiří DRESLER; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Verification of protein targets related to grade, lymph node and hormonal receptor status in breast cancer via selected reaction monitoring with mTRAQ labeling. 2012.

BOUCHAL, Pavel; Robert STEIN; Zbyněk ZDRÁHAL; Peter R. JUNGBLUT a Igor KUČERA. 2D-PAGE Database for Studies on Energetic Metabolism of the Denitrifying Bacterium Paracoccus denitrificans. In Leung, HCE. INTEGRATIVE PROTEOMICS / Book 2. Rijeka, Croatia: INTECH EUROPE, 2012, s. 141-156. ISBN 978-953-51-0070-6.

STRUHÁROVÁ, Iva; Pavel BOUCHAL; Jiří JARKOVSKÝ; Kristýna HRAZDILOVÁ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Lenka HERNYCHOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Petr SOVA a Bořivoj VOJTĚŠEK. An induction of Retinol Binding Protein 4 by new platinum-based anticancer agent LA-12. In "2nd RECAMO joint meeting": Role of p53, MDM2, AGR2/3 and ubiquitin/chaperone system in tumour biology. 2011. ISBN 978-80-86793-20-7.

KUČERA, Jiří; Pavel BOUCHAL; Oldřich JANICZEK a Martin MANDL. Anaerobic ferric iron reduction by acidophilic biomining bacteria. In Biotech 2011 and 5th Czech-Swiss Symposium. 2011. ISBN 978-80-7080-782-8.

KUČERA, Jiří; Pavel BOUCHAL; Oldřich JANICZEK a Martin MANDL. Anaerobic oxidation of elemental sulfur in the chemolithoautotrophic bacterium Acidithiobacillus ferrooxidans. 2011. ISBN 978-80-210-5594-0.

MANDL, Martin; Jiří KUČERA; Pavel BOUCHAL a Oldřich JANICZEK. Biodegradation of iron sulfides by acidophilic bacteria and effects of released iron on the environment. In XIII International Congress of Bacteriology and Applied Microbiology. 2011.

BOUCHAL, Pavel; Tereza VYHLÍDALOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL a Igor KUČERA. Fe/Mn superoxide dismutase in Paracoccus denitrificans is induced by azide and expressed independently on FNR-type regulators. Folia Microbiologica. Dordrecht, The Netherlands: Springer, 2011, roč. 56, č. 1, s. 13-17. ISSN 0015-5632. Dostupné z: https://doi.org/10.1007/s12223-011-0007-3.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Pavel BOUCHAL; Petr MÜLLER; Alexander SCHERL; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. How is transgelin involved in the mechanism of breast cancer metastasis? In „2nd RECAMO joint meeting“: Role of p53, MDM2, AGR2/3 and ubiquitin/chaperone system in tumour biology. 2011. ISBN 978-80-86793-20-7.

DVOŘÁKOVÁ, Monika; Petr MÜLLER; Lenka HERNYCHOVÁ; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Identification and functional studies on proteins involved in in low-grade breast cancer metastasis. In Computional mass spectrometry-based proteomics. 2011.

FAKTOR, Jakub; Iva STRUHÁROVÁ; Alena FUČÍKOVÁ; Martin HUBÁLEK; Bořivoj VOJTĚŠEK a Pavel BOUCHAL. Kvantifikace proteinových biomarkerů pomocí hmotnostní spektrometrie pracující v režimu monitorování vybraných reakcí. Chemické listy. Praha: Česká společnost chemická, 2011, roč. 105, č. 11, s. 846-850. ISSN 0009-2770.

STRUHÁROVÁ, Iva; Pavel BOUCHAL; Jiří JARKOVSKÝ; Kristýna HRAZDILOVÁ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Lenka HERNYCHOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Petr SOVA a Bořivoj VOJTĚŠEK. The new platinum anticancer agent LA-12 induces Retinol Bionding Protein 4 in vivo. In 5th European Summer School in "Proteomics Basics". 2011.

BOUCHAL, Pavel; Jiří JARKOVSKÝ; Kristýna HRAZDILOVÁ; Monika DVOŘÁKOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Lenka HERNYCHOVÁ; Jiří DAMBORSKÝ; Petr SOVA a Bořivoj VOJTĚŠEK. The new platinum-based anticancer agent LA-12 induces retinol binding protein 4 in vivo. Proteome Science. BioMed Central, 2011, roč. 9, č. 68, s. "nestránkováno", 9 s. ISSN 1477-5956. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/1477-5956-9-68.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Zbyněk BORTLÍČEK; Iva STRUHÁROVÁ; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Towards understanding the mechanisms of metastasis in low grade breast cancer: Discovery of new targets via "omics" techniques. In HUPO 2011 10th Annual World Congress. 2011.

BOUCHAL, Pavel; Monika DVOŘÁKOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Zbyněk BORTLÍČEK; Iva STRUHÁROVÁ; Michaela ŠČIGELOVÁ; Alexander SCHERL; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Towards understanding the mechanisms of metastasis in low grade breast cancer: Discovery of new targets with proteomics-driven transcriptomic approach. In „2nd RECAMO joint meeting“: Role of p53, MDM2, AGR2/3 and ubiquitin/chaperone systém in tumour biology. 2011. ISBN 978-80-86793-20-7.

BOUCHAL, Pavel; Monika MUDROCHOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Lenka HERNYCHOVÁ; Roman HRSTKA; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Biomarker discovery in low grade breast cancer: A proteomics based approach. In 4th EU-Summer School in Proteomics Basics: "High-Throughput Dana Analysis and Statistics". Brixen/Bressanone, Italy, August 1-7, 2010. 2010.

BOUCHAL, Pavel; Monika MUDROCHOVÁ; Zbyněk BORTLÍČEK; Theodoros ROUMELIOTIS; Eva BUDINSKÁ; Dominika VÁŇOVÁ; Lenka HERNYCHOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Roman HRSTKA; Petr MÜLLER; Alexander SCHERL; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Biomarker discovery in low-grade breast cancer: An integrated, proteomics-based approach. In Abstract book of "3rd joint meeting on the role of p53, MDM2, AGR2/3 and ubiquitin/chaperone system in tumour biology". 2010. ISBN 978-80-86793-16-0.

BOUCHAL, Pavel; Monika MUDROCHOVÁ; Eva BUDINSKÁ; Zbyněk BORTLÍČEK; Iva STRUHÁROVÁ; Lenka HERNYCHOVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Spiros D. GARBIS; Roman HRSTKA; Petr MÜLLER; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Biomarkers of lymph node metastasis in low-grade breast cancer: An integrated, proteomics-based approach. In XXII. Biochemický zjazd: The Book of Abstracts. 2010. ISBN 978-80-88866-83-1.

BOUCHAL, Pavel; Monika MUDROCHOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Theodoros ROUMELIOTIS; Lenka HERNYCHOVÁ; Roman HRSTKA; Spiros D. GARBIS; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Biomarkers of metastatic potential in low grade breast cancer. 2010.

KUČERA, Jiří; Martin MANDL; Oldřich JANICZEK a Pavel BOUCHAL. Metabolic changes in sulfur- and iron-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans. In XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2010. ISBN 978-80-210-5164-5.

MANDL, Martin; Eva PAKOSTOVÁ; Jiří KUČERA; Iva BARTÁKOVÁ; Pavel BOUCHAL a Oldřich JANICZEK. Mobilization and phytotoxicity of iron under conditions of bacterial oxidation of iron sulfides. In Biometals 2010. 2010.

BOUCHAL, Pavel; Iva STRUHÁROVÁ; Eva BUDINSKÁ; Ondrej ŠEDO; Tereza VYHLÍDALOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL; Rob VAN SPANNING a Igor KUČERA. Unraveling an FNR based regulatory circuit in Paracoccus denitrificans using a proteomics-based approach. Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics. Amsterdam, The Netherlands: Elsevier, 2010, roč. 1804, č. 6, s. 1309-1316. ISSN 1570-9639. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2010.01.016.

BOUCHAL, Pavel; Theodoros ROUMELIOTIS; Roman HRSTKA; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Spiros D. GARBIS. Biomarker discovery in low-grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis. Journal of Proteome Research. Washington, USA: ACS, 2009, roč. 8, č. 1, s. 362-373. ISSN 1535-3893. Dostupné z: https://doi.org/10.1021/pr800622b.

BOUCHAL, Pavel; Roman HRSTKA; Lenka HERNYCHOVÁ; Marek LINK; Vojtěch TAMBOR; Pavlína HOLEŠÍNSKÁ a Bořivoj VOJTĚŠEK. Quantitative proteomic analysis of lung carcinoma cell line transfected by mutant p53 gene sequences. In 2009 Swiss Proteomics Society Meeting: "Proteome Dynamics: Protein Quantification in Time and Space". 2009.

BOUCHAL, Pavel; Iva STRUHÁROVÁ; Eva BUDINSKÁ; Ondrej ŠEDO; Tereza VYHLÍDALOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL; Rob VAN SPANNING a Igor KUČERA. The study on Fnr-type transcription regulators functions in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomics and bioinformatics tools. In FEBS JOURNAL. Conference Information: 34th Congress of the Federation-of-European-Biochemical-Societies. 2009. ISSN 1742-464X.

BOUCHAL, Pavel; Iva STRUHÁROVÁ; Eva BUDINSKÁ; Ondrej ŠEDO; Tereza VYHLÍDALOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL; Rob VAN SPANNING a Igor KUČERA. Unraveling a FNR-based regulatory circuit in bacterium Paracoccus denitrificans using proteomics, transcriptomic and bioinformatic approaches. In 2009 SPS Scientific Meeting: "Proteome Dynamics: Protein Quantification in Time and Space". 2009.

MANDL, Martin; Blanka OMESOVÁ POKORNÁ; Pavel BOUCHAL a Oldřich JANICZEK. Acidofilní sirné a železité bakterie v ekologii sulfidů. In XII. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2008. ISBN 978-80-210-4526-2.

BOUCHAL, Pavel; Theodoros ROUMELIOTIS; Roman HRSTKA; Rudolf NENUTIL; Bořivoj VOJTĚŠEK a Spiros D. GARBIS. Biomarker discovery in low grade breast cancer using isobaric stable isotope tags and two-dimensional liquid chromatography-tandem mass spectrometry (iTRAQ-2DLC-MS/MS) based quantitative proteomic analysis. In Biomarker Discovery Europe. 2008.

HOLČÁKOVÁ, Jitka; Lenka HERNYCHOVÁ; Pavel BOUCHAL; Kristýna BROŽKOVÁ; Jan ŽALOUDÍK; Dalibor VALÍK; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Identification of alphaB-crystallin, a biomarker of renal cell carcinoma by SELDI-TOF MS. The International Journal of Biological Markers. Itálie: Wichtig editore, 2008, roč. 23, č. 1, s. 48-53. ISSN 0393-6155.

BROŽKOVÁ, Kristýna; Eva BUDINSKÁ; Pavel BOUCHAL; Lenka HERNYCHOVÁ; Dana KNOFLÍČKOVÁ; Dalibor VALÍK; Rostislav VYZULA; Bořivoj VOJTĚŠEK a Rudolf NENUTIL. Surface-enhanced laser desorption/ionization time-of-flight proteomic profiling of breast carcinomas identifies clinicopathologically relevant groups of patients similar to previously defined clusters from cDNA expression. Breast Cancer Research. London, Great Britain: Biomed Central Ltd., 2008, roč. 10, č. 3, s. R48, 11 s. ISSN 1465-5411. Dostupné z: https://doi.org/10.1186/bcr2101.

BOUCHAL, Pavel; Tereza VYHLÍDALOVÁ; Iva STRUHÁROVÁ; Ondrej ŠEDO; Zbyněk ZDRÁHAL; Willem REIJNDERS; Rob VAN SPANNING a Igor KUČERA. The study on the FnrP, NNR and NarR transcription regulator function in bacterium Paracoccus denitrificans at global proteome level. In 8th Siena Meeting: From Genome To Proteome: Integration and Proteome Completion. 2008.

BOUCHAL, Pavel; Lenka HERNYCHOVÁ; Monika MUDROCHOVÁ; Kristýna BROŽKOVÁ; Jarmila SOBOTKOVÁ; Spiros D. GARBIS; Petr NOVÁK; Rostislav VYZULA; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. The ways leading to identification of potential biomarkers in SELDI-TOF MS based proteomic studies. In 8th Siena Meeting: From Genome To Proteome: Integration and Proteome Completion. Siena, Italy: The University of Siena, 2008, s. 153.

MANDL, Martin; Blanka OMESOVÁ POKORNÁ; Pavel BOUCHAL a Oldřich JANICZEK. Acidophilic bacteria in oxidation of iron sulfides. Is iron toxicity an environmental problem? In 4th Symposium on Biosorption and Bioremediation. 2007. ISBN 978-80-7080-025-6.

BROŽKOVÁ, Kristýna; Dana KNOFLÍČKOVÁ; Lenka HERNYCHOVÁ; Pavel BOUCHAL; Jitka HOLČÁKOVÁ; Eva MICHALOVÁ; Rostislav VYZULA; Jan ŽALOUDÍK; Dalibor VALÍK; Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Identifikace potenciálních biomarkerů karcinomů prsu metodou SELDI-TOF MS. Klinická onkologie. Brno: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2007, roč. 20, č. 6, s. 377-383. ISSN 0862-495X.

BOUCHAL, Pavel. Proteomics: Technology, science, or a thing of future? In 1st Central and Eastern European Proteomic Conference and 3rd Czech Proteomic Conference. Praha: Česká proteomická společnost, 2007, s. 30.

BOUCHAL, Pavel; Zbyněk ZDRÁHAL; Šárka HELÁNOVÁ; Oldřich JANICZEK; Kevin B. HALLBERG a Martin MANDL. Proteomic and bioinformatic analysis of iron- and sulfur-oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry. Proteomics. Weinheim: Wiley-VCH, 2006, roč. 6, č. 15, s. 4278-4285. ISSN 1615-9853.

PILNÝ, Radomír; Pavel BOUCHAL; Šárka BOŘILOVÁ; Pavla ČEŠKOVÁ; Jan ŽALOUDÍK; Rostislav VYZULA; Bořivoj VOJTĚŠEK a Dalibor VALÍK. Surface-enhanced laser desorption-ionization/time-of-flight mass spectrometry reveals significant artifacts in serum obtained from clot activator-containing collection devices. Clinical Chemistry. Washington, USA: Amer. Assoc. Clinical Chemistry, 2006, roč. 52, č. 11, s. 2015-2016. ISSN 0009-9147.

BOUCHAL, Pavel; Zbyněk ZDRÁHAL; Oldřich JANICZEK; Šárka HELÁNOVÁ; Kevin B. HALLBERG a Martin MANDL. Proteomic analysis of iron and sulfur oxidizing Acidithiobacillus ferrooxidans using immobilized pH gradients and mass spectrometry. In Molecular & Cellular Proteomics 4, 8 (Suppl. 1). 2005. ISSN 1535-9476.

MANDL, Martin; Blanka POKORNÁ; Pavla GAVLASOVÁ; Šárka HELÁNOVÁ; Pavel BOUCHAL; Oldřich JANICZEK a Kevin HALLBERG. Arsenic toxicity in bacterial oxidation of elemental sulfur. In Biometals 2004. Lubeck: University of Lubeck, 2004, s. 153.

HELÁNOVÁ, Šárka; Martin MANDL; Oldřich JANICZEK; Kevin HALLBERG; Pavel BOUCHAL a Alena ŠPANOVÁ. Bacterial pyrite oxidation under different metabolic states of bacteria. Acta Universitatis Palackianae Olomucensis. Olomouc, 2004, roč. 43S, 3.9.2004, s. 165-165. ISSN 0232-0061.

BOUCHAL, Pavel a Igor KUČERA. Examination of membrane protein expression in Paracoccus denitrificans by two-dimensional gel electrophoresis. Journal of Basic Microbiology. Weinheim, Germany: WILEY-VCH Verlag GmbH & Co., 2004, roč. 44, č. 1, s. 17-22. ISSN 0233-111X.

BOUCHAL, Pavel; Petra PŘECECHTĚLOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL a Igor KUČERA. Protein composition of Paracoccus denitrificans cells grown on various electron acceptors and in the presence of azide. Proteomics. Weinheim: Wiley-VCH, 2004, roč. 4, č. 9, s. 2662-2671. ISSN 1615-9853.

BOUCHAL, Pavel; Petra PŘECECHTĚLOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL a Igor KUČERA. Proteome study on bacterium Paracoccus denitrificans and construction of 2-DE protein database. In VIII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. Brno: Masarykova univerzita v Brně, 2004, s. 5. ISBN 80-210-3321-5.

BOUCHAL, Pavel; Petra PŘECECHTĚLOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL a Igor KUČERA. The effects of terminal electron acceptor and sodium azide on the Paracoccus denitrificans protein composition. In Acta Universitatis Palackianae Olomucensis - Chemica 43S. Olomouc: Palackého univerzita Olomouc, 2004, s. 28-29. ISBN 80-244-0882-1.

HELÁNOVÁ, Šárka; Alena ŠPANOVÁ; Martin MANDL a Pavel BOUCHAL. Vztah bakterie Acidithiobacillus ferrooxidans oxidující anorganické sirné látky k biooxidaci pyritu. In VIII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Brno: Masarykova univerzita v Brně a Česká společnost pro biochemii a molekulární biologii, 2004, s. 47. ISBN 8021033215.

BOUCHAL, Pavel; Petra PŘECECHTĚLOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL a Igor KUČERA. Analýza proteomu bakterie Paracoccus denitrificans. In VII. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. Brno: Přírodovědecká fakulta Masarykovy univerzity v Brně, 2003, s. 17-18. ISBN 80-210-3053-4.

BOUCHAL, Pavel a Igor KUČERA. Dvourozměrná elektroforéza v proteomice: Principy a aplikace. Chemické listy. Praha: Česká společnost chemická, 2003, roč. 97, č. 1, s. 29-35. ISSN 0009-2770.

BOUCHAL, Pavel; Petra PŘECECHTĚLOVÁ; Zbyněk ZDRÁHAL a Igor KUČERA. Towards the Paracoccus denitrificans 2-DE protein database. In Proteomic Forum, München 2003. International Meeting on Proteome Analysis. September 14-17, 2003. München, Germany: Technische Universität München, 2003, s. 283. ISBN 3-936175-01-2.

BOUCHAL, Pavel a Igor KUČERA. Analysis of membrane proteome of Paracoccus denitrificans by two-dimensional electrophoresis. In XVIII. biochemický zjazd. Zborník. Stará Lesná: Slovenská spoločnosť pre biochémiu a molekulárnu biológiu pri SAV, 2002, s. 160.

BOUCHAL, Pavel a Igor KUČERA. The effect of cultivation conditions on protein composition of membrane of Paracoccus denitrificans. In VI. Pracovní setkání biochemiků a molekulárních biologů. Sborník příspěvků. Brno: Masarykova univerzita, 2002, s. 67. ISBN 80-210-2777-0.

BOUCHAL, Pavel; Zdeněk GLATZ; Oldřich JANICZEK a Martin MANDL. Application of Capillary Zone Electrophoresis to Study the Properties of Rhodanese from Acidithiobacillus ferrooxidans. Folia Microbiologica. Praha: Institute of Microbiology of AV ČR, 2001, roč. 46, č. 5, s. 385-389. ISSN 0015-5632.

BOUCHAL, Pavel; Zdeněk GLATZ; Pavla ČEŠKOVÁ a Martin MANDL. Využití kapilární zónové elektroforézy ke stanovení enzymové aktivity a dalších vlastností rhodanasy z bakterie Thiobacillus ferrooxidans. In Biochemie a molekulární biologie na prahu nového tisíciletí. první. Brno: MU, Brno, 2000, s. 5-6. ISBN 80-210-2266-3.

GLATZ, Zdeněk; Pavel BOUCHAL; Oldřich JANICZEK; Pavla ČEŠKOVÁ a Martin MANDL. Determination of rhodanese enzyme activity by capillary zone electrophoresis. Journal of Chromatography A. Netherlands: Elsevier, 1999, roč. 838, (1+2), s. 139-147. ISSN 0021-9606.

GLATZ, Zdeněk; Pavel BOUCHAL; Oldřich JANICZEK; Pavla ČEŠKOVÁ a Martin MANDL. Determination of Enzyme Activity and other Properties of Rhodenase from Thiobacillus ferrooxidans. In Book of Abstract, International Symposium on Capillary Electrophoresis, ITP 98. Venezia: Emmezeta Congressi Milano Italy, 1998, s. 78.